List of rivers of Estonia

Rivers of Estonia are short and mostly have small water flow. Only 10 rivers are longer than 100 km. 
A.
Aavoja 
- Agali
- Ahja 
- Alajõgi 
- Allika 
- Ambla 
- Amme 
- Angerja stream 
- Antsla 
- Apna
- Ärma 
- Aruküla 
- Atla 
- Audru
- Avaste stream
- Avijõgi
E.
Emajõgi ("Embach")
- Elbu 
- Elva 
- Enge 
- Erra 
- Esna
G.
Gorodenka
H.
Häädemeeste
- Haavakivi
- Halliste 
- Härjapea 
- Harku stream
- Helme
- Hilba
- Humalaste
- Hundikuristiku stream
- Hüüru
J.
Jaama (Struuga)
- Jägala 
- Jänijõgi
- Järveotsa stream
- Jõelähtme 
- Jõku
- Jurga stream 
- Juudaoja
K.
Kääpa 
- Kalita stream
- Kalli 
- Kargaja
- Kärla 
- Käru
- Kasari 
- Kata
- Katku stream
- Kavilda
- Keila 
- Kloostri
- Kodila
- Kohtra 
- Kolga
- Kolga stream
- Kõpu
- Koosa
- Kroodi stream
- Kuivajõgi
- Kuke
- Külge stream
- Kulgu
- Kullavere 
- Kunda 
- Kurina
- Kurna stream
- Kuura
L.
Laatre
- Laeva
- Lahavere stream
- Lähkma
- Leevi
- Leisi
- Lemmejõgi 
- Lemmjõgi 
- Liivi 
- Lintsi 
- Lodja stream
- Loo
- Loobu 
- Lõve
- Luguse 
- Luutsna
M.
Maadevahe
- Mädajõgi
- Mädara
- Mähe stream
- Maidla
- Massu
- Mõra
- Munalaskme stream 
- Mustajõgi 
- Mustjõgi (Endla) 
- Mustjõgi (Gauja basin) 
- Mustjõgi (Jägala basin) 
- Mustjõgi (Tallinn) 
- Mustoja (Lahemaa)
- Mustvee
- Muuga stream
N.
Nahavere stream
- Naravere stream
- Narva 
- Nasva 
- Nõva
- Nurtu 
- Navesti
- Nuutri
O.
Õhne 
- Onga
- Orajõgi
P.
Paadrema 
- Paala
- Pääsküla
- Pada 
- Pala
- Pale
- Paltra
- Pärlijõgi
- Pärnu
- Pede 
- Pedeli
- Pedja 
- Peeda
- Peetri
- Penijõgi 
- Piigaste stream
- Piilsi
- Pikknurme
- Pirita 
- Piusa 
- Põduste 
- Põltsamaa 
- Porijõgi
- Poruni 
- Prandi
- Preedi
- Pühajõgi (Ida-Virumaa)
- Pühajõgi (Saaremaa)
- Punapea
- Purtse 
R.
Raasiku
- Rannametsa
- Rannamõisa 
- Rannapungerja 
- Räpu 
- Raudna 
- Reiu
- Reopalu
- Retla
- Riguldi
S.
Saarjõgi
- Saki
- Saku
- Salajõgi 
- Salla
- Salme
- Sämi
- Sauga 
- Selja 
- Sigaste stream
- Sillaorsa
- Sitapätsi
- Sõmeru
- Soodla 
- Sõtke
- Struuga (Jaama)
- Surju stream
- Surjupera stream
- Suuremõisa 
T.
Taebla 
- Tagajõgi 
- Tänassilma
- Tarvastu
- Tatra
- Teenuse
- Timmkanal 
- Tirtsi
- Tiskre stream 
- Tõdva
- Tõlla stream
- Toolse
- Topi
- Tori
- Tõrvajõgi
- Tõrvanõmme stream
- Tõstamaa
- Treppoja 
- Tuhala
- Tuudi
U.
Ulila
- Umbusi 
- Ura
- Uueveski stream
V.
Vääna 
- Vaemla 
- Vaidava
- Väike Emajõgi 
- Vainupea
- Valgejõgi 
- Valuoja
- Vändra
- Vara stream
- Vardi
- Vardja
- Varsaallika stream
- Värska stream 
- Vasalemma 
- Vaskjõgi
- Veelikse stream
- Velise 
- Vigala 
- Vihterpalu 
- Visela
- Visula
- Vodja
- Võhandu 
- Võhkse
- Võhu
- Võlupe
- Vorsti
- Võsu