Is STAT3 betrokken bij EIF2AK2-afhankelijke onderdrukking van autofagie?

Answer: STAT3 kan fungeren als een competitieve remmer van EIF2AK2. Inderdaad, farmacologische of genetische remming van STAT3 stimuleert EIF2AK2-afhankelijke EIF2S1-fosforylering en autofagie. Omgekeerd remt de overexpressie van wildtype STAT3 evenals van STAT3-mutanten die niet gefosforyleerd kunnen worden door JAK2 of die uitgesloten zijn van de kern, autofagie. Echter, STAT3-mutanten die niet met EIF2AK2 kunnen interageren, zijn niet in staat autofagie te onderdrukken.

STAT3 kan fungeren als een competitieve remmer van EIF2AK2. Inderdaad, farmacologische of genetische remming van STAT3 stimuleert EIF2AK2-afhankelijke EIF2S1-fosforylering en autofagie. Omgekeerd remt de overexpressie van wildtype STAT3 evenals van STAT3-mutanten die niet gefosforyleerd kunnen worden door JAK2 of die uitgesloten zijn van de kern, autofagie. Echter, STAT3-mutanten die niet met EIF2AK2 kunnen interageren, zijn niet in staat autofagie te onderdrukken.

Zowel STAT3-richtende middelen (d.w.z. Stattic, JSI-124 en WP1066) als EIF2AK2-activatoren (zoals de dubbelstrengs RNA-mimeticum polyinosinisch:polycytidylzuur) kunnen de remmende interactie tussen STAT3 en EIF2AK2 in cellen verstoren.

Een verdere screening gericht op het identificeren van EIF2AK2-afhankelijke inductoren van autofagie toonde aan dat verschillende vetzuren, waaronder palmitinezuur, autofagie induceren via een pad dat de verstoring van het STAT3-EIF2AK2-complex omvat.

Cytoplasmatisch STAT3 onderdrukt autofagie door de activiteit van PKR te remmen.

Het SH2-domein van STAT3 bleek te interageren met het katalytische domein van de eIF2α-kinase 2 EIF2AK2, beter bekend als proteïnekinase R (PKR). Farmacologische en genetische remming van STAT3 stimuleerde de activerende fosforylering van PKR en de daaropvolgende hyperfosforylering van eIF2α. Bovendien remde PKR-depletie autofagie die werd geïnitieerd door chemische STAT3-remmers of vrije vetzuren zoals palmitinezuur.

Chemische stoffen die STAT3 richten en palmitinezuur veroorzaakten de verstoring van remmende STAT3-PKR-interacties, gevolgd door PKR-afhankelijke eIF2α-fosforylering, wat de inductie van autofagie bevordert.

Directe interactie tussen STAT3 en EIF2AK2 reguleert vetzuur-geïnduceerde autofagie.

Deze resultaten onthullen een onverwacht mechanisme van autofagiecontrole waarbij STAT3 en PKR als interactiepartners betrokken zijn.

Zowel STAT3-richtende middelen (d.w.z. Stattic, JSI-124 en WP1066) als EIF2AK2-activatoren (zoals de dubbelstrengs RNA-mimeticum polyinosinisch:polycytidylzuur) kunnen de remmende interactie tussen STAT3 en EIF2AK2 in cellen verstoren, maar alleen de laatstgenoemde doet dit in celvrije systemen in vitro. Een verdere screening gericht op het identificeren van EIF2AK2-afhankelijke inductoren van autofagie toonde aan dat verschillende vetzuren, waaronder palmitinezuur, autofagie induceren via een pad dat de verstoring van het STAT3-EIF2AK2-complex omvat, evenals de fosforylering van mitogeen-geactiveerde proteïnekinase 8/c-Jun N-terminale kinase 1 (MAPK8/JNK1) en EIF2S1.

Een verdere screening gericht op het identificeren van EIF2AK2-afhankelijke inductoren van autofagie toonde aan dat verschillende vetzuren, waaronder palmitinezuur, autofagie induceren via een pad dat de verstoring van het STAT3-EIF2AK2-complex omvat, evenals de fosforylering van mitogeen-geactiveerde proteïnekinase 8/c-Jun N-terminale kinase 1 (MAPK8/JNK1) en EIF2S1. Deze resultaten onthullen een onverwachte kruisbestuiving tussen cellulaire stofwisseling (vetzuren), pro-inflammatoire signalering (STAT3), aangeboren immuniteit (EIF2AK2) en translationele controle (EIF2S1) die autofagie reguleert.

Dus kan STAT3 fungeren als een competitieve remmer van EIF2AK2. Inderdaad, farmacologische of genetische remming van STAT3 stimuleert EIF2AK2-afhankelijke EIF2S1-fosforylering en autofagie.

, Stattic, JSI-124 en WP1066) en EIF2AK2-activatoren (zoals de dubbelstrengs RNA-mimeticum polyinosinisch:polycytidylzuur) kunnen de remmende interactie tussen STAT3 en EIF2AK2 in cellen verstoren, maar alleen de laatstgenoemde doet dit in celvrije systemen in vitro. Een verdere screening gericht op het identificeren van EIF2AK2-afhankelijke inductoren van autofagie toonde aan dat verschillende vetzuren, waaronder palmitinezuur, autofagie induceren via een pad dat de verstoring van het STAT3-EIF2AK2-complex omvat, evenals de fosforylering van mitogeen-geactiveerde proteïnekinase 8/c-Jun N-terminale kinase 1 (MAPK8/JNK1) en EIF2S1.


RTS S AS01-vaccin is ontwikkeld om welke ziekte te voorkomen?

Answer: RTS,S/AS01-vaccin is ontwikkeld ter preventie van malaria.

Deze gerandomiseerde, dubbelblinde studie (NCT01323972) beoordeelde de consistentie van drie RTS,S/AS01-malaria-vaccinbatches, geformuleerd uit commerciële gezuiverde antigen bulkpartijen, wat betreft de geïnduceerde anti-CS-responsen.

Tot nu toe heeft slechts één kandidaat-malaria-vaccin, RTS,S/AS01, een bescheiden bescherming getoond in een fase 3-onderzoek bij Afrikaanse zuigelingen.

Effectiviteit en veiligheid van het RTS,S/AS01-malaria-vaccin met of zonder een boosterdosis bij zuigelingen en kinderen in Afrika: definitieve resultaten van een fase 3, individueel gerandomiseerd, gecontroleerd onderzoek.

ACHTERGROND: De effectiviteit en veiligheid van het RTS,S/AS01-kandidaat-malaria-vaccin gedurende 18 maanden follow-up zijn eerder gepubliceerd.

De WHO verwacht dat het RTS,S/AS01-vaccin zal worden aanbevolen voor de leeftijdsgroep van 6-14 weken voor gelijktijdige toediening met andere vaccins als onderdeel van routinematige immunisatieprogramma's in malaria-endemische landen.

Recente fase 3-onderzoeken met het malaria-vaccinkandidaat RTS,S/AS01 (RTS,S) bij kinderen hebben een bescheiden effectiviteit aangetoond tegen klinische en ernstige malaria.

Het RTS,S/AS01(E)-malaria-vaccinkandidaat is recentelijk gestart met fase III-testen.

De effectiviteit van RTS,S/AS01 als vaccin tegen malaria wordt getest in een fase 3 klinische studie.

Beoordeling van ernstige malaria in een multicenter, fase III, RTS,S/AS01-malaria-kandidaatvaccinonderzoek: casusdefinitie, standaardisatie van gegevensverzameling en patiëntenzorg.

Indien de fase III-resultaten de waarnemingen uit fase II bevestigen, zou het RTS,S/AS01(E)-vaccin, bij brede implementatie en verstandige integratie met andere malariapreventiemaatregelen, een grote volksgezondheidsimpact hebben in Sub-Sahara Afrika.

Het RTS,S/AS01(E)-malaria-vaccinkandidaat is recent gestart met fase 3-testen.

Het RTS,S/AS01(E)-kandidaat-malaria-vaccin wordt ontwikkeld voor immunisatie van zuigelingen in Afrika via het uitgebreide immunisatieprogramma (EPI).

Het RTS,S/AS01(E)-kandidaat-malaria-vaccin wordt ontwikkeld voor immunisatie van Afrikaanse zuigelingen via het Uitgebreide Programma voor Immunisatie (EPI).

Van de vele benaderingen die zijn nagestreefd, vertegenwoordigt het RTS,S/AS01-vaccinkandidaat de meest ontwikkelde en klinisch gevalideerde malaria-vaccinformulering.

AS01 is geselecteerd voor de klinische ontwikkeling van verschillende kandidaatvaccins, waaronder het RTS,S-malaria-vaccin en het subunit glycoproteïne E varicella zoster-vaccin (beide momenteel in fase III).

Veiligheid en effectiviteit van het RTS,S/AS01E-kandidaat-malaria-vaccin gegeven met vaccins van het uitgebreide immunisatieprogramma: 19 maanden follow-up van een gerandomiseerde, open-label, fase 2-studie.

Een gerandomiseerde studie die de veiligheid en immunogeniciteit beoordeelt van AS01- en AS02-geadjuvanteerde RTS,S-malaria-vaccinkandidaten bij kinderen in Gabon.

Effect van ingenomen menselijke antilichamen geïnduceerd door RTS,S/AS01-malaria-vaccinatie bij kinderen op de vorming van Plasmodium falciparum-oöcysten en sporogonie in muggen.

De incidentie van gegeneraliseerde convulsieve aanvallen binnen 7 dagen na een RTS,S/AS01-booster was 2,2 per 1000 doses bij jonge zuigelingen en 2,5 per 1000 doses bij kinderen. INTERPRETATIE: RTS,S/AS01 voorkwam een aanzienlijk aantal gevallen van klinische malaria over een periode van 3-4 jaar bij jonge zuigelingen en kinderen, toegediend met of zonder een boosterdosis.

Ontwikkeling van gestandaardiseerde laboratoriummethoden en kwaliteitsprocessen voor een fase III-studie van het RTS,S/AS01-kandidaat-malaria-vaccin.

Statistische methodologie voor de evaluatie van vacceneffectiviteit in een fase III multicenteronderzoek van het RTS,S/AS01-malaria-vaccin bij Afrikaanse kinderen.

Meningitis werd gerapporteerd als een ernstig bijwerkinggeval bij respectievelijk 16/5.949 en 1/2.974 kinderen en bij 9/4.358 en 3/2.179 zuigelingen in de RTS,S/AS01- en controlegroepen. CONCLUSIES: RTS,S/AS01 voorkwam veel gevallen van klinische en ernstige malaria gedurende de 18 maanden na de derde vaccinatie, met de grootste impact in gebieden met de hoogste malaria-incidentie.

Dit artikel geeft een samenvatting van de discussies, conclusies en aanbevelingen van die bijeenkomst. De sessies omvatten: een overzicht van de effectiviteit van artemisinine-gebaseerde combinatietherapie in Guyana en Suriname; de uitkomsten van een consultatie over niet-malaria koortsziekten; de uitkomsten van de tweede bijeenkomst van de Evidence Review Group over malaria-burden schatting; een update over de herziening van de WHO-richtlijnen voor de behandeling van malaria; een update over de voortgang van de samenstelling van de Technical Expert Group voor vectorcontrole; updates over het RTS,S/AS01-vaccin en de malaria-vaccintechnologie roadmap; financiering en middelenallocatie voor malariabestrijding; malariabewaking en de noodzaak van een Technical Expert Group voor surveillance, monitoring en evaluatie; criteria en classificatie met betrekking tot malaria-eliminatie; de volgende bijeenkomst van de Evidence Review Group over Intermitterende Preventieve Behandeling tijdens de zwangerschap; een update over het binnenkort te lanceren Elimination Scenario Planning Tool; en een update over het proces voor de Global Technical Strategy for Malaria Control and Elimination (2016-2025). Beleidsverklaringen, standpunten en richtlijnen die voortkomen uit de conclusies en aanbevelingen van de MPAC-bijeenkomst zullen formeel worden uitgegeven en verspreid aan de lidstaten van de Wereldgezondheidsorganisatie door het Wereldgezondheidsorganisatie Global Malaria Programme.

Het RTS,S/AS01-vaccinkandidaat vertegenwoordigt de meest ontwikkelde en klinisch gevalideerde malaria-vaccinformulering.


Wat zijn de Topologische Domeinen (TAD's)?

Answer: Topologische domeinen of TAD's zijn megabase-grote lokale chromatine-interactiedomeinen die een alomtegenwoordige structurele eigenschap zijn van de genoomorganisatie. Deze domeinen correleren met regio's van het genoom die de verspreiding van heterochromatine beperken. De domeinen zijn stabiel in verschillende celtypen en sterk geconserveerd tussen soorten, wat aangeeft dat topologische domeinen een inherente eigenschap zijn van zoogdiergenomen. De grenzen van topologische domeinen zijn verrijkt met het insulator-bindende eiwit CTCF, housekeeping-genen, transfer-RNA's en korte verspreide elementen (SINE) retrotransposons, wat erop wijst dat deze factoren een rol kunnen spelen bij het vaststellen van de topologische domeinstructuur van het genoom.

We identificeren grote, megabase-grote lokale chromatine-interactiedomeinen, die we 'topologische domeinen' noemen, als een alomtegenwoordige structurele eigenschap van de genoomorganisatie. Deze domeinen correleren met regio's van het genoom die de verspreiding van heterochromatine beperken. De domeinen zijn stabiel in verschillende celtypen en sterk geconserveerd tussen soorten, wat aangeeft dat topologische domeinen een inherente eigenschap zijn van zoogdiergenomen. Ten slotte vinden we dat de grenzen van topologische domeinen verrijkt zijn met het insulator-bindende eiwit CTCF, housekeeping-genen, transfer-RNA's en korte verspreide elementen (SINE) retrotransposons, wat erop wijst dat deze factoren een rol kunnen spelen bij het vaststellen van de topologische domeinstructuur van het genoom.

Het menselijk genoom is opgedeeld in topologisch associërende domeinen (TAD's), maar de rol van deze geconserveerde organisatie tijdens tijdelijke veranderingen in genexpressie is niet bekend

Recente Hi-C mapping heeft substructuur binnen chromatinecompartimenten onthuld, genaamd topologisch associërende domeinen (TAD's), die grotendeels geconserveerd zijn in hun posities tussen celtypen en vergelijkbaar zijn in grootte met replicatiedomeinen.


Wat is de vibratietheorie van de reukzin?

Answer: De vibratietheorie van de reukzin gaat ervan uit dat elektronenoverdracht plaatsvindt over geurstoffen bij de actieve plaatsen van geurstofreceptoren (OR's), wat dient als een gevoelige maat voor de vibratiefrequenties van geurstoffen, wat uiteindelijk leidt tot olfactorische waarneming. De theorie stelt dat geurstofreceptoren reageren op de trillingen van de moleculen en niet op hun vorm. Het verschilt van eerdere vibratietheorieën (Dyson, Wright) doordat het een gedetailleerd en plausibel mechanisme biedt voor biologische omzetting van moleculaire trillingen: inelastisch elektronentunneling. De auteurs die deze theorie hebben voorgesteld, suggereren dat reukzin, net als kleurenzicht en gehoor, een spectraalszin is.

Er wordt voorgesteld dat geurstofreceptoren reageren op de trillingen van de moleculen en niet op hun vorm. Het verschilt van eerdere vibratietheorieën (Dyson, Wright) doordat het een gedetailleerd en plausibel mechanisme biedt voor biologische omzetting van moleculaire trillingen: inelastisch elektronentunneling. Elementen van de tunneling-spectroscoop zijn geïdentificeerd in vermoedelijke geurstofreceptoren en hun geassocieerde G-eiwit.

Het hier gepresenteerde bewijs suggereert in plaats daarvan dat reukzin, net als kleurenzicht en gehoor, een spectraalszin is.

De vibratietheorie van de reukzin gaat ervan uit dat elektronenoverdracht plaatsvindt over geurstoffen bij de actieve plaatsen van geurstofreceptoren (OR's), wat dient als een gevoelige maat voor de vibratiefrequenties van geurstoffen, wat uiteindelijk leidt tot olfactorische waarneming. Een eerdere studie meldde dat menselijke proefpersonen waterstof/deuterium isotopomeren (isomeren met isotopische atomen) van de muskverbinding cyclopentadecanon konden onderscheiden als bewijs ter ondersteuning van de theorie.


Zijn CTCF en BORIS betrokken bij genoomregulatie en kanker?

Answer: Ja. CTCF wordt overal tot expressie gebracht en speelt diverse rollen in genregulatie, imprinting, isolatie, intra-/interchromosomale interacties, nucleaire compartimentalisatie en alternatieve splicing. CTCF heeft één paralog, het testes-specifieke CTCF-achtige gen (CTCFL)/BORIS. CTCF en BORIS kunnen gedereguleerd zijn bij kanker. Het tumorsuppressorgen CTCF kan gemuteerd of verwijderd zijn bij kanker, of de DNA-binding van CTCF kan veranderd zijn door epigenetische veranderingen. BORIS wordt vaak abnormaal tot expressie gebracht bij kanker, wat sommigen ertoe heeft gebracht een pro-tumorigene rol voor BORIS voor te stellen. Echter, BORIS kan celproliferatie remmen en is bij kanker gemuteerd op een vergelijkbare wijze als CTCF, wat suggereert dat BORIS-activatie bij kanker kan voortkomen uit globale genetische of epigenetische veranderingen die typisch zijn voor maligne transformatie.

CTCF wordt overal tot expressie gebracht en speelt diverse rollen in genregulatie, imprinting, isolatie, intra-/interchromosomale interacties, nucleaire compartimentalisatie en alternatieve splicing. CTCF heeft één paralog, het testes-specifieke CTCF-achtige gen (CTCFL)/BORIS. CTCF en BORIS kunnen gedereguleerd zijn bij kanker. Het tumorsuppressorgen CTCF kan gemuteerd of verwijderd zijn bij kanker, of de DNA-binding van CTCF kan veranderd zijn door epigenetische veranderingen. BORIS wordt vaak abnormaal tot expressie gebracht bij kanker, wat sommigen ertoe heeft gebracht een pro-tumorigene rol voor BORIS voor te stellen. Echter, BORIS kan celproliferatie remmen en is bij kanker gemuteerd op een vergelijkbare wijze als CTCF, wat suggereert dat BORIS-activatie bij kanker kan voortkomen uit globale genetische of epigenetische veranderingen die typisch zijn voor maligne transformatie

Het onderzoek naar de moleculaire mechanismen die door CTCF worden ingezet om tumorgeassocieerde genen te moduleren benadrukt de celtype-afhankelijkheid van zijn tumorsuppressorrol. Inderdaad hangt het vermogen van CTCF om aan hun promotoren te binden strikt af van celtypekenmerken zoals DNA-methylatie, BORIS-binding en post-translationele modificaties zoals PARYlatie

Bovendien resulteerde reductie van CTCF in normaal BORIS-negatieve menselijke fibroblasten in derepressie van BORIS-promotoren. Deze resultaten bieden een mechanistische basis om kankergerelateerde associaties tussen haplo-insufficiëntie van CTCF en derepressie van BORIS, en tussen het ontbreken van functioneel p53 en aberrante activatie van BORIS te begrijpen

CTCF en BORIS in genoomregulatie en kanker.

De nieuwe BORIS + CTCF-genfamilie is uniek betrokken bij de epigenetica van normale biologie en kanker.

Gezamenlijk wijzen deze gegevens erop dat wederzijdse binding van CTCF en BORIS aan de NY-ESO-1-promotor epigenetische regulatie van dit CT-gen in longkankercellen medieert, en suggereren dat inductie van BORIS een nieuwe strategie kan zijn om de immunogeniciteit van longcarcinomen te vergroten.

BORIS is de enige bekende paralog van CTCF, een gen dat nauw betrokken is bij genomische imprinting, chromatine-isolatie en nucleaire regulatie.

Echter, BORIS kan celproliferatie remmen en is bij kanker gemuteerd op een vergelijkbare wijze als CTCF, wat suggereert dat BORIS-activatie bij kanker kan voortkomen uit globale genetische of epigenetische veranderingen die typisch zijn voor maligne transformatie.

Wij suggereren dat BORIS waarschijnlijk epigenetische machinerie aan een nieuwe klasse van CTCF/BORIS 11ZF-doelsequenties bindt die inductie van kanker-testisgenen mediëren.

In tegenstelling tot CTCF is BORIS-expressie alleen gerapporteerd in de testis en bepaalde maligniteiten, wat heeft geleid tot de classificatie ervan als een "kanker-testis" antigeen.


Wat is de toepassing van het ASSET-algoritme in C. elegans?

Answer: ASSET (Algorithm for the Segmentation and the Standardization of C. elegans Time-lapse recordings) is een robuust algoritme voor de geautomatiseerde segmentatie en standaardisatie van vroege Caenorhabditis elegans-embryo's. Het verzamelt kwantitatieve informatie met subcellulaire precisie in het vroege Caenorhabditis elegans-embryo, dat een aantrekkelijk model is om evolutionair geconserveerde cellulaire mechanismen te onderzoeken. ASSET detecteert automatisch de eierschaal en de celcortex uit DIC-tijdreeksopnamen van levende embryo's in de één-celligestadium en kan ook subcellulaire structuren volgen met behulp van fluorescente tijdreeks-microscopie. Belangrijk is dat ASSET de gegevens standaardiseert in een absoluut coördinatensysteem om robuuste kwantitatieve vergelijkingen tussen embryo's mogelijk te maken.

ASSET: een robuust algoritme voor de geautomatiseerde segmentatie en standaardisatie van vroege Caenorhabditis elegans-embryo's.

Het vroege Caenorhabditis elegans-embryo is een aantrekkelijk model om evolutionair geconserveerde cellulaire mechanismen te onderzoeken. Er is echter een tekort aan geautomatiseerde methoden om kwantitatieve informatie met subcellulaire precisie in dit systeem te verzamelen. We ontwikkelden ASSET (Algorithm for the Segmentation and the Standardization of C. elegans Time-lapse recordings) om aan deze behoefte te voldoen. ASSET detecteert automatisch de eierschaal en de celcortex uit DIC-tijdreeksopnamen van levende embryo's in het één-celligestadium en kan ook subcellulaire structuren volgen met fluorescente tijdreeks-microscopie. Belangrijk is dat ASSET de gegevens standaardiseert in een absoluut coördinatensysteem om robuuste kwantitatieve vergelijkingen tussen embryo's mogelijk te maken. We illustreren hoe ASSET efficiënt kwantitatieve gegevens kan verzamelen over de beweging van centrosomen en nauwkeurig corticale invaginaties kan volgen, waarbij tot nu toe onopgemerkte verschillen tussen wildtype en saps-1(RNAi) embryo's aan het licht komen. Samengevat vestigen we ASSET als een nieuw hulpmiddel voor de efficiënte kwantificatie en standaardisatie van beelden van vroege C. elegans-embryo's.


Zijn Sidekick-eiwitten leden van de immunoglobuline-superfamilie?

Answer: Ja, Sidekick zijn celadhesiemoleculen van de immunoglobuline-superfamilie.

Hier tonen we aan dat vier nauw verwante adhesiemoleculen van de immunoglobuline-superfamilie (IgSF) -- Dscam (Downsyndroom celadhesiemolecuul), DscamL (referenties 6-9), Sidekick-1 en Sidekick-2

Sidekick-1, een celadhesiemolecuul van de immunoglobuline-superfamilie, is verhoogd tot expressie in glomerulaire podocyten bij de collapsende glomerulopathie van HIV-geassocieerde nefropathie (HIVAN).


Wat zijn de pyknons?

Answer: Met behulp van een ongecontroleerde patroonontdekkingsmethode werden de menselijke intergene en intronische regio's verwerkt en werden alle patronen met variabele lengte met identiek geconserveerde kopieën en multipliciteiten boven wat door toeval wordt verwacht, gecatalogiseerd. Onder de miljoenen ontdekte patronen werd een subset van 127.998 patronen gevonden, pyknons genoemd, die extra niet-overlappende exemplaren hebben in de niet-vertaalde en eiwitcoderende regio's van 30.675 transcripties van 20.059 menselijke genen. De pyknons rangschikken zich combinatorisch in de niet-vertaalde en coderende regio's van talrijke menselijke genen waar ze mozaïeken vormen. Pyknons kunnen een biologisch belangrijke schakel vertegenwoordigen tussen coderend en niet-coderend DNA.

Met behulp van een ongecontroleerde patroonontdekkingsmethode hebben we de menselijke intergene en intronische regio's verwerkt en alle patronen met variabele lengte met identiek geconserveerde kopieën en multipliciteiten boven wat door toeval wordt verwacht, gecatalogiseerd. Onder de miljoenen ontdekte patronen vonden we een subset van 127.998 patronen, pyknons genoemd, die extra niet-overlappende exemplaren hebben in de niet-vertaalde en eiwitcoderende regio's van 30.675 transcripties van 20.059 menselijke genen.

In een recent artikel in PNAS beschrijven Rigoutsos et al. (2006) een niet-willekeurig patroon van herhaalde elementen, pyknons genoemd, die vaker voorkomen in de 3'-niet-vertaalde regio's van genen dan in andere regio's van het menselijk genoom.

De ontdekking van pyknons, de meest frequente DNA-sequentiemotieven met variabele lengte in het menselijk genoom, suggereert uitgebreide sequentie-gebaseerde connectiviteit tussen niet-coderende en eiwitcoderende componenten van het menselijk genoom.

Korte blokken uit de niet-coderende delen van het menselijk genoom komen voor binnen bijna alle bekende genen en zijn gerelateerd aan biologische processen.

Pyknons zijn niet-willekeurige sequentiepatronen die significant herhaald worden door het niet-coderende genomische DNA en die ook minstens één keer voorkomen in coderende genen. Ze zijn interessant omdat ze een onverwachte verbinding tussen coderend en niet-coderend DNA voorspellen. Pyknons zijn alleen ontdekt in het menselijk genoom, dus het is onbekend of pyknons bredere biologische relevantie hebben of simpelweg een fenomeen van het menselijk genoom zijn.

Deze gegevens onthullen dat pyknons een biologisch belangrijke schakel vertegenwoordigen tussen coderend en niet-coderend DNA.

De pyknons rangschikken zich combinatorisch in de niet-vertaalde en coderende regio's van talrijke menselijke genen waar ze mozaïeken vormen.


Welke deiodinases zijn het best bekend als aanwezig in de hersenen?

Answer: Alle 3 deiodinases (Type 1, Type 2 en Type 3 deiodinase) zijn aanwezig in de "hersenen", maar Type 1 deiodinase wordt alleen gevonden in de neurohypofyse, die eigenlijk niet als echt "hersenenweefsel" kan worden beschouwd.

In de hersenen lijkt de aanwezigheid van type III iodothyronine deiodinase (D3) belangrijk te zijn voor het handhaven van de homeostase van T(3)-niveaus.

We konden een proteïnefragment detecteren dat overeenkomt met de verwachte moleculaire massa (30 kDa) voor type III deiodinase door middel van Western blot-analyse. RT-PCR evenals Northern blot-analyse bevestigden de aanwezigheid van D3 mRNA in het cerebellum.

De aanwezigheid van 5D (type-III) samen met ons eerdere rapport over 5'-deiodinase (type-I bij euthyreoïdie en type-II bij hypothyreoïdie) toont aan dat de iso-enzymen van de deiodinases in de neurohypofyse vrij vergelijkbaar zijn met die in de hersenen.


Wat zijn de computationele methoden voor de voorspelling van beta-barrel transmembraaneiwitten?

Answer: Computational tools zijn ontwikkeld voor het onderscheiden van beta-barrel transmembraaneiwitten, topologievoorspelling en voorspelling van hun structurele kenmerken. Initiële methoden voor de voorspelling van de transmembraan beta-strengen waren gebaseerd op hydrofobiciteitsanalyse, met gebruik van schuivende vensters langs de sequentie om de afwisselende patronen van hydrofobe-hydrofiele residuen van de transmembraanstrengen vast te leggen, of met gebruik van gegeneraliseerde secundaire structuurvoorspellingsmethoden. Andere benaderingen omvatten de constructie van speciale empirische regels met behulp van aminozuurpropensiteiten en voorkennis van de structurele aard van de eiwitten, en de ontwikkeling van op neurale netwerken gebaseerde voorspellers om de locatie van alfa-koolstofatomen ten opzichte van het membraan te voorspellen. In de afgelopen jaren zijn andere, meer verfijnde methoden verschenen, waaronder: neurale netwerken, verborgen Markovmodellen, support vector machines, k-Nearest Neighbors, radiale basisfuncties, Bayesiaanse netwerken, genetische algoritmen, Mahalanobis discriminantfuncties, cellulaire automaten, N-to-1 extreme learning machines. Methoden gebaseerd op verborgen Markovmodellen behoren tot de meest succesvolle in topologievoorspelling, omdat ze de unieke architectuur van beta-barrel transmembraaneiwitten kunnen vastleggen. Consensusmethoden, evenals pipelines van verschillende gerelateerde tools (bijv. voorspelling van subcellulaire lokalisatie, voorspelling van alfa-helicale transmembraaneiwitten, voorspelling van signaalpeptiden/lipoproteïnen) zijn ook gebruikt voor het onderscheiden van beta-barrel transmembraaneiwitten. Recentelijk zijn een aantal methoden ontwikkeld voor het voorspellen van meer gedetailleerde structurele kenmerken (bijv. oppervlakte toegankelijkheid, residucontacten, zelfs gedetailleerde atomische 3D-modellen) die zijn toegespitst op beta-barrel transmembraaneiwitten, gebaseerd op kennisgebaseerde potentiaal functies, grafentheoretische modellen, fysische modellen en multi-tape S-attribute grammatica’s. Methoden/tools die in bovengenoemde klassen vallen zijn (alfabetisch gerangschikt): BBF (beta-barrel finder), BETAWARE, BOCTOPUS, BOMP, BTMX (Beta barrel TransMembrane eXposure), HHomp, HMM-B2TMR, OMBBpred, PROFtmb, PRED-TMBB, TMB-Hunt, TBBPred, TMBETAPRED-RBF, TMBHMM, TransFold, TMBpro, TMBKNN, Wimley

BETAWARE: een machine-learning tool om transmembrane beta-barrel eiwitten in prokaryoten te detecteren en voorspellen

Recentelijk ontwikkelden we twee top-presterende methoden gebaseerd op machine-learning benaderingen om zowel de detectie van TMBB’s in eiwitsets als de voorspelling van hun topologie aan te pakken. Hier presenteren we ons BETAWARE programma dat beide benaderingen bevat en als standalone programma op een Linux-gebaseerde computer kan draaien om gemakkelijk grootschalige eiwitannotatie of filtering thuis uit te voeren.

We introduceren een grafentheoretisch model voor het voorspellen van de supersecundaire structuur van transmembraan β-barrel eiwitten – een bijzondere klasse eiwitten die diverse belangrijke functies vervult maar waarvan de structuur moeilijk experimenteel te bepalen is. Dit ab initio model lost het eiwitvouwingprobleem op gebaseerd op pseudo-energiminimalisatie met behulp van een eenvoudige probabilistische filter. Het maakt ook het bepalen mogelijk van structuren waarvan het vat een gegeven permutatie volgt in de rangschikking van β-strengen, en maakt snelle discriminatie van transmembraan β-vaten van andere eiwittypen mogelijk.

BOCTOPUS: verbeterde topologievoorspelling van transmembraan β-barrel eiwitten

Verbetering van de detectie van transmembraan β-barrel ketens met N-to-1 extreme learning machines

We introduceren een nieuwe machine learning benadering voor TMBB detectie gebaseerd op N-to-1 Extreme Learning Machines

TMBHMM: een frequentieprofiel-gebaseerd HMM voor het voorspellen van de topologie van transmembraan beta-barrel eiwitten en de blootstellingsstatus van transmembraan residuen

Hier presenteren we TMBHMM, een computationele methode gebaseerd op een verborgen Markovmodel voor het voorspellen van de structurele topologie van vermoedelijke TMB’s vanuit sequentie. Naast het voorspellen van transmembraanstrengen voorspelt TMBHMM ook de blootstellingsstatus (d.w.z. blootgesteld aan het membraan of verborgen in de eiwitstructuur) van de residuen in het transmembraangebied, wat een nieuw kenmerk is van de TMBHMM methode. Verder kan TMBHMM ook de membraanresiduen voorspellen die geen deel uitmaken van beta-barrel vormende strengen.

Voorspelling van de blootstellingsstatus van transmembraan beta-barrel residuen vanuit eiwitsequentie

We presenteren BTMX (Beta barrel TransMembrane eXposure), een computationele methode om de blootstellingsstatus (d.w.z. blootgesteld aan de bilayer of verborgen in de eiwitstructuur) van transmembraanresiduen in transmembraan beta-barrel eiwitten (TMB’s) te voorspellen.

Gecombineerde voorspelling van transmembraan topologie en signaalpeptide van beta-barrel eiwitten: gebruikmakend van een verborgen Markovmodel en genetische algoritmen

Hier presenteren we een HMM die een transmembraan vat submodel en een SP submodel combineert voor zowel topologie- als SP-voorspellingen. Een nieuw genetisch algoritme (GA) wordt hier gepresenteerd om het model te trainen, terwijl tegelijkertijd het Posterior-Viterbi algoritme wordt gebruikt voor decodering.

In dit werk stellen we een methode voor gebaseerd op radiale basisnetwerken voor het voorspellen van het aantal beta-strengen in OMP’s en het identificeren van hun membraanspannende segmenten.

We hebben een webserver ontwikkeld, TMBETAPRED-RBF, voor het voorspellen van transmembraan beta-strengen vanuit aminozuursequentie en deze is beschikbaar op http://rbf.bioinfo.tw/~sachen/tmrbf.html

We hebben een nieuwe benadering ontwikkeld voor het ontleden van transmembraan beta-barrel eiwitten (TMB’s) in genomische sequenties. De kenmerken omvatten (i) de identificatie van TMB’s met behulp van de voorkeur van residuparen in globulaire, transmembraan helicale (TMH) en TMB’s, (ii) eliminatie van globulaire/TMH eiwitten die meer dan 70% sequentie-identiteit vertonen over 80% van de residuen met bekende structuren, (iii) eliminatie van globulaire/TMH eiwitten die meer dan 60% sequentie-identiteit vertonen met bekende sequenties in SWISS-PROT, en (iv) uitsluiting van TMH eiwitten met behulp van SOSUI, een voorspellingssysteem voor TMH eiwitten.

TMBpro: voorspelling van secundaire structuur, beta-contacten en tertiaire structuur van transmembraan beta-barrel eiwitten

We ontwikkelen een suite (TMBpro) van gespecialiseerde voorspellers voor het voorspellen van secundaire structuur (TMBpro-SS), beta-contacten (TMBpro-CON) en tertiaire structuur (TMBpro-3D) van transmembraan beta-barrel eiwitten.

Dit artikel presenteert een k-nearest neighbor (K-NN) methode voor het onderscheiden van TMB en niet-TMB eiwitten.

In dit artikel worden, gebaseerd op het concept van pseudo aminozuursamenstelling (PseAA) die volgorde-informatie van een eiwitsequentie kan incorporeren om de kracht van discrete modellen aanzienlijk te verbeteren (Chou, K. C., Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2001, 43: 246-255), cellulaire automaten en Lempel-Ziv complexiteit geïntroduceerd om de TM-regio’s van integrale membraaneiwitten, inclusief zowel alfa-helicale als beta-barrel membraaneiwitten, te voorspellen, gevalideerd met jackknife test

We presenteren BOCTOPUS; een verbeterde methode voor de topologievoorspelling van TMB’s door gebruik te maken van een combinatie van support vector machines (SVM’s) en verborgen Markovmodellen (HMM’s). De SVM’s en HMM’s houden respectievelijk rekening met lokale en globale residuvoorkeuren.

PRED-TMBB: een webserver voor het voorspellen van de topologie van beta-barrel buitenmembraaneiwitten

Hier presenteren we een webserver (PRED-TMBB, http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB) die in staat is de transmembraanstrengen en de topologie van beta-barrel buitenmembraaneiwitten van Gram-negatieve bacteriën te voorspellen. De methode is gebaseerd op een verborgen Markovmodel, getraind volgens het Conditional Maximum Likelihood criterium.

Voorspelling van transmembraanregio’s van beta-barrel eiwitten met ANN- en SVM-gebaseerde methoden

Dit artikel beschrijft een methode ontwikkeld voor het voorspellen van transmembraan beta-barrel regio’s in membraaneiwitten met behulp van machine learning technieken: artificiële neurale netwerken (ANN) en support vector machines (SVM). Het ANN dat in deze studie wordt gebruikt is een feed-forward neuraal netwerk met een standaard back-propagatie trainingsalgoritme.

We hebben ook een SVM-gebaseerde methode ontwikkeld met als input een primaire sequentie en bereikten een nauwkeurigheid van 77,4%. Het SVM-model werd aangepast door 36 fysisch-chemische parameters toe te voegen aan de aminozuursequentie-informatie. Ten slotte werden ANN- en SVM-gebaseerde methoden gecombineerd om het volledige potentieel van beide technieken te benutten.

We hebben een webserver ontwikkeld, TBBPred, voor het voorspellen van transmembraan beta-barrel regio’s in eiwitten

Voorspelling van transmembraan beta-barrels in proteomen

Hier introduceren we het ontwerp, de statistieken en resultaten van een nieuw profiel-gebaseerd verborgen Markovmodel voor de voorspelling en discriminatie van TMB’s.

Alle proteoomvoorspellingen en de PROFtmb voorspellingsmethode zijn beschikbaar

Het beta-barrel finder (BBF) programma, waarmee buitenmembraan beta-barrel eiwitten gecodeerd in prokaryotische genomen kunnen worden geïdentificeerd

Hier rapporteren we computationele analyses van zes buitenmembraaneiwitten met bekende 3D-structuren met betrekking tot (1) secundaire structuur, (2) hydrofobiciteit, en (3) amfipathiciteit. Met behulp van deze kenmerken, evenals de aanwezigheid van een N-terminale targetsequentie, werd een programma ontwikkeld waarmee integrale membraan beta-barrel eiwitten gecodeerd in elk volledig gesequenced prokaryotisch genoom kunnen worden voorspeld. Dit programma, beta-barrel finder (BBF) genoemd, werd gebruikt om de eiwitten gecodeerd in het Escherichia coli genoom te analyseren.

Een sequentie-profiel-gebaseerd HMM voor het voorspellen en onderscheiden van beta-barrel membraaneiwitten

We ontwikkelen een HMM-model dat de topologie van beta-barrel membraaneiwitten kan voorspellen met als input evolutionaire informatie. Het model is cyclisch met 6 typen toestanden: twee voor de beta-streng transmembraankern, één voor de beta-streng kap aan beide zijden van het membraan, één voor de binnenste lus, één voor de buitenste lus en één voor de globulaire domeintoestand in het midden van elke lus. De ontwikkeling van een specifieke input voor HMM gebaseerd op multiple sequence alignment is nieuw.

Voorspelling van de transmembraanregio’s van beta-barrel membraaneiwitten met een neuraal netwerk-gebaseerde voorspeller

Een methode gebaseerd op neurale netwerken is getraind en getest op een niet-redundante set beta-barrel membraaneiwitten bekend op atomaire resolutie met een jackknife procedure. De methode voorspelt de topografie van transmembraan beta-strengen met residu-nauwkeurigheid tot 78% wanneer evolutionaire informatie als input wordt gebruikt.

Een webserver gebaseerd op de voorgestelde methode is beschikbaar op http://yanbioinformatics.cs.usu.edu:8080/TMBKNNsubmit.

Voorspelling van driedimensionale structuren van transmembraandomijnen van β-barrel membraaneiwitten

We hebben een computationele methode ontwikkeld voor het voorspellen van structuren van de transmembraandomijnen van β-barrel membraaneiwitten. Gebaseerd op fysische principes kan onze methode structuren voorspellen van de transmembraandomijn van β-barrel membraaneiwitten met nieuwe topologieën, inclusief die van eukaryotische mitochondriën. Onze methode is gebaseerd op een model van fysische interacties, een discrete conformationele toestandsruimte, een empirische potentiaal functie, evenals een model om interstreng lusentropie te verklaren.

Classificatie van blootstellingsstatus van transmembraan beta-barrel residuen

Er bestaan verschillende computationele methoden voor de identificatie van transmembraan beta-barrel eiwitten (TMB’s) vanuit sequentie. Sommige van deze methoden geven ook de transmembraan (TM) grenzen van de vermoedelijke TMB’s. Het doel van deze studie is (1) de propensiteiten van TM residuen om blootgesteld te zijn aan de lipide bilayer af te leiden en (2) de blootstellingsstatus (d.w.z. blootgesteld aan de bilayer of verborgen in de eiwitstructuur) van TMB residuen te voorspellen.

De aangepaste Mahalanobis Discriminant voor het voorspellen van buitenmembraaneiwitten met gebruik van Chou’s pseudo aminozuursamenstelling.

In deze studie wordt een methode gepresenteerd die diversiteitsvermeerdering combineert met aangepaste Mahalanobis Discriminant, genaamd IDQD, om 208 OMP’s, 206 transmembraan helicale eiwitten (TMHP’s) en 673 globulaire eiwitten (GP’s) te voorspellen met gebruik van Chou’s pseudo aminozuursamenstellingen als parameters.

Voorspelling van transmembraan beta-barrels en interstreng residu-interacties vanuit sequentie

Een nieuwe methode die paargewijze interstreng residu statistische potentiaal gebruikt afgeleid van globulaire (niet-buitenmembraan) eiwitten wordt geïntroduceerd om de supersecundaire structuur van transmembraan beta-barrel eiwitten te voorspellen. Het algoritme transFold gebruikt een gegeneraliseerd verborgen Markovmodel (d.w.z. multitape S-attribute grammatica) om potentiële beta-barrel supersecundaire structuren te beschrijven en berekent vervolgens met dynamische programmering de minimum vrije energie beta-barrel structuur.

Voorspelling van de oplosbaarheidsoppervlakte van transmembraan residuen vanuit eiwitsequentie

In deze studie stellen we een nieuwe methode voor om de oplosbare oppervlaktegebieden van transmembraan residuen te voorspellen. Voor zowel transmembraan alfa-helix als beta-barrel residuen liggen de correlatiecoëfficiënten tussen voorspelde en waargenomen toegankelijke oppervlaktegebieden rond 0,65.

BOMP: een programma om integrale beta-barrel buitenmembraaneiwitten gecodeerd in genomen van Gram-negatieve bacteriën te voorspellen

Dit werk beschrijft de ontwikkeling van een programma dat voorspelt of een polypeptide sequentie van een Gram-negatieve bacterie een integraal beta-barrel buitenmembraaneiwit is. Het programma, beta-barrel Outer Membrane protein Predictor (BOMP) genoemd, is gebaseerd op twee afzonderlijke componenten om integrale beta-barrel eiwitten te herkennen. De eerste component is een C-terminale patroon typisch voor veel integrale beta-barrel eiwitten. De tweede component berekent een integraal beta-barrel score van de sequentie gebaseerd op de mate waarin de sequentie stukken aminozuren bevat die typisch zijn voor transmembraan beta-strengen.

Een HMM-gebaseerde methode om de transmembraanregio’s van beta-barrel membraaneiwitten te voorspellen

Een nieuwe methode is ontwikkeld om de transmembraanregio’s van beta-barrel membraaneiwitten te modelleren en voorspellen. Deze is gebaseerd op een verborgen Markovmodel (HMM) met een architectuur die voldoet aan de constructieprincipes van deze eiwitten.

Ten eerste voorspelde een algoritme dat de gemiddelde hydrofobiciteit van één zijde van vermoedelijke beta-strengen berekent de posities van 16 transmembraansegmenten, een structuur die gemeenschappelijk is voor bekende porines. Ten tweede werden buitenlussen typisch voor porines toegewezen met een artificieel neuraal netwerk getraind om de topologie van bacteriële buitenmembraaneiwitten met een dominantie van beta-strengen te voorspellen.

Voorspelling van de membraanspannende beta-strengen van het belangrijkste buitenmembraaneiwit van Chlamydia

Topologievoorspelling van Brucella abortus Omp2b en Omp2a porines na kritische beoordeling van transmembraan beta-streng voorspellingen door verschillende secundaire structuur voorspellingsmethoden

Vier porines met bekende structuur werden


Beschrijf wat het gebruik is van de Theatre softwaretool voor genomische analyse.

Answer: Theatre is een webgebaseerd computersysteem ontworpen voor de vergelijkende analyse van genomische sequenties, vooral met betrekking tot motieven die waarschijnlijk betrokken zijn bij de regulatie van genexpressie. Theatre is een interface naar veelgebruikte sequentie-analysetools en biologische sequentiedatabases om de posities van coderende regio's, repetitieve sequenties en transcriptiefactor-bindingsplaatsen in families van DNA-sequenties te bepalen of te voorspellen. De informatie wordt weergegeven op een manier die gemakkelijk te begrijpen is en patronen kan onthullen die anders mogelijk niet zouden zijn opgemerkt. Naast webgebaseerde output kan Theatre publicatiekwaliteit kleurenafdrukken produceren die voorspelde kenmerken in uitgelijnde genomische sequenties tonen.

Theatre is een webgebaseerd computersysteem ontworpen voor de vergelijkende analyse van genomische sequenties, vooral met betrekking tot motieven die waarschijnlijk betrokken zijn bij de regulatie van genexpressie. Theatre is een interface naar veelgebruikte sequentie-analysetools en biologische sequentiedatabases om de posities van coderende regio's, repetitieve sequenties en transcriptiefactor-bindingsplaatsen in families van DNA-sequenties te bepalen of te voorspellen. De informatie wordt weergegeven op een manier die gemakkelijk te begrijpen is en patronen kan onthullen die anders mogelijk niet zouden zijn opgemerkt. Naast webgebaseerde output kan Theatre publicatiekwaliteit kleurenafdrukken produceren die voorspelde kenmerken in uitgelijnde genomische sequenties tonen.

Theatre: Een softwaretool voor gedetailleerde vergelijkende analyse en visualisatie van genomische sequenties.


Hoe worden CRM (cis-regulatoire modules) gedefinieerd?

Answer: Eukaryote genen worden vaak gereguleerd door meerdere transcriptiefactoren waarvan de bindingsplaatsen dicht bij elkaar liggen en cis-regulatoire modules vormen.

Eukaryote genen worden vaak gereguleerd door meerdere transcriptiefactoren waarvan de bindingsplaatsen dicht bij elkaar liggen en cis-regulatoire modules vormen.

Bij veel soorten, vooral hogere eukaryoten, komen transcriptiefactorbindingsplaatsen vaak voor als homotypische of heterotypische clusters, ook wel cis-regulatoire modules genoemd.

Deze geconserveerde sequentie is daarom voorgesteld als een langafstand, cis-werkende regulator van ledemspecifieke Shh-expressie.

De geconserveerde upstream sequentie kan genexpressie activeren vanuit basale promotoren in het hersenblaasje, hoewel het aanvullende cis-regulatoire sequenties vereist om de CNS-specifieke genexpressie volledig te activeren.

De genomische instructies die gebruikt worden om ontwikkeling te reguleren zijn gecodeerd binnen een set functionele DNA-elementen die cis-regulatoire modules worden genoemd.

Verschillende hulpmiddelen maken het mogelijk om significante co-occurrenties van dicht bij elkaar gelegen bindingsplaatsen (cis-regulatoire modules, CRMs) te detecteren.

Echter, studies over de cis-regulatoire sequenties die de synergistische effecten van deze transcriptiefactoren mediëren worden bemoeilijkt door de beperkte kennis van notochordgenen en cis-regulatoire modules (CRMs) die direct door beide worden getarget.

De identificatie van transcriptiefactorbindingsplaatsen (TFBS's) en cis-regulatoire modules (CRMs) is een cruciale stap in het bestuderen van genexpressie, maar de computationele methode die probeert CRMs te onderscheiden van NCNR's blijft een uitdagend probleem vanwege de beperkte kennis van specifieke betrokken interacties.

Bij eukaryoten wordt transcriptieregulatie meestal gemedieerd door interacties van meerdere transcriptiefactoren (TF's) met hun respectievelijke specifieke cis-regulatoire elementen (CRE's) in de zogenaamde cis-regulatoire modules (CRMs) in DNA.

De transcriptieregulatie van een metazoair gen hangt af van de coöperatieve werking van meerdere transcriptiefactoren die binden aan cis-regulatoire modules (CRMs) gelegen in de buurt van het gen.

Dynamische in vivo binding van transcriptiefactoren aan cis-regulatoire modules van cer en gsc in de stapsgewijze vorming van de Spemann-Mangold organizer.

We identificeerden ook potentiële cis-regulatoire modules (CRMs) gedefinieerd als clusters van geconserveerde TFBS's in het gehele muizengenoom.


Wat is het belangrijkste regulerende molecuul van de SERCA2A-functie in de hartspier?

Answer: De activiteit van SERCA2a wordt gereguleerd door fosforylering van een ander SR-eiwit, fosfolamban (PLN). Fosfolamban (PLB) remt de activiteit van SERCA2a, de Ca(2+)-ATPase in het cardiale sarcoplasmatisch reticulum, door de schijnbare affiniteit van het enzym voor Ca(2+) te verlagen.

Het Ca-transport in het SR wordt gemedieerd door de SR Ca-ATPase (SERCA2a) en zijn regulerende fosfoproteïne, fosfolamban (PLN). Gedefosforyleerd PLN is een remmer van SERCA2a en fosforylering door proteïnekinase A (PKA) of calcium-calmoduline-afhankelijke proteïnekinasen (CAMKII) heft deze remmende effecten op.

De activiteit van SERCA2a kan op meerdere niveaus van een signaalcascade, bestaande uit fosfolamban, worden gereguleerd.

Fosfolamban (PLN), de reversibele remmer van de sarco(endo)plasmatisch reticulum Ca(2+)-ATPase (SERCA2a), is een belangrijke regulator van de Ca(2+)-cyclus in myocyten met een significante rol bij hartfalen.

De sarco(endo)plasmatisch reticulum (SR) Ca(2+)-transport ATPase (SERCA2a) en zijn remmer fosfolamban (PLN) regelen de opname van Ca(2+) door SR-membranen tijdens ontspanning.

fosfolamban (PLN), een spier-specifieke SR Ca(2+)-ATPase (SERCA2a) remmer

Fosfolamban (PLB) is een belangrijk doelwit van de bèta-adrenerge cascade in het hart en functioneert als een endogene remmer van de Ca-ATPase transportactiviteit.

Fosfolamban (PLB) remt de activiteit van SERCA2a, de Ca(2+)-ATPase in het cardiale sarcoplasmatisch reticulum, door de schijnbare affiniteit van het enzym voor Ca(2+) te verlagen.

Er wordt gesuggereerd dat fosfolamban een sleutelregulator is van de Ca-cyclus en contractiliteit van het cardiale sarcoplasmatisch reticulum (SR) en een potentieel therapeutisch doelwit bij het herstellen van de verminderde Ca-cyclus in falende harten.

De activiteit van SERCA2a wordt gereguleerd door fosforylering van een ander SR-eiwit: fosfolamban (PLN). Gedefosforyleerd PLN remt SERCA2a. Fosforylering van PLN door ofwel cAMP- of cGMP-afhankelijke proteïnekinase op Ser16 of door het Ca2+-calmoduline-afhankelijke proteïnekinase (CaMKII) op Thr17 heft deze remming op, wat leidt tot een verhoogde SR Ca2+-opname en SR Ca2+-belasting.

Het verwijderen van een spier-specifieke sarcoplasmatisch reticulum Ca2+ ATPase (SERCA2a) remmer, fosfolamban, herstelde het spectrum van fenotypen die lijken op menselijk hartfalen.

De sarco(endo)plasmatisch reticulum Ca(2+)-transport adenosinetrifosfatase (SERCA2a) en zijn regulator fosfolamban (PLN) spelen een centrale rol in het moduleren van de Ca(2+)-homeostase en daarmee de hartfunctie.


Welk gen is verantwoordelijk voor de ontwikkeling van het Mowat-Wilson syndroom?

Answer: Het Mowat-Wilson syndroom is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het zinc finger E-box-binding homeobox 2 (ZEB2) gen.

De oorzaak van MWS is een de novo mutatie in het ZEB2-gen.

zfhz1b is het veroorzakende gen voor het Mowat-Wilson syndroom, waarbij patiënten ontwikkelingsachterstand en Hirschsprung-ziekte vertonen, evenals andere afwijkingen.

Intrahepatische galwegafwijkingen bij een patiënt met het Mowat-Wilson syndroom onthullen een rol voor het zinc finger homeobox-gen zfhx1b in de ontwikkeling van de galwegen bij gewervelden.

We gebruikten het zebravismodel om te bepalen of zfhx1b een rol speelt in de ontwikkeling van de galwegen bij gewervelden.

Uitgebreide ZEB2-genanalyse voor het Mowat-Wilson syndroom in een Noord-Amerikaanse cohort: een voorgestelde benadering voor moleculaire diagnostiek.

Een geval van Mowat-Wilson syndroom veroorzaakt door een truncerende mutatie binnen exon 8 van het ZEB2-gen.

Alle typische gevallen zijn het gevolg van haplo-insufficiëntie van het ZEB2-gen (ook bekend als ZFHX1B of SIP-1), met inmiddels meer dan 100 verschillende beschreven mutaties.

Ongeveer 80% van de patiënten heeft een nonsense- of frameshiftmutatie die detecteerbaar is door sequencing, de rest heeft grote deleties die een dosisgevoelige test vereisen.

Zes patiënten hadden deleties in het ZEB2-gen, waaronder twee nieuwe gedeeltelijke gen deleties.

Dit rapport, de eerste dergelijke analyse bij Noord-Amerikaanse patiënten, voegt toe aan de groeiende lijst van zowel nieuwe pathogene mutaties geassocieerd met MWS, als andere varianten in het ZEB2-gen. Daarnaast stellen we een economische teststrategie voor.

Nonsense-mutaties van het ZFHX1B-gen bij twee Japanse meisjes met het Mowat-Wilson syndroom.

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een complex van meerdere aangeboren afwijkingen en verstandelijke beperking veroorzaakt door mutaties in het Zinc Finger Homeobox 1 B-gen (ZFHX1B).

Volgens de genanalyse met witte bloedcellen hadden zij nonsense-mutaties in ZFHX1B, respectievelijk R695X en Q433X.

Concluderend is moleculair genetische analyse van ZFHX1B belangrijk voor een definitieve diagnose van MWS, dat een breed fenotypisch spectrum van aangeboren afwijkingen heeft.

Een missense-mutatie in het ZFHX1B-gen geassocieerd met een atypisch Mowat-Wilson syndroom fenotype.

Mutaties die leiden tot haplo-insufficiëntie van het ZFHX1B-gen zijn beschreven als de onderliggende oorzaak van deze aandoening. We rapporteren de klinische bevindingen bij een 2,5-jarige jongen met enkele aspecten buiten het MWS-spectrum, naast ongebruikelijke afwijkingen en een nieuwe missense-mutatie in het ZFHX1B-gen.

Genito-urinaire afwijkingen bij Mowat-Wilson syndroom met deletie/mutatie in het zinc finger homeobox 1B-gen (ZFHX1B).

Het wordt veroorzaakt door mutaties in het zinc finger homeobox 1B-gen, ZFHX1B (SIP1).

Pleiotropische en diverse expressie van ZFHX1B-gentranscripten tijdens muis- en menselijke ontwikkeling ondersteunt de verschillende klinische manifestaties van het "Mowat-Wilson" syndroom.

ZFHX1B codeert voor Smad-interacterend eiwit 1, een transcriptionele corepressor betrokken bij het transforming growth factor beta (TGFbeta) signaalpad.

Mutaties in ZFHX1B veroorzaken een complex ontwikkelingsfenotype gekenmerkt door ernstige verstandelijke beperking (MR) en meerdere aangeboren afwijkingen.

Frameshift-mutatie van het zinc finger homeobox 1 B-gen bij syndromische agenese van het corpus callosum (Mowat-Wilson syndroom).

Mutatieanalyse van het zinc finger homeobox 1 B (ZFHX1B) gen onthulde een de novo 7 bp deletie (TGGCCCC) op nucleotide 1773 (1773 delTGGCCCC) resulterend in een frameshift en leidend tot een stopcodon bij aminozuurresidu 604 (604 X) in exon 8 C.

"Mowat-Wilson" syndroom met en zonder Hirschsprung-ziekte is een distinctief, herkenbaar syndroom van meerdere aangeboren afwijkingen en verstandelijke beperking veroorzaakt door mutaties in het zinc finger homeobox 1B-gen.

Recent werden mutaties in het gen ZFHX1B (SIP1) aangetoond bij patiënten met "syndromische Hirschsprung-ziekte" met verstandelijke beperking (MR) en meerdere aangeboren afwijkingen (MCA), maar het was onduidelijk of Hirschsprung-ziekte een verplicht symptoom is van deze mutaties en of het specifieke gelaatstype beschreven door Mowat et al. [1998: J Med Genet 35: 617-623] specifiek is voor ZFHX1B-mutaties.

Haplo-insufficiëntie van een gen genaamd ZFHX1B (ook bekend als SIP1) op chromosoom 2 is verantwoordelijk voor deze aandoening, en klinische genetische testen voor MWS zijn recent beschikbaar gekomen.

Het Mowat-Wilson syndroom is een recent afgebakende autosomaal dominante ontwikkelingsafwijking, waarbij heterozygote mutaties in het ZFHX1B-gen verstandelijke beperking, vertraagde motorische ontwikkeling, epilepsie en een breed spectrum van klinisch heterogene kenmerken veroorzaken, die wijzen op neurocristopathieën op cephale, cardiale en vagale niveaus.

ZFHX1B-mutaties bij patiënten met het Mowat-Wilson syndroom.

Een vergelijkbare kwestie van differentiële diagnose werd opgeworpen door een grote 4,3 Mb 2q22.3q23.1 deletie die ZEB2 omvat, het gen verantwoordelijk voor het Mowat-Wilson syndroom, waarvan de symptomen kunnen overlappen met RSTS.

Het Mowat-Wilson syndroom is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het zinc finger E-box-binding homeobox 2 (ZEB2) gen.

Op moleculair niveau wordt MWS gekenmerkt door vele verschillende beschreven mutaties in het zinc finger E-box eiwit 2 (ZEB2) gen, die uiteindelijk leiden tot verlies van genfunctie.

Individuen met het Mowat-Wilson syndroom (MWS; OMIM#235730) hebben karakteristieke gelaatskenmerken, diverse aangeboren afwijkingen zoals Hirschsprung-ziekte, en verstandelijke beperkingen veroorzaakt door mutatie of deletie van het ZEB2-gen.

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het ZEB2-gen, zelden prenataal gediagnosticeerd en met weinig gerapporteerde foetale beschrijvingen.

MWS wordt veroorzaakt door de novo heterozygote mutaties in het ZEB2-gen.


Hoe wordt de actieve neurotoxine van Clostridium botulinum gedetecteerd?

Answer:
Actieve neurotoxine van Clostridium botulinum kan worden gedetecteerd door:
muizendodelijkheidstest
massaspectrometrie
bioassay
gedifferentieerde celmodellen
peptide-splitsingsassay
FDC (functionele dubbele coating) microtiterplaat immuno-biochemische assay
endopeptidase-activiteit gemonitord via UV-Vis spectroscopie

De detectie van neurotoxine is gebaseerd op de muizendodelijkheidstest.

wat door bioassay kon worden aangetoond dat het biologisch actieve type B-toxine in cultuur produceert.

Menselijke geïnduceerde pluripotente stamcellen (hiPSC) bieden grote mogelijkheden voor het leveren van verschillende gedifferentieerde celmodellen voor in vitro toxigeniteitstesten.

Een directe vergelijking van BoNT-detectie met behulp van primaire rat ruggenmergcellen en hiPSC-afgeleide neuronen toonde gelijke of verhoogde gevoeligheid aan.

BoNT/A-intoxicatiestudies tonen aan dat de hiPSC-afgeleide neuronen biologisch actieve BoNT/A reproduceerbaar en kwantitatief detecteren met hoge gevoeligheid (EC(50) ∼0,3 U).

Deze gegevens suggereren dat neuronen afgeleid van hiPSC een ideaal en zeer gevoelig platform bieden voor BoNT-potentiebepaling, detectie van neutraliserende antilichamen en voor mechanistische studies.

Detectie van botulinum neurotoxine-A activiteit in voedsel door peptide-splitsingsassay.

Deze studie rapporteert het succesvolle gebruik van een enzymatische assay met een intern gedempte fluorogene peptide als een snelle, eenvoudige en goedkope alternatieve methode voor de muizenbioassay.

De in vivo muizenbioassay is jarenlang de 'gouden standaard' assay geweest die voor dit doel wordt gebruikt.

Cel-gebaseerde assays zijn momenteel de enige in vitro alternatieven die volledig functionele BoNT's in één enkele assay detecteren en worden al jaren voor onderzoeksdoeleinden gebruikt.

De muizenbioassay (MBA) wordt traditioneel gebruikt om de aanwezigheid van toxine in serum of voedsel te bevestigen.

Een nieuwe FDC (functionele dubbele coating) microtiterplaat immuno-biochemische assay,

Dit rapport toont een nieuwe assay die gebruikmaakt van de endopeptidase-activiteit van het toxine om Botulinum neurotoxine in een farmaceutisch monster te detecteren. Het splitsen van SNAP-25 wordt gemonitord via UV-Vis spectroscopie met een detectielimiet van 373 fg/mL en is verder ontwikkeld tot een high-throughput methode met een microplaatlezer die tot 600 fg/mL actief toxine detecteert.


Welke factor werkt samen met Treslin/TICRR gedurende de hele celcyclus van menselijke cellen?

Answer: MDM twee bindingsproteïne (MTBP) is een factor die gedurende de hele celcyclus met Treslin/TICRR samenwerkt. Het uitputten van MTBP door middel van kleine interfererende RNA's remt DNA-replicatie door de assemblage van de CMG (Cdc45-MCM-GINS) holohelikase tijdens het starten van de oorsprong te verhinderen. Hoewel MTBP betrokken is bij de functie van de p53-tumorsuppressor, is het vereist voor DNA-replicatie ongeacht de p53-status van een cel. Er wordt voorgesteld dat MTBP samen met Treslin/TICRR werkt om signalen van de celcyclus en DNA-schade-responsroutes te integreren om de initiatie van DNA-replicatie in menselijke cellen te controleren.

We identificeerden MDM twee bindingsproteïne (MTBP) als een factor die gedurende de hele celcyclus met Treslin/TICRR samenwerkt. We tonen aan dat het uitputten van MTBP door middel van kleine interfererende RNA's DNA-replicatie remt door de assemblage van de CMG (Cdc45-MCM-GINS) holohelikase tijdens het starten van de oorsprong te verhinderen. Hoewel MTBP betrokken is bij de functie van de p53-tumorsuppressor, vonden we dat MTBP vereist is voor DNA-replicatie ongeacht de p53-status van een cel. We stellen voor dat MTBP samen met Treslin/TICRR werkt om signalen van de celcyclus en DNA-schade-responsroutes te integreren om de initiatie van DNA-replicatie in menselijke cellen te controleren.

Treslin/TICRR (TopBP1-interacterend, replicatie stimulerend eiwit/TopBP1-interacterend, checkpoint- en replicatieregulator), het menselijke ortholoog van het gist Sld3-eiwit, is een essentieel DNA-replicatiefactor dat wordt gereguleerd door cycline-afhankelijke kinasen en de DNA-schade-checkpoint. We identificeerden MDM twee bindingsproteïne (MTBP) als een factor die gedurende de hele celcyclus met Treslin/TICRR samenwerkt.


Wat is oprozomib?

Answer: Oprozomib is een proteasoomremmer van de tweede generatie, die zeer selectief is en oraal wordt toegediend, met veelbelovende activiteit tegen multipel myeloom. Oprozomib remde direct de vorming van osteoclasten (OC) en botresorptie in vitro, terwijl het de osteogene differentiatie en matrixmineralisatie bevorderde. Oprozomib verhoogde het trabeculaire botvolume, verminderde botresorptie en versterkte botvorming bij muizen zonder tumoren. Hierdoor lijkt oprozomib effectief de botmicro-omgeving te kunnen verschuiven van een katabole naar een anabole toestand en, vergelijkbaar met bortezomib, kan het skeletcomplicaties van multipel myeloom verminderen. Oprozomib vermindert effectief de levensvatbaarheid van multipel myeloomcellen. Oprozomib remt krachtig de celoverleving en induceert apoptose in HNSCC-celijnen via de opregulatie van pro-apoptotische Bik. De opregulatie van Mcl-1 door deze middelen dempte hun effectiviteit. Oprozomib induceerde ook autofagie, deels gemedieerd door activatie van de UPR-route met opregulatie van de transcriptiefactor ATF4. De inductie van autofagie had een pro-overlevingsrol. Orale toediening van ONX 0912 remde de groei van HNSCC-xenografttumoren op een dosisafhankelijke wijze. Oprozomib remde de expressie van NF-κB.

Carfilzomib en ONX 0912 remmen de celoverleving en tumorgroei van hoofd- en halskanker en hun activiteit wordt versterkt door onderdrukking van Mcl-1 of autofagie.

ONX 0912 (oprozomib) is een oraal bio-beschikbaar derivaat.

Carfilzomib en ONX 0912 induceerden krachtig apoptose in HNSCC-celijnen via opregulatie van pro-apoptotische Bik. De opregulatie van Mcl-1 door deze middelen dempte hun effectiviteit. Carfilzomib en ONX 0912 induceerden ook autofagie, deels gemedieerd door activatie van de UPR-route met opregulatie van de transcriptiefactor ATF4. De inductie van autofagie had een pro-overlevingsrol. Orale toediening van ONX 0912 remde de groei van HNSCC-xenografttumoren op een dosisafhankelijke wijze.

Deze resultaten tonen aan dat carfilzomib en ONX 0912 krachtig actief zijn tegen HNSCC-cellen, en dat de activiteit van deze middelen kan worden versterkt door onderdrukking van Mcl-1 of remming van autofagie. Orale ONX 0912 vertoont in vivo activiteit tegen HNSCC-tumoren en kan een nuttig therapeutisch middel zijn voor deze maligniteit.

De proteasoomremmers van de volgende generatie carfilzomib en oprozomib activeren pro-overlevingsautofagie via inductie van de unfolded protein response (UPR) en ATF4.

We rapporteerden recent de impact en mechanismen van carfilzomib en oprozomib, proteasoomremmers van de tweede generatie met hogere specificiteit en verminderde toxiciteit, tegen hoofd- en halsplaveiselcelcarcinoom (HNSCC). Carfilzomib en oprozomib remmen krachtig de overleving van HNSCC-cellen en de groei van HNSCC-tumoren. Beide verbindingen bevorderen de opregulatie van pro-apoptotische BIK en anti-apoptotische MCL1, die respectievelijk de dodingseffecten van deze proteasoomremmers mediëren en dempen. Beide verbindingen induceren ook een volledige autofagische flux die deels afhankelijk is van activatie van de UPR en opregulatie van ATF4. De door carfilzomib en oprozomib geïnduceerde autofagie bevordert de overleving van HNSCC-cellen. Onze studie geeft aan dat het therapeutisch voordeel van deze veelbelovende proteasoomremmers kan worden verbeterd door remming van MCL1-expressie of autofagie.

Carfilzomib en zijn oraal bio-beschikbare analoog oprozomib verminderden effectief de levensvatbaarheid van MM-cellen na continue of tijdelijke behandeling die de in vivo farmacokinetiek nabootst.

Bij klinisch relevante concentraties remden carfilzomib en oprozomib direct de vorming van osteoclasten en botresorptie in vitro, terwijl ze de osteogene differentiatie en matrixmineralisatie bevorderden. Dienovereenkomstig verhoogden carfilzomib en oprozomib het trabeculaire botvolume, verminderden botresorptie en versterkten botvorming bij muizen zonder tumoren. Ten slotte verminderden de epoxyketon-gebaseerde proteasoomremmers de tumorbelasting van muriene 5TGM1 en humane RPMI-8226 in muismodellen van gedissemineerd multipel myeloom en voorkwamen botverlies. Deze gegevens tonen aan dat carfilzomib en oprozomib, naast hun anti-myelom eigenschappen, effectief de botmicro-omgeving verschuiven van een katabole naar een anabole toestand en, vergelijkbaar met bortezomib, skeletcomplicaties van multipel myeloom kunnen verminderen.

Ten slotte vonden we dat incubatie van dendritische cellen (DC) met het middel de expressie van IκB versterkte en dat oprozomib de expressie van NF-κB remde. We concludeerden dat oprozomib, op basis van zijn activiteit en orale biologische beschikbaarheid, verder onderzoek verdient in een diermodel voor preventie van graft-versus-host ziekte (GvHD).

Carfilzomib en oprozomib werken synergetisch met histon deacetylase-remmers in modellen van hoofd- en halsplaveiselcelcarcinoom met verworven resistentie tegen proteasoomremmers.

Daarnaast hebben nieuwe geneesmiddelklassen veelbelovende activiteit getoond bij recidiverend/refractair multipel myeloom (RR MM), waaronder de oraal toegediende proteasoomremmers ixazomib en oprozomib; monoklonale antilichamen zoals het anti-CS1 monoklonale antilichaam elotuzumab en het anti-CD38 monoklonale antilichaam daratumumab; en histon deacetylase-remmers zoals panobinostat en rocilinostat.

Verder wordt de nieuwe oraal toegediende proteasoomremmer van de tweede generatie oprozomib onderzocht.

De proteasoomremmers van de volgende generatie carfilzomib en oprozomib activeren pro-overlevingsautofagie via inductie van de unfolded protein response en ATF4.

De epoxyketon-gebaseerde proteasoomremmers carfilzomib en oraal bio-beschikbare oprozomib hebben naast anti-myelom effecten ook anti-resorptieve en bot-anabole activiteit.

Daarnaast hebben nieuwe geneesmiddelklassen veelbelovende activiteit getoond bij recidiverend/refractair multipel myeloom, waaronder de oraal toegediende proteasoomremmers ixazomib en oprozomib; monoklonale antilichamen zoals het anti-CS1 monoklonale antilichaam elotuzumab en het anti-CD38 monoklonale antilichaam daratumumab; en histon deacetylase-remmers zoals panobinostat en rocilinostat.

Carfilzomib en zijn oraal bio-beschikbare structurele analoog oprozomib zijn proteasoomremmers van de tweede generatie, die zeer selectief zijn. De mechanismen van verworven resistentie tegen carfilzomib en oprozomib zijn echter nog niet volledig begrepen, en effectieve strategieën om deze resistentie te overwinnen zijn nodig.

Ten slotte vonden we dat incubatie van dendritische cellen met het middel de expressie van IκB versterkte en dat oprozomib de expressie van NF-κB remde. We concludeerden dat oprozomib, op basis van zijn activiteit en orale biologische beschikbaarheid, verder onderzoek verdient in een diermodel voor preventie van graft-versus-host ziekte.

Proteasoomremmers van de volgende generatie omvatten carfilzomib en oprozomib, die irreversibele epoxyketon proteasoomremmers zijn; en ixazomib en delanzomib, die reversibele boronzuur proteasoomremmers zijn. Twee proteasoomremmers, bortezomib en carfilzomib, zijn door de FDA goedgekeurde geneesmiddelen en ixazomib en oprozomib bevinden zich in de laatste fase van klinische onderzoeken.


Is er een relatie tussen junctine en ryanodine-receptoren?

Answer: Ja, junctine bindt aan ryanodine-receptoren binnen het junctionele sarcoplasmatisch reticulum van calciumrelease-eenheden, en werkt normaal gesproken als een activator van RyR-kanalen bij lage luminale [Ca(2+)], en als een remmer bij hoge luminale [Ca(2+)].

Junctine, een 26 kDa intra-sarcoplasmatisch reticulum (SR) eiwit, vormt een quaternaire complex met triadin, calsequestrin en de ryanodine-receptor (RyR) aan het junctionele SR-membraan.

Het verwijderen van junctine lijkt van invloed te zijn op hoe RyR's de SR Ca(2+)-lading 'waarnemen', wat resulteert in een verminderde diastolische SR Ca(2+)-lek ondanks een verhoogde [Ca(2+)](SR).

Enkelkanaalopnames van RyR's uit WT en JCN-KO cardiaal SR geven aan dat de afwezigheid van junctine een dubbel effect heeft op de normaal lineaire respons van RyR's op luminale [Ca(2+)]: bij lage luminale [Ca(2+)] (<1 mmol l(-1)) zijn RyR-kanalen zonder junctine minder responsief voor luminale [Ca(2+)]; omgekeerd maakt hoge luminale [Ca(2+)] ze hypersensitief voor deze vorm van kanaalmodulatie. Zo veroorzaakt junctine complexe effecten op Ca(2+)-vonken, transiënten en lek, maar de luminale [Ca(2+)]-afhankelijke dubbele respons van RyR's zonder junctine toont aan dat junctine normaal gesproken fungeert als activator van RyR-kanalen bij lage luminale [Ca(2+)], en als remmer bij hoge luminale [Ca(2+)].

Normale Ca(2+)-signaaloverdracht in skeletspier is afhankelijk van de membraan-geassocieerde eiwitten triadin en junctine en hun vermogen om functionele interacties te bemiddelen tussen het Ca(2+)-bindende eiwit calsequestrin en de type 1 ryanodine-receptor in het lumen van het sarcoplasmatisch reticulum.

We tonen hier aan dat gezuiverde skelet-ryanodine-receptoren op vergelijkbare wijze worden geactiveerd door gezuiverde triadin of gezuiverde junctine die aan hun luminale zijde worden toegevoegd, hoewel het ontbreken van competitie aangeeft dat de eiwitten op onafhankelijke sites werken. Verrassend genoeg verschilden triadin en junctine aanzienlijk in hun vermogen om informatie over te dragen tussen skeletcalsequestrin en ryanodine-receptoren. Gezuiverde calsequestrin remde junctine/triadin-geassocieerde of junctine-geassocieerde ryanodine-receptoren en de calsequestrin opnieuw geassocieerde kanaalcomplexen werden verder geremd toen luminaal Ca(2+) daalde van 1 mM naar

Door GCaMP6f te fuseren aan de N-terminus van triadin 1 of junctine, werd GCaMP6f-T/J gericht naar dyadische verbindingen, waar het colocaliseerde met t-tubuli en RyR's na adenovirus-gemedieerde genoverdracht.

Het junctionele oppervlak van het jSR, gericht naar de transversale tubuli, wordt bezet door een moleculair complex bestaande uit de transmembrane Ca2+-releasekanalen (ryanodine-receptoren); het luminale eiwit calsequestrin (CSQ); de 2 membraaneiwitten, junctine (Jct) en triadin (Tr), die de CSQ-ryanodine-receptorinteracties mediëren; en verschillende andere componenten.

Calsequestrin, de belangrijkste calciumbuffer in het sarcoplasmatisch reticulum, levert een calciumvoorraad voor vrijgave via de ryanodine-receptor en fungeert als een luminale calciumsensor voor het kanaal via zijn interacties met triadin en junctine. We onderzochten de invloed van fosforylering van calsequestrin op zijn vermogen om calcium op te slaan, te polymeriseren en ryanodine-receptoren te reguleren door binding aan triadin en junctine.

Junctine is een 26 kDa membraaneiwit dat bindt aan calsequestrin, triadin en ryanodine-receptoren (RyR's) binnen het junctionele sarcoplasmatisch reticulum van calciumrelease-eenheden.


Welke medicatie moet worden toegediend bij de behandeling van patiënten met vermoedelijke acute opioïd-overdosis?

Answer: Naloxon is een opioïde-antagonist die moet worden toegediend aan alle patiënten met vermoedelijke acute opioïd-overdosis. Gewoonlijk wordt intraveneus naltrexonhydrochloride toegediend, maar andere formuleringen, waaronder enterale methylnaltrexon, vernevelde naloxon en subcutane naloxon, worden onderzocht en kunnen onder bepaalde omstandigheden worden gebruikt.

Opioïd-overdosis heeft een hoge mortaliteit, maar is vaak omkeerbaar met passende overdosisbehandeling en naloxon (opioïde-antagonist).

Het trainen van clinici in het omgaan met een opioïd-overdosis en het toedienen van naloxon was effectief.

Voor patiënten die dextromethorfan hebben ingenomen en sedatie of coma vertonen, kan naloxon, in de gebruikelijke doses voor de behandeling van opioïd-overdosis, worden overwogen voor prehospitale toediening, vooral als de patiënt ademhalingsdepressie heeft.

Naloxonhydrochloride, een injecteerbare opioïde-antagonist die de ademhalingsdepressie, sedatie en hypotensie geassocieerd met opioïden omkeert, wordt al lange tijd gebruikt voor de behandeling van opioïd-overdosis.

Experts hebben voorgesteld dat naloxon, als onderdeel van een uitgebreide overdosispreventiestrategie, aan heroïnegebruikers moet worden verstrekt voor toediening door peers na een overdosis.

Patiënten die naloxon kregen voor bekende of vermoedelijke opioïd-overdosis werden formeel geëvalueerd één uur later op meerdere potentiële voorspellende variabelen.

Patiënten met vermoedelijke opioïd-overdosis kunnen veilig worden ontslagen één uur na toediening van naloxon.

Om te bepalen of naloxon dat i.v. wordt toegediend aan patiënten buiten het ziekenhuis met vermoedelijke opioïd-overdosis een snellere therapeutische werking heeft dan naloxon dat subcutaan (s.q.) wordt gegeven.

De proefpersonen kregen ofwel naloxon 0,4 mg i.v. (n = 74) of naloxon 0,8 mg s.q. (n = 122), bij ademhalingsdepressie van <10 ademhalingen/min.

Er was geen klinisch verschil in het tijdsinterval tot een ademhalingsfrequentie van ≥10 ademhalingen/min tussen naloxon 0,8 mg s.q. en naloxon 0,4 mg i.v. voor de behandeling buiten het ziekenhuis van patiënten met vermoedelijke opioïd-overdosis.

Om dit probleem te illustreren rapporteren we de casus van een patiënt die onjuist werd behandeld met naloxon en de resultaten van een retrospectieve beoordeling van de medische dossiers van 15 opeenvolgende kankerpatiënten die naloxon kregen op de spoedeisende hulp gedurende een periode van 5 maanden.

De behandeling van opioïd-overdosis, of deze nu illegaal of iatrogeen is, vereist het snelle en vaardige gebruik van opioïde-antagonisten.

Het aandeel clinici dat bereid was naloxon te gebruiken bij een opioïd-overdosis steeg van 77% naar 99% na training. Belemmeringen voor het implementeren van training waren de tijd en het vertrouwen van de clinici, de middelen van de dienst, de bereidheid van cliënten en de naloxonformulering.

Opioïd-overdosis is zelden de primaire oorzaak van een veranderde mentale status bij kankerpatiënten die opioïde therapie krijgen. Het onjuist toedienen van naloxon om een abnormale mentale status te keren kan ernstige ontwenningsverschijnselen en pijn veroorzaken.


In welke nucleaire compartimenten bevindt heterochromatine zich?

Answer: Dit compartiment lokaliseert zich in drie hoofdregio's: het perifere heterochromatine, perinucleolair heterochromatine en pericentromerisch heterochromatine. Stillegging lijkt geassocieerd te zijn met trimethylatie van histon H3 lysine 9 (H3K9me3), DNA-methylatie en de lokalisatie van het stilgelegde gen naar een specifiek nucleair compartiment dat verrijkt is met deze modificaties

Dit compartiment lokaliseert zich in drie hoofdregio's: het perifere heterochromatine, perinucleolair heterochromatine en pericentromerisch heterochromatine

Door cellen te scheiden op basis van transgene expressie tonen we hier aan dat stillegging lijkt geassocieerd te zijn met trimethylatie van histon H3 lysine 9 (H3K9me3), DNA-methylatie en de lokalisatie van het stilgelegde gen naar een specifiek nucleair compartiment dat verrijkt is met deze modificaties

De celkern is verdeeld in chromosoomterritoria en het extrachromosomale domein. Dit laatste omvat verschillende structurele en functionele compartimenten die betrokken zijn bij RNA-verwerking en -transport.

We beschrijven ook een nieuw apocentrisch nucleair compartiment met een unieke set histonmodificaties dat voorkomt als een zone van chromatine rondom pericentromerisch heterochromatine in gedifferentieerde lymfocyten.

Er is weinig bekend over de mechanismen van gen targeting binnen de kern en het effect daarvan op genexpressie, maar de meeste studies concluderen dat genen die zich nabij de nucleaire periferie bevinden, worden stilgelegd door heterochromatine

Na behandeling met TSA en NaBt werden de HP1-eiwitten meer intern in de kern gepositioneerd, waarbij ze nauw geassocieerd waren met interchromatine compartimenten, terwijl pericentromerisch heterochromatine dichter bij de nucleaire periferie werd verplaatst

Rekening houdend met de verschillende heterochromatische en euchromatische compartimenten van het genoom, suggereren onze gegevens dat de relatieve overvloed van Ty3/gypsy LTR's langs elke chromosoomarm voornamelijk wordt bepaald door de verschillende verhoudingen van heterochromatine, met name pericentromerisch heterochromatine, ten opzichte van de totale arm lengte


Zijn er mutaties in het ZEB2-gen gevonden bij een menselijk syndroom?

Answer: Ja, het Mowat-Wilson syndroom

Het Mowat-Wilson syndroom is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het zinc finger E-box-binding homeobox 2 (ZEB2) gen

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS; OMIM#235730) heeft karakteristieke gelaatskenmerken, een verscheidenheid aan aangeboren afwijkingen zoals Hirschsprung ziekte, en verstandelijke beperkingen veroorzaakt door mutatie of deletie van het ZEB2-gen.

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het ZEB2-gen

MWS wordt veroorzaakt door de novo heterozygote mutaties in het ZEB2-gen

De oorzaak van MWS is een de novo mutatie in het ZEB2-gen

MWS heeft een heterozygote verlies-van-functie mutatie in het zinc finger E-box eiwit 2 (ZEB2) gen, ook wel SIP1 (Smad-interacting protein 1) en ZFHX1B genoemd,

bij het menselijke Mowat-Wilson syndroom suggereren we dat deletie van ZEB2 verantwoordelijk is voor de meeste effecten van de mutatie

Mutaties op de hZeb2 locus veroorzaken het Mowat-Wilson syndroom (MWS)

Mowat-Wilson syndroom en een mutatie in ZEB2

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) wordt veroorzaakt door een heterozygote mutatie of deletie van het ZEB2-gen

Het syndroom wordt veroorzaakt door mutaties of deleties van het ZEB2-gen

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een autosomaal dominant syndroom met verstandelijke beperking

Verlies van één kopie van het ZEB2-gen op 2q22.3 consistent met het Mowat-Wilson syndroom

Mowat-Wilson syndroom, bevestigd door moleculaire analyse als een heterozygote deletie van het ZEB2-gen.

Deletie die ZEB2 omvat, het gen verantwoordelijk voor het Mowat-Wilson syndroom

Zes patiënten hadden deleties in het ZEB2-gen

Analyse van het ZEB2-gen voor het Mowat-Wilson syndroom

Een Mowat-Wilson syndroom (MWS) achtige verschijning werd opgemerkt. De ziekte wordt veroorzaakt door mutatie of deletie van het ZEB2-gen

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS; OMIM #235730) is een genetische aandoening veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties van het ZEB2-gen

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een autosomaal dominant ontwikkelingsstoornis met verstandelijke beperking en variabele meerdere aangeboren afwijkingen door mutaties in het ZEB2 (ZFHX1B)

MWS wordt veroorzaakt door heterozygote mutaties of deleties in het Zinc finger E-box-binding homeobox 2 gen, ZEB2, voorheen ZFHX1B (SIP1)

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een complex van meerdere aangeboren afwijkingen en verstandelijke beperking veroorzaakt door mutaties in het Zinc Finger Homeobox 1 B gen (ZFHX1B)

Het ZFHX1B-gen, waarvan bekend is dat het betrokken is bij het Mowat-Wilson syndroom

De novo heterozygote mutaties of deleties van het ZFHX1B-gen gelegen op 2q22

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een recent beschreven verstandelijke beperking (MR)-meerdere aangeboren afwijkingen syndroom

FHX1B-mutaties bij patiënten met het Mowat-Wilson syndroom

Mutaties die leiden tot haplo-insufficiëntie van het ZFHX1B-gen

Mutatie in het ZFHX1B-gen geassocieerd met een atypisch Mowat-Wilson syndroom fenotype

ZFHX1B-mutatie geassocieerd met een mild Mowat-Wilson syndroom

Patiënten met mutaties of deleties in het zinc finger homeobox 1B (ZFHX1B) ontwikkelen meerdere aangeboren afwijkingen inclusief Hirschsprung ziekte, bekend als het Mowat-Wilson syndroom (MWS)

Heterozygote mutaties of deleties die het ZFHX1B-gen (voorheen SIP1) [OMIM 605802] betreffen, zijn recentelijk gevonden als oorzaak van MWS

ZFHX1B deleties, splice site of truncerende mutaties werden gedetecteerd in alle 28 patiënten geclassificeerd als typisch MWS

Mowat-Wilson syndroom met deletie/mutatie in het zinc finger homeobox 1B gen (ZFHX1B)

Mutaties in het zinc finger homeobox 1B gen, ZFHX1B (SIP1)

ZFHX1B gen transcripties tijdens muis- en menselijke ontwikkeling ondersteunen de verschillende klinische manifestaties van het "Mowat-Wilson" syndroom

ZFHX1B-mutaties veroorzaken een complex ontwikkelingsfenotype gekenmerkt door ernstige verstandelijke beperking (MR) en meerdere aangeboren afwijkingen

Mutatie van het zinc finger homeobox 1 B gen in syndromale corpus callosum agenesie (Mowat-Wilson syndroom)

Het syndroom is het resultaat van heterozygote deleties of truncerende mutaties van het ZFHX1B (SIP1) gen

Mensen met Zfhx1b-mutaties (Mowat-Wilson syndroom)

Het syndroom ontstaat als gevolg van heterozygote mutaties of deleties in het zinc finger E-box-binding homeobox 2 gen, ZEB2, voorheen ZFHX1B (SIP1)

Het Mowat-Wilson syndroom (MWS) is een recent beschreven verstandelijke beperking;

Het Mowat-Wilson syndroom is een aangeboren syndroom veroorzaakt door een defect in de transcriptie-repressor ZFHX1B (SIP1)

Patiënten met het Mowat-Wilson syndroom en alle broers en zussen hadden dezelfde E87X nonsense mutatie in ZFHX1B


Welke enzymen zijn betrokken bij globale genoom nucleotide excisieherstel (GG-NER) in bacteriën?

Answer: Nucleotide excisieherstel (NER) wordt universeel gebruikt om vele soorten DNA-schade te herkennen en te verwijderen. Bij eubacteriën bestaat het NER-systeem doorgaans uit UvrA, UvrB, UvrC, de UvrD helicase, DNA-polymerase I en ligase. Schadeherkenning tijdens bacterieel NER is afhankelijk van UvrA, dat aan de schade bindt en UvrB op het DNA laadt. Vervolgens vormen UvrA, UvrB en UvrC het excinuclease-eiwit UvrABC endonuclease, een multi-enzymatisch complex dat het herstel van beschadigd DNA in een opeenvolgende volgorde uitvoert. In sommige gevallen kan Cho het effectieve nuclease voor NER zijn, in plaats van UvrC. UvrC nuclease en het korte oligonucleotide dat de DNA-laesie bevat, worden verwijderd uit het post-incisiecomplex door UvrD, een superfamilie 1A helicase. Bij gram-positieve organismen kan PcrA helicase ook UvrC en het uitgesneden oligonucleotide verdrijven uit een post-incisie NER-complex.

We evalueerden de in vivo rol van NER bij het herstel van DNA-adducten die worden gegenereerd door psoralenen (mono- of bifunctioneel) en UV-A licht (PUVA) in E. coli. Culturen van wildtype E. coli K12 en mutanten voor uvrA, uvrB, uvrC of uvrAC genen werden behandeld met PUVA en de overleving van cellen werd bepaald.

Nucleotide excisieherstel (NER) wordt universeel gebruikt om vele soorten DNA-schade te herkennen en te verwijderen. Bij eubacteriën bestaat het NER-systeem doorgaans uit UvrA, UvrB, UvrC, de UvrD helicase, DNA-polymerase I en ligase.

Tijdens nucleotide excisieherstel (NER) in bacteriën worden het UvrC nuclease en het korte oligonucleotide dat de DNA-laesie bevat, verwijderd uit het post-incisiecomplex door UvrD, een superfamilie 1A helicase.

UvrD interageert met UvrB, een component van het post-incisiecomplex.

PcrA helicase van Bacillus stearothermophilus kan ook UvrC en het uitgesneden oligonucleotide verdrijven uit een post-incisie NER-complex, wat de gedachte ondersteunt dat PcrA een UvrD-achtige functie vervult tijdens NER in gram-positieve organismen.

Cho lijkt in plaats van UvrC een effectief nuclease te zijn voor het NER van DNA-proteïne crosslinks (DPCs).

Nucleotide excisieherstel bestaat uit het excinuclease-eiwit UvrABC endonuclease, een multi-enzymatisch complex dat het herstel van beschadigd DNA in een opeenvolgende volgorde uitvoert.

Escherichia coli K12 mutantstammen die deficient zijn in nucleotide excisieherstel (NER) werden blootgesteld aan toenemende concentraties cisplatine, en de resultaten toonden aan dat uvrA en uvrB mutanten gevoelig zijn voor dit middel, terwijl uvrC en cho mutanten gelijk bleven aan de wildtype stam.

We gebruikten een genetische benadering om de rollen van componenten van het nucleotide excisieherstel (NER) pad in H. pylori mutatie en recombinatie te onderzoeken. RESULTATEN: Inactivatie van een van de vier uvr-genen verhoogde sterk de gevoeligheid van H. pylori voor DNA-schade door ultraviolet licht. Inactivatie van uvrA en uvrB verminderde significant de mutatiefrequenties, terwijl alleen de uvrA-deficiënte mutant een significante afname van de recombinatiefrequentie vertoonde na natuurlijke transformatie. Een uvrC-mutant toonde geen significante veranderingen in mutatie- of recombinatiesnelheden; echter, inactivatie van uvrC bevorderde de incorporatie van significant langere fragmenten donor-DNA (2,2-voudige toename) in het ontvangerchromosoom. Een deletie van uvrD induceerde een hyperrecombinatie fenotype.

Transcriptie-gekoppeld DNA-herstel (TCR) is een subpad van nucleotide excisieherstel (NER) die wordt geactiveerd wanneer RNA-polymerase wordt geblokkeerd door DNA-schade. Laesies die door TCR worden gericht, worden sneller hersteld dan laesies die worden hersteld door het transcriptie-onafhankelijke "globale" NER-pad, maar het mechanisme achter deze snelheidsverhoging is niet begrepen. Schadeherkenning tijdens bacterieel NER is afhankelijk van UvrA, dat aan de schade bindt en UvrB op het DNA laadt. Bacteriële TCR vereist daarnaast het Mfd-eiwit, een DNA-translocase die de vastgelopen transcriptiecomplexen verwijdert.


Is JTV519 (K201) een potentieel medicijn voor de preventie van hartritmestoornissen?

Answer: Ja, JTV519 heeft antiaritmische eigenschappen.

We vergeleken het onderdrukkende effect van K201 (JTV519), een multikanaalblokker en stabilisator van de cardiale ryanodine receptor-calciumreleasekanaal (RyR2), met dat van diltiazem, een Ca(2+)-kanaalblokker, in 2 studies van isoproterenol-geïnduceerde (n = 30) en ischemie-reperfusie-geïnduceerde ventriculaire aritmieën (VA's) (n = 38) bij ratten.

Na toediening van isoproterenol onder Ca(2+)-belasting traden vaak fatale VA's op in de controlegroep (9 van 10 dieren, 90%) en diltiazemgroep (8 van 10, 80%), terwijl K201 de incidentie van aritmieën en mortaliteit significant onderdrukte (2 van 10, 20%). In de reperfusie-studie werden de incidentie en de tijd tot het optreden van reperfusie-geïnduceerde VA en mortaliteit significant onderdrukt in de K201-groep (2 van 15 dieren, 13%) en diltiazemgroep (1 van 9 dieren, 11%) vergeleken met de controlegroep (8 van 14 dieren, 57%).

K201 onderdrukte zowel de isoproterenol-geïnduceerde als de reperfusie-geïnduceerde VA's sterk, terwijl diltiazem de isoproterenol-geïnduceerde VA niet onderdrukte.

JTV519 (K201) is een nieuw ontwikkeld 1,4-benzothiazepine-medicijn met antiaritmische en cardioprotectieve eigenschappen. Het lijkt zeer effectief te zijn, niet alleen in het voorkomen, maar ook in het omkeren van karakteristieke myocardiale veranderingen en het voorkomen van dodelijke aritmieën.

Het nieuwe antiaritmische medicijn K201 (4-[3-{1-(4-benzyl)piperidinyl}propionyl]-7-methoxy-2,3,4,5-tetrahydro-1,4-benzothiazepine monohydrochloride) is momenteel in ontwikkeling voor de behandeling van atriumfibrilleren. K201 reguleert niet alleen de intracellulaire calciumafgifte via de ryanodine-receptoren, maar bezit ook een ventriculaire werking die mogelijk kan leiden tot torsade de pointes-aritmieën.

De RyR wordt momenteel gebruikt als therapeutisch doelwit bij maligne hyperthermie, waarbij dantroleen effectief is, en om ventriculaire aritmieën te verlichten met het gebruik van JTV519 en flecainide.

Tot slot voorkomen KN-3 en JTV519, twee verbindingen die RyR2 in de gesloten toestand stabiliseren, de inductie van getriggerde activiteit en onderdrukken ze de opwekbaarheid van aanhoudend atriumfibrilleren.

JTV-519 verminderde sterk de frequentie van ouabaïne-geïnduceerde aritmogene gebeurtenissen.

Stabilisatie van RyR2 door JTV-519 vermindert effectief deze getriggerde aritmieën.

Deze bevindingen kunnen het antiaritmische potentieel van K201 onthullen.

De voorkeur voor ryanodine receptor-stabilisator (K201) bezit antiaritmische effecten via calciumregulatie.

Het medicijn K201 (JTV-519) verhoogt de inotropie en onderdrukt aritmieën in falende harten, maar de effecten van K201 op normale harten zijn onbekend.

K201 faalt in het voorkomen van DAD's in RyR2(R4496C+/-) myocyten en ventriculaire aritmieën in RyR2(R4496C+/-) muizen.

In vivo toediening van K201 faalde in het voorkomen van inductie van polymorfe ventriculaire tachycardie (VT) in RyR2(R4496C+/-) muizen.

De 1,4-benzothiazepine JTV519, die de bindingsaffiniteit van calstabin-2 voor RyR2 verhoogt, remde het diastolische SR Ca2+-lek, monophasische actiepotentiaal-alternans en getriggerde aritmieën.

Bij aritmieën voorkwam de calstabin2-stabilisator JTV519 geen aritmieën in calstabin2-/- muizen, maar verminderde de aritmieën in calstabin2+/- muizen, wat het antiaritmische potentieel van het stabiliseren van calstabin2 illustreert.

In drie modellen van aritmieën voorkwam de calstabin2-stabilisator JTV519 geen aritmieën in calstabin2(-/-) muizen, maar verminderde de aritmieën in calstabin2(+/-) muizen, wat het antiaritmische potentieel van het stabiliseren van calstabin2 illustreert.

Een derivaat van 1,4-benzothiazepine (JTV519) verhoogde de affiniteit van calstabin2 voor RyR2, wat de gesloten toestand van RyR2 stabiliseerde en het Ca2+-lek voorkwam dat aritmieën triggert.

JTV-519 had significante beschermende effecten op atriumfibrilleren in het hondelijk model van steriele pericarditis, voornamelijk door het verlengen van de effectieve refractaire periode, wat suggereert dat het potentieel heeft als nieuw antiaritmisch middel voor atriumfibrilleren.

JTV-519 verminderde het gemiddelde aantal episodes van aanhoudend atriumfibrilleren significant (van 4,2 +/- 2,9 naar 0 +/- 0, P < 0,01).

We concluderen dat JTV-519 antiaritmische effecten kan uitoefenen tegen AF door het remmen van repolariserende K(+)-stromen. Het medicijn kan nuttig zijn voor de behandeling van AF bij patiënten met ischemische hartziekte.


Wat is het mechanisme van microRNA-deregulatie in carcinogenese?

Answer: MicroRNAs (miRNA's) zijn endogene niet-eiwit-coderende enkelstrengs RNA's (19–25 nucleotiden lang) die worden gevormd door de splitsing van grotere niet-coderende RNA's door het ribonuclease III-enzym Dicer. Ze worden onderdeel van het RNA-geïnduceerde stilleggingscomplex en reguleren genexpressie negatief door te binden aan de homoloog 3'-UTR-regio van doelwit eiwit-coderende mRNA's als een imperfecte match, wat leidt tot translatie-repressie of afbraak. Ongeveer een derde van de eiwit-coderende genen is vatbaar voor miRNA-regulatie. Toenemend bewijs wijst erop dat gedereguleerde miRNA-expressie geassocieerd is met het ontstaan en de progressie van verschillende menselijke kankers. Daarom kunnen kanker-geassocieerde miRNA's (CA-miRNA's) doelwitgenen reguleren door te functioneren als "oncogenen" of "tumor suppressor miRNA's (TS-miRNA's)". In lijn hiermee zijn talrijke kankers (bijv. borst-, long-, slokdarm-, prostaat-, alvleesklier-, maag- en dikkedarmkanker) geclassificeerd op basis van hun unieke miRNA-expressieprofiel.

MicroRNAs zijn een klasse van kleine niet-coderende RNA's die genexpressie negatief reguleren door interactie met de 3'UTR van eiwit-coderende mRNA. MicroRNAs zijn betrokken bij vrijwel alle belangrijke biologische en cellulaire processen, en recente bevindingen koppelen microRNA-deregulatie verder aan menselijke carcinogenese.

MiR-657 bevordert tumorvorming in hepatocellulair carcinoom door transducin-like enhancer protein 1 te targeten via NF-κB routes.

MicroRNAs (miRNA's), kleine niet-coderende RNA's, zijn betrokken bij diverse biologische functies en carcinogenese.

Bovendien toonden we aan dat miR-106b de expressie van APC verlaagt door direct te binden aan de 3'-ongetransleerde regio van APC messenger RNA.

Verder bieden miRNA's een mechanisme waarmee genen met diverse functies in meerdere routes gelijktijdig post-transcriptioneel kunnen worden gereguleerd. Er is echter weinig bekend over de kanker-gerelateerde routes waarmee kanker-geassocieerde miRNA's (CA-miRNA's) deze processen reguleren, die zowel positieve als negatieve functies in carcinogenese kunnen vertegenwoordigen.

MicroRNAs, bekend als kleine niet-coderende miRNA's van 19 tot 24 nt lang, zijn belangrijke genregulatoren en worden erkend als sleutelspelers in carcinogenese. Het mechanisme berust op het feit dat miRNA's kunnen binden aan hun doel-mRNA en vervolgens leiden tot afbraak van het doel-mRNA of repressie van de translatie. Bioinformatica-analyse geeft aan dat elk miRNA honderden gen-doelen kan reguleren en functioneel kan dienen als "oncogenen" of "tumor suppressorgenen", en daardoor meerdere cellulaire processen relevant voor carcinogenese en kankerprogressie kan reguleren.

microRNAs (miRs) zijn endogene kleine niet-coderende RNA's die abnormaal tot expressie komen in diverse carcinomen.

Hoewel gedereguleerde miRNA-expressieniveaus in veel tumoren zijn gedetecteerd, is het onbekend of functionele miRNA-impairment ook betrokken is bij carcinogenese.

In de afgelopen jaren zijn microRNAs (miRNA's) naar voren gekomen als nieuwe moleculaire spelers betrokken bij carcinogenese. Deregulatie van miRNA-expressie is aangetoond in verschillende menselijke kankers, maar het moleculaire mechanisme achter de verandering in miRNA-expressie is onbekend.

Dit zijn microRNAs (miRNA's), een klasse van niet-coderende RNA's van 20-23 nucleotiden lang, die genexpressie van downstream doelgenen (inclusief transcriptiefactoren, oncogenen en tumorrepressorgenen) op post-transcriptioneel niveau kunnen op- of neerreguleren. Sommige leden van deze nieuwe klasse genen lijken het potentieel te hebben om gelijktijdig als oncogenen of tumorrepressorgenen te fungeren, afhankelijk van de moleculaire micro-omgeving van de cel.

MicroRNAs kunnen ook worden beïnvloed door chromosomale afwijkingen en zo bijdragen aan carcinogenese.

Regulatie van hepatocarcinogenese door microRNAs.

miR-106b verlaagt de expressie van adenomatous polyposis coli en bevordert celproliferatie in menselijk hepatocellulair carcinoom.

In combinatie met eerdere kankeronderzoeken onthulde de analyse van de relevantie tussen functies van CA-miRNA's en kanker-gerelateerde routes die verschillende interne carcinogenese stimuli onderzoeken ook het potentieel van de top vijf routes om kernprocessen van carcinogenese te reguleren.

Het androgenenpad stimuleert de transcriptie van microRNA-216a om het tumorrepressorgen in longkanker-1 te onderdrukken in vroege hepatocarcinogenese.

MicroRNA-375 target AEG-1 in hepatocellulair carcinoom en onderdrukt de groei van leverkankercellen in vitro en in vivo.

MicroRNAs (miRNA's) worden verondersteld fundamentele rollen te spelen in tumorvorming en hebben groot potentieel voor diagnose en behandeling van kanker. De rollen van miRNA's in hepatocellulaire carcinogenese zijn echter nog niet volledig opgehelderd.

Steeds meer bewijs wijst erop dat deregulerende microRNAs (miRNA's) bijdragen aan tumorvorming.

ONGETEKEND: Deregulatie van microRNAs (miRNA's) is gebruikelijk in gevorderd menselijk hepatocellulair carcinoom (HCC); echter zijn de miRNA's die betrokken zijn bij vroege carcinogenese nog niet onderzocht.


Welk type GTPases is vereist voor aminozuurafhankelijke activatie van mTORC1?

Answer: Heterodimere Rag GTPases zijn vereist voor aminozuurgemedieerde activatie van mTORC1 bij het lysosoom

mTORC1 bevordert groei als reactie op de beschikbaarheid van voedingsstoffen, zoals aminozuren, die mTORC1 naar het lysosomale oppervlak drijven, de plaats van activatie. Hoe aminozuurniveaus aan mTORC1 worden doorgegeven, komt pas recentelijk aan het licht door de ontdekking van een lysosoom-gebaseerd signaalmechanisme bestaande uit Rags (Ras-gerelateerde GTPases) en Ragulator v-ATPase, GATOR (GAP-activiteit richting Rags) en folliculine (FLCN) complexen

Het mechanistische doelwit van rapamycine complex 1 (mTORC1) kinase is een belangrijke regulator van celgroei die reageert op talrijke omgevingssignalen. Een belangrijke input zijn aminozuren, die via de heterodimere Rag GTPases (RagA of RagB gebonden aan RagC of RagD) werken om de translocatie van mTORC1 naar het lysosomale oppervlak, de plaats van activatie, te bevorderen

De heterodimere Rag GTPases lokaliseren mTORC1 naar lysosomen door hun aminozuurafhankelijke interactie met het lysosomale Ragulator-complex.

Deze nieuwe bevindingen definiëren het lysosoom als een werkingsplaats voor FLCN en geven een cruciale rol aan FLCN in de aminozuurafhankelijke activatie van mTOR via zijn directe interactie met de RagA/B GTPases.

Activatie van het mammalische doelwit van rapamycine complex 1 (mTORC1) door aminozuren wordt deels gemedieerd door de Rag GTPases, die binden aan de raptor-subunit van mTORC1 op een door aminozuren gestimuleerde wijze en de interactie van mTORC1 met Rheb-GTP, de directe activator, bevorderen

De Rag GTPases interageren met mTORC1 en signaleren aminozuurvolledigheid door de translocatie van mTORC1 naar het lysosomale oppervlak, de plaats van activatie, te bevorderen

Aminozuren stimuleren de activatie van mTORC1 bij het lysosoom op een wijze die vermoedelijk afhankelijk is van de Rag kleine guanosinetrifosfatasen (GTPases), het Ragulator-complex en de vacuolaire H(+)-adenosinetrifosfatase (v-ATPase)

Heterodimere Rag GTPases zijn vereist voor aminozuurgemedieerde activatie van mTORC1 bij het lysosoom.

Aminozuren stimuleren, op een Rag-, Ragulator- en vacuolaire adenosinetrifosfatase-afhankelijke wijze, de translocatie van mTORC1 naar het lysosomale oppervlak, waar het interacteert met zijn activator Rheb.

Interessant is dat p62 colocaliseert met Rags in het lysosomale compartiment en vereist is voor de interactie van mTOR met Rag GTPases in vivo en voor de translocatie van het mTORC1-complex naar het lysosoom, een cruciale stap voor mTOR-activatie.

Onze resultaten geven aan dat FLCN specifiek vereist is voor de aminozuurgestimuleerde rekrutering van mTORC1 naar lysosomen door Rag GTPases.

Mutatie van LRS aminozuurresiduen die belangrijk zijn voor leucinebinding maakt de mTORC1-route ongevoelig voor intracellulaire aminozuurniveaus. We tonen aan dat LRS direct bindt aan Rag GTPase, de mediator van aminozuursignalering naar mTORC1, op een aminozuurafhankelijke wijze en functioneert als een GTPase-activerend eiwit (GAP) voor Rag GTPase om mTORC1 te activeren.


In welke genomische regio's zijn Alu-elementen verrijkt?

Answer: Er zijn regio's zoals de vier homeobox-genclusters, die vrijwel vrij zijn van deze herhalingen, wat contrasteert met herhalingsrijke regio's in andere transcriptioneel actieve delen van het genoom. Alu-elementen zijn meer geclusterd in genen die betrokken zijn bij metabolisme, transport en signaalprocessen. Daarentegen zijn ze aanzienlijk minder aanwezig in genen die coderen voor componenten van informatiepaden en structurele eiwitten. Deze voorkeur in de distributie van Alu is onafhankelijk van het effect van de Alu-dichtheid in de omliggende genomische regio en wordt ook niet beïnvloed door het GC-gehalte van het gen en de upstream- en downstream-regio's.

Er zijn regio's zoals de vier homeobox-genclusters, die vrijwel vrij zijn van deze herhalingen, wat contrasteert met herhalingsrijke regio's in andere transcriptioneel actieve delen van het genoom.

Deze elementen zijn meer geclusterd in genen die betrokken zijn bij metabolisme, transport en signaalprocessen. Daarentegen zijn ze aanzienlijk minder aanwezig in genen die coderen voor componenten van informatiepaden en structurele eiwitten.

Deze voorkeur in de distributie van Alu is onafhankelijk van het effect van de Alu-dichtheid in de omliggende genomische regio en wordt ook niet beïnvloed door het GC-gehalte van het gen en de upstream- en downstream-regio's.

De relatieve verhoudingen van Alu-subfamilies (Alu J, Alu S en Alu Y) verschillen niet significant in genen met een hoge Alu-dichtheid die behoren tot de functionele categorieën transport, metabolisme en signalering.

Wij suggereren dat Alu-elementen betrokken kunnen zijn bij regulerende mechanismen en daarom differentieel geselecteerd worden in primatengenomen.

Sequentieanalyse toonde aan dat deze "jonge" Alu-inserties genconversie-evenementen vertegenwoordigden van reeds bestaande oude Alu-elementen of onafhankelijke parallelle inserties van oudere Alu-elementen in dezelfde genomische regio.

Deze studie suggereert dat de meerderheid van Alu-inserties in primatengenomen het resultaat zijn van unieke evolutionaire gebeurtenissen.

Onze screening van de Alu-insertieloci resulteerde ook in het terugvinden van verschillende "jonge" Alu-elementen die zich op orthologe posities in niet-menselijke primatengenomen bevonden.