Wat zijn de meest gebruikte computationele methoden voor de identificatie van CRMs (cis-regulerende modules)?

Answer: Computationele methoden die proberen om voorbeelden van cis-regulerende modules (CRMs) in het genoom te identificeren, staan voor een uitdagend probleem: het zoeken naar mogelijk interactie hebbende transcriptiefactor-bindingsplaatsen terwijl de kennis over de specifieke interacties beperkt blijft. Bij het onderscheiden van CRMs van niet-coderende regio's hebben methoden die evolutionaire conservatie in aanmerking nemen een sterkere voorspellende kracht dan methoden die ontworpen zijn om op één enkel genoom te draaien. Bovendien lijken de meeste methoden gevoelig te zijn voor de samenstelling en structuur van het genoom waarop ze worden toegepast. CisMiner maakt het mogelijk om een blinde zoektocht naar CRMs uit te voeren zonder enige voorafgaande informatie over doel-CRMs of beperking in het aantal motieven.

Verschillende tools maken het mogelijk om significante co-voorkomens van dicht bij elkaar gelegen bindingsplaatsen (cis-regulerende modules, CRMs) te detecteren. Deze tools hebben echter ten minste één van de volgende beperkingen: 1) scope beperkt tot promotor- of geconserveerde regio's van het genoom; 2) laten niet toe combinaties te identificeren die meer dan twee motieven omvatten; 3) vereisen voorafgaande informatie over doelmotieven.

In dit werk presenteren we CisMiner, een nieuwe methodologie om vermoedelijke CRMs te detecteren door middel van een fuzzy itemset mining-benadering die op genoomwijde schaal kan opereren. CisMiner maakt het mogelijk om een blinde zoektocht naar CRMs uit te voeren zonder enige voorafgaande informatie over doel-CRMs of beperking in het aantal motieven. CisMiner pakt de combinatorische complexiteit van genoomwijde cis-regulerende module-extractie aan door een natuurlijke representatie van motiefcombinaties als itemsets te gebruiken en het Top-Down Fuzzy Frequent-Pattern Tree-algoritme toe te passen om significante itemsets te identificeren.

Om grote datasets te kunnen verwerken, de query-gebaseerde instelling en andere specificiteiten eigen aan CRM-detectie op basis van ChIP-Seq data, hebben we een nieuwe krachtige CRM-detectiemethode ontwikkeld genaamd 'CPModule'.

De optimale keuze van methode varieert afhankelijk van de soort en de samenstelling van de betreffende sequenties. Bij het onderscheiden van CRMs van niet-coderende regio's hebben methoden die evolutionaire conservatie in aanmerking nemen een sterkere voorspellende kracht dan methoden die ontworpen zijn om op één enkel genoom te draaien. Verschillende CRM-representaties en zoekstrategieën zijn gebaseerd op verschillende CRM-eigenschappen, en verschillende methoden kunnen elkaar aanvullen. Bijvoorbeeld, sommige geven de voorkeur aan homotypische clusters van bindingsplaatsen, terwijl anderen het beste presteren op korte CRMs. Bovendien lijken de meeste methoden gevoelig te zijn voor de samenstelling en structuur van het genoom waarop ze worden toegepast.

CisMiner: genoomwijde in-silico voorspelling van cis-regulerende modules door fuzzy itemset mining.

Daarnaast doen we een aantal nieuwe voorspellingen over combinatoriale regulatie van deze vijf sleutel-transcriptiefactoren met andere transcriptiefactoren die in TRANSFAC zijn gedocumenteerd.

Vanwege degeneratie van nucleotide-inhoud onder bindingsplaatsvoorbeelden of motieven, en de ingewikkelde 'grammaticale organisatie' van motieven binnen cis-regulerende modules (CRMs), lijden bestaande patroonzoekmethoden voor in silico motieven vaak aan onpraktisch hoge vals-positiefpercentages, vooral in de context van het analyseren van grote genomische datasets en ruisende position weight matrices die bindingsplaatsen karakteriseren.

Genoomwijde identificatie van cis-regulerende motieven en modules die ten grondslag liggen aan gen co-regulatie met behulp van statistiek en fylogenie.

We hebben daarom een nieuwe CRM-identificatiemethode ontwikkeld, MOPAT (motiefpaarboom), die CRMs identificeert via de identificatie van motiefmodules, groepen motieven die samen voorkomen in meerdere CRMs. Het kan 'orthologe' CRMs identificeren zonder multiple alignments.

Deze methoden zijn problematisch wanneer bindingsplaatsen niet goed uitgelijnd zijn in multiple alignments of wanneer het aantal bekende invoermotieven groot is. We hebben daarom een nieuwe CRM-identificatiemethode ontwikkeld, MOPAT (motiefpaarboom), die CRMs identificeert via de identificatie van motiefmodules, groepen motieven die samen voorkomen in meerdere CRMs.


Welke enzym remt MLN4924?

Answer: MLN4924 is een experimentele kleine molecuulremmer van het NEDD8-activatie-enzym (NAE).

Ten slotte onderdrukt MLN4924, een experimentele kleine molecuulremmer van het NEDD8-activatie-enzym (NAE) die CRL remt, in vitro migratie, proliferatie en buisvorming, evenals in vivo angiogenese en tumorgroei.

MLN4924, een kleine molecuulremmer van het NEDD8-activatie-enzym (NAE), is gerapporteerd een antitumoreffect teweeg te brengen bij verschillende maligniteiten.

De meer gerichte impact van het NEDD8-activatie-enzym op eiwitafbraak bracht ons ertoe MLN4924, een experimentele NEDD8-activatie-enzymremmer, te bestuderen in preklinische modellen van multipel myeloom.

Een poortwachterresidu voor remming van het NEDD8-activatie-enzym door MLN4924.

Behandelingsgerelateerde mutaties in NAEβ veroorzaken resistentie tegen de NEDD8-activatie-enzymremmer MLN4924.

Kwantiﬁceerbare analyse van cellulair padremming door een Nedd8-activatie-enzymremmer, MLN4924, met behulp van AlphaScreen.

Kwantiﬁcatieve proteomische analyse van cellulaire eiwitmodulatie na remming van het NEDD8-activatie-enzym door MLN4924.

Inactivering van de Cullin (CUL)-RING E3 ligase door de NEDD8-activatie-enzymremmer MLN4924 veroorzaakt beschermende autofagie in kankercellen.

De Nedd8-activatie-enzymremmer MLN4924 voorkomt micro-omgeving-gedreven NF-κB activatie en induceert apoptose in chronische lymfatische leukemie B-cellen.

Remming van het Nedd8-activatie-enzym door MLN4924 voorkomt de conjugatie van cullineiwitten met NEDD8, wat resulteert in inactivatie van de gehele familie van CRL's.

Substraat-ondersteunde remming van ubiquitine-achtige eiwit-activatie-enzymen: de NEDD8 E1 remmer MLN4924 vormt in situ een NEDD8-AMP mimeticum.

Om cellulaire neddylatie te remmen, gebruikten we een cellijn met tetracycline-induceerbare expressie van een dominant-negatieve vorm van het Nedd8 E2 enzym of behandeling van cellen met de Nedd8 E1 remmer MLN4924.

MLN4924 is een experimenteel middel dat het Nedd8-activatie-enzym remt, waardoor Cullin-RING ubiquitine ligasen worden geneutraliseerd en degradatie van hun substraten wordt voorkomen.

We gebruikten MLN4924, een fase 2 oncologisch therapeutisch middel, dat het NEDD8-activatie-enzym pad remt dat betrokken is bij het ubiquitine-proteasoom systeem.

Neddylatie vindt plaats via een meerstaps enzymatisch proces waarbij Nedd8-activatie-enzymen betrokken zijn, en recente studies hebben aangetoond dat het farmacologische middel MLN4924 deze Nedd8-activatie-enzymen krachtig kan remmen, waardoor neddylatie van Cullineiwitten en degradatie van CRL-doeleiwitten wordt voorkomen.

De stabiliteit van het NEDD8-MLN4924 adduct binnen de actieve plaats van NAE blokkeert de enzymactiviteit, wat de krachtige remming van het NEDD8-pad door MLN4924 verklaart.

De NEDD8-activatie-enzymremmer MLN4924 werkt samen met TRAIL om apoptose te versterken door de afbraak van c-FLIP te bevorderen in hoofd- en halskankercellen.

Initiële testen van de experimentele NEDD8-activatie-enzymremmer MLN4924 door het pediatrische preklinische testprogramma.

MLN4924, een NEDD8-activatie-enzymremmer, is actief in modellen van diffuus groot B-cel lymfoom: rationale voor behandeling van NF-{kappa}B-afhankelijk lymfoom.

MLN4924 is een kanker medicijn van de eerste klasse dat het Nedd8-activatie-enzym (NAE) remt. Hier rapporteren we dat MLN4924 Vpx/Vpr-geïnduceerde SAMHD1-afbraak remt door de neddylatie van E3 ubiquitine ligase te remmen en de replicatie van het macaque simian immunodeficiency virus (SIVmac) in myeloïde cellen blokkeert.

Neddylatie kan worden voorkomen door MLN4924, een medicijn dat het Nedd8-activatie-enzym remt. We rapporteren dat MLN4924 de neddylatie van CRL4 remt, waardoor Vpx-geïnduceerde afbraak van SAMHD1 wordt geblokkeerd en de restrictie behouden blijft.

MLN4924 is een experimenteel kanker medicijn van de eerste klasse dat het NEDD8-activatie-enzym remt, waardoor cullin-RING E3 ubiquitine ligasen worden geremd en veel cullinsubstraten worden gestabiliseerd. Het mechanisme waarmee MLN4924 de proliferatie van kankercellen remt is niet gedefinieerd, hoewel het gepaard gaat met DNA-herreplicatie en bijbehorende DNA-schade.

MLN4924 remt NAE (NEDD8 Activatie-enzym).

MLN4924 is een experimentele kleine molecuulremmer van het NEDD8-activatie-enzym (NAE) in klinische onderzoeken voor de behandeling van kanker. MLN4924 is een mechanisme-gebaseerde remmer, waarbij enzymremming plaatsvindt door de vorming van een sterk bindend NEDD8-MLN4924 adduct.

Ubiquitine-activatie-enzym (UAE of E1) activeert ubiquitine via een adenylate-intermediair en katalyseert de overdracht naar een ubiquitine-conjugerend enzym (E2). MLN4924 is een adenosinesulfamaatanaloog dat is geïdentificeerd als een selectieve, mechanisme-gebaseerde remmer van het NEDD8-activatie-enzym (NAE), een ander E1-enzym, door de vorming van een NEDD8-MLN4924 adduct dat sterk bindt aan de actieve plaats van NAE, een nieuw mechanisme genaamd substraat-ondersteunde remming (Brownell, J.

(2010) verduidelijken het werkingsmechanisme van MLN4924, een NEDD8-activatie-enzymremmer. MLN4924 vereist de activiteit van het enzym om een NEDD8-adenylaatanaloog te genereren die dit post-translationele modificatiesysteem krachtig en selectief uitschakelt.

Cellulaire effecten van een Nedd8-activatie-enzym (NAE) remmer, MLN4924, werden onderzocht met het AlphaScreen-formaat. MLN4924 werkt als een substraat-ondersteunde remmer van NAE door de vorming van een sterk bindend Nedd8-MLN4924 adduct.


Welk eiwit is gevonden dat interactie heeft met fosfolamban (PLN) en ook een anti-apoptotisch eiwit is?

Answer: Fosfolamban interageert met HAX-1, een mitochondriaal eiwit met een anti-apoptotische functie. De ontdekking van de PLN/HAX-1 interactie onthult daarom een belangrijke nieuwe link tussen Ca(2+) homeostase en celsurvival, met aanzienlijke therapeutische potentie.

Om aanvullende eiwitten te identificeren die mogelijk met PLN interageren, gebruikten we het yeast-two-hybrid systeem om een volwassen menselijke cardiale cDNA-bibliotheek te screenen. HS-1 geassocieerd eiwit X-1 (HAX-1) werd geïdentificeerd als een PLN-bindingspartner.

Analyse van de anti-apoptotische functie van HAX-1 toonde aan dat de aanwezigheid van PLN de beschermende effecten van HAX-1 tegen hypoxie/reoxygenatie-geïnduceerde celdood versterkte. Deze bevindingen suggereren een mogelijke link tussen de Ca(2+) regulatie door het sarcoplasmatisch reticulum en celsurvival gemedieerd door de PLN/HAX-1 interactie.

De sarco(endo)plasmatisch reticulum Ca(2+) transport adenosinetrifosfatase (SERCA2a) en zijn regulator fosfolamban (PLN) spelen een centrale rol in het moduleren van Ca(2+) homeostase en daarmee de hartfunctie. Hier bespreken we de mechanismen waarmee SERCA2a en PLN de functie van cardiomyocyten in gezondheid en ziekte controleren. De nadruk ligt op onze nieuw geïdentificeerde PLN-bindingspartner HS-1-geassocieerd eiwit X-1 (HAX-1), dat een anti-apoptotische functie heeft en veel overeenkomsten vertoont met Bcl-2.

De ontdekking van de PLN/HAX-1 interactie onthult daarom een belangrijke nieuwe link tussen Ca(2+) homeostase en celsurvival, met aanzienlijke therapeutische potentie.

De sarco(endo)plasmatisch reticulum (SR) Ca(2+) transport ATPase (SERCA2a) en zijn remmer fosfolamban (PLN) regelen de opname van Ca(2+) door SR-membranen tijdens ontspanning. Onlangs werd het anti-apoptotische HS-1-geassocieerd eiwit X-1 (HAX-1) geïdentificeerd als een bindingspartner van PLN, en werd deze interactie verondersteld de celdood te reguleren.

Bij drievoudige transfecties met PLN transloceerde HAX-1 echter massaal naar de ER-membranen, waar het samen met PLN en SERCA2 werd verdeeld.

Deze bevindingen suggereren dat HAX-1 celsurvival kan bevorderen door modulatie van SERCA2-eiwitniveaus en daarmee ER Ca(2+) voorraden.

Fosfolamban interageert met HAX-1, een mitochondriaal eiwit met een anti-apoptotische functie.

Het HS-1 geassocieerd eiwit X-1 (HAX-1) is een ubiquitair tot expressie gebracht eiwit dat cardiomyocyten beschermt tegen geprogrammeerde celdood. Hier identificeren we HAX-1 als een regulator van contractiliteit en calciumcyclus in het hart. Overexpressie van HAX-1 verminderde de sarcoplasmatisch reticulum Ca-ATPase (SERCA2) pompactiviteit in geïsoleerde cardiomyocyten en in vivo, wat leidde tot verminderde calciumkinetiek en mechanica van myocyten.

De remmende effecten van HAX-1 werden opgeheven na fosforylering van fosfolamban, dat een fundamentele rol speelt in het controleren van de basale contractiliteit en een belangrijke downstream effector is van de bèta-adrenerge signaalcascade.

Bovendien zijn de effecten van PLN en zijn fosforylering op de hartfunctie onderhevig aan aanvullende regulatie door zijn interactiepartners, het anti-apoptotische HAX-1 eiwit en Gm, of de verankeringsunit van proteïnefosfatase 1.


Is het lange QT-syndroom een oorzaak van plotselinge hartdood bij atleten?

Answer: Een van de oorzaken van plotselinge hartdood bij atleten is het lange QT-syndroom

Een verscheidenheid aan cardiovasculaire aandoeningen, waaronder hypertrofische cardiomyopathie, congenitale coronaire anomalieën, aritmogene rechterventrikel dysplasie, gedilateerde cardiomyopathie, aortaruptuur door het Marfan-syndroom, myocarditis, klepaandoeningen en elektrische stoornissen (Wolff-Parkinson-White-syndroom, lange QT-syndroom, Brugada-syndroom), evenals commotio cordis, vormen de meest voorkomende oorzaken van plotselinge hartdood bij jonge atleten.

Plotselinge hartdood is de belangrijkste doodsoorzaak onder jonge atleten met een incidentie van 1-2 per 100.000 atleten per jaar.

De meerderheid van de gevallen wordt veroorzaakt door een onderliggende structurele hartafwijking, meestal hypertrofische cardiomyopathie. Recente inzichten in niet-structurele oorzaken zoals het lange QT-syndroom en Brugada-syndroom zijn toegenomen en er zijn diagnostische criteria ontwikkeld.

Deze review beschouwt met name de doodsoorzaken die atleten onder de 35 jaar treffen. In deze leeftijdsgroep wordt het grootste deel van de sterfgevallen veroorzaakt door ziekten met autosomaal dominante overerving zoals hypertrofische cardiomyopathie, aritmogene rechterventrikel cardiomyopathie, lange QT-syndroom en het Marfan-syndroom.

Kennis van plotselinge hartdood bij jonge atleten is essentieel voor alle artsen en paramedici.

In dit artikel bespreken we verschillende etiologieën van plotselinge hartdood, waaronder hypertrofische cardiomyopathie, aritmogene rechterventrikel cardiomyopathie, Wolff-Parkinson-White-syndroom, lange QT-syndroom, Brugada-syndroom en commotio cordis.

Plotselinge hartdood (PHD) bij jonge atleten wordt over het algemeen veroorzaakt door erfelijke hartaandoeningen.

De genetische afwijkingen die het meest geassocieerd zijn met PHD zijn hypertrofische cardiomyopathie, aritmogene rechterventrikel cardiomyopathie, lange QT-syndroom, Brugada-syndroom en catecholaminerge polymorfe ventriculaire tachycardie.

De meest voorkomende oorzaak van plotselinge hartdood bij atleten is hypertrofische cardiomyopathie. Andere oorzaken zijn congenitale coronaire arterie anomalieën, nivocarditis, gedilateerde cardiomyopathie, aritmogene cardiomyopathie van de rechterventrikel, sarcoïdose, mitralisklep prolaps, aortaklepstenose, atherosclerose, lange QT-syndroom en een stomp trauma aan de borst.

Het congenitale lange QT-syndroom (LQTS) wordt veroorzaakt door mutaties in hart-ionkanalen, die jonge individuen vatbaar maken voor plotselinge hartdood, vaak gerelateerd aan inspanning.

Een groep relatief zeldzame maar belangrijke genetische cardiovasculaire aandoeningen (GCVD's) zijn geassocieerd met een verhoogd risico op plotselinge hartdood tijdens inspanning, waaronder hypertrofische cardiomyopathie, lange QT-syndroom, Marfan-syndroom en aritmogene rechterventrikel cardiomyopathie.

Primaire elektrische stoornissen (zoals het lange QT-syndroom) komen zelden voor bij atleten, maar zijn tot nu toe een belangrijke reden voor diskwalificatie van sportactiviteiten.


Wat is de klinische waarde van MammaPrint?

Answer: MammaPrint heeft een prognostische waarde voor uitzaaiingen op afstand en overlijden, evenals een voorspellende waarde voor de respons op adjuvante chemotherapie bij patiënten met borstkanker. Echter, de EGAPP Working Group vond geen bewijs voor de klinische bruikbaarheid van MammaPrint.

In de subgroep met een gemiddeld risico kan het 70-genenprofiel nuttig zijn om bij oudere patiënten te beslissen of zij baat hebben bij adjuvante chemotherapie of niet.

Adjuvante beoordelingsinstrumenten voor prognose en voorspelling van behandelingsvoordeel, waaronder Adjuvant! Online, de St Gallen Consensus, Oncotype DX(®) en MammaPrint(®), ondersteunen klinische besluitvorming.

Het 70-genen MammaPrint prognoseprofiel identificeerde nauwkeurig Japanse borstkankerpatiënten met een laag risico op het ontwikkelen van recidieven. In feite bleef 100% van de personen in de laag-risicocategorie gedurende de observatieperiode metastasevrij.

De kans op metastasevrije overleving op afstand na vijf jaar was 100% voor de laag-risicogroep en 94% voor de hoog-risicogroep.

Het 70-genen prognosesignatuur kan nauwkeurig postmenopauzale patiënten selecteren met een laag risico op borstkankergerelateerd overlijden binnen 5 jaar na diagnose en kan klinisch nuttig zijn bij het selecteren van postmenopauzale vrouwen voor adjuvante chemotherapie.

Het 70-genenprofiel (MammaPrint) is een prognostisch hulpmiddel dat wordt gebruikt om beslissingen over adjuvante behandeling te begeleiden.

Een pCR wordt waarschijnlijk niet bereikt in tumoren met een goed prognosesignatuur. Tumoren met een slecht prognosesignatuur zijn gevoeliger voor chemotherapie.

De EWG vond voldoende bewijs om de associatie van MammaPrint met toekomstige metastasen te karakteriseren, maar onvoldoende bewijs om de toegevoegde waarde ten opzichte van standaard risicostratificatie te beoordelen, en kon de populatie waarvoor de test het beste toepasbaar is niet bepalen.

De EWG vond geen bewijs voor de klinische bruikbaarheid van de MammaPrint- en Quest H:I Ratio-tests, en onvoldoende bewijs voor Oncotype DX. Deze technologieën hebben potentieel voor zowel voordeel als nadeel.

MammaPrint, een oligonucleotide microassay uitgevoerd op vers ingevroren tumormonsters, analyseert de expressie van 70 genen. Studies hebben aangetoond dat MammaPrint jonge patiënten (<61 jaar) met vroegstadium borstkanker kan categoriseren als zijnde met een hoog of laag risico op uitzaaiingen op afstand. Patiënten met een hoog risico kunnen vervolgens worden behandeld met een agressievere therapie.


Is eiwit M3/6 een duale specificiteitsfosfatase?

Answer: M3/6 (DUSP8) is een duale specificiteitsfosfatase die betrokken is bij de defosforylering en inactivatie van JNK en, in mindere mate, p38 MAPK's.

Betrokkenheid van de duale specificiteitsfosfatase M3/6 bij de inactivatie van c-Jun N-terminale kinase na cerebrale ischemie in de hippocampus van de rat.

De resultaten toonden een opregulatie van de activiteit van de duale specificiteitsfosfatase M3/6 (DUSP8) aan na 4 uur reperfusie in de hippocampi van ratten.

Deze studie onderzoekt het moleculaire mechanisme achter de defosforylering en inactivatie van JNK die wordt veroorzaakt door duale specificiteitsfosfatasen na cerebrale ischemie.

Fosfatasen spelen hierin een bijzonder belangrijke rol door de fosforylering en activatie van MAPK's nauwkeurig te reguleren. M3/6 (DUSP8) is een duale specificiteitsfosfatase die betrokken is bij de defosforylering en inactivatie van JNK en, in mindere mate, p38 MAPK's en wordt gevonden in een complex met deze kinasen, samen met andere componenten van het pad, bijeengehouden door scaffold-eiwitten.

Duale specificiteitsfosfatasen (DUSPs) spelen een zeer belangrijke rol in deze processen door de mate van JNK-fosforylering en activatie te moduleren en zo de cellulaire reacties op stress te reguleren. M3/6 (DUSP8) is een van de duale specificiteitsproteïnefosfatasen met een duidelijke specificiteit voor JNK.

M3/6 is een duale specificiteitsfosfatase die selectief is voor JNK [7, 8].

Hier beschrijven we twee nieuwe duale specificiteitsfosfatasen van de CL100/MKP-1 familie die selectief zijn voor het inactiveren van ERK of JNK/SAPK en p38 MAP kinasen wanneer ze tot expressie worden gebracht in COS-7 cellen. M3/6 is de eerste fosfatase van deze familie die een zeer specifieke inactivatie van JNK/SAPK en p38 MAP kinasen vertoont.

We hebben eerder aangetoond dat de duale specificiteitsfosfatasen (DSP's) MKP7 en M3/6 binden aan het scaffold JNK-interacterend eiwit-1 (JIP-1) en de gebonden subset van JNK inactiveren (1).

De duale specificiteitsfosfatasen M3/6 en MKP-3 zijn zeer selectief voor de inactivatie van verschillende mitogeen-geactiveerde proteïne kinasen.

Fosforylering van de M3/6 duale specificiteitsfosfatase versterkt de activatie van JNK door arseenzouten.

Inderdaad, uitgebreide polyglutamine verminderde de oplosbaarheid van de duale specificiteits JNK-fosfatase M3/6.

Hier beschrijven we hoe verschillende cellulaire stressfactoren de stabiliteit en activiteit van een JNK-inactiverende duale specificiteits threonine-tyrosine fosfatase M3/6 verschillend beïnvloeden

Regulatie van duale specificiteitsfosfatasen M3/6 en hVH5 door phorbolesters. Analyse van een delta-achtig domein.

Hier rapporteren we dat JIP-1 ook bindt aan de duale specificiteitsfosfatasen MKP7 en M3/6 via een regio die onafhankelijk is van zijn JNK-bindingsdomein.

Differentiële regulatie van M3/6 (DUSP8) signalering


Zijn er gerichte databases waaruit je genexpressiegegevens over nierziekten kunt ophalen?

Answer: Biologische databases worden gebruikt om grote hoeveelheden gegevens op te slaan en te bewerken, die zijn ontstaan uit genomica-gegevens. In de meeste gevallen worden de gegevens opgeslagen op basis van hun type, maar er zijn gevallen van gerichte databases die gegevens opslaan over een specifieke ziekte. In het geval van nierziekten zijn er tal van databases, bijvoorbeeld KUPKB, een verzameling van omics-datasets, Nephromine, een nier-genoomwijde genexpressiedataset gebaseerd op transcriptomics, CDKD en Proteomics Database in Chronic Kidney Disease.

Proteomics-database bij chronische nierziekte

Van nature voorkomende menselijke urinepeptiden voor gebruik bij de diagnose van chronische nierziekte


Welke systemen zijn ontwikkeld voor het nummeren van antistofresiduen?

Answer: De meest voorkomende antistofnummeringssystemen zijn het Kabat-systeem, het Chothia-systeem en het IMGT-nummeringssysteem.

IMGT is een hoogwaardige geïntegreerde kennisbron gespecialiseerd in immunoglobulinen (IG), T-celreceptoren (TR), het major histocompatibiliteitscomplex (MHC) van mensen en andere gewervelden, en gerelateerde eiwitten van het immuunsysteem (RPI) van elke soort die behoort tot de immunoglobuline superfamilie (IgSF) en de MHC superfamilie (MhcSF). IMGT bestaat uit vijf databases, tien online tools en meer dan 8.000 HTML-pagina's met webbronnen. IMGT biedt een gemeenschappelijke toegang tot gestandaardiseerde gegevens uit genoom, genetica, proteoom en driedimensionale structuren.

aminozuurposities volgens de IMGT unieke nummering (NUMEROTATIE) die worden gebruikt in IMGT/3Dstructure-DB-kaarten, resultaten van contactanalyse en hernummerde flat files.

Gestandaardiseerde sequentie- en structuuranalyse van antistoffen met behulp van IMGT(®) databases en tools maakt het mogelijk om voor het eerst de kloof te overbruggen tussen antistofsequenties en driedimensionale (3D) structuren. Dit wordt bereikt door de IMGT Wetenschappelijke chartregels, gebaseerd op de IMGT-ONTOLOGIE concepten van classificatie (IMGT gen- en allelenomenclatuur), beschrijving (IMGT gestandaardiseerde labels) en nummering (IMGT unieke nummering en IMGT Colliers de Perles).

De Kabat Database werd oorspronkelijk gestart in 1970 om de bindingsplaats van antistoffen te bepalen op basis van de toen beschikbare aminozuursequenties.

Een vergelijkende analyse van de hoofdketenconformatie van de L1, L2, L3, H1 en H2 hypervariabele regio's in 17 immunoglobuline structuren die nauwkeurig zijn bepaald met hoge resolutie wordt beschreven. Dit betreft in totaal 79 hypervariabele regio's. We analyseerden ook een deel van de H3-regio in 12 van de 15 hier beschouwde VH-domeinen. Op basis van de residuen op sleutelplaatsen kunnen de 79 hypervariabele regio's worden toegewezen aan een van de 18 verschillende canonieke structuren. We tonen aan dat 71 van deze hypervariabele regio's een conformatie hebben die zeer dicht bij wat kan worden gedefinieerd als een "standaard" conformatie van elke canonieke structuur ligt. Deze standaardconformaties worden in detail beschreven. De andere acht hypervariabele regio's vertonen kleine afwijkingen van de standaardconformaties die in zes gevallen alleen de rotatie van een enkele peptidegroep betreffen.

Op basis van vergelijkende studies van bekende antistofstructuren en -sequenties is betoogd dat er een klein repertoire van hoofdketenconformaties bestaat voor ten minste vijf van de zes hypervariabele regio's van antistoffen, en dat de specifieke conformatie die wordt aangenomen wordt bepaald door een paar sleutelconserverende residuen.


Zijn er DNMT3-eiwitten aanwezig in planten?

Answer: Ja. De plant DOMAINS REARRANGED METHYLTRANSFERASE2 (DRM2) is een homoloog van de zoogdierlijke de novo methyltransferase DNMT3. DRM2 bevat een nieuwe rangschikking van de motieven die nodig zijn voor de katalytische activiteit van DNA-methyltransferase.

De novo DNA-methylatie in Arabidopsis thaliana wordt gekatalyseerd door de methyltransferase DRM2, een homoloog van de zoogdierlijke de novo methyltransferase DNMT3.

Hier beschrijven we DNA-methyltransferasegenen van zowel Arabidopsis als maïs die een hoge mate van sequentiegelijkheid vertonen met Dnmt3, wat suggereert dat ze plantaardige de novo methyltransferases coderen. In vergelijking met alle bekende eukaryote methyltransferases bevatten deze plantaardige eiwitten een nieuwe rangschikking van de motieven die nodig zijn voor de katalytische activiteit van DNA-methyltransferase. De N-terminale uiteinden van deze methyltransferases bevatten een reeks ubiquitine-geassocieerde (UBA) domeinen.

BLASTX-zoektochten en fylogenetische analyse suggereerden dat vijf cDNA's behoorden tot vier klassen (Dnmt1, Dnmt2, CMT en Dnmt3) van DNA-methyltransferasegenen.


Wat is het aantal eiwitcoderende genen in het menselijk genoom?

Answer: Het aantal eiwitcoderende genen in het menselijk genoom wordt momenteel geschat tussen 20.000 en 25.000

Hier zijn zeven methoden voor het voorspellen van de topologie van membraaneiwitten, gebaseerd op verschillende onderliggende algoritmen zoals verborgen Markov-modellen, neurale netwerken en support vector machines, gebruikt voor de analyse van de eiwitsequenties van de 21.416 geannoteerde genen in het menselijk genoom.

De GENCODE 7-release bevat 20.687 eiwitcoderende en 9.640 lange niet-coderende RNA-loci en heeft 33.977 coderende transcripties die niet vertegenwoordigd zijn in UCSC-genen en RefSeq

Huidige catalogi vermelden in totaal ongeveer 24.500 vermeende eiwitcoderende genen.

Clustering van deze sequenties met behulp van soortoverschrijdende relaties suggereert dat miljoenen tot expressie gebrachte sequenties mogelijk overeenkomen met slechts ongeveer 20.000 verschillende eiwitcoderende transcripties.


Is aangetoond dat vitamine D het aantal valincidenten bij ouderen vermindert in klinische onderzoeken?

Answer:
Het aantal vallen en het aantal valincidenten werd significant verminderd in twee studies die het effect van medicatie op het voorkomen van vallen evalueerden; een studie (85 deelnemers) vergeleek vitamine D met placebo bij geïnstitutionaliseerde vrouwen na een beroerte met lage vitamine D-spiegels, en de andere studie (79 deelnemers) evalueerde alendronaat versus alphacalcidol bij gehospitaliseerde mensen na een beroerte.
Twee studies die vitamine D versus placebo en alendronaat versus alphacalcidol testten, vonden een significante vermindering van het aantal vallen en het aantal mensen dat viel.
Over het algemeen verminderde vitamine D het aantal vallen niet (RaR 1,00, 95% BI 0,90 tot 1,11; zeven onderzoeken; 9324 deelnemers) of het risico op vallen (RR 0,96, 95% BI 0,89 tot 1,03; 13 onderzoeken; 26.747 deelnemers), maar kan dit wel doen bij mensen met lagere vitamine D-spiegels vóór de behandeling.
We vonden 26 geschikte onderzoeken van matige kwaliteit met in totaal 45.782 deelnemers, waarvan de meerderheid ouderen en vrouwen waren. Het gebruik van vitamine D werd geassocieerd met een statistisch significante vermindering van het valrisico (odds ratio voor het lijden aan ten minste één val, 0,86; 95% betrouwbaarheidsinterval, 0,77-0,96)

Echter, afgezien van de gunstige effecten van 800 IE/dag vitamine D3 voor het verminderen van vallen bij ouderen, blijft causaliteit nog niet bewezen in gerandomiseerde gecontroleerde onderzoeken (RCT's).

Het aantal vallen en het aantal valincidenten werd significant verminderd in twee studies die het effect van medicatie op het voorkomen van vallen evalueerden; een studie (85 deelnemers) vergeleek vitamine D versus placebo bij geïnstitutionaliseerde vrouwen na een beroerte met lage vitamine D-spiegels, en de andere studie (79 deelnemers) evalueerde alendronaat versus alphacalcidol bij gehospitaliseerde mensen na een beroerte.

Twee studies die vitamine D versus placebo en alendronaat versus alphacalcidol testten, vonden een significante vermindering van het aantal vallen en het aantal mensen dat viel

.Over het algemeen lijkt vitamine D-suppletie het aantal vallen niet te verminderen, maar kan het effectief zijn bij mensen die lagere vitamine D-spiegels hebben vóór de behandeling.

Over het algemeen verminderde vitamine D het aantal vallen niet (RaR 1,00, 95% BI 0,90 tot 1,11; zeven onderzoeken; 9324 deelnemers) of het risico op vallen (RR 0,96, 95% BI 0,89 tot 1,03; 13 onderzoeken; 26.747 deelnemers), maar kan dit wel doen bij mensen met lagere vitamine D-spiegels vóór de behandeling.

Vitamine D beïnvloedt de gezondheid van botten en spieren en vermindert waarschijnlijk het valrisico bij ouderen.

We vonden 26 geschikte onderzoeken van matige kwaliteit met in totaal 45.782 deelnemers, waarvan de meerderheid ouderen en vrouwen waren. Het gebruik van vitamine D werd geassocieerd met een statistisch significante vermindering van het valrisico (odds ratio voor het lijden aan ten minste één val, 0,86; 95% betrouwbaarheidsinterval, 0,77-0,96)

Dit effect was prominenter bij patiënten die bij aanvang een vitamine D-tekort hadden en in onderzoeken waarin calcium samen met vitamine D werd toegediend.

Vitamine D gecombineerd met calcium vermindert het valrisico.

Het merendeel van het bewijs is afkomstig van onderzoeken met oudere vrouwen.

Onderzoeken naar vitamine D en calcium voor fractuurpreventie hebben inconsistente resultaten opgeleverd, als gevolg van verschillende vitamine D-status en calciuminname bij aanvang, verschillende doseringen en matige tot goede therapietrouw.

Ondanks significante toename in het verstrekken van heupbeschermers en het gebruik van vitamine D-suppletie in zowel interventie- als controlegelegenheden, was er geen verschil in het aantal vallen of valletsels tussen de interventie- en controlegroepen, noch een vermindering van het aantal vallen in het algemeen.

Naast val- en fractuurpreventie kan vitamine D ook de algemene morbiditeit verminderen via meerdere mechanismen.

Er is bewijs dat deze middelen het aantal niet-wervelfracturen en vallen kunnen verminderen; hun effect op het verminderen van wervelfracturen kan echter afhangen van het type actieve vitamine D.


Wat is de indicatie voor profylactisch gebruik van antibiotica bij COPD?

Answer: Bij een subset van patiënten met ernstige ziekte en een aanleg voor het ontwikkelen van infecties kan profylactisch gebruik van antibiotica het aantal exacerbaties verminderen en de sociale en gezondheidszorgkosten verbeteren.

Recente goed opgezette studies hebben echter aangetoond dat profylactisch antibioticagebruik een significant voordeel biedt voor patiënten die gevoelig zijn voor infecties. De studiepopulaties bestonden uit patiënten met terugkerende urineweginfecties, COPD of patiënten die mechanisch werden beademd op intensivecareafdelingen. Bij de eerste twee groepen werd het gebruik van antibiotica geassocieerd met een toename van dragerschap van antibioticaresistente bacteriën, maar bij intensivecarepatiënten werd het tegenovergestelde vastgesteld.

Richtlijnen raden het gebruik van profylactische antibiotica bij COPD niet aan, maar er is voorlopend bewijs dat zij het aantal exacerbaties kunnen verminderen.

Een korte profylactische behandelkuur met azithromycine is een goed alternatief in de behandeling van patiënten met ernstige, gevorderde COPD en zou kunnen leiden tot een verbetering van de sociale en gezondheidszorgkosten.


Is depressie aangetoond als een voorspeller van kwetsbaarheid?

Answer: Ja

belangrijke rol van kwetsbaarheid als voorspeller van depressie in een relatief jongere oudere Chinese populatie

significante verbanden tussen kwetsbaarheid en depressieve symptomen en mortaliteit na 1 jaar

Deze bevindingen suggereren dat ondervoeding een belangrijke voorspeller is van kwetsbaarheid of het "failure to thrive"-syndroom bij oudere personen. Depressie is een belangrijke oorzaak van een slechte voedingsstatus bij oudere personen.

Een depressieve stemming werd geassocieerd met een verhoogd risico op een sterke afname van de kracht, vooral bij oudere mannen met een laag lichaamsgewicht. Laag lichaamsgewicht in combinatie met een depressieve stemming kan een indicator zijn van kwetsbaarheid of een ernstige ziekte die leidt tot versnelde krachtverlies en invaliditeit.

Op lange termijn was een depressieve stemming de enige onafhankelijke voorspeller van achteruitgang in cognitie, functionele capaciteit, door arts beoordeelde gezondheid en mortaliteit;


Wat is de generieke naam van Gliolan?

Answer: 5-aminolevulinezuur (of 5-ALA) is de generieke naam van Gliolan. Het is goedgekeurd voor fluorescentie-geleide resecties van volwassen maligne gliomen.

ACHTERGROND: Vijf-aminolevulinezuur (Gliolan, medac, Wedel, Duitsland, 5-ALA) is goedgekeurd voor fluorescentie-geleide resecties van volwassen maligne gliomen.

DOELSTELLING: Deze studie evalueert de kosteneffectiviteit van 5-aminolevulinezuur (5-ALA, Gliolan®) bij patiënten die een operatie ondergaan voor maligne gliomen, onder standaard klinische praktijkomstandigheden in Spanje.

DOELSTELLING: Het beoordelen van de effectiviteit van 5-aminolevulinezuur (5-ALA, Gliolan(®)) bij patiënten behandeld voor maligne gliomen onder typische dagelijkse praktijkomstandigheden in Spanje, gebruikmakend van de volledige resectiegraad (CR) en progressievrije overleving na 6 maanden (PFS6).

Tegenwoordig is ALA goedgekeurd als Levulan voor actinische keratosen, de ALA-methylester Metvix voor actinische keratosen en basaalcelcarcinoom, de ALA-hexylester Hexvix voor de diagnose van blaaskanker en Gliolan voor maligne gliomen.

MATERIAAL EN METHODEN: Alle patiënten die een 5-ALA fluorescentie-geleide operatie hadden ondergaan vanwege vermoedelijke maligne gliomen werden geïncludeerd. Patiënten kregen een standaard preoperatieve dosis Gliolan.


Is er een verband tussen Jarid2 en miR-155 in Th17-cellen?

Answer: Ja. Activatie-geïnduceerde miR-155 richt zich op het chromatine-eiwit Jarid2 om de productie van pro-inflammatoire cytokines in T helper 17-cellen te reguleren.

Jarid2 verbindt MicroRNA en chromatine in Th17-cellen.

In dit nummer van Immunity brengen Escobar et al. (2014) microRNA's en chromatine samen door te laten zien hoe activatie-geïnduceerde miR-155 het chromatine-eiwit Jarid2 target om de productie van pro-inflammatoire cytokines in T helper 17-cellen te reguleren.

miR-155 activeert de expressie van cytokinegenen in Th17-cellen door het DNA-bindende eiwit Jarid2 te reguleren om polycomb-gemedieerde repressie op te heffen.

Mir155 werd gebonden door transcriptiefactoren van Th17-cellen en werd sterk tot expressie gebracht tijdens de differentiatie van Th17-cellen. miR-155-deficiënte Th17- en T-regulatoire (Treg) cellen brachten verhoogde hoeveelheden Jarid2 tot expressie, een DNA-bindend eiwit dat het Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) naar chromatine rekruteert. PRC2-binding aan chromatine en H3K27-histoonmethylatie waren verhoogd in miR-155-deficiënte cellen, wat samenviel met het falen om Il22, Il10, Il9 en Atf3 tot expressie te brengen. Defecten in cytokine-expressie van Th17-cellen en Treg-celhomeostase in afwezigheid van Mir155 konden gedeeltelijk worden onderdrukt door Jarid2-deletie. Zo draagt miR-155 bij aan de functie van Th17-cellen door de remmende effecten van Jarid2 te onderdrukken.


Wat is enCHIP?

Answer: Engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) is een nieuwe methode voor het zuiveren van specifieke genomische regio's waarbij moleculaire interacties behouden blijven. EnChIP met behulp van het CRISPR-systeem is efficiënt in het isoleren van specifieke genomische regio's. In deze vorm van enChIP worden specifieke genomische regio's geïmmunoprecipiteerd met een antilichaam tegen een tag(s), die is gefuseerd aan een katalytisch inactieve vorm van Cas9 (dCas9), welke samen wordt tot expressie gebracht met een gids-RNA (gRNA) en een endogene DNA-sequentie in de genomische regio's van belang herkent. enChIP-massaspectrometrie (enChIP-MS) gericht op endogene loci identificeerde geassocieerde eiwitten. enChIP met het CRISPR-systeem zou een handig en nuttig hulpmiddel zijn voor het ontleden van de chromatinestructuur van genomische regio's van belang.

Identificatie van telomeer-geassocieerde moleculen door engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP).

Hier rapporteren we de isolatie van telomeren door engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) met behulp van een transcriptie-activator-achtig (TAL) eiwit dat telomeerherhalingen herkent. Telomeren die door het getagde TAL-eiwit werden herkend, werden geïmmunoprecipiteerd met een antilichaam tegen de tag en onderworpen aan identificatie van telomeer-bindende moleculen. enChIP-massaspectrometrie (enChIP-MS) gericht op telomeren identificeerde bekende en nieuwe telomeer-bindende eiwitten.

Efficiënte isolatie van specifieke genomische regio's en identificatie van geassocieerde eiwitten door engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) met behulp van CRISPR.

Hier hebben we een nieuwe methode ontwikkeld, engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP), voor het zuiveren van specifieke genomische regio's waarbij moleculaire interacties behouden blijven. We toonden aan dat enChIP met het CRISPR-systeem efficiënt specifieke genomische regio's isoleert. In deze vorm van enChIP worden specifieke genomische regio's geïmmunoprecipiteerd met een antilichaam tegen een tag(s), die is gefuseerd aan een katalytisch inactieve vorm van Cas9 (dCas9), welke samen wordt tot expressie gebracht met een gids-RNA (gRNA) en een endogene DNA-sequentie in de genomische regio's van belang herkent. enChIP-massaspectrometrie (enChIP-MS) gericht op endogene loci identificeerde geassocieerde eiwitten. enChIP met het CRISPR-systeem zou een handig en nuttig hulpmiddel zijn voor het ontleden van de chromatinestructuur van genomische regio's van belang.

Onlangs ontwikkelden we de engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) technologie voor het zuiveren van specifieke genomische regio's. Hier ontwikkelden we een retroviraal expressiesysteem voor enChIP met CRISPR.


Hoeveel genen bevat de menselijke hoxD-cluster?

Answer: De menselijke HOXD-complex bevat negen genen: HOXD1, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, HOXD10, HOXD11, HOXD12 en HOXD13, die geclusterd zijn van 3′ tot 5′ in een ongeveer 100 kb lange strook op chromosoom 2q31.1 met HOXD1 aan het 3'-uiteinde en HOXD13 aan het 5′-uiteinde.

Beide kinderen zijn heterozygoot voor een deletie die ten minste acht (HOXD3-HOXD13) van de negen genen in de HOXD-cluster elimineert.


Is het veilig om isotretinoïne tijdens de zwangerschap te gebruiken?

Answer: Nee. Isotretinoïne heeft ernstige teratogene effecten en het is niet veilig om het tijdens de zwangerschap te gebruiken.

Isotretinoïne is een opmerkelijk effectief medicijn voor ernstige, hardnekkige acne vulgaris.

Er werden een aantal belangrijke bijwerkingen gemeld

zelfs het meest recente zwangerschapspreventieprogramma (iPledge) is niet succesvoller dan eerdere programma's; er zal waarschijnlijk altijd een klein aantal vrouwelijke patiënten zwanger worden tijdens het gebruik van isotretinoïne voor acne vulgaris.

Isotretinoïne heeft de behandeling van acne vulgaris revolutionair veranderd.

De bijwerking(en) die ertoe leidden dat patiënten stopten met isotretinoïne waren cheilitis (22 patiënten), stemmingsverandering (13), vermoeidheid (12), eczeem (6) en zwangerschap (2).

De downregulatie van FGFR2b-signaaltransductie door isotretinoïne verklaart het therapeutische effect bij acne. Downregulatie van FGFR2b-signaaltransductie tijdens het eerste trimester van de zwangerschap verstoort vertakte morfogenese en verklaart de embryotoxiciteit van retinoïden.

Isotretinoïne, een 13-cis-retinoïnezuur, heeft de behandeling van ernstige therapieresistente acne gerevolutioneerd en wordt veel gebruikt voor diverse dermatologische aandoeningen, in 90% van de gevallen bij jonge vrouwen tussen 13 en 45 jaar. Dit middel heeft ernstige teratogene effecten, zoals ernstige craniofaciale, cardiovasculaire, thymus- en centraal zenuwstelsel malformaties.

De incidentie van malformaties is 3-5%, maar stijgt tot bijna 30% bij vrouwen die tijdens het eerste trimester van de zwangerschap aan isotretinoïne werden blootgesteld. Over het algemeen vermijden patiënten die isotretinoïne gebruiken een zwangerschap tijdens de behandeling en na het stoppen zijn vruchtbaarheid en foetale ontwikkeling normaal zodra de circulerende isotretinoïne niveaus weer normaal zijn.

Na 3 maanden farmacologische uitwaseming werd de patiënt zwanger en manifesteerde zich deze ernstige malformatie. De vrouw beëindigde de zwangerschap door het inleiden van de bevalling.

Clindamycinefosfaat 1,2% samen met tretinoïne 0,025% als gel (CTG) is een topische formulering van een vaste en stabiele combinatie die door de FDA is goedgekeurd voor de behandeling van acne vulgaris bij patiënten van 12 jaar en ouder.

De veiligheid van CTG-gebruik tijdens de zwangerschap is niet vastgesteld.

Om de populatie-gebaseerde incidentiecijfers van zwangerschap, spontane en electieve abortussen en aangeboren afwijkingen geassocieerd met isotretinoïnegebruik te schatten, en om voorspellers van zwangerschap tijdens isotretinoïnegebruik te bepalen

Zwangerschappen, spontane en electieve abortussen en aangeboren afwijkingen werden geïdentificeerd met behulp van procedurecodes en medische diagnoses.

Van de 90 vrouwen die zwanger werden tijdens het gebruik van het medicijn, beëindigden 76 de zwangerschap (84%), hadden er drie een spontane abortus (3%), hadden twee trauma tijdens de bevalling met neonatale sterfte tot gevolg (2%) en negen hadden een levendgeboorte (10%). Van de levendgeborenen had slechts één een congenitale afwijking van het gezicht en de nek (11%).

De percentages electieve abortus waren ook veel hoger in onze studie.

Topische antibiotica, isotretinoïne of systemische antibiotica worden meestal gebruikt voor de behandeling van acne. Isotretinoïne kan echter niet tijdens de zwangerschap worden gebruikt omdat het significante geboorteafwijkingen kan veroorzaken, terwijl systemische antibiotica bijwerkingen kunnen hebben zoals gastro-intestinale irritatie, fotosensitiviteit en tetracyclinegevoeligheid.

Isotretinoïne wordt sinds 1982 gebruikt voor de behandeling van acne. De huidige indicaties in de bijsluiter zijn beperkt en veel artsen voelen zich nog steeds ongemakkelijk bij het voorschrijven vanwege de bijwerkingen.

Afgezien van het teratogene effect is isotretinoïne een veilig en uitstekend medicijn voor acnebehandeling.

Vitamine A en zijn derivaten, retinoïnezuur, tretinoïne en isotretinoïne, worden momenteel gebruikt in dermatologische behandelingen. Toediening van hoge doses van deze vitamine veroorzaakt aangeboren afwijkingen bij muizen: gespleten gehemelte, hypoplasie van maxilla en mandibula en totale of gedeeltelijke fusie van de maxillaire snijtanden.

Twaalf 60 dagen oude vrouwelijke Mus musculus werden op de 7e dag van de zwangerschap in twee groepen verdeeld: behandelde groep - 1 mg isotretinoïne per kg lichaamsgewicht, opgelost in plantaardige olie, werd toegediend van de 7e tot de 13e dag van de zwangerschap; controlegroep - plantaardige olie in equivalente hoeveelheid werd oraal toegediend gedurende dezelfde periode. Op de 16e dag van de zwangerschap werden de vrouwtjes gedood, de foetussen verwijderd en hun hoofden geamputeerd.

De resultaten toonden aan dat beide groepen gesloten gehemeltes hadden zonder resten van epitheelcellen; echter, de eerste molaar kiemen van de isotretinoïne-behandelde dieren vertoonden vertraagde ontwikkeling vergeleken met de controledieren.

Isotretinoïne (13-cis-RA) is teratogeen in alle onderzochte soorten; op basis van de toegediende dosis lijken mensen het meest gevoelig, gevolgd door (in afnemende gevoeligheid) aap, konijn, hamster, muis en rat.

Op basis van de embryonale toegediende dosis suggereren we dat 13-cis-RA een equipotente teratogeen is bij hamster en konijn.

De veiligheid bij mensen wordt af en toe in twijfel getrokken omdat orale inname van retinoïden op therapeutische niveaus bekend staat om teratogene risico's te veroorzaken.

Topische tretinoïne is geen potentiële menselijke ontwikkelings-toxicant.

Teratogeniciteit van vitamine A werd voor het eerst gedetecteerd in proefdieren in 1953. Bijna 30 jaar later werd teratogeniciteit van het vitamine A-analoog isotretinoïne bij mensen gerapporteerd. Isotretinoïne veroorzaakt ernstige geboorteafwijkingen van craniofaciale en centraal zenuwstelsel, cardiovasculair systeem en thymusmalformaties - bij ongeveer 25% van de baby's die tijdens het eerste trimester van hun prenatale ontwikkeling werden blootgesteld.

Hoge vitamine A-inname bij zwangere vrouwen: vrouwen die dagelijks vitamine A-supplementen gebruiken tijdens de vroege zwangerschap hebben ongeveer een tweemaal verhoogd risico op het krijgen van een misvormde baby.

Vitamine A begon de ontwikkeling te beïnvloeden tussen doses van 0,3-0,3 microm [gecorrigeerd] per embryo. Malformaties van hoofd, ledematen en hart werden op vergelijkbare wijze gedetecteerd als bij laboratoriummammalia en bij de mens.

De minimale embryotoxische doses van vitamine A bij zoogdieren werden geschat tussen 0,1-1 mg/kg moederlijk gewicht.

Epidemiologische studies bij mensen hebben de teratogeniciteit van vitamine A aangetoond na dagelijkse doses van 25.000 i.e.-8,3 mg (0,13 mg/kg) en een verlaging van de maximale inname wordt aanbevolen tot 10.000 i.e. per dag (0,05 mg/kg). De resultaten over teratogeniciteit van vitamine A behaald in het kuikenembryo zijn in overeenstemming met deze aanbeveling. De inname van vitamine A via voedsel is voldoende voor zwangere vrouwen in de algemene Tsjechische bevolking. Daarom brengt kunstmatige supplementatie van vitamine A het risico van overdosis met zich mee. Indien supplementatie met vitamine A onvermijdelijk is tijdens de zwangerschap, verdient B-caroteen de voorkeur.

Een teratogene doseringsschema met 13-cis-RA [Hummler et al. (1994) Teratology 50:184-193].

Plasma AUC-waarden van all-trans-RA waren 2- tot 7-voudig hoger na toediening van all-trans-RA (huidige studie) dan na dosering met de teratogene dosis van 13-cis-RA. Deze resultaten versterken onze recente suggestie dat de teratogene effecten geïnduceerd bij cynomolgusapen door 13-cis-RA-behandeling niet uitsluitend kunnen voortkomen uit de werking van all-trans-RA, maar mogelijk 13-cis-RA en 13-cis-4-oxo-RA omvatten, die direct kunnen werken of als transportmiddel kunnen fungeren.

VITA, onder andere, is betrokken bij het proces van morfogenese. Daarentegen worden synthetische derivaten van VITA, specifiek Tigasone (etretinaat, TIG) en Roaccutane (isotretinoïne, ROA), beschouwd als belangrijke teratogenen.

Een biphasische maximale remming was aanwezig bij 1 microM concentraties wanneer de retinoïden VITA, TIG en ROA gedurende 16 uur werden toegevoegd (respectievelijk 52, 58 en 57%; P < 0,01 volgens eenweg ANOVA). Daarentegen had de toevoeging van de drie retinoïden bij 1 microM concentraties gedurende 16 uur geen significant effect op HCG-secretie door placenta-explantaten van 11-13 weken zwangerschapsduur.

Remming van HCG-secretie door retinoïden kan direct of indirect bijdragen aan hun teratogeniciteit.

Isotretinoïne is een krachtig retinoïnezuur dat wordt gebruikt bij de behandeling van huidaandoeningen. Hoewel zeer effectief, is het teratogeen als het tijdens de zwangerschap wordt toegediend, en het teratogene effect kan gerelateerd zijn aan de normale activiteit van retinoïden als signaalmoleculen in het embryo.

Aandoeningen die hartafwijkingen omvatten, door het remmen van de migratie van neurale lijstcellen.

Proliferatie in hartweefsel van hele embryo-culturen werd geremd in medium met 10(-6) M isotretinoïne tot 62% van het controlevel in myocardium.

De resultaten suggereren meerdere effecten van retinoïden op groei, morfogenese en differentiatie van vroeg hartweefsel, en worden besproken in relatie tot de potentiële rol van retinoïden in vroege embryogenese.

Orale toediening van 400 mg/kg 13-cis retinoïnezuur aan 9 dagen zwangere muizen veroorzaakt belangrijke maxillofaciale malformaties. De eerste manifestatie van het teratogene effect is een toename van de dichtheid van celdood die optreedt in het dorsale deel van de eerste twee kieuwbogen op dag 9,5. Deze twee bogen worden hypoplastisch op dagen 10 en 11, en de preskeletale anlagen verschijnen te laat in vergelijking met controle-embryo's. Het kraakbeen van Meckel is te krom en mediaal gelegen. Pre-ossiculaire en pre-mandibulaire blastemata ontwikkelen zich met ruimtelijke vervormingen die goed analyseerbaar zijn op dagen 16 en 17.

Isotretinoïne (13-cis-retinoïnezuur, Accutane) verhoogt het risico op grote aangeboren afwijkingen bij baby's die tijdens de zwangerschap aan isotretinoïne werden blootgesteld. Er zijn echter tot nu toe geen epidemiologische rapporten over het effect van een daaropvolgende zwangerschap na het stoppen met isotretinoïne.

Analyse van zwangerschapscasusrapporten van patiënten bij wie de conceptie plaatsvond nadat de isotretinoïnebehandeling was gestopt

Spontane en gemiste abortussen van alle zwangerschappen bedroegen 9,1% (acht patiënten), en het incidentiepercentage van aangeboren afwijkingen onder de levendgeborenen was 5,0% (vier patiënten).

Deze waren niet significant verschillend van de percentages die werden gerapporteerd voor vrouwen in de vruchtbare leeftijd in de algemene bevolking. Bovendien waren de gerapporteerde malformaties niet kenmerkend voor retinoïnezuur-geïnduceerde congenitale afwijkingen.

Keratolenticulaire dysgenese (Peters-anomalie) werd geïnduceerd bij muizen door blootstelling aan de menselijke teratogenen ethanol of 13-cis retinoïnezuur (isotretinoïne, Accutane). Acute teratogene blootstelling op de zevende dag van de zwangerschap (overeenkomend met de derde week van de menselijke zwangerschap) resulteerde in een oogmalformatieincidentie van 46% tot 100% bij dag 14 foetussen.

Dit secundaire effect op neurale lijstafgeleiden manifesteert zich bij volwassen dieren als corneale opaciteiten geassocieerd met defecten in het Descemet-membraan en endotheel, en anterieure polaire cataracten.

13-cis-retinoïnezuur (13-cis-RA, of isotretinoïne) is verantwoordelijk voor diverse craniofaciale malformaties in het knaagdier- en menselijke embryo.

In hele embryo-culturen veroorzaakte 13-cis-RA significante algemene embryonale groeivertraging, vooral in de primaire en secundaire palatale processen.

De daaropvolgende celgroei nam af bij concentraties van 13-cis-RA groter dan 1 X 10(-5) M. Na een behandelingsperiode van 40 uur waren de labelindices in retinoïde-behandelde cellen significant lager dan de controlewaarden (25% vergeleken met 40%). Retinoïnezuur veroorzaakte ook een significante, concentratie-afhankelijke afname van 3H-thymidine incorporatie. Het remmende effect van 13-cis-RA op proliferatie van orale-neus mesenchymale cellen lijkt gerelateerd aan de productie van craniofaciale malformaties.

Meldingen van nadelige menselijke zwangerschapsuitkomsten, waaronder gespleten gehemelte, zijn toegenomen naarmate het klinisch gebruik van isotretinoïne (13-cis-retinoïnezuur) en andere retinoïnezuurderivaten is toegenomen, maar de mechanismen waarmee hun effecten worden uitgeoefend zijn niet begrepen.

In palatale plooien die vroeg in hun ontwikkeling werden blootgesteld aan EGF en trans-RA, lijkt DNA-synthese voortijdig te stoppen in vergelijking met plooien gekweekt in controlemateriaal, en dit effect gaat gepaard met een overmatige expansie van de extracellulaire ruimte in het mesenchym. Blootstelling van plooien aan alleen EGF is voldoende om degeneratie te blokkeren en hyperplasie van de mediale epitheelcellen te induceren, maar induceert niet de andere ultrastructurale veranderingen die worden gezien bij zowel EGF als RA. De waargenomen veranderingen in de morfologie van mediale cellen kunnen de adhesie van de palatale plooien verstoren en kunnen een rol spelen bij retinoïde-geïnduceerde gespleten gehemelte bij het menselijke embryo.

Recente klinische observaties suggereren sterk dat isotretinoïne [13-cis-retinoïnezuur (cis RA)] een menselijke teratogeen is die voornamelijk hart- en craniofaciale malformaties veroorzaakt, inclusief oor- en gehemelteschade.

Onze resultaten tonen aan dat gelabeld cis RA de weefsels van het embryo binnendringt, zowel in vivo als in vitro. Cis RA remde de proliferatie van frontonasale mesenchymcellen in primaire cultuur met 31% remming bij 2 X 10(-5) M cis RA.

Retinoïnezuur, een analoog van vitamine A, is bekend als teratogeen in laboratoriumdieren en is recentelijk in enkele klinische casusrapporten betrokken. Om de menselijke teratogeniciteit van dit middel te bestuderen, onderzochten we 154 menselijke zwangerschappen met foetale blootstelling aan isotretinoïne, een retinoïde voorgeschreven voor ernstige hardnekkige cystische acne. De uitkomsten waren 95 electieve abortussen, 26 baby's zonder grote malformaties, 12 spontane abortussen en 21 misvormde baby's. Een subset van 36 van de 154 zwangerschappen werd prospectief gevolgd.

Blootstelling aan isotretinoïne werd geassocieerd met een ongewoon hoog relatief risico voor een groep geselecteerde grote malformaties (relatief risico = 25,6; 95% betrouwbaarheidsinterval, 11,4 tot 57,5).

Het is mogelijk dat een belangrijk mechanisme van isotretinoïne-teratogenese een schadelijk effect is op de activiteit van cephale neurale lijstcellen, wat resulteert in de waargenomen craniofaciale, cardiale en thymusmalformaties.|


Welk eiwit is de E3-ubiquitine-ligase die de tumorsuppressor p53 richt op proteasomale afbraak?

Answer: Het p53 tumorsuppressoreiwit wordt nauwkeurig gereguleerd door de E3 ubiquitine-ligase, mouse double minute 2 (MDM2). De RING-domein E3 ubiquitine-ligase Mdm2 is de hoofdregelaar van de tumorsuppressor p53. Het richt p53 op voor proteasomale afbraak, waardoor de krachtige activiteit van p53 wordt beperkt en celoverleving en proliferatie mogelijk worden gemaakt. p53 wordt in veel menselijke maligniteiten geïnactiveerd door missense-mutaties of overexpressie van het menselijke homoloog van Mdm2 (Hdm2), een E3 ubiquitine-ligase die p53 ubiquitineert en daarmee de proteasomale afbraak bevordert.

p53-niveaus en activiteit worden grotendeels gecontroleerd door gereguleerde ubiquitinering en daaropvolgende vernietiging door het 26S proteasoom. Monoubiquitinering van p53 wordt voornamelijk gemedieerd door de RING-finger E3 ubiquitine-ligase MDM2 en beïnvloedt de p53-activiteit door modulatie van de p53-lokalisatie en transcriptie-activiteiten.

De RING-domein E3 ubiquitine-ligase Mdm2 is de hoofdregelaar van de tumorsuppressor p53. Het richt p53 op voor proteasomale afbraak, waardoor de krachtige activiteit van p53 wordt beperkt en celoverleving en proliferatie mogelijk worden gemaakt.

De p53-transcriptiefactor en tumorsuppressor wordt voornamelijk gereguleerd door de E3 ubiquitine-ligase Mdm2, die p53 ubiquitineert om het te richten op proteasomale afbraak. Afgezien van zijn functie als ubiquitine-ligase, werd aangenomen dat Mdm2 in staat is om de transcriptie-activiteit van p53 te onderdrukken door te binden aan en het transactivatiedomein van p53 te maskeren.

De regulatie van p53-expressieniveaus is cruciaal voor het beheersen van p53-activiteit in normale en beschadigde cellen. Dit wordt goed geïllustreerd door de E3 ubiquitine-ligase MDM2 die p53 onder normale omstandigheden richt op proteasomale afbraak en essentieel is voor het beheersen van p53-activiteit tijdens de ontwikkeling.

p53 wordt in veel menselijke maligniteiten geïnactiveerd door missense-mutaties of overexpressie van het menselijke homoloog van Mdm2 (Hdm2), een E3 ubiquitine-ligase die p53 ubiquitineert en daarmee de proteasomale afbraak bevordert.

Er werd gedacht dat Mdm2 de tumorsuppressor p53 op twee manieren reguleert: door de toegang van p53 tot de transcriptiemachinerie te maskeren en door p53 te ubiquitineren, waardoor het wordt gericht op proteasomale afbraak. Dit dogma werd recentelijk uitgedaagd door gegevens van knock-in muizen waarbij de RING E3 ubiquitine-ligase-activiteit van Mdm2 werd opgeheven door een enkele puntmutatie. De RING-mutant Mdm2 kan volledig binden aan p53, maar kan de p53-activiteit niet onderdrukken, wat suggereert dat Mdm2 p53 niet kan blokkeren door alleen te binden, zonder ubiquitinering.

MDM2 is een E3 ubiquitine-ligase die de proteasomale afbraak en activiteit reguleert van eiwitten betrokken bij celgroei en apoptose, waaronder de tumorsuppressoren p53 en retinoblastoma en de transcriptiefactor E2F1.

Het p53 tumorsuppressoreiwit speelt een belangrijke rol bij het beschermen van de genoomintegriteit. Onder normale omstandigheden controleren Mdmx en Mdm2 de activiteit van p53. Beide eiwitten remmen de transcriptieregulatie door p53, terwijl Mdm2 ook functioneert als een E3 ubiquitine-ligase om zowel p53 als Mdmx te richten op proteasomale afbraak.

p53 is een cruciale coördinator van een breed scala aan stressreacties. Om een snelle reactie op stress mogelijk te maken, wordt p53 constitutief geproduceerd maar negatief gereguleerd door MDM2. MDM2 kan p53 op meerdere onafhankelijke manieren remmen: door te binden aan het transcriptie-activatiedomein, het remmen van p53-acetylering, het bevorderen van nucleaire export en waarschijnlijk het belangrijkste door het bevorderen van proteasomale afbraak van p53. Dit laatste wordt bereikt via de E3 ubiquitine-ligase-activiteit van MDM2 die zich bevindt in het RING-finger domein van MDM2.

Mdm2 is een RING-finger E3 ubiquitine-ligase, die ubiquitinering en proteasomale afbraak van het p53 tumorsuppressoreiwit bevordert. Acetylering van p53 reguleert de transcriptie-activiteit van p53 en remt Mdm2-gemedieerde ubiquitinering en afbraak van p53.

MDM2 is een E3 ubiquitine-ligase die p53 richt op proteasomale afbraak. Recente studies hebben echter aangetoond dat het ring-finger domein (RFD) van MDM2, waar de ubiquitine E3 ligase-activiteit huist, noodzakelijk maar niet voldoende is voor p53-ubiquitinering, wat suggereert dat een aanvullende activiteit van MDM2 vereist kan zijn.

Het Mdm2 proto-oncogen is versterkt en overexpressed in verschillende tumoren. Een van de belangrijkste functies van Mdm2 die tot nu toe is beschreven, is het vermogen om de niveaus en activiteit van het tumorsuppressoreiwit p53 te moduleren. Mdm2 bindt aan het N-terminus van p53 en richt p53 via zijn werking als een E3 ubiquitine-ligase op snelle proteasomale afbraak.

De HDM2-p53 lus is cruciaal voor het monitoren van het p53-niveau en menselijke pathologieën. Daarom is identificatie van nieuwe moleculen die betrokken zijn bij deze regulerende lus noodzakelijk voor het begrijpen van de dynamische regulatie van p53 en de behandeling van menselijke ziekten. Hier karakteriseerden we dat het ribosomale eiwit L6 bindt aan en de E3 ubiquitine-ligase-activiteit van HDM2 onderdrukt, en vervolgens HDM2-gemedieerde p53-polyubiquitinering en afbraak vermindert.

Samen identificeert onze studie de cruciale functie van RPL6 in de regulatie van de HDM2-p53 route, wat het belang van RPL6 in menselijke genetische ziekten en kankers benadrukt.

Het richten op de E3 ubiquitine-ligase HDM2 kan leiden tot een therapeutische stijging van p53-niveaus. Echter, de effectiviteit van HDM2-remming kan worden aangetast door overexpressie van HDMX, een HDM2-homoloog die p53 bindt en sequestreert.

Het p53 tumorsuppressoreiwit wordt nauwkeurig gereguleerd door de E3 ubiquitine-ligase, mouse double minute 2 (MDM2), maar behoudt MDM2-expressie als onderdeel van een negatieve feedbacklus.

Murine double minute (MDM2) is een E3 ligase die ubiquitinering en afbraak van het tumorsuppressoreiwit 53 (p53) bevordert.


Kunnen DNA-intercalatoren functioneren als topoisomerase-remmers?

Answer: Het ontwinden van DNA suggereert DNA-intercalatie, wat de remming van topoisomerase II zou kunnen verklaren. Onder zijn vele eigenschappen is amiloride een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer. Amsacrine, een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer, is effectief als antileukemisch middel. AQ4N (1,4-bis[[2-(dimethylamino)ethyl] amino]-5,8-dihydroxyanthracene-9, 10-dione bis-N-oxide dihydrochloride) is een prodrug die selectief wordt geactiveerd in hypoxische weefsels tot AQ4, een topoisomerase II-remmer en DNA-intercalator. Amonafide is een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer in klinische ontwikkeling voor de behandeling van neoplastische ziekten.

De aporfine-alkaloïden (+)-dicentrine en (+)-bulbocapnine zijn niet-vlakke moleculen die kenmerken missen die normaal geassocieerd worden met DNA-binding door intercalatie of binding in de minor groove. Verrassend genoeg toonde dicentrine significante activiteit als topoisomerase II (EC 5.99.1.3) remmer en was ook actief in een DNA-ontwindingstest.

Het ontwinden van DNA suggereert DNA-intercalatie, wat de remming van topoisomerase II zou kunnen verklaren.

We vonden dat verschillende middelen, waaronder adriamycine (een DNA-intercalator en remmer van topoisomerase II)

Amsacrine, een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer, is effectief als antileukemisch middel.

Quinacrine was minder effectief. (ii) Remmers die intercaleren en binden aan het 'cleavable' DNA-topoisomerase complex (m-AMSA, mitoxantron, doxorubicine en daunorubicine) onderdrukten sterk de reparatieve DNA-insnijding.

Onder zijn vele eigenschappen is amiloride een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer.

Om te bepalen of het vermogen van amiloride om in DNA te intercaleren en DNA-topoisomerase II te remmen afhankelijk was van het vermogen om een cyclische conformatie aan te nemen, bestudeerden we de structuur-activiteitrelatie voor 12 amiloride-analogen.

Empirische assays bestaande uit biofysische, biochemische en celbiologische benaderingen, evenals computationele moleculaire modellering, werden gebruikt om de conformationele eigenschappen van deze moleculen te bepalen en om te bepalen of ze in DNA intercaleren en topoisomerase II remmen.

Resultaten gaven aan dat alleen die analogen die cyclisatie konden ondergaan in DNA konden intercaleren en topoisomerase II konden remmen. Dus lijkt het vermogen van amiloride en de 12 bestudeerde analogen om in DNA te intercaleren en topoisomerase II te remmen afhankelijk te zijn van het vermogen om in een vlakke, waterstofgebonden, tricyclische conformatie te bestaan.

Abnormale expressie van het nucleair geassocieerde enzym DNA topoisomerase II (topoisomerase II) is betrokken bij het in vitro fenotype van stralingsgevoelige ataxia-telangiectasia (A-T) cellen en bij het wijzigen van de gevoeligheid van eukaryote cellen voor topoisomerase II-remmende geneesmiddelen [bijv. de DNA-intercalator amsacrine (mAMSA)].

Alle drie geteste anthraquinonen, emodin, aloe-emodin en danthron, toonden het vermogen om de niet-covalente binding van bisbenzimide Hoechst 33342 aan geïsoleerd DNA en in muislymfoom L5178Y cellen te remmen, vergelijkbaar met de topoisomerase II-remmer en intercalator m-amsacrine.

Deze studies suggereren dat AD 288 topoisomerase II-activiteit remt door de initiële niet-covalente binding van topoisomerase II aan DNA te verhinderen. Omdat AD 288 een krachtige DNA-intercalator is, wordt katalytische remming bereikt door de toegang van het enzym tot DNA-bindingsplaatsen te verbieden.

AQ4N (1,4-bis[[2-(dimethylamino)ethyl] amino]-5,8-dihydroxyanthracene-9, 10-dione bis-N-oxide dihydrochloride) is een prodrug die selectief wordt geactiveerd in hypoxische weefsels tot AQ4, een topoisomerase II-remmer en DNA-intercalator.

Amonafide is een DNA-intercalator en topoisomerase II-remmer in klinische ontwikkeling voor de behandeling van neoplastische ziekten.

We vonden dat drie verbindingen een vergelijkbare kankercel-selectieve groeiremming hadden als amonafide, terwijl ze vergelijkbare subcellulaire lokalisatie, DNA-intercalatie en topoisomerase II-remmende activiteiten behielden.

Amonafide is een nieuw topoisomerase II (Topo II) remmer en DNA-intercalator die apoptotische signalering induceert door de binding van Topo II aan DNA te blokkeren.

Bij hogere concentraties wordt remming van Top1 katalytische activiteit en DNA-intercalatie waargenomen.

Ontwerp, synthese en biologische evaluatie van nieuwe oligopyrroolcarboxamiden gekoppeld aan tricyclische DNA-intercalatoren als potentiële DNA-liganden of topoisomerase-remmers.

Er werd gevonden dat 1) morpholinyldoxorubicine, cyanomorpholinyldoxorubicine en Actinomycine D (maar niet doxorubicine) DNA topoisomerase I-geïnduceerde splitsing op specifieke DNA-plaatsen stimuleerden; 2) alleen doxorubicine en Actinomycine D DNA-splitsing door DNA topoisomerase II stimuleerden; 3) bij hogere geneesmiddelconcentraties DNA-intercalatoren enzymgemedieerde DNA-splitsing geïnduceerd door DNA topoisomerase I en II onderdrukten; 4) alleen cyanomorpholinyldoxorubicine DNA-DNA crosslinks produceerde; geen DNA-ontwinding werd waargenomen; en 5) de DNA-intercalatie (ontwinding) potentie van morpholinyldoxorubicine ongeveer 2 keer minder was dan die van doxorubicine.

De gegevens geven aan dat sommige DNA-intercalatoren niet alleen remmers zijn van DNA topoisomerase II, maar ook werken op DNA topoisomerase I.

De screening van cMAP voor niet-gekarakteriseerde geneesmiddelen toonde aan dat het signatuur van Epoxy anthraquinon-derivaat (EAD) overeenkwam met de profielen van meerdere bekende DNA-gerichte middelen (topoisomerase I/II-remmers, DNA-intercalatoren en DNA-alkylerende middelen) zoals voorspeld door zijn structuur.

De cytotoxiciteit van verschillende klassen antitumorale DNA-intercalatoren wordt verondersteld te ontstaan door verstoring van het DNA-metabolisme na het vastzetten van het nucleaire enzym DNA topoisomerase II als een covalent complex op DNA.

De meeste DNA-intercalatoren en epipodofyllotoxines remmen de zoogdier topoisomerase II door het enzym vast te zetten binnen DNA-splitsingscomplexen die in cellen kunnen worden gedetecteerd als eiwit-geassocieerde DNA-strandbreuken.

Talrijke topoisomerase I-giffen, waaronder DNA minor groove binders zoals Hoechst 33258 en DNA-intercalatoren zoals benzofenanthridine-alkaloïden en indolocarbazoolderivaten, zijn ontdekt en ontwikkeld.

De stabilisatie van splitsingsintermediaten door intercalatoren kan een gemeenschappelijk mechanisme hebben voor DNA topoisomerase I en DNA topoisomerase II.

Omdat structureel verwante antitumorale alkaloïden zoals camptothecine en fagaronine bekend staan als intercalerende topoisomerase-giffen, wordt verondersteld dat cytotoxische Stauranthus-alkaloïden ook kunnen dienen als intercalerende topoisomerase-remmers.

Samengevat suggereren onze resultaten dat een groot deel van de activiteit en specificiteit van m-AMSA als topoisomerase II-gif is vervat in de kopgroep, terwijl DNA-intercalatie voornamelijk wordt gebruikt om de affiniteit van m-AMSA voor het topoisomerase II-DNA-splitsingscomplex te verhogen.

De kruisgevoeligheidspatronen van de mutant werden onderzocht voor covalent (anthramycine) en niet-covalent (distamycine A) bindende minor groove liganden, en DNA-intercalerende [adriamycine, mitoxantron en 4'-(9-acridinylamino)methaan-sulfon-m-anisidide (mAMSA)] en niet-intercalerende (VP16-213) topoisomerase II-giffen.

Kinoline-alkaloïden als intercalerende topoisomerase-remmers.

DNA-intercalatie en remming van topoisomerase II. Structuur-activiteitrelaties voor een serie amiloride-analogen.

Deze omvatten: (i) de productie van verbeterde topoisomerase-remmers (door rekening te houden met geneesmiddel/eiwit evenals geneesmiddel/DNA-interacties); (ii) de ontwikkeling van reductief geactiveerde chromoforen als hypoxie-selectieve middelen; en (iii) het gebruik van DNA-intercalatoren met bekende DNA-bindingsoriëntatie als 'dragers' voor de gerichte (sequentie-, regio- en plaats-specifieke) levering van andere reactieve functionaliteiten aan DNA.

Indolo[2,3-b]quinolines zijn een familie van DNA-intercalatoren en remmers van topoisomerase II, synthetische analogen van neocryptolepine, een alkaloïde die traditioneel wordt gebruikt in de Afrikaanse volksgeneeskunde.

Hun vermogen om als bis-intercalatoren te functioneren werd beoordeeld met een nieuwe en handige topoisomerase-fluorescentie-assay.

Structuur-activiteitrelatie van polypyridyl ruthenium(II) complexen als DNA-intercalatoren, DNA-fotokleefmiddelen en remmers van DNA topoisomerase en RNA-polymerase.

Bovendien werden fragmenten van ongeveer 900 kbp gedetecteerd in de cellen behandeld met een topoisomerase-remmer, 4'-(9-acridinylamino)methaan-sulfon-m-anisidine, en fragmenten in het brede formaat tussen 700 en 245 kbp in de cellen behandeld met radicalenproducerende middelen, bleomycine en neocarzinostatine.

Langdurige remming van DNA-synthese en het aanhouden van vastgezette topoisomerase II-complexen bepalen de toxiciteit van de antitumorale DNA-intercalatoren mAMSA en mitoxantron.

Effecten van de DNA-intercalatoren 4'-(9-acridinylamino)methaan-sulfon-m-anisidide en 2-methyl-9-hydroxyellipticinium op topoisomerase II-gemedieerde DNA-strandbreuk en strandpassage.

Hier zijn moleculaire interacties van het krachtige antitumormiddel amsacrine (m-AMSA), een remmer van topoisomerase II, binnen levende K562-kankercellen bestudeerd met behulp van oppervlakteversterkte Raman (SER) spectroscopie.

Eerder is aangetoond dat DNA-intercalatoren de werking van amsacrine en verschillende andere topoisomerase II-giffen kunnen remmen, vermoedelijk als gevolg van interferentie met de DNA-bindingsplaatsen voor het enzym.

De gadd153-promotor werd sterk geactiveerd door een breed spectrum van genotoxische middelen, waaronder UV-mimetische middelen, DNA-crosslinking- en alkylerende middelen, DNA-intercalatoren en topoisomerase-remmers.

Onze studie geeft aan dat Epoxy anthraquinon-derivaat mogelijk een nieuwe DNA topoisomerase-remmer is die potentieel gebruikt kan worden voor de behandeling van neuroblastoom of andere kankerpatiënten.

Organische intercalatoren kunnen nucleïnezuursynthese in vivo remmen en zijn nu gangbare anticancermiddelen in klinische therapie.

Specifiek maten we het vermogen van deze verbindingen om 1) het thermische denaturatieprofiel van DNA te veranderen, 2) het hydrodynamische gedrag van DNA te modificeren, 3) de katalytische activiteit van gezuiverde DNA topoisomerase II in vitro te remmen, 4) de topoisomerase II-afhankelijke splitsing van DNA te bevorderen, en 5) functies geassocieerd met DNA topoisomerase II in intacte cellen te remmen. Resultaten gaven aan dat alleen die analogen die cyclisatie konden ondergaan in DNA konden intercaleren en topoisomerase II konden remmen.

Een functie voor topoisomerases I en II in DNA-excisieherstel kan worden verondersteld uit de organisatie van het zoogdierchromosoom, met nucleosomale structuren en matrix-gebonden DNA-lussen. Om deze functie te analyseren bepaalden we UV-geïnduceerde DNA-insnijding in confluerende menselijke fibroblasten in aanwezigheid van 16 remmers van topoisomerases I en II die tot ten minste vijf verschillende geneesmiddelcategorieën behoorden, gebaseerd op hun werkingsmechanisme.

In experimenten om het remmingsmechanisme van DNA-synthese door amiloride te bepalen, observeerden we dat amiloride zowel de katalytische activiteit van gezuiverde DNA topoisomerase II in vitro als DNA topoisomerase II-afhankelijke cel functies in vivo remde. Veel verbindingen die in staat zijn DNA topoisomerase II te remmen zijn DNA-intercalatoren.

Het vermogen van pyridoacridines om TOPO II-gemedieerde decatenatie van kDNA te remmen correleerde met hun cytotoxische potenties en hun vermogen om in kalfs thymus DNA te intercaleren. Deze resultaten suggereren dat verstoring van de functie van TOPO II, volgend op intercalatie, een waarschijnlijke mechanisme is waarmee pyridoacridines de proliferatie van HCT-cellen remmen.

Bewijs voor DNA-intercalatie door AD41 wordt geleverd door de observatie dat het geneesmiddel positieve supercoils introduceert in covalent gesloten plasmide DNA. Op basis van deze gegevens wordt een hypothese voorgesteld die een algemeen mechanisme zou bieden waarbij intercalerende middelen en epipodofyllotoxines de topoisomerasefunctie veranderen en vermoedelijk hun antitumorale effecten uitoefenen.

Daarom analyseerden we om structuur-functierelaties en de rol van DNA-binding in de werking van m-AMSA vollediger te onderzoeken een reeks derivaten op hun vermogen om DNA-splitsing te versterken gemedieerd door menselijke topoisomerase IIα en topoisomerase IIβ en om DNA te intercaleren. Resultaten geven aan dat de 3'-methoxy (m-AMSA) de geneesmiddelfunctie positief beïnvloedt, mogelijk door de rotatie van de kopgroep in een gunstige oriëntatie te beperken.|


Bij welke ziekten is microRNA 132 (miR-132) betrokken?

Answer:
Verschillende doelwitten voor miR-132 zijn beschreven en het is betrokken bij veel ziekten zoals:
neurodegeneratieve ziekten,
epilepsie,
schizofrenie,
Huntington's ziekte (HD),
Alzheimer's ziekte (AD),
neuro-inflammatie,
osteosarcoom,
chronische lymfatische leukemie (CLL),
angiogenese,
oogziekten,
alcoholische leverziekte,
progressieve supranucleaire verlamming (PSP taupathie),
lichte cognitieve achteruitgang.

De niveaus van zes kandidaat-miRNA's (miR-21, miR-199a-3p, miR-143, miR-34, miR-140 en miR-132) die eerder gereguleerd bleken te zijn in osteosarcoom, werden onderzocht in plasma van 40 osteosarcoompatiënten en 40 gematchte gezonde controles met behulp van kwantitatieve reverse-transcriptie polymerasekettingreactie (qRT-PCR) assays.

Functionele studies met antagomirs hebben bijgedragen aan het identificeren van de rol van miR-34a en miR-132 bij door aanvallen geïnduceerde neuronale celdood, terwijl het onderdrukken van miR-134 krachtig status epilepticus, schade door aanvallen en het latere optreden van spontane aanvallen verminderde. Het identificeren van de in vivo doelwitten van epilepsie-gereguleerde miRNA's is nu een prioriteit. Ten slotte zijn miRNA's stabiele, informatie-overdragende (paracriene) signalen. Het profileren van miRNA in biofluïda kan een nieuwe bron van ziektebiomarkers bij epilepsie vertegenwoordigen.

Ontsteking, stresssignalisatie en neuronale excitatie behoren tot de meest beïnvloede pathways.

Herpes simplex virus (HSV) veroorzaakt een chronische immuno-inflammatoire respons in het oog die kan leiden tot corneale neovascularisatie tijdens blindmakende immunopathologische laesie stromale keratitis (SK). miR-132 is een sterk geconserveerd miRNA dat wordt geïnduceerd in endotheelcellen als reactie op groeifactoren, zoals vasculair endotheliaal groeifactor (VEGF).

De expressie van miR-132 werd 10- tot 20-voudig verhoogd na oculaire infectie met HSV, een gebeurtenis die de productie van zowel VEGF-A als IL-17 omvatte.

Het anti-angiogene effect van antagomir-132 werd weerspiegeld door een vermindering van angiogene Ras-activiteit in corneale CD31-rijke cellen (vermoedelijk bloedvat-endotheelcellen) tijdens SK. Voor zover wij weten is dit een van de eerste rapporten over de betrokkenheid van miRNA bij een infectieuze oogaandoening. Het manipuleren van miRNA-expressie biedt hoop als therapeutische benadering om een oculaire laesie te beheersen die een belangrijke oorzaak is van blindheid bij mensen.

Het door cyclic AMP-responsieve element bindende en NMDA-gereguleerde microRNA miR-132 was significant down-gereguleerd in zowel de schizofrene ontdekkingscohort als een tweede, onafhankelijke groep schizofrene proefpersonen. Analyse van miR-132 doelwitgenexpressie in schizofrenie genexpressie-microarrays identificeerde 26 genen die up-gereguleerd waren bij schizofrene proefpersonen.

Onze gegevens suggereren dat dysregulatie van miR-132 en de daaropvolgende abnormale expressie van miR-132 doelwitgenen bijdragen aan de neuro-ontwikkelings- en neuromorfologische pathologieën die aanwezig zijn bij schizofrenie.

Analyse van miRNA-expressieprofielen van sporadische progressieve supranucleaire verlamming (PSP) patiënten, een belangrijke 4R-tau taupathie, toonde aan dat miR-132 specifiek down-gereguleerd is bij de ziekte. We tonen aan dat miR-132 direct het neuronale splicingfactor polypyrimidine tract-binding protein 2 (PTBP2) target, waarvan de eiwitniveaus verhoogd waren bij PSP-patiënten. Overexpressie van miR-132 of knockdown van PTBP2 beïnvloedde op vergelijkbare wijze de endogene 4R:3R-tau verhoudingen in neuronale cellen. Ten slotte leveren we bewijs dat miR-132 omgekeerd gecorreleerd is met PTBP2 tijdens de postnatale hersenontwikkeling op het moment dat 4R-tau tot expressie komt. Samengevat suggereren deze resultaten dat veranderingen in de miR-132/PTBP2-route kunnen bijdragen aan de abnormale splicing van tau exon 10 in de hersenen, en werpen ze licht op de mogelijke rol van miRNA's in een subset van tauopathieën.

Huntington's ziekte (HD) is een genetische neurodegeneratieve ziekte veroorzaakt door abnormale CAG-expansie. MicroRNA's (miRNA's) zijn korte RNA-moleculen die genexpressie reguleren en zijn betrokken bij diverse ziekten, waaronder HD.

Negen miRNA's (miR-22, miR-29c, miR-128, miR-132, miR-138, miR-218, miR-222, miR-344 en miR-674*) waren gemeenschappelijk down-gereguleerd in zowel 12 maanden oude YAC128 als 10 weken oude R6/2 muizen.

Osteosarcoom is de meest voorkomende primaire kwaadaardige bottumor, gekenmerkt door complexe genetica en resistentie tegen conventionele behandelingen.

Osteosarcoom van rat- en menselijke oorsprong vertoonde een miRNA-handtekening die goede van slechte responders kon onderscheiden. In het bijzonder identificeerden we vijf onderscheidende miRNA's (miR-92a, miR-99b, miR-132, miR-193a-5p en miR-422a) in tumoren van patiënten, die gemakkelijk toepasbaar zouden kunnen zijn voor diagnostiek.

De niveaus van verschillende microRNA's (miR-10a, -10b, -212, -132, -495) waren significant veranderd. Eén daarvan (miR-132) is gerapporteerd als sterk inducteerbaar door groeifactoren en een belangrijke regulator van neurietgroei. Bovendien werden miR-132-herkenningssequenties gedetecteerd in de mRNA-transcripten van twee differentieel tot expressie gebrachte eiwitten. MicroRNA's kunnen dus nieuwe biomarkers zijn voor neuronale disfunctie en potentiële therapeutische doelen voor menselijke neurodegeneratieve ziekten.

De gegevens geven aan dat micro-RNA's die miR-9, miR-124a, miR-125b, miR-128, miR-132 en miR-219 coderen overvloedig aanwezig zijn in de foetale hippocampus, differentieel gereguleerd worden in het verouderende brein, en dat er een verandering in specifieke micro-RNA-complexiteit optreedt in de hippocampus van Alzheimerpatiënten. Deze gegevens zijn consistent met het idee dat veranderde micro-RNA-gemedieerde verwerking van boodschapper-RNA-populaties kan bijdragen aan atypische mRNA-hoeveelheden en neurale disfunctie in het brein van Alzheimerpatiënten.


Welke zijn de menselijke glutamaattransporters?

Answer: Glutamaat/aspartaattransporter (GLAST) en glutamaattransporter-1 (GLT-1) zijn de meest voorkomende subtypen en essentieel voor de werking van het zoogdier-CZS, maar de bijdrage van het EAAC1-subtype aan de verwijdering van synaptisch glutamaat is controversieel gebleven, omdat de dichtheid van deze transporter in verschillende weefsels niet is vastgesteld. Met behulp van immunofluorescentie en postembedding immunogoudkleuring onderzochten we de verdeling van de glutamaat-aspartaattransporter (GLAST of excitatoire aminozuurtransporter 1), vesiculaire glutamaattransporter (VGLUT1) en de AMPA-receptor glutamaatreceptor 4 (GluR4) langs de spiraal.

De dichtheid van EAAC1 (EAAT3) glutamaattransporters die door neuronen in het zoogdier-CZS worden tot expressie gebracht.

Glutamaat/aspartaattransporter (GLAST) en glutamaattransporter-1 (GLT-1) zijn de meest voorkomende subtypen en essentieel voor de werking van het zoogdier-CZS, maar de bijdrage van het EAAC1-subtype aan de verwijdering van synaptisch glutamaat is controversieel gebleven, omdat de dichtheid van deze transporter in verschillende weefsels niet is vastgesteld.

Met behulp van immunofluorescentie en postembedding immunogoudkleuring onderzochten we de verdeling van de glutamaat-aspartaattransporter (GLAST of excitatoire aminozuurtransporter 1), vesiculaire glutamaattransporter (VGLUT1) en de AMPA-receptor glutamaatreceptor 4 (GluR4) langs de spiraal.

Immunogoudkleuring voor GluR4 was beperkt tot synaptische locaties, weergegeven door puncta in immunofluorescentie. Het relatieve aantal puncta veranderde met een gradiënt vergelijkbaar met die van GLAST-kleuring. VGLUT1-kleuring kwam voor in IHC's maar toonde geen duidelijke cochleotopische gradiënt. Deze gegevens suggereren dat zowel de dichtheid van innervatie als de activiteitsniveaus van glutamaterge synapsen betrokken kunnen zijn bij het moduleren van de regionale expressie van GLAST.

In de hersenen is EAAC1 (excitatoire aminozuurdrager 1) de primaire neuronale glutamaattransporter, gelokaliseerd op de perisynaptische membranen nabij de vrijgavestations.

Reticulon RTN2B reguleert het transport en de functie van de neuronale glutamaattransporter EAAC1.

Eerder identificeerden we een EAAC1-geassocieerd eiwit, GTRAP3-18, een ER-eiwit dat de ER-uitgang van EAAC1 voorkomt wanneer geïnduceerd.

Hier tonen we aan dat RTN2B, een lid van de reticulon-eiwitfamilie die voornamelijk in het ER en ER-uitgangsplaatsen gelokaliseerd is, interactie heeft met EAAC1 en GTRAP3-18.

In deze studie is de opname van L-[14C]cystine door drie van de hoogaffiene natriumafhankelijke zoogdierglutamaattransporters (GLT1, GLAST en EAAC1) die afzonderlijk in HEK-cellen tot expressie werden gebracht, bepaald.

Reductie van L-[14C]cystine tot L-[14C]cysteïne in aanwezigheid van 1 mM cysteinylglycine verhoogt de opnamesnelheid in HEK(GLT1), HEK(GLAST) en HEK(EAAC1) cellen, maar slechts een klein deel (<10%) van de L-[14C]cysteïne-opname in HEK(GLT1) en HEK(GLAST) cellen vindt plaats via de hoogaffiene glutamaattransporters.

Positie van de derde Na+-plaats in de aspartaattransporter GltPh en de menselijke glutamaattransporter, EAAT1.

Glutamaatreceptoren en transporters, waaronder T1R1 en T1R3 (smaakreceptor 1, subtypen 1 en 3), mGluRs (metabotrope glutamaatreceptoren), EAAC-1 (excitatoire aminozuurdrager-1), GLAST-1 (glutamaat-aspartaattransporter-1) en GLT-1 (glutamaattransporter-1), worden tot expressie gebracht in het gastro-intestinale kanaal.

De ASCT's (alanine-, serine- en cysteïntransporters) behoren tot de soluutdragerfamilie 1 (SLC1), waartoe ook de menselijke glutamaattransporters (excitatoire aminozuurtransporters, EAAT's) en de prokaryote aspartaattransporter GltPh behoren.

Aangezien astrocyten neuronen beschermen door glutamaat op te nemen via plasmamembraantransporters, bestudeerden we ook het effect van GRK2 op de lokalisatie van de GLutamate ASpartate Transporter (GLAST).

GLT-1, Glutamaattransporter 1, hetzelfde als excitatoire aminozuurtransporter 2; Glu, glutamaat.

Meervoudige functies van glutamaatopname via de meningokokken GltT-GltM l-glutamaat ABC-transporter bij de internalisatie van Neisseria meningitidis in menselijke hersenmicrovasculaire endotheelcellen.

Ondanks de hoge mate van aminozuursequentie-identiteit tussen familieleden functioneren ASCT's heel anders dan de EAAT's en GltPh.

Ten eerste kan Li(+) het transport door EAAT2 niet ondersteunen, terwijl het het transport door de andere excitatoire aminozuurtransporters wel kan ondersteunen, en ten tweede is EAAT2 gevoeliger voor een breder scala aan blokkers dan andere subtypen.

hGLT-1 en hGLuT-1 mRNA's werden het meest abundant tot expressie gebracht in de hersenen, terwijl de expressie van hEAAC1 mRNA (3,8 kb en 2,4 kb) het sterkst was in perifere organen.

Identificatie van functionele domeinen van de menselijke glutamaattransporters EAAT1 en EAAT2.

De glutamaattransporter EAAT2 verschilt van andere subtypen op twee punten.

DNA-methyleringsafhankelijke silencering van het menselijke glutamaattransporter EAAT2-gen in gliale cellen.

We hebben de functionele impact onderzocht van een natuurlijk voorkomende mutatie van de menselijke glutamaattransporter GLT1 (EAAT2), die was gedetecteerd bij een patiënt met sporadische amyotrofische laterale sclerose.

We bestudeerden de subeenheidsstoichiometrie van twee ver van elkaar verwante glutamaattransporters, de menselijke gliale glutamaattransporter hEAAT2 en een bacteriële glutamaattransporter van Escherichia coli, ecgltP. Met behulp van blue native polyacrylamidegel-elektroforese, analyse van geconcanateerde transporters en chemische crosslinking toonden we aan dat menselijke en prokaryote glutamaattransporters, tot expressie gebracht in Xenopus laevis-oöcyten of in zoogdiercellen, zijn samengesteld als trimers bestaande uit drie identieke subeenheden.

Vijf glutamaattransporters in de menselijke hersenen (EAAT1-5) zijn aanwezig op zowel astroglia als neuronen. We karakteriseren het profiel van drie verschillende menselijke astrogliale voorlopercellen in vitro: menselijke gliale beperkte voorlopercellen (HGRP), menselijke astrocytvoorkeurscellen (HAPC) en vroeggedifferentieerde astrocyten.

Ze zijn bekend als multimeren; echter, het aantal subeenheden dat een functionele transporter vormt is controversieel. We bestudeerden de subeenheidsstoichiometrie van twee ver van elkaar verwante glutamaattransporters, de menselijke gliale glutamaattransporter hEAAT2 en een bacteriële glutamaattransporter van Escherichia coli, ecgltP.

Immunofluorescente analyse werd gebruikt om het bestaan en de locatie van glutamaat, glutamaatreceptor (NR2B) en glutamaattransporter (GLT1) in muis- en menselijk sperma te onderzoeken.


Wat zijn de functies van sorting nexin 27?

Answer: Sorting nexin 27 (SNX27) reguleert endocytische sortering/hergebruik en intracellulair transport van ionkanalen en receptoren.

Knockdown van SNX27 door siRNA in HEK293-cellen verhoogde de expressie van MRP4 op het plasmamembraan, verhoogde de uitstoot van 6-[(14)C]mercaptopurine, een MRP4-substraat, en verleende resistentie tegen 6-[(14)C]mercaptopurine.

Sorting nexin 27 (SNX27) is een 62-kDa eiwit dat gelokaliseerd is in vroege endosomen en bekend staat om het reguleren van het intracellulaire transport van ionkanalen en receptoren.

Ten slotte toonden migratie-assays aan dat het verwijderen van SNX27 uit HeLa- en muis hoofdniercorticale verzamelbuiscellen de celmotiliteit aanzienlijk vermindert. We stellen een model voor waarbij SNX27 het transport van β-Pix naar focale adhesies reguleert en daarmee de celmotiliteit beïnvloedt.

We vonden dat SNX27a een deel van 5-HT4(a)R omleidde naar vroege endosomen.

sorting nexin 27 (SNX27), een recent beschreven lid van een eiwitfamilie die betrokken is bij intracellulair transport,

SNX27 colokaliseerde met transferrinereceptor-positieve vesikels, wat wijst op zijn deelname aan T-cel endocytisch hergebruik.

Dit eiwit is een uniek lid van de sorting nexin-eiwitfamilie, een groep die over het algemeen betrokken is bij het endocytische en intracellulaire sorteermechanisme

Deze eerder niet gerapporteerde resultaten geven aan dat SNX27 deelneemt aan NK-celpolarisatie, als mediator of doelwit van het mechanisme.

Net als de meeste sorting nexins bezit SNX27 een functioneel PX-domein dat selectief bindt aan het membraanfosfolipide fosfatidylinositol-3-fosfaat (PI3P) en belangrijk is voor transport naar het vroege endosoom.

Dit is in overeenstemming met een rol van SNX27 als algemene regulator voor sortering van membraaneiwitten die een PDZ-bindmotief bevatten, en het ontbreken ervan kan het transport van deze eiwitten veranderen, wat leidt tot groeistoornissen en overlevingsdefecten.

Sorting nexin 27 (SNX27) behoort tot de sorting nexin-eiwitfamilie, die deelneemt aan vesiculair en eiwittransport. Net als alle sorting nexin-eiwitten heeft SNX27 een functioneel PX-domein dat belangrijk is voor endosoombinding, maar het is de enige sorting nexin met een PDZ-domein.

Deze resultaten identificeren SNX27 als een PDZ-bevattend component van de T-cel immunologische synaps, en tonen een rol aan voor dit eiwit in de regulatie van de Ras-ERK-route, wat wijst op een functionele relatie tussen SNX27 en DGKζ.

Sorting nexins zijn betrokken bij het transport van eiwitten door endosomale compartimenten.


Volgen wees- en gen-gerelateerde CpG-eilanden machtswetachtige verdelingen?

Answer: Ja. Wees- en gen-gerelateerde CpG-eilanden volgen machtswetachtige verdelingen in verschillende genomen. Het waargenomen verdelingspatroon is onafhankelijk van het analoge patroon waarvan werd gerapporteerd dat eiwitcoderende segmenten dit volgen.

Wees- en gen-gerelateerde CpG-eilanden volgen machtswetachtige verdelingen in verschillende genomen: bewijs van functie-gerelateerde en taxonomie-gerelateerde distributiemodi.

Onze resultaten over machtswetachtige lineariteit gevonden in wees-CGI-populaties suggereren dat het waargenomen verdelingspatroon onafhankelijk is van het analoge patroon waarvan werd gerapporteerd dat eiwitcoderende segmenten dit volgen. De machtswetachtige patronen in de genomische verdelingen van CGIs die hier worden beschreven, blijken compatibel te zijn met verschillende andere kenmerken van de samenstelling, overvloed of functionele rol van CGIs die in de huidige literatuur over verschillende genomen worden gerapporteerd, op basis van het voorgestelde evolutionaire model.

Aanvankelijk werd hen de rol van transcriptieregulatie van eiwitcoderende genen toegeschreven, vooral die van de housekeeping-genen, terwijl er recentelijk bewijs is gevonden dat zij ook betrokken zijn bij verschillende andere functies, waaronder mogelijk de regulatie van de expressie van RNA-genen, DNA-replicatie enzovoort. Hier wordt een onderzoek uitgevoerd naar hun verdelingskenmerken in verschillende genomen, zowel voor volledige CGI-populaties als voor CGI-subsets die zich bevinden ver van bekende genen (genen-onverwante of "wees" CGIs). In beide gevallen wordt machtswetachtige lineariteit in dubbele logaritmische schaal gevonden.


Wat is het aandeel van niet-canonieke splice-sites in het menselijk genoom?

Answer: Tussen 1% en 2% van de menselijke splice-sites bevatten niet de canonieke GT-AG dinucleotiden

Hiervan bevatten 98,71% canonieke GT-AG verbindingen (22.199 vermeldingen) en 0,56% heeft niet-canonieke GC-AG splice-site paren. De rest (0,73%) komt voor in veel kleine groepen (met een maximale grootte van 0,05%).

Hiervan bevatten 98,71% canonieke dinucleotiden GT en AG voor respectievelijk donor- en acceptorsites; 0,56% heeft niet-canonieke GC-AG splice-site paren; en de resterende 0,73% komt voor in veel kleine groepen (met een maximale grootte van 0,05%).


Lijst van eiwitgelkleuringmethoden die het volledige eiwitbestand visualiseren.

Answer:
Verschillende kleuringprotocollen voor de visualisatie van eiwitten gescheiden door SDS-PAGE zijn beschreven in de literatuur:
fluorescentie
Sypro Ruby
Colloïdaal Coomassie Blauw
Coomassie Blauw
Zilverkleuring
Coomassie Brilliant Blue

DIGE vereist het labelen van eiwitten met fluorochromen voorafgaand aan hun scheiding op 2DE-gels.

De Stains-All (ISA) kleuringmethode voor fosfoproteïnen in SDS-PAGE is beschreven.

Kwantitatieve proteoomanalyses suggereren dat de goed gevestigde kleuring colloïdaal Coomassie Blauw, wanneer gebruikt als een infraroodkleurstof, een gevoelige, post-elektroforetische in-gel eiwitdetectie kan bieden die zelfs kan concurreren met Sypro Ruby.

Verschillende nieuwe snelle kleuringprotocollen voor de visualisatie van eiwitten gescheiden door SDS-PAGE met gebruik van Coomassie Blue kleuring (CBS) zijn beschreven in de literatuur.

De CyDye-familie van fluorescerende kleurstoffen is momenteel de overweldigende keuze voor toepassingen in proteomische analyse, met gebruik van tweedimensionale differentiële gel-elektroforese (2D-DIGE).

Dit maakt de co-detectie mogelijk van fosfoproteïnen evenals totale eiwitten uit dezelfde gel en wordt bereikt door het gebruik van twee verschillende fluorescerende kleurstoffen, de ProQ-Diamond, die alleen gefosforyleerde eiwitten kleurt, en Sypro Ruby, die de gehele subset van eiwitten kleurt.

De detectie van de resulterende eiwitkaarten berust op kleuring (d.w.z. colloïdaal coomassie blauw (CCB) of SYPRO Ruby (SR), naast vele anderen). Fluorescerende in-gel eiwitkleuringen worden over het algemeen geprefereerd vanwege hogere gevoeligheid, verminderde achtergrond en een breder dynamisch bereik.

Veelgebruikte kleuringmethoden met uitstekende compatibiliteit voor massaspectrometrie zijn coomassie brilliant blue (CBB) of fluorescerende kleurstoffen.

De typische concentratie van geladen eiwit varieert van 0,13 tot 1,40 μg/μL voor een klassieke zilverkleuringmethode in 2DE-gel.

Zilverkleuring wordt veel gebruikt om eiwitten te detecteren in polyacrylamide gels wanneer hoge gevoeligheid vereist is.

Zilverkleuring wordt gebruikt om eiwitten te detecteren na elektroforetische scheiding op polyacrylamide gels.