Welke eigenschappen van het mRNA worden beïnvloed door N6-methyladenosine (m6A)?

Answer: N(6)-methyladenosine (m6A) is de meest voorkomende gemodificeerde base in eukaryotisch mRNA en wordt in verband gebracht met diverse effecten op het lot van mRNA. m6A vermindert voornamelijk en direct de stabiliteit van mRNA.

N(6)-methyladenosine (m6A) is de meest voorkomende gemodificeerde base in eukaryotisch mRNA en wordt in verband gebracht met diverse effecten op het lot van mRNA.

m(6)A vermindert voornamelijk en direct de stabiliteit van mRNA, inclusief die van belangrijke naïeve pluripotentie-bevorderende transcripties.

Recente ontdekkingen van omkeerbare N(6)-methyladenosine (m(6)A) methylatie op boodschapper-RNA (mRNA) en het in kaart brengen van m(6)A methylomen in zoogdieren en gist hebben potentiële regulerende functies van deze RNA-modificatie onthuld.

Het monitoren van m6A-niveaus na WTAP-depletie maakte het mogelijk om nauwkeurige en bijna enkel-nucleotide resolutie methylatiekaarten te definiëren en deze te classificeren in WTAP-afhankelijke en -onafhankelijke locaties. WTAP-afhankelijke locaties bevinden zich op interne posities in transcripties, zijn topologisch statisch over een verscheidenheid aan systemen die we onderzochten, en zijn omgekeerd gecorreleerd met mRNA-stabiliteit, wat consistent is met een rol in het vaststellen van "basale" afbraaksnelheden.

Methylaties van adenosine-residuen (m6A) in pre-mRNA zijn belangrijk voor de vorming van late simian virus 40 mRNAs.

De gegevens pleiten voor een rol van interne m6A-groepen bij het moduleren van het verwerking-gekoppelde transport van mRNA van de kern naar het cytoplasma van niet-getransformeerde cellen.

N6-Methyladenosine (m6A) residuen, die intern worden gevonden in virale en cellulaire mRNA-populaties op de sequenties Apm6ApC en Gpm6ApC, worden verondersteld een rol te spelen in mRNA-verwerking en transport.

De rol van het Fat Mass and Obesity-associated protein (FTO) en zijn substraat N6-methyladenosine (m6A) in mRNA-verwerking en adipogenese blijft grotendeels onbekend.

N6-methyladenosine (m6A) is een veelvoorkomende modificatie van mRNA met potentiële rollen in het fijn afstemmen van de RNA-levenscyclus.

De resultaten van die studie en van experimenten met remmers van methylatie suggereren dat m6A betrokken kan zijn bij mRNA-verwerking.

De methylatie van interne adenosine-residuen in eukaryotisch mRNA, waarbij N6-methyladenosine (m6A) wordt gevormd, wordt gekatalyseerd door een complex multicomponent enzym. Eerdere studies suggereerden dat m6A de efficiëntie van mRNA-verwerking of transport beïnvloedt, hoewel het mechanisme waardoor dit gebeurt niet bekend is.

Eerdere studies suggereerden dat m6A de efficiëntie van mRNA-verwerking of transport beïnvloedt, hoewel het mechanisme waardoor dit gebeurt niet bekend is. Als een stap naar een beter begrip van het mechanisme en de functie van deze alomtegenwoordige posttranscriptionele modificatie, hebben we aangetoond dat HeLa mRNA (N6-adenosine)-methyltransferase ten minste twee afzonderlijke proteïne factoren vereist, MT-A en MT-B, en MT-A bevat de AdoMet-bindingsplaats op een 70-kDa subunit (MT-A70).


Wat is de implicatie van histon lysine methylatie bij medulloblastoom?

Answer: Abnormale patronen van H3K4, H3K9 en H3K27 histon lysine methylatie bleken te resulteren in veranderingen in de histoncode, die veranderingen in genexpressie veroorzaken en de proliferatiesnelheid van cellen in medulloblastoom beïnvloeden.

Door gerichte hersequencing identificeerden we mutaties in MLL2 in 8% (14/175) van de MB's, waarvan het merendeel verlies van functie betrof. Opmerkelijk is dat we ook mutaties rapporteerden die de MLL2-bindingspartner KDM6A aantasten, in 4% (7/175) van de tumoren. Terwijl MLL2-mutaties onafhankelijk waren van leeftijd, geslacht, histologisch subtype, M-stadium of moleculaire subgroep, werden KDM6A-mutaties het meest gevonden in Groep 4 MB's en waren ze wederzijds exclusief met MLL2-mutaties. Immunohistochemische kleuring voor H3K4me3 en H3K27me3, respectievelijk de chromatineffectoren van MLL2- en KDM6A-activiteit, toonde veranderingen in de histoncode aan in 24% (53/220) van de MB's over alle subgroepen heen. Door deze MLL2- en KDM6A-gedreven histonmerken te correleren met prognose, identificeerden we populaties MB met verbeterde (K4+/K27-) en slechte (K4-/K27-) uitkomsten, voornamelijk waargenomen binnen Groep 3 en 4 MB's.

We identificeerden eerder onbekende amplificaties en homozygote deleties, inclusief terugkerende, wederzijds exclusieve, zeer focale genetische gebeurtenissen in genen die histon lysine methylatie targeten, met name die van histon 3, lysine 9 (H3K9). Post-translationele modificatie van histoneiwitten is cruciaal voor regulatie van genexpressie, kan deelnemen aan de bepaling van stamcelbestemmingen en is betrokken bij carcinogenese. In overeenstemming met onze genetische data vermindert het herstel van expressie van genen die H3K9 methylatie controleren de proliferatie van medulloblastoom in vitro aanzienlijk.

Copy number aberraties van genen met cruciale rollen in het schrijven, lezen, verwijderen en blokkeren van de staat van histon lysine methylatie, met name bij H3K9, suggereren dat defecte controle van de histoncode bijdraagt aan de pathogenese van medulloblastoom.

Abnormale patronen van H3K4 en H3K27 histon lysine methylatie komen voor in alle subgroepen van medulloblastoom.

Recente studies toonden frequente mutaties in histon H3 lysine 27 (H3K27) demethylases aan in medulloblastomen van Groep 3 en Groep 4, wat wijst op een rol voor H3K27 methylatie in deze tumoren.


Wat is het Orco-eiwit in muggen?

Answer: Odorant co-receptor.

Insectengeurreceptoren functioneren als heteromere geurstof-gestuurde kationenkanalen die bestaan uit een conventionele geurstofgevoelige afstemmingsreceptor en een geconserveerde co-receptor (Orco)

Insecten nemen geuren waar via verschillende chemosensorische receptorfamilies, waaronder de geurstofreceptoren (OR's), membraaneiwitten die heteromere geurstof-gestuurde ionkanalen vormen bestaande uit een variabele ligand-selectieve subeenheid en een verplichte co-receptor genaamd Orco

Verrassend genoeg zorgt een mutatie in de verplichte olfactorische co-receptor (Orco) er niet voor dat CO(2)-afkeer tijdens het lopen verdwijnt, maar elimineert wel CO(2)-volgen tijdens het vliegen.

De meeste geuren worden gedetecteerd via een familie van geurstofreceptoren (OR's), die heteromere complexen vormen bestaande uit een goed geconserveerde OR co-receptor (Orco) ionkanaal en een niet-geconserveerde afstemmings-OR die coderingsspecificiteit aan elk complex geeft. Orco functioneert als een niet-selectief kationenkanaal en wordt tot expressie gebracht in de meerderheid van de olfactorische receptorneuronen (ORNs).

Bij insecten worden geurprikkels onderscheiden via een uiteenlopende familie van geurstofreceptoren (OR's). Een functioneel OR-complex bestaat uit zowel een conventionele geurstofbindende OR als een niet-conventionele co-receptor (Orco) die sterk geconserveerd is binnen insectentaxa.

Insectengeurreceptoren (OR's) functioneren als geurstof-gestuurde ionkanalen bestaande uit een conventionele, geurstofbindende OR en de Orco co-receptor.


Noem enkele manieren om Tau-hyperfosforylering bij Tauopathieën om te keren.

Answer: Verschillende methoden zijn gebruikt om Tau-hyperfosforylering te proberen omkeren door toediening van remmers zoals: 7-nitroindazol, memantine, glycogeen synthase kinase-3 remmers. Andere benaderingen zijn transplantatie van mesenchymale stamcellen afgeleid van menselijk navelstrengbloed en toediening van M1 muscarine agonisten.

Tau-hyperfosforylering werd drastisch verminderd in hUCB-MSC getransplanteerde APP/PS1 muizen.

Toediening van 7-nitroindazol aan CMS-blootgestelde oude ratten verhoogde significant (p=0,002) de GAD-activiteit, verlaagde glutamaatniveaus (7,19+/-3,19 vs. 763,9+/-91 micromol/g weefseleiwit; p=0,0005), en verminderde de fosforylering van tau-eiwitten vergeleken met CMS-blootgestelde ratten.

Veranderingen in glutamaat decarboxylase enzymactiviteit en tau-eiwit fosforylering in de hippocampus van oude ratten blootgesteld aan chronische milde stress: omkering met de neuronale stikstofmonoxide synthase remmer 7-nitroindazol.

Betrokkenheid van I2PP2A bij de abnormale hyperfosforylering van tau en de omkering daarvan door Memantine.

Volledige omkering van het Alzheimer-achtige fenotype in een muismodel met conditionele overexpressie van glycogeen synthase kinase-3.

Hier tonen we aan dat het uitschakelen van het transgen bij symptomatische muizen leidt tot normale GSK-3 activiteit, normale fosfo-tau niveaus, verminderde neuronale celdood en onderdrukking van het cognitieve tekort, wat het potentieel van GSK-3 remmers voor AD-therapieën verder ondersteunt.

Deze effecten kunnen worden gecombineerd met de gunstige effecten van deze verbindingen op enkele andere belangrijke kenmerken van de ziekte van Alzheimer (AD) (bijv. tau-hyperfosforylering en paired helical filaments [PHF]; en verlies van cholinerge functie die cognitieve stoornissen bevordert.)

De M1 muscarine agonisten AF102B (Cevimeline, EVOXACTM: voorgeschreven in de VS en Japan voor het Sjögren-syndroom), AF150(S) en AF267B -- 1) zijn neurotrofisch en synergistisch met neurotrofinen zoals zenuwgroeifactor en epidermale groeifactor; 2) verhogen het niet-amyloïdogene amyloïde precursor-eiwit (alpha-APPs) in vitro en verlagen beta-amyloïde (A beta) niveaus in vitro en in vivo; en 3) remmen A beta- en oxidatieve stress-geïnduceerde celdood en apoptose in PC12 cellen getransfecteerd met de M1 muscarine receptor.


Wat is de rol van 5hmC (5-hydroxy-methyl-Cytosine) in differentiatie?

Answer: De balans tussen 5hmC en 5mC in het genoom wordt in verband gebracht met cel-differentiatieprocessen zoals pluripotentie en lijncommittering. Tet1-gemedieerde antagonisme van CpG-methylatie zorgt voor differentiële instandhouding van de DNA-methylatiestatus bij Tet1-doelen, wat uiteindelijk bijdraagt aan mESC-differentiatie en het begin van de embryonale ontwikkeling.

5-Methylcytosine (5 mC) in genomisch DNA heeft belangrijke epigenetische functies in embryonale ontwikkeling en tumorbiologie.

De modificatie van DNA door 5-methylcytosine (5mC) speelt essentiële rollen in cel-differentiatie en ontwikkeling via epigenetische genregulatie.

Opmerkelijk is dat de balans tussen 5hmC en 5mC in het genoom gekoppeld is aan cel-differentiatieprocessen zoals pluripotentie en lijncommittering.

Dit Tet1-gemedieerde antagonisme van CpG-methylatie zorgt voor differentiële instandhouding van de DNA-methylatiestatus bij Tet1-doelen, wat uiteindelijk bijdraagt aan mESC-differentiatie en het begin van de embryonale ontwikkeling.

Tet1- en Tet2-gekatalyseerde omzetting van 5-methylcytosine (5mC) naar 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) in Foxp3 om een Treg-celspecifiek hypomethylatiepatroon en stabiele Foxp3-expressie te vestigen.

Als gevolg hiervan leidde de deletie van Tet1 en Tet2 tot Foxp3-hypermethylatie, verminderde Treg-celdifferentiatie en functie, en auto-immuunziekte.

5-Hydroxymethylcytosine (5hmC), omgezet van 5-methylcytosine (5mC) door de Tet-familie van dioxygenasen (Tet1, Tet2 en Tet3), is verrijkt in embryonale stamcellen (ESC's) en in de hersenen.

We vonden dat Tet3-expressie in principe ondetecteerbaar is in ESC's, maar dat het niveau snel toeneemt tijdens neuronale differentiatie.

5mC-oxidatie door Tet2 moduleert enhanceractiviteit en timing van transcriptomereprogrammering tijdens differentiatie.

Recente experimenten hebben aangetoond dat enhancers verrijkt zijn voor 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), een oxidatieproduct van de Tet-familie van 5mC-dioxygenasen en een intermediair van DNA-demethylatie.

Door DNA-methylatie en hydroxymethylatie op baseresolutie in kaart te brengen, vinden we dat deletie van Tet2 leidt tot uitgebreid verlies van 5hmC bij enhancers, vergezeld van enhancer-hypermethylatie, vermindering van enhanceractiviteit en vertraagde geninductie in de vroege stappen van differentiatie.

Verlies van Tet-enzymen schaadt de juiste differentiatie van embryonale stamcellen.

Deze bevindingen suggereren een vereiste voor Tet- en 5hmC-gemedieerde DNA-demethylatie in de juiste regulatie van genexpressie tijdens ESC-differentiatie en ontwikkeling.

We tonen aan dat 5hmC verrijkt is in het genlichaam van hooguitgedrukte genen in alle ontwikkelingsstadia en dat de aanwezigheid ervan positief correleert met genexpressie.

Dynamische hydroxymethylatie van desoxyribonucleïnezuur markeert differentiatie-geassocieerde enhancers.

In deze studie tonen we door genoomwijde mapping aan dat de pas ontdekte DNA-modificatie 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) dynamisch geassocieerd is met transcriptiefactorbinding aan distale regulerende sites tijdens neurale differentiatie van muis P19-cellen en tijdens adipocytdifferentiatie van muis 3T3-L1-cellen.

Daarom kan de verwerving van 5hmC in celspecifieke distale regulerende regio's een belangrijke gebeurtenis zijn in de progressie van enhancers naar een actieve staat en bijdragen aan selectieve activatie van weefselspecifieke genen.

We vinden dat 5hmC vooral geassocieerd is met euchromatine en dat terwijl 5mC ondervertegenwoordigd is bij genpromoters en CpG-eilanden, 5hmC verrijkt is en geassocieerd wordt met verhoogde transcriptieniveaus.

Knockdown van Tet1 en Tet2 veroorzaakt downregulatie van een groep genen die pluripotentie-gerelateerde genen omvat (waaronder Esrrb, Prdm14, Dppa3, Klf2, Tcl1 en Zfp42) en een gelijktijdige toename van methylatie van hun promoters, samen met een verhoogde neiging van ES-cellen tot differentiatie naar extra-embryonale lijnen.

Tet2-deficiëntie leidde tot verminderde genomische niveaus van 5hmC en vergrootte de omvang van de hematopoëtische stam-/voorlopercelpool op een cel-autonome wijze. In competitieve transplantatie-assays waren Tet2-deficiënte HSC's in staat tot multilineage reconstitutie en hadden ze een competitief voordeel ten opzichte van wildtype HSC's, wat resulteerde in verbeterde hematopoëse in zowel lymfoïde als myeloïde lijnen.

De rol van 5hmC en de Tet-familie in het proces van ESC-differentiatie, vooral neuronale differentiatie, blijft echter onduidelijk.

Onze gegevens vormen een waardevolle bron die gedetailleerde analyse van de rol van 5hmC in T-celontwikkeling en differentiatie zal vergemakkelijken.

Hier rapporteren we een methode die TET-geassisteerde bisulfietconversie combineert met Illumina 450K DNA-methylatie-arrays voor een goedkope, hoogdoorvoermethode die 5hmC- en 5mC-signalen op baseresolutie onderscheidt. Met deze benadering, genaamd "TAB-array", beoordeelden we DNA-methylatiedynamiek bij de differentiatie van menselijke pluripotente stamcellen naar cardiovasculaire voorlopercellen en neurale voorlopercellen. Met het vermogen om 5mC en 5hmC te onderscheiden, identificeerden we een groot aantal nieuwe dynamisch gemethyleerde genomische regio's die betrokken zijn bij de ontwikkeling van deze lijnen.

5-hydroxy methyl cytosine (5hmC) is een modificatie die enkele decennia geleden in gewervelden werd geïdentificeerd. Meer recent is een mogelijke rol van 5hmC als epigenetische modulator en/of transcriptieregulator naar voren gekomen, met veranderde niveaus in vroege embryonale ontwikkeling, embryonale stamcel (ES) differentiatie en tumoren (Tahiliani et al., 2009; Yang et al., 2012).


Welke histonrest wordt gemethyleerd door MLL1?

Answer: Histon H3 op lysine 4 (H3K4)

gebrek aan interactie met de histonmethyltransferase MLL1, resulterend in verminderde histon H3K4me3 en genexpressie

MEN1 codeert voor menine, een subeenheid van MLL1/MLL2-bevattende histonmethyltransferasecomplexen die histon H3 trimethyleren op lysine 4 (H3K4me3)

MLL1, MLL5, Set1 en ASH1 worden sterk opgereguleerd tijdens de transdifferentiatie van HSC's. Al deze histonmethyltransferases reguleren de methylatie van lysine 4 van histon H3, wat een kenmerk is van actief getranscribeerde genen

MLL1 (Mixed Lineage Leukemia 1), een histonmethyltransferase die H3K4-residuen methyleert

H3K4) in Saccharomyces cerevisiae wordt geïmplementeerd door Set1/COMPASS, dat oorspronkelijk werd gezuiverd op basis van de gelijkenis van gist Set1 met menselijke MLL1 en Drosophila melanogaster Trithorax (Trx)

Histon H3 lysine 4 (K4) methylatie is een veelvoorkomend merkteken geassocieerd met transcriptieactivatie en wordt voornamelijk gekatalyseerd door de MLL/SET1-familie histonmethyltransferases

Mutaties in het MLL1 SET-domein die de algehele H3 K4 methylatie niet ondersteunen

MLL1, een zoogdierhomoloog van Drosophila trithorax, is een H3K4-specifieke methyltransferase die betrokken is bij transcriptieregulatie

We tonen aan dat het mixed lineage leukemia 1 (MLL1) eiwit, een histonmethyltransferase specifiek voor H3K4

MLL1 histon H3 Lys4 methyltransferasecomplexen

MLL1 histonmethyltransferase (H3K4me3) complex

In het menselijke MLL1 (mixed-lineage leukemia-1) HMT-complex bindt DPY-30L aan het BRE2-homoloog ASH2L om de trimethylatie van histon 3-lysine 4 te reguleren.

MLL1 en MLL2 H3K4 methyltransferasecomplexen worden door p52 aan het MMP9, maar niet aan de IkappaBalpha-promotor gekoppeld, en de H3K4 trimethyltransferase-activiteit r

De biologische functie van MLL1 wordt gemedieerd door de histon H3K4 methyltransferase-activiteit van het carboxyl-terminale SET-domein.

Set1/COMPASS is in staat H3K4 te methyleren, een post-translationele modificatie geassocieerd met actief getranscribeerde genen. Er is slechts één Set1 in gist; maar in zoogdiercellen zijn er meerdere H3K4 methylases, waaronder Set1A/B, die menselijke COMPASS-complexen vormen, en MLL1-4

getrimethyleerde H3K4 histonen en histonmethyltransferase MLL1

lacZ knock-in allel van mixed-lineage leukemia 1 (Mll1), een histonmethyltransferase die tot expressie komt in GABAerge en andere corticale neuronen, resulteerde in verminderde H3K4 methylatie

effectors van H3K4 methylatie is mixed-lineage leukemia 1 (MLL1)

MLL1/MLL2 histonmethyltransferasecomplexen specifiek voor Lys4 van histon H3 (H3K4)

gezuiverd complex heeft een robuuste MLL1-gemedieerde histonmethyltransferase-activiteit die mono-, di- en trimethylatie van H3 K4 kan bewerkstelligen

MLL1 lokaliseert samen met RNA-polymerase II (Pol II) aan het 5'-uiteinde van actief getranscribeerde genen, waar histon H3 lysine 4 trimethylatie plaatsvindt


Wat is CRISPRi?

Answer: Clustered regularly interspaced palindromic repeats interferentie (CRISPRi). Deze ontdekkingsmethode wordt gebruikt voor genetische screening gebaseerd op verlies-van-functie fenotypen.

CRISPR interferentie (CRISPRi) voor sequentiespecifieke controle van genexpressie.

(CRISPRi), voor gerichte stillegging van transcriptie in bacteriën en menselijke cellen. Het CRISPRi-systeem is afgeleid van het Streptococcus pyogenes CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats) pad, waarbij alleen de co-expressie van een katalytisch inactief Cas9-eiwit en een aanpasbare enkele geleide RNA (sgRNA) nodig is. Het Cas9-sgRNA complex bindt aan DNA-elementen complementair aan het sgRNA en veroorzaakt een sterische blokkade die transcriptie-elongatie door RNA-polymerase stopt, wat resulteert in de repressie van het doelfgen.

CRISPRi biedt een vereenvoudigde aanpak voor snelle genrepressie binnen 1-2 weken. De methode kan ook worden aangepast voor high-throughput onderzoek van genfuncties en genetische interacties op genoomwijde schaal, waardoor het een aanvullende methode is naast RNA-interferentie, die in een breder scala aan organismen kan worden gebruikt.

Meer recentelijk is een nieuw systeem voor genoomengineering gebaseerd op het bacteriële CRISPR-Cas9 systeem (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) getoond dat ook het potentieel heeft om genexpressie op zowel transcriptioneel als post-transcriptioneel niveau op een meer specifieke wijze te reguleren.

RNA-seq analyse geeft aan dat CRISPR interferentie (CRISPRi)-gemedieerde transcriptionele repressie zeer specifiek is.

Onze resultaten tonen aan dat het CRISPR-systeem kan worden gebruikt als een modulair en flexibel DNA-bindend platform voor het rekruteren van eiwitten naar een doel-DNA-sequentie, wat het potentieel van CRISPRi onthult als een algemeen hulpmiddel voor de precieze regulatie van genexpressie in eukaryote cellen.

We tonen aan dat de levering van het CRISPRi-systeem succesvol is en een reporter-gen specifiek kan onderdrukken in ontvanger cellen, waarmee een nieuw hulpmiddel voor genregulatie in bacteriële cellen en mogelijk voor bacteriële populatiecontrole wordt vastgesteld.

Dit systeem, dat we CRISPR interferentie (CRISPRi) noemen, kan efficiënt de expressie van gerichte genen in Escherichia coli onderdrukken, zonder detecteerbare off-target effecten. CRISPRi kan worden gebruikt om meerdere doelgenen gelijktijdig te onderdrukken, en de effecten zijn omkeerbaar.

We hebben recentelijk een RNA-gebaseerde methode beschreven, CRISPR interferentie (CRISPRi), voor gerichte stillegging van transcriptie in bacteriën en menselijke cellen. Het CRISPRi-systeem is afgeleid van het Streptococcus pyogenes CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats) pad, waarbij alleen de co-expressie van een katalytisch inactief Cas9-eiwit en een aanpasbare enkele geleide RNA (sgRNA) nodig is.

Hoewel de recente ontwikkeling van clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-gebaseerde screeningsmethoden in zoogdiercelculturen

Clustered regularly interspaced palindromic repeats interferentie (CRISPRi)

E2f8, was het meest sterk opgereguleerd in miR-142-deficiënte cellen. Clustered regularly interspaced short palindromic repeat interferentie-gemedieerde (CRISPRi-gemedieerde) stillegging

Sequentiespecifieke controle van genexpressie op genoomwijde schaal is een belangrijke benadering voor het begrijpen van genfuncties en voor het ontwerpen van genetische regelsystemen.

Genetische screening gebaseerd op verlies-van-functie fenotypen is een krachtig ontdekkingsinstrument in de biologie


Welk type cellen wordt aangetast bij Amyotrofische Laterale Sclerose?

Answer: Amyotrofische laterale sclerose (ALS) is een neurodegeneratieve aandoening waarbij motorneuronen worden aangetast.

Activatie van microglia, residentiële immuuncellen van het centrale zenuwstelsel (CZS), is een pathologisch kenmerk van amyotrofische laterale sclerose (ALS), een neurodegeneratieve aandoening die motorneuronen aantast.

We rapporteren dat zowel small ubiquitin-like modifier (SUMO) 1 als SUMO2/3 ALS-gerelateerde SOD1-mutante eiwitten modificeren op lysine 75 in een motoneuronale cellijn, het celtype dat bij ALS wordt aangetast.

Amyotrofische laterale sclerose (ALS) is de meest voorkomende neurodegeneratieve ziekte met aanvang op volwassen leeftijd, gekenmerkt door oplopende spierzwakte, atrofie en verlamming. Vroege spierafwijkingen die voorafgaan aan het verlies van motorneuronen bij ALS kunnen neuromusculaire verbindingen destabiliseren, en we hebben eerder veranderingen in de expressie van myogene regulerende factoren (MRF) in vivo aangetoond en in de activatie van myofiber-geassocieerde skeletspier satellietcellen (SMSCs) in het muismodel van ALS (SOD1-G93A).

Amyotrofische laterale sclerose (ALS) is een neurodegeneratieve ziekte met aanvang op volwassen leeftijd veroorzaakt door selectief verlies van motorneuronen.

In de ALS-motorneuronen is TAR DNA-bindend eiwit van 43 kDa (TDP-43) verplaatst van de kern naar het cytoplasma en vormt inclusies, wat suggereert dat verlies van een nucleaire functie van TDP-43 ten grondslag kan liggen aan de pathogenese van ALS.

De ontwikkeling van een in vitro modelsysteem voor ALS wordt verwacht te helpen bij het verkrijgen van nieuwe inzichten in ziekte-mechanismen en de ontdekking van therapeutica. We rapporteren de totstandbrenging van een in vitro FALS-model uit menselijke embryonale stamcellen die ofwel een wildtype (WT) of een mutant SOD1 (G93A) gen overexpressen en de evaluatie van de fenotypes en overleving van de spinale motorneuronen (sMNs), de neuronen die bij ALS-patiënten worden aangetast.

Amyotrofische laterale sclerose is de meest voorkomende motorneuronaandoening met aanvang op volwassen leeftijd en bewijs van muizen die amyotrofische laterale sclerose-veroorzakende SOD1-mutaties tot expressie brengen suggereert dat neurodegeneratie een niet-cel-autonoom proces is waarbij microgliale cellen de ziekteprogressie beïnvloeden.

Bij amyotrofische laterale sclerose wordt spasticiteit traditioneel beschouwd als het gevolg van degeneratie van de bovenste motorneuronen in de cerebrale cortex, hoewel degeneratie van andere neuronale typen, met name serotonerge neuronen, ook een oorzaak van spasticiteit kan zijn.

Stamcelonderzoek wekt hoop voor ongeneeslijke neurodegeneratieve ziekten. Bij amyotrofische laterale sclerose (ALS), waarbij de motorneuronen van het centrale zenuwstelsel (CZS) worden aangetast, is stamceltherapie gericht op het vervangen van stervende gastheer-motorneuronen door transplantatie van cellen in door de ziekte aangetaste gebieden.


Wordt achondroplasie geassocieerd met gehoorverlies?

Answer: Ja, er is gehoorverlies bij achondroplasie

Er werd een gehoorscreeningsprogramma uitgevoerd om de prevalentie van gehoorverlies en abnormale tympanometrie te bepalen bij personen met skeletale dysplasieën met korte gestalte die een nationale bijeenkomst bijwoonden. Gedragsaudiometrie, oto-akoestische emissietests en tympanometrie werden gebruikt om het gehoor te beoordelen. Een niet-geslaagde gehoorscreening werd gedefinieerd als gehoorverlies ≥ 35 dB bij één of meer frequenties of door "fail" bij oto-akoestische emissies. Honderdtien van de 112 proefpersonen voltooiden de screening. 58 (51,8%) waren kinderen. Drieënzeventig (65,2%) hadden achondroplasie, 34 (30,4%) hadden een van de 11 andere diagnoses, en 5 (4,4%) waren niet gediagnosticeerd. 25,8% van de kinderen faalde voor gehoorscreening in één of beide oren, terwijl 46,3% van de volwassenen faalde in één of beide oren. 55,1% van de volwassenen en 25,0% van de kinderen met achondroplasie faalden voor de screening.

Vierenveertig kinderen hadden achondroplasie, en 31 hadden normaal gehoor in beide oren (71%); 8 faalden voor gehoorscreening in 1 oor (18%), en 3 in beide oren (7%). Tympanometrie werd uitgevoerd bij 45 kinderen, met normale tympanogrammen gevonden bij 21 (47%), bilaterale abnormale tympanogrammen bij 15 (33%), en unilaterale abnormale tympanogrammen bij 9 (20%). Veertien kinderen met achondroplasie hadden normale tympanogrammen (42%); 11 hadden bilaterale abnormale tympanogrammen (33%); en 8 hadden unilaterale abnormale tympanogrammen (24%). Voor die kinderen zonder functionerende tympanostomiebuisjes was de kans op gehoorverlies 9,5 keer groter als er abnormale tympanometrie was (P = .03).

Achondroplasie (MIM 100800) is de meest voorkomende niet-letal skeletale dysplasie. De incidentie ligt tussen één op 10.000 en één op 30.000. Het fenotype wordt gekenmerkt door rhizomelische disproportionele korte gestalte, vergrote schedel, midface hypoplasie, korte handen en lordotische lumbale wervelkolom, geassocieerd met normale cognitieve ontwikkeling. Deze autosomaal-dominante aandoening wordt veroorzaakt door een gain-of-function mutatie in het gen dat codeert voor de type 3 receptor voor fibroblast groeifactor (FGFR3); in meer dan 95% van de gevallen is de mutatie G380R. De diagnose wordt vermoed bij lichamelijk onderzoek en bevestigd door verschillende leeftijdsgebonden radiologische kenmerken. Anticiperende en beheerzorg door een multidisciplinair team zal complicaties voorkomen en behandelen, waaronder cervicale ruggenmergcompressie, conductief gehoorverlies en thoracolumbale gibbus.

Het rapport bevat informatie over otitis media, ventilatiebuisjes, gehoorverlies, tonsillectomie, spraakproblemen, tibia-buiging en osteotomie, ventriculaire shunting, apneu, cervicomedullaire decompressie en neurologische tekenen die toe te schrijven zijn aan spinale stenose.

We concluderen dat verbale begrip significant verminderd is bij kinderen met achondroplasie. Dit gedeeltelijke tekort is waarschijnlijk gerelateerd aan frequente middenoorontstekingen en het daaruit voortvloeiende conductieve gehoorverlies.

Om te bepalen of deze morfologische veranderingen de oorzaak zijn van het gehoorverlies bij achondroplasie, werden audiometrische studies en KNO-evaluaties uitgevoerd bij acht van de negen patiënten.

Audiogrammen werden verkregen bij zes van de negen achondroplastische proefpersonen (twee volwassenen en vier kinderen). Er was bewijs van gemengd gehoorverlies bij de vier kinderen, maar alleen van sensorineuraal gehoorverlies bij de volwassenen. Wij geloven dat het aanhoudende gehoorverlies bij achondroplasie niet het gevolg is van complicaties van otitis media zoals sommige auteurs hebben gesuggereerd.

De AA rapporteert een klinische en radiologische studie uitgevoerd bij 18 achondroplastische patiënten om een nosologische indeling van de otologische aandoeningen te bereiken.


Wordt het JNK-pad geactiveerd tijdens leverregeneratie?

Answer: Ja, het Jun-N-terminale kinase (JNK) pad wordt sterk geactiveerd na partiële hepatectomie.

analyse van de rol van het JNK-signaleringspad bij het reguleren van celproliferatie en apoptose tijdens leverregeneratie bij ratten

paden van het JNK-signaleringspad reguleren celproliferatie en apoptose in zowel LR

c-jun is niet verplicht voor proliferatie van muishepatocyten

Muizen zonder c-jun in de lever vertonen verminderde regeneratie na partiële hepatectomie (PH)

gebruik van Drosophila voor de studie van regeneratie

Verlies van macroautofagie leidde tot overactivatie van het c-Jun N-terminale kinase (JNK)/c-Jun signaleringspad dat celdood induceerde.

stress veroorzaakt door intermitterend selectief klemmen versnelt leverregeneratie bij ratten via het JNK-pad

JNK2 bevordert schade na muis levertransplantatie via de mitochondriale permeabiliteitstransitie (MPT)

Jun N-terminale kinase 2 bevordert graftschade via de mitochondriale permeabiliteitstransitie na muis levertransplantatie

add45beta bevordert hepatocytenoverleving tijdens leverregeneratie bij muizen door modulatie van JNK-signaleringspad

basis voor JNK-suppressie tijdens leverregeneratie en identificatie van Gadd45beta als een potentieel therapeutisch doelwit bij leverziekten

genetische inactivatie van het JNK-pad resulteert in verminderde proliferatie van foetale hepatoblasten in vitro en defecte volwassen leverregeneratie in vivo

versterking van de activatie van Jun N-terminale kinase en p38 mitogeen-geactiveerde proteïnekinase veroorzaakt door partiële hepatectomie

arseniet induceerde apoptose in hepatocyten in vivo, via versterking van de activatie van JNK en p38 MAPK veroorzaakt door partiële hepatectomie

Jun N-terminale kinase en p38 MAPK, maar niet Akt, werden veranderd.

Hoewel mechanische stress betrokken is bij levercirrose en leverregeneratie na hepatectomie, zijn de signaalpaden die in hepatocyten geactiveerd kunnen worden als reactie op mechanische stress nog niet vastgesteld

JNK-, ERK- en JAK2-remmers verminderden apoptose gedeeltelijk en in combinatie brachten ze deze terug tot basale niveaus

inductie van CD40-gemedieerde cholangiocytenapoptose vereist JAK2-gemedieerde fosforylering van STAT3 evenals aanhoudende activatie van JNK1/2, ERK1/2

Jun-N-terminale kinase stimuleert expressie van cycline D1 en proliferatie tijdens leverregeneratie

c-Jun-N-terminale kinase (JNK) pad wordt sterk geactiveerd na partiële hepatectomie (PH)

groeifactoren en cytokines zijn betrokken bij leverregeneratie

JAB1 (Jun activatiedomein-bindend eiwit 1), een co-activator van AP-1, die essentieel is voor leverregeneratie, interageert specifiek met intracellulair HPO


Wordt de STAT3 transcriptiefactor gereguleerd door mTORC1?

Answer: Er is vastgesteld dat mTORC1 de activiteit van STAT3 op ten minste drie manieren reguleert: 1) na inductie door IL6, 2) door directe fosforylering tijdens hypoxie, om de transcriptie van HIF-1α mRNA te bevorderen, en 3) na activatie door overtollige aminozuren, die vervolgens de expressie van Notch1 positief reguleren via activatie van STAT3.

Mechanistisch medieerde mTORC1 de door IL-6 geïnduceerde activatie van Stat3 in intestinale epitheelcellen om de expressie van downstream doelwitten te stimuleren die essentieel zijn voor celproliferatie en weefselregeneratie. Daarom beschermt mTORC1-signaaltransductie kritisch tegen inflammatoire darmziekte door modulatie van door ontsteking geïnduceerde Stat3-activiteit.

We toonden aan dat STAT3 direct wordt gefosforyleerd door mTORC1 op Ser727 tijdens hypoxie, wat de transcriptie van HIF-1α mRNA bevordert.

Mechanistisch werd mTORC1-signaaltransductie geactiveerd door overtollige aminozuren, die vervolgens de expressie van Notch1 positief reguleerden via activatie van de signaaltransductor en transcriptiefactor 3 (STAT3).

Hier presenteren we bewijs voor de betrokkenheid van STAT3, een bekende door mTORC1 gereguleerde transcriptiefactor, in dit proces.

Bovendien toonden we aan dat STAT3 direct wordt gefosforyleerd door mTORC1 op Ser727 tijdens hypoxie, wat de transcriptie van HIF-1α mRNA bevordert. mTORC1 reguleert ook de synthese van HIF-1α op translatie-niveau via coöperatieve regulatie van zowel initiatiefactor 4E-bindend eiwit 1 (4E-BP1) als ribosomaal eiwit S6 kinase-1 (S6K1), terwijl de degradatie van HIF-1α onaangetast blijft.

Inactivatie van TSC1/TSC2 remt AKT via mTORC1-afhankelijke opregulatie van de STAT3-PTEN cascade.

Onderdrukking van de mTORC1/STAT3/Notch1-route door geactiveerde AMPK voorkomt door overtollige aminozuren geïnduceerde hepatische insulineresistentie.

Hier bespreken we de verbindingen tussen mTORC1 en genexpressie door ons te richten op de impact ervan bij het reguleren van de activatie van specifieke transcriptiefactoren, waaronder STAT3, SREBPs, PPARγ, PPARα, HIF1α, YY1–PGC1α en TFEB. We bespreken ook het belang van deze transcriptiefactoren bij het mediëren van de effecten van mTORC1 op verschillende cellulaire processen in fysiologische en pathologische contexten.


Hoe is mTORC1 betrokken bij de regulatie van hitte-stress?

Answer: mTORC1 vermindert de stressrespons door cap-onafhankelijke Hsp70-translatie te remmen.

stress-geïnduceerde preferentiële translatie van Hsp70 mRNA wordt negatief gereguleerd door PI3K-mTORC1 signalering

Omgekeerd wordt de synthese van Hsp70 versterkt bij verminderde PI3K-mTORC1 signalering

Onze bevindingen impliceren een plausibel mechanisme voor hoe aanhoudende PI3K-mTORC1 signalering de ontwikkeling van leeftijdsgerelateerde pathologieën bevordert door stressweerstand te verminderen

Een prominent voorbeeld is de selectieve translatie van hitte-schok-eiwitten (Hsps) onder stresscondities. Hoewel de transcriptieregulatie van Hsp-genen goed is vastgesteld, zijn noch de specifieke translatiebevorderende kenmerken noch het regulerende mechanisme van het translatieapparaat duidelijk gedefinieerd. Hier tonen we aan dat de stress-geïnduceerde preferentiële translatie van Hsp70 mRNA negatief wordt gereguleerd door PI3K-mTORC1 signalering.

PI3K-mTORC1 vermindert de stressrespons door cap-onafhankelijke Hsp70-translatie te remmen.


Lijst van componenten van het CRSP/Med-complex.

Answer:
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 7
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 14
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 17
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 23
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 24
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 26
Mediator van RNA-polymerase II transcriptie subunit 27

Hier beschrijven we een nieuwe menselijke factor, CRSP, die samen met de TAF(II)'s vereist is voor transcriptieactivatie door Sp1. Zuivering van CRSP identificeert een complex met een geschatte relatieve moleculaire massa van 700.000 (M(r) ongeveer 700K) dat negen subunits bevat met M(r)-waarden variërend van 33K tot 200K. Clonering van genen die CRSP-subunits coderen onthult dat CRSP33 een homoloog is van de gist mediator subunit Med7, terwijl CRSP150 een domein bevat dat geconserveerd is in de gist mediator subunit Rgr1. CRSP p200 is identiek aan de kernhormoonreceptor co-activator subunit TRIP2/PBP. CRSP's 34, 77 en 130 zijn nieuwe eiwitten, maar het aminoterminus van CRSP70 is homoloog aan elongatiefactor TFIIS.

CRSP bevat unieke subunits evenals polypeptiden die gedeeld worden met andere cofactorcomplexen.

De multi-subunit, menselijke CRSP co-activator - ook bekend als Mediator (Med) - reguleert transcriptie door signalen te bemiddelen tussen enhancer-gebonden factoren (activatoren) en de kern transcriptiemachinerie. Interessant is dat verschillende activatoren bekend staan om aan verschillende subunits binnen het CRSP/Med-complex te binden. We hebben een stabiel, endogeen CRSP/Med-complex (CRSP/Med2) geïsoleerd dat specifiek zowel de Med220 als de Med70 subunits mist.


Patiënten met welke ziekte zouden behandeld kunnen worden door gebruik te maken van kennis verkregen uit experimenten die de toxiciteit van TDP-43 in gist onderdrukken?

Answer: Amyotrofische laterale sclerose (ALS).

Amyotrofische laterale sclerose (ALS) is een verwoestende neurodegeneratieve ziekte die voornamelijk motorische neuronen aantast. Mutaties in het gen dat TDP-43 codeert veroorzaken sommige vormen van de ziekte, en cytoplasmatische TDP-43 aggregaten hopen zich op in degenererende neuronen van de meeste personen met ALS. Daarom kunnen strategieën die gericht zijn op het aanpakken van de toxiciteit van cytoplasmatische TDP-43 aggregaten effectief zijn

De sterkste onderdrukker van TDP-43 toxiciteit was de deletie van DBR1, dat codeert voor een RNA lariat debranching enzym. We tonen aan dat, bij afwezigheid van Dbr1 enzymatische activiteit, intronische lariaten zich ophopen in het cytoplasma en waarschijnlijk fungeren als lokaas om TDP-43 te sequestreren, waardoor het wordt verhinderd om essentiële cellulaire RNA's en RNA-bindende eiwitten te verstoren. Knockdown van Dbr1 in een menselijke neuronale cellijn of in primaire ratneuronen is ook voldoende om TDP-43 toxiciteit te herstellen. Onze bevindingen bieden inzicht in TDP-43-gemedieerde cytotoxiciteit en suggereren dat het verlagen van Dbr1 activiteit een potentiële therapeutische benadering voor ALS zou kunnen zijn.


Is calciumoverbelasting betrokken bij de ontwikkeling van diabetische cardiomyopathie?

Answer: Ja.

Behandeling met hoge glucose resulteerde in een verhoogd intracellulair calcium ([Ca2+]i) dat werd gemobiliseerd naar de mitochondriën. Gelijktijdige toename van intracellulair mitochondriaal calcium ([Ca2+]m) leidde tot een verhoogde productie van reactieve zuurstof- en stikstofsoorten. Deze gebeurtenissen leidden tot mitochondriale disfunctie en apoptose.

De nieuwe bevindingen van de studie tonen aan dat hoge glucose apoptose induceert via zowel mitochondriële afhankelijke als onafhankelijke routes door gelijktijdige stijging van intracellulair calcium.

Diabetes-geïnduceerde myocardiale disfunctie wordt deels toegeschreven aan calciumoverbelasting binnen individuele myocyten.

ACHTERGROND: Er is gesuggereerd dat intracellulaire Ca2+-overbelasting in hartmyocyten leidt tot de ontwikkeling van diabetische cardiomyopathie.

De resultaten van het alloxan-ratmodel van diabetes ondersteunen de opvatting dat membraanafwijkingen met betrekking tot Ca2+-hantering kunnen leiden tot het optreden van intracellulaire Ca2+-overbelasting en de ontwikkeling van diabetische cardiomyopathie.

Het lijkt erop dat intracellulaire calciumoverbelasting nauw betrokken is bij de ontwikkeling van diabetische cardiomyopathie; echter is een geconcentreerde onderzoeksinspanning vereist om de primaire biochemische afwijking in de pathogenese van cardiale disfunctie bij diabetes te begrijpen.

Er is gesuggereerd dat het optreden van een intracellulaire Ca2+-overbelasting kan resulteren in de ontwikkeling van diabetische cardiomyopathie, welke geassocieerd is met uitputting van hoogenergetische fosfaatvoorraden en een verstoring van ultrastructuur en cardiale disfunctie.


Wat is het mechanisme van viroïde-replicatie?

Answer: De replicatie van veel virale en subvirale pathogenen evenals de amplificatie van bepaalde cellulaire genen verloopt via een rolling circle-mechanisme. Viroïde-replicatie vindt plaats via een rolling circle-mechanisme met behulp van een symmetrische of asymmetrische route in drie stappen: RNA-transcriptie, verwerking en ligatie. De replicatie van deze minimale genomen, die uitsluitend bestaan uit een circulair RNA van 246-401 nt, vindt plaats in de kern (familie Pospiviroidae) of in het chloroplast (familie Avsunviroidae) via een RNA-gebaseerd rolling circle-mechanisme met drie stappen: (1) synthese van langere dan eenheidsstrengen, gekatalyseerd door gastheer DNA-afhankelijke RNA-polymerasen die worden gerekruteerd en omgeleid om RNA-sjablonen te transcriberen, (2) knippen tot eenheidslengte, wat in de familie Avsunviroidae wordt gemedieerd door hammerhead ribozymen, en (3) circularisatie via een RNA-ligase of autocatalytisch.

Samen met de specifieke alfa-amanitine-gevoeligheid van viroïde-replicatie die in vivo wordt waargenomen, suggereren deze bevindingen dat viroïden repliceren via een geheel nieuw mechanisme waarbij infecterende viroïde RNA-moleculen worden gekopieerd door het enzym van de gastheer dat normaal verantwoordelijk is voor de synthese van nucleaire voorlopers van boodschapper-RNA.

In vitro synthese van complementair RNA produceert duidelijke transcripties die langer zijn dan eenheidslengte en weerspiegelt daarmee het in vivo mechanisme van viroïde-replicatie.

Dit mechanisme zou de oorsprong van viroïden en ook RNA-virussen kunnen verklaren, waarbij modules van genetische informatie herhaaldelijk uitgewisseld kunnen zijn tussen RNA-pathogenen en het RNA van hun gastheren.

De replicatie van veel virale en subvirale pathogenen evenals de amplificatie van bepaalde cellulaire genen verloopt via een rolling circle-mechanisme.

Viroïde-replicatie vindt plaats via een rolling circle-mechanisme met behulp van een symmetrische of asymmetrische route in drie stappen: RNA-transcriptie, verwerking en ligatie.

Vervolgens werd een in vitro selectiemethode ontwikkeld op basis van een model rolling circle-replicatie-assay.

De replicatie van deze minimale genomen, die uitsluitend bestaan uit een circulair RNA van 246-401 nt, vindt plaats in de kern (familie Pospiviroidae) of in het chloroplast (familie Avsunviroidae) via een RNA-gebaseerd rolling circle-mechanisme met drie stappen: (1) synthese van langere dan eenheidsstrengen, gekatalyseerd door gastheer DNA-afhankelijke RNA-polymerasen die worden gerekruteerd en omgeleid om RNA-sjablonen te transcriberen, (2) knippen tot eenheidslengte, wat in de familie Avsunviroidae wordt gemedieerd door hammerhead ribozymen, en (3) circularisatie via een RNA-ligase of autocatalytisch.

Viroïde-replicatie: rolling circles, enzymen en ribozymen.

Viroïde-replicatie verloopt via een RNA-gebaseerd rolling circle-mechanisme met drie stappen die, met enkele variaties, in beide polariteitsstrengen werken: i) synthese van langere dan eenheidsstrengen, gekatalyseerd door ofwel de nucleaire RNA-polymerase II of een nucleair-gecodeerde chloroplastische RNA-polymerase, in beide gevallen omgeleid om RNA-sjablonen te transcriberen, ii) knippen tot eenheidslengte, wat in de familie Avsunviroidae wordt gemedieerd door hammerhead ribozymen ingebed in beide polariteitsstrengen, terwijl in de familie Pospiviroidae de oligomere RNA's de juiste conformatie bieden maar niet de katalytische activiteit, en iii) circularisatie.

Viroïde-replicatie is volledig afhankelijk van de transcriptiemachinerie van de gastheer, en hun replicatie/accumulatie in de geïnfecteerde cellen kan RNA-silencing activeren - een afweermechanisme van de gastheer dat de viroïde zelf aanvalt.

Viroïden repliceren via een rolling circle-mechanisme, en knippen/ligeren vereist uitgebreide herschikking van de sterk base-gepaarde native structuur.

Viroïden worden niet vertaald; ze worden gerepliceerd door een gastheer-enzym (of enzymen) (waarschijnlijk RNA-polymerase II) via oligomere RNA-intermediairen door een rolling circle-mechanisme.

We veronderstellen dat de intramoleculaire zelf-ligatie die circulaire conformers produceert kan bijdragen aan de circularisatiestap van de rolling circle-replicatie, terwijl de intermoleculaire niet-enzymatische ligatie een potentieel mechanisme is voor de sequentieherassortering van viroïden en viroïde-achtige soorten.

Hepatitis delta-virus (HDV) bevat een viroïde-achtig circulair RNA waarvan wordt aangenomen dat het repliceert via een rolling circle-replicatiemechanisme dat wordt gemedieerd door cellulaire RNA-polymerasen. Het exacte mechanisme van rolling circle-replicatie voor HDV RNA en viroïden is echter niet duidelijk.

Viroïden repliceren via een rolling circle-mechanisme dat uitsluitend RNA-afhankelijk is. In deze studie hebben we aanvankelijk de bepaling van de replicatie-initiatielocaties van peach latent mosaic viroid (PLMVd) herzien.


Welke mitochondriale genen worden gereguleerd door schildklierhormoon?

Answer: subunit 6 van ATP-synthase, ATPase-6, mitochondriale subunits II en III van cytochroom-c-oxidase, NADH-dehydrogenase subunit 3

We gebruikten een polymerasekettingreactie (PCR)-gebaseerde mRNA differentiële weergave (DD) analyse om een profiel te verkrijgen van schildklierhormoon-responsieve genen in osteoblastachtige cellen

Op het tijdstip van 2 uur werd een echte positieve nieuwe kloon geïdentificeerd en aangetoond dat dit het mitochondriale gen subunit 6 van ATP-synthase (ATPase-6) was.

We bestudeerden de coördinatie van de twee genomen door transcriptieniveaus te meten van nucleaire (IV, Va en VIc) en mitochondriale (II en III) subunits van cytochroom-c-oxidase na het veranderen van de mitochondriale inhoud van ratspier en lever door de schildklierstatus van de dieren te wijzigen. Weefselniveaus van deze mRNA's waren over het algemeen verlaagd bij hypothyroïde dieren en werden weer omhoog gereguleerd na behandeling met schildklierhormoon (T3).

Na deze procedure rapporteren we nu de identificatie van het mitochondriale NADH-dehydrogenase subunit 3 (ND3) gen als doelwit van schildklierhormoon.

Sequenering en elektroforetische mobiliteitsverschuivingsassays bevestigden de aanwezigheid van een schildklierhormoonreceptor (TR)/c-erbA specifiek bindingsplaats in het mitochondriale ND3-gen.


Mutatie van welk gen wordt geassocieerd met het McLeod-syndroom?

Answer: Mutatie van het XK-gen wordt geassocieerd met het McLeod-syndroom. Het XK-gen is een X-chromosomaal gen. Het McLeod-fenotype is afgeleid van verschillende vormen van defecten in het XK-gen die resulteren in de afwezigheid van het XK-eiwit, en wordt hematologisch gedefinieerd door de afwezigheid van het Kx-antigeen, verzwakking van Kell-systeemantigenen en acanthocytose van rode bloedcellen.

De diagnose van MLS werd bevestigd door genetische testen die een hemizygote mutatie van het XK-gen aantoonden.

We voerden een uitgebreide mutatiescreening uit van VPS13A en XK, de genen verantwoordelijk voor respectievelijk ChAc en MLS, bij 85 patiënten met stemmingsstoornissen en XK bij 86 schizofreniepatiënten, en vergeleken de varianten met 100 of meer controle-allelen.

We stelden de hypothese dat omdat het XK-gen X-gebonden is, het gemakkelijk zou zijn om spontaan opkomende rode bloedcellen te identificeren met een fenotype dat lijkt op het McLeod-syndroom, dat het gevolg is van erfelijke XK-mutaties.

Identificatie en karakterisering van een nieuwe XK-splice site-mutatie bij een patiënt met het McLeod-syndroom.

Het McLeod-syndroom wordt veroorzaakt door mutaties in het XK-gen waarvan het product tot expressie komt aan het oppervlak van rode bloedcellen (RBC), maar waarvan de functie momenteel onbekend is.

De verantwoordelijke XK-mutatie werd gekarakteriseerd op mRNA-niveau door reverse transcriptie-polymerasekettingreactie (PCR), geïdentificeerd door sequencing van genomisch DNA en bevestigd door alleelspecifieke PCR.

Een nieuwe XK-splice site-mutatie (IVS1-1G>A) is geïdentificeerd bij een McLeod-patiënt die hematologische, neuromusculaire en neurologische symptomen heeft ontwikkeld. Dit is het eerste gerapporteerde voorbeeld van een XK-puntmutatie die het 3' acceptor splice site van intron 1 aantast, en het werd aangetoond dat deze mutatie inderdaad abnormale splicing van XK-RNA induceert en het ontbreken van XK-eiwit aan het RBC-membraan veroorzaakt.

De gedetailleerde karakterisering op moleculair biologisch niveau van deze nieuwe XK-splice site-mutatie, gekoppeld aan de klinische beschrijving van de patiënt, draagt bij aan een beter begrip van de fenotype-genotype correlatie bij het McLeod-syndroom.

Genetische test toonde een R133X-mutatie van het XK-gen aan, waarmee het McLeod-syndroom werd bevestigd.

Moleculair genetische analyse toonde een kleine deletie in het XK-gen (938-942delCTCTA), die al beschreven was bij een Noord-Amerikaanse patiënt van Anglo-Saksische afkomst en een Japanse familie, die aanvallen, spieratrofie of chorea vertoonden, maar zonder psychiatrische kenmerken.

Er zijn verschillende mutaties gevonden in het verantwoordelijke gen (XK), waaronder enkele nonsense- en missense-mutaties, nucleotide-mutaties bij of nabij de splice-juncties van introns van XK, en verschillende deletiemutaties.

Het eerste geval was bevestigd als een echt McLeod door zowel serologie als genotypering (R222G missense-mutatie) en het tweede geval had een mutatie in XK (IVS2+5G>A) en vertoonde door serologie zeer zwak Kx-antigeen en geen detecteerbare Kell-antigenen, behalve extreem laag k-antigeen via adsorptie-elutie techniek.

Ondanks het gedocumenteerde McLeod-fenotype op RBC's en geïdentificeerde mutaties van XK, waren neurologische en andere klinische bevindingen minimaal op leeftijden waarop MLS verwacht wordt te manifesteren.

De verschillende XK-mutaties kunnen verschillende effecten hebben op het XK-genproduct en kunnen dus verantwoordelijk zijn voor het variabele fenotype.

Inzichten in uitgebreide deleties rond het XK-locus geassocieerd met het McLeod-fenotype en karakterisering van twee nieuwe gevallen.

Het McLeod-fenotype is afgeleid van verschillende vormen van defecten in het XK-gen die resulteren in de afwezigheid van het XK-eiwit, en wordt hematologisch gedefinieerd door de afwezigheid van Kx-antigeen, verzwakking van Kell-systeemantigenen en acanthocytose van rode bloedcellen.

MLS is een X-gebonden multisysteemstoornis veroorzaakt door afwezigheid van alleen XK, of wanneer de stoornis wordt veroorzaakt door grote deleties, kan het gepaard gaan met Duchenne spierdystrofie (DMD), chronische granulomateuze ziekte (CYBB), retinitis pigmentosa (RPGR) en ornithine transcarbamylase-deficiëntie (OTC).

Casus 1 heeft een deletie van meer dan 1,12 miljoen baseparen (mb) rond het XK-locus met 7 aangetaste genen.

Het McLeod-syndroom, een van de kern neuroacanthocytose-syndromen, is een zeldzame X-gebonden aandoening veroorzaakt door mutaties in het XK-gen, een X-chromosomaal gen met onbekende functie, gekenmerkt door hematopoëtische afwijkingen en neurologische en musculaire defecten met late aanvang.

Koppelanalyse en sequencing toonden een XK-genmutatie aan (McLeod-syndroom).

McLeod-syndroom: levenslange neuropsychiatrische aandoening door een nieuwe mutatie van het XK-gen.

DNA-onderzoek toonde een deletie van één base op positie 172 in exon 1 van het XK-gen, wat leidde tot een voortijdige stopcodon op positie 129 in exon 2.

McLeod-syndroom als gevolg van een nieuwe XK-mutatie.

MLS wordt veroorzaakt door hemizygositeit voor mutaties in het XK-gen.

De dochters van de patiënt hadden twee populaties rode bloedcellen, wat consistent is met heterozygotie voor een XK0-allel. De moleculaire basis van MLS in deze familie is een nieuwe mutatie bestaande uit een deletie van 7453 bp die exon 2 van het XK-gen omvat. Dit bevestigt dat de 7-jarige kleinzoon van de patiënt, die momenteel asymptomatisch is, ook het XK0-allel heeft en daarom waarschijnlijk MLS zal ontwikkelen.

McLeod-fenotype geassocieerd met een XK-missense-mutatie zonder hematologische, neuromusculaire of cerebrale betrokkenheid.

XK-gensequenanalyse toonde een missense-mutatie in exon 3 (E327K). WBC XK RNA-niveaus waren niet verlaagd.

Bekende ziekteveroorzakende XK-genmutaties omvatten deleties, nonsense- of splice-site-mutaties die afwezigheid of verkort XK-eiwit voorspellen zonder de Kell-eiwitbindingsplaats. Hoewel de E327K missense-mutatie geassocieerd was met de immunohematologische kenmerken van het McLeod-syndroom, leek het gemuteerde XK-eiwit grotendeels functioneel te zijn. Deze bevindingen dragen bij aan het begrip van de fysiologie van XK- en Kell-eiwitten en de pathogenetische mechanismen van acanthocytose, myopathie en striatale neurodegeneratie bij het McLeod-syndroom.

Met de ontdekking van hun moleculaire basis kunnen mutaties van het X-gebonden XK-gen en autosomaal recessieve mutaties van het gen dat choreïne codeert, respectievelijk, nu worden onderscheiden en wordt het diagnostische spectrum uitgebreid bij patiënten met chorea.

Het McLeod-syndroom wordt veroorzaakt door mutaties in XK, een X-chromosomaal gen met onbekende functie.

Vijftien verschillende XK-mutaties werden gevonden, waarvan negen nieuw waren, inclusief die van de eponieme casus McLeod.

We presenteren zes mannen (29 tot 60 jaar oud) met bewezen XK-mutaties om de chorea geassocieerd met het McLeod-syndroom te bespreken.

Een spontane nieuwe XK-genmutatie bij een patiënt met het McLeod-syndroom.

Onderzoek van het XK-gen van de patiënt toonde een nieuwe overgang van TGG naar TAG op positie 1023 in exon 3.

Het wordt veroorzaakt door mutaties in het XK-gen dat het XK-eiwit codeert, een vermoedelijk membraantransporteiwit met nog onbekende functie.

Hier presenteren we een immunohistochemische studie in skeletspier van normale controles en een McLeod-patiënt met een XK-genpuntmutatie (C977T) met behulp van affiniteit-gezuiverde antilichamen tegen XK- en Kell-eiwitten.

Het McLeod-syndroom is een X-gebonden aandoening veroorzaakt door mutaties in het XK-gen dat het XK-eiwit codeert.

We beschrijven een familie met een nieuwe puntmutatie in het XK-gen bestaande uit een C naar T basistransitie op nucleotidepositie 977, die een stopcodon introduceert.

Het XK-gen had een puntmutatie in de donor splice site van intron 1 (G>C).

Directe sequencing van het PCR-versterkte genomische DNA toonde aan dat de mutatie een enkele C-nucleotide-insertie was op codon 151 in exon 2 van het XK-gen, wat resulteerde in een 3'-frameshift.

Het wordt veroorzaakt door defecten in het XK-gen en kan grote deleties in het Xp21-gebied omvatten.

We rapporteren een nieuwe mutatie in het XK-gen (XK) bij een Japanse patiënt met het McLeod-syndroom.

Het expressieniveau van alle Kell-antigenen in erytrocyten was verlaagd en moleculaire analyse toonde een deletie van één base (T) op nucleotidepositie 1095 in XK.

Het gen genaamd SRPX (sushi-repeat-bevattend eiwit, X-chromosoom) is gedeleteerd bij een RP-patiënt die ook lijdt aan chronische granulomateuze ziekte en het McLeod-syndroom.

Het mRNA-expressiepatroon van een daarvan, aangeduid als XK, correleert nauw met het McLeod-fenotype.

Nucleotide-sequentieanalyse van XK van twee niet-verwante McLeod-patiënten heeft puntmutaties geïdentificeerd op geconserveerde splice donor- en acceptorplaatsen.

Fijne mapping van het McLeod-locus (XK) naar een gebied van 150-380 kb in Xp21.

Gen-deletie bij een patiënt met chronische granulomateuze ziekte en McLeod-syndroom: fijne mapping van het Xk-genlocus.


Is RIP1 (RIP-1) onderdeel van het necrosoom?

Answer: Ja, RIP1 is onderdeel van het necrosoom.

vorming van een ander necrosoom waarvan de componenten, naast RIP1 en RIP3, nog onbekend zijn

necrosoomcomplex bestaande uit RIP1, RIP3, FADD, caspase-8 en cFLIP(L).

assemblage van een supramoleculair complex dat de receptor-interacterende proteïnekinasen 1 en 3 (RIP1 en RIP3) bevat en een pronecrotisch signaal afgeeft. Zo'n complex wordt recentelijk necrosoom genoemd

Receptor-interacterende proteïnekinase 1 (RIPK1/RIP1) en RIP3 zijn sleutelcomponenten van het necrosoom.

De fosforylering van RIP1 en RIP3 is cruciaal voor de assemblage van het necrosoom,

RIP1 en RIP3 mediëren necrosoomaggregatie die leidt tot de vorming van amyloïde-achtige signaalcomplexen.

Vorming van het RIP1/RIP3-complex (genaamd necrosoom)

Het 'necrosoom', dat receptor-interacterend proteïne (RIP)1, RIP3 en caspase-8 omvat.

RIP-1 kinaseactiviteit veroorzaakt de vorming van het necrosoom (in complex met RIP-3) wat leidt tot geprogrammeerde necrose.|


Wat is het moleculaire doelwit van het immunosuppressieve medicijn Rapamycine?

Answer: Het moleculaire doelwit van Rapamycine is mTOR

het moleculaire doelwit van rapamycine, TOR

moleculair doelwit van rapamycine (mTOR),


Is het eiwit KCNQ2 geassocieerd met idiopathische epilepsie?

Answer: Ja, sequentievariaties van het KCNQ2-gen kunnen bijdragen aan de etiologie van idiopathische epilepsie

Jeugdig idiopathische epilepsie (JIE) bij Arabische veulens lijkt op het syndroom van goedaardige familiaire neonatale convulsies (BFNC), een zeldzame idiopathische epilepsie bij pasgeboren mensen. Het BFNC-syndroom vertoont genetische heterogeniteit, zoals wordt verondersteld bij Arabische veulens, en wordt veroorzaakt door mutaties in de spanningsafhankelijke kaliumkanaalsubeenheid KCNQ2 en KCNQ3-genen.

Ze tonen ook aan dat sequentievariaties van de KCNQ2- en KCNQ3-genen kunnen bijdragen aan de etiologie van veelvoorkomende IE-syndromen.

De onderliggende genetische afwijkingen van zeldzame familiale idiopathische epilepsie zijn geïdentificeerd, zoals mutatie in KCNQ2, een K(+)-kanaalgen.

Sequentievariaties van de KCNQ2- en KCNQ3-genen kunnen bijdragen aan de etiologie van veelvoorkomende idiopathische epilepsiesyndromen.

Dit artikel vat recente bevindingen samen over natrium- (SCN1A) en kaliumkanaal- (KCNQ2 en KCNQ3) disfuncties in de pathogenese van zeldzame en veelvoorkomende idiopathische epilepsieën (IE).

Mutaties in het SCN1A-gen worden gevonden bij tot 80% van de personen met ernstige myoklonische epilepsie van de zuigeling (SMEI), en mutaties in KCNQ2 en KCNQ3 werden geïdentificeerd bij goedaardige familiaire neonatale convulsies (BFNC) evenals in enkele families met Rolandische epilepsie (RE) en idiopathische gegeneraliseerde epilepsieën (IGE).

De betrokkenheid van KCNQ2 (Kv7.2) en KCNQ3 (Kv7.3) bij een goedaardige idiopathische neonatale epilepsie, KCNQ4 (Kv7.4) bij een vorm van aangeboren doofheid, en de ontdekking dat neuronale KCNQ-heteromultimeren tot de moleculaire substraten van M-kanalen behoren, leidde tot een grote interesse in potentiële strategieën voor medicijnontwikkeling.

De functionele interactie tussen KCNQ2 en KCNQ3 biedt een kader om te begrijpen hoe mutaties in een van beide kanalen een vorm van idiopathische gegeneraliseerde epilepsie kunnen veroorzaken.

Mutaties in de genen die KCNQ2 of KCNQ3 coderen veroorzaken goedaardige familiaire neonatale convulsies (BFNC's), een zeldzame autosomaal-dominante idiopathische epilepsie bij pasgeborenen.

Mutaties in KCNQ2 of KCNQ3 die de M-stroom verminderen zijn verantwoordelijk voor goedaardige familiaire neonatale aanvallen, een zeldzame autosomaal dominante idiopathische epilepsie bij pasgeborenen.

Deze omvatten goedaardige familiaire neonatale convulsies door mutaties in KCNQ2 of KCNQ3, gegeneraliseerde epilepsie met koortsstuipen plus door mutaties in SCN1A, SCN2A, SCN1B en GABRG2, autosomaal-dominante juveniele myoklonische epilepsie (JME) door een mutatie in GABRA1 en mutaties in CLCN2 geassocieerd met verschillende IGE-subtypen.

KCNQ2- en KCNQ3-mutaties dragen bij aan verschillende idiopathische epilepsiesyndromen.

Rol van de KCNQ2- en KCNQ3-genen bij juveniele idiopathische epilepsie bij Arabische veulens.

Mutaties in het spanningsafhankelijke kaliumkanaalgen KCNQ2 en het homoloog gen KCNQ3 zijn gevonden als oorzaak van een zeldzame monogene subtype van idiopathische gegeneraliseerde epilepsie, de goedaardige familiaire neonatale convulsies.


PBT2 is getest voor welke aandoening?

Answer: PBT2 is getest voor de behandeling van de ziekte van Alzheimer.

PBT2 verbeterde de cognitie in een fase II klinische studie met AD-patiënten, en verdere klinische tests zijn momenteel gaande.

In de tweede studie werd een opvolgend verbinding, PBT2, vergeleken met placebo bij 78 deelnemers met milde Alzheimer dementie; allen werden opgenomen in de intention-to-treat analyse.

De tweede studie van PBT2 werd strenger uitgevoerd en toonde aan dat dit verbinding na 12 weken veilig en goed verdragen leek te worden bij mensen met milde Alzheimer dementie.

Het doel van deze mini-review is om het opkomende idee te benadrukken dat metaalchaperonnes, zoals PBT2 (Prana Biotechnology), verschillende kritieke routes moduleren die belangrijke aspecten van de AD-cascade beïnvloeden om een meer "holistische" benadering van de behandeling van deze ziekte te bieden.

De Alzheimer therapeut PBT2 bevordert amyloïde-β afbraak en GSK3 fosforylering via een metaalchaperonne activiteit.

Het leidende verbinding in deze klasse van therapeutica, PBT2, verbeterde de cognitie in een klinische studie met AD-patiënten.

Intracellulaire translocatie van Zn en Cu via de metaalchaperonne activiteit van PBT2 kan een belangrijk mechanisme zijn waarmee PBT2 de cognitieve functie verbetert bij mensen met AD.

Metalloproteïnase-modificatoren zoals PBT2 kunnen nuttige AD-therapieën zijn, maar het huidige bewijs ondersteunt hun onmiddellijke gebruik bij pre-symptomatische AD niet.

De meest geavanceerde van deze strategieën is de zogenaamde 'metaaleiwit-attenuerende verbinding' benadering, met het leidende molecuul PBT2 dat met succes vroege fase klinische studies heeft afgerond.

PBT2 verbetert snel de cognitie bij de ziekte van Alzheimer: aanvullende fase II analyses.

Een recente fase IIa dubbelblinde, gerandomiseerde, placebogecontroleerde studie vond dat de 250 mg dosis van PBT2 goed werd verdragen, de niveaus van amyloïde-beta42 in het cerebrospinale vocht (CSF) significant verlaagde, en de executieve functie op een neuropsychologische testbatterij (NTB) binnen 12 weken behandeling bij AD-patiënten significant verbeterde.

Deze bevindingen moedigen verdere grootschalige tests van PBT2 voor AD aan.

Recentelijk hebben CQ en het analoog PBT2 bemoedigende effecten getoond in dier- en klinische studies voor de ziekte van Alzheimer (AD).

Experimentele behandelingen die mogelijk nuttig zijn voor de ziekte van Alzheimer omvatten dimebon, PBT2 en etanercept; de veiligheid en effectiviteit van het Alzheimer-vaccin moet nog worden bewezen, en groeihormoon secretagogen en tarenflurbil zijn waarschijnlijk ineffectief.

Het recente rapport van positieve resultaten uit een fase IIa klinische studie van PBT2, een nieuw medicijn dat amyloïde-beta-metaal interacties target, benadrukt de waarde van abnormaal overgangsmetaalmetabolisme als een potentieel therapeutisch doelwit bij de ziekte van Alzheimer.

Het heeft zeer bevredigend gepresteerd in toxicologie- en fase I klinische studies en ontwikkelt zich als een ziekte-modificerend kandidaatmedicijn voor de ziekte van Alzheimer.

Toekomstige studies die groter en langer zijn zullen vaststellen of de effecten van PBT2 op biomarkers en cognitie die hier worden gerapporteerd zich vertalen naar klinische effectiviteit.

Kleine moleculen die Abeta-metaal interacties targeten (bijv. PBT2) zijn momenteel in klinische studies en tonen toenemende belofte als ziekte-modificerende middelen voor de ziekte van Alzheimer gebaseerd op de "metaalhypothese."


Wat is de basale secundaire structuur van de variabele domeinen van een typisch antilichaam?

Answer: De variabele domeinen van zware en lichte ketens van antilichamen bestaan uit twee β-vellen. Het eerste bestaat uit vier strengen, A, B, E en D, en het tweede uit zes strengen, genaamd A', G, F, C, C' en C''. De antigeenbindingsplaats wordt gevormd door de inter-strengverbindingen BC, C′C″ en FG van elk domein.

Antilichamen zijn prototypes van multimerische eiwitten en bestaan uit structureel vergelijkbare domeinen. De twee variabele domeinen van een antilichaam (VH en VL) interageren via een groot hydrofoob oppervlak en kunnen worden uitgedrukt als covalent gekoppelde single-chain Fv (scFv) fragmenten.

De vorming van secundaire structuur, gemeten door H/D-uitwisselingsbescherming, van een mutant scFv-fragment van een antilichaam na korte incubatie in 6 M guanidiniumchloride bleek multiphasisch te zijn. NMR-analyse toont aan dat een intermediair met significante protonbescherming wordt waargenomen binnen de dead time van de handmatige mengexperimenten. Vervolgens verloopt de vouwing via een biphasische reactie en massaspectrometrie-analyses van de uitwisselingsexperimenten bevestigen het bestaan van twee parallelle routes. In aanwezigheid van cyclophiline verdwijnt echter de snellere van de twee fasen (gevolgd via intrinsieke tryptofaanfluorescentie), terwijl de langzamere fase niet significant wordt versterkt door equimolaire cyclophiline.

De vorming van een vroeg intermediair, dat amide-protonuitwisselingsbescherming vertoont, is onafhankelijk van proline-isomerisatie. Vervolgens concurreert een proline cis-trans isomerisatiereactie in het snel gevormde intermediair, die 'niet-native' isomeren produceert, met de snelle vorming van native soorten. Er wordt voorgesteld dat de interfacevorming in een vouwingintermediair van het scFv-fragment voorkomt dat de terug-isomerisatie van deze prolines efficiënt wordt gekatalyseerd door cyclophiline.

Zware keten variabele domeinen (VH) zonder hun lichte keten (VL) partner zijn uitstekende kandidaten voor het ontwerpen van immunoreagentia van minimale grootte.


Hoe vindt langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) plaats?

Answer: Langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) is een mechanisme van geninactivatie dat meerdere aaneengesloten CpG-eilanden beïnvloedt en is beschreven in verschillende typen menselijke kanker.

Langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) is een mechanisme van geninactivatie dat meerdere aaneengesloten CpG-eilanden beïnvloedt en is beschreven in verschillende typen menselijke kanker.

We tonen aan dat LRES ook voorkomt in muizenkanker in vivo en de moleculaire kenmerken van het menselijke fenomeen nabootst, namelijk downregulatie van genexpressie, verwerving van inactieve histonmerken en DNA-hypermethylatie van specifieke CpG-eilanden.

Maligne regressie van kankercellen door in vitro differentiatie resulteerde in gedeeltelijke terugkeer van LRES en toename van CTCF-binding.

Genen in LRES-regio's worden plastisch gereguleerd tijdens cel differentiatie en hyperproliferatie, maar zijn beperkt tot een gecoördineerde repressie door het opheffen van grenzen en de autonome regulatie van chromatinedomeinen in kankercellen.

Verlies van tumor suppressorgenfunctie kan optreden als gevolg van epigenetische onderdrukking van grote chromosomale regio's, aangeduid als langafstand epigenetische onderdrukking (LRES), en genoomwijde analyses hebben aangetoond dat LRES aanwezig is in veel kankertypen.

LRES kan megabases aan DNA beslaan en omvat brede heterochromatinevorming vergezeld van hypermethylatie van clusters van aaneengesloten CpG-eilanden binnen de regio. Het is onduidelijk of LRES wordt geïnitieerd door één kritisch gendoelwit dat zich verspreidt en onschuldige omstanders rekruteert, analoog aan grote genetische deleties, of dat gecoördineerde onderdrukking van meerdere genen belangrijk is bij carcinogenese.

Dit toont aan dat langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) voorkomt in ontwikkelings tumoren evenals in volwassen tumoren.

Discrete grenzen van het PCDH-domein worden afgebakend door abrupte veranderingen in histonmodificaties; ongemethyleerde genen die grenzen aan de LRES zijn geassocieerd met permissieve merkers die afwezig zijn bij gemethyleerde genen binnen het domein.

Langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) kan een frequente gebeurtenis zijn in het hele menselijke genoom.

Consolidatie van het kankergenoom in domeinen van repressief chromatine door langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) vermindert transcriptieplasticiteit.

Door het creëren van een geïntegreerde epigenoomkaart van prostaatkanker met behulp van tiling arrays, tonen we aan dat aaneengesloten regio's van genonderdrukking vaak voorkomen via langafstand epigenetische onderdrukking (LRES).

We identificeerden 47 LRES-regio's in prostaatkanker, die typisch ongeveer 2 Mb beslaan en ongeveer 12 genen bevatten, met een prevalentie van tumorrepressor- en miRNA-genen.

We stellen voor dat consolidatie of effectieve reductie van het kankergenoom vaak plaatsvindt in domeinen door een combinatie van LRES en LOH of genomische deletie, wat resulteert in verminderde transcriptieplasticiteit binnen deze regio's.

Recentelijk werd gerapporteerd dat epigenetische onderdrukking van genexpressie zich ook kan uitstrekken over een hele regio; dit staat bekend als langafstand epigenetische onderdrukking.

Ikaros-hypermethylatie vond plaats in de context van een nieuw langafstand epigenetisch onderdrukkingsgebied (LRES).

Onze resultaten leveren niet alleen het eerste bewijs dat LRES functionele specifieke effecten kan hebben bij kanker, maar identificeren ook verschillende gedereguleerde Ikaros-doelen die kunnen bijdragen aan progressie bij colorectaal adenocarcinoom.

Eerder toonden we aan dat genonderdrukking vaak voorkomt over chromosoom 2q14.2 bij colorectale kanker, via een proces van langafstand epigenetische onderdrukking (LRES), waarbij een combinatie van DNA-methylatie en repressieve histonmodificaties betrokken is.

We onderzoeken nu of LRES ook voorkomt in prostaatkanker over deze 4-Mb regio en of differentiële DNA-methylatie van 2q14.2-genen een regionaal panel van prostaatkankermarkers kan bieden.

In overeenstemming met LRES in colorectale kanker vonden we regionale epigenetische herstructurering over 2q14.2 in prostaatkanker.

We konden een uitgebreid overzicht krijgen van promotoren met verschillende CpG-dichtheden, inclusief CpG-eilanden (CGI's), transcriptlichamen en verschillende herhalingsklassen.

Het CpG-eiland methylator fenotype correleert met langafstand epigenetische onderdrukking in colorectale kanker.

We weten nu dat tumorrepressor genen met CpG-eiland-geassocieerde promotoren vaak hypergemethyleerd en onderdrukt zijn bij kanker, maar we begrijpen niet wat dit proces triggert of wanneer het plaatsvindt tijdens carcinogenese. Epigenetische genonderdrukking werd altijd gezien als een lokaal verschijnsel waarbij afzonderlijke genen werden onderdrukt, maar recente gegevens geven nu aan dat grote chromosoomregio's gecoördineerd kunnen worden onderdrukt; een proces dat langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) wordt genoemd.

Epigenetische genonderdrukking werd altijd gezien als een lokaal verschijnsel waarbij afzonderlijke genen werden onderdrukt, maar recente gegevens geven nu aan dat grote chromosoomregio's gecoördineerd kunnen worden onderdrukt; een proces dat langafstand epigenetische onderdrukking (LRES) wordt genoemd. LRES kan megabases aan DNA beslaan en omvat brede heterochromatinevorming vergezeld van hypermethylatie van clusters van aaneengesloten CpG-eilanden binnen de regio.


Wat is de overervingswijze van Acromicric dysplasie?

Answer: Acromicric dysplasie heeft een autosomaal dominante overervingswijze

AD heeft een autosomaal dominante overervingswijze, met kenmerkende gelaatstrekken en skeletkenmerken (een hese stem en een interne inkeping van de femurkop).

Ten slotte wordt WMS overgedragen via een autosomaal dominante of een autosomaal recessieve (AR) overervingswijze, GD via een autosomaal recessieve overervingswijze en AD via een autosomaal dominante overervingswijze.

De aandoening leek sporadisch voor te komen in 16 gevallen, maar de observatie van verticale transmissie in drie families was consistent met een autosomaal dominante overervingswijze.


Kan RNAPolII functioneren als een RNA-afhankelijke RNA-polymerase?

Answer: RNA-polymerase II (Pol II) is een goed gekarakteriseerde DNA-afhankelijke RNA-polymerase, waarvan ook is gerapporteerd dat het RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRP) activiteit heeft. Pol II kan een homopolymeer RNA-template gebruiken, kan RNA met meerdere nucleotiden verlengen in afwezigheid van DNA, en wordt in verband gebracht met de replicatie van de RNA-genomen van het hepatitis delta-virus (HDV) en plantviroiden. De RdRP-activiteit van Pol II biedt een ontbrekende schakel in moleculaire evolutie, omdat het suggereert dat Pol II is geëvolueerd uit een oud replicase dat RNA-genomen kopieerde.

Onze studies leveren overtuigend bewijs dat de mammaal Pol II fungeert als een RdRP om de stabiliteit van een cellulair RNA te reguleren door het 3'-uiteinde te verlengen.

Er is echter bewijs dat Pol II ook RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRP) activiteit bezit. Pol II kan een homopolymeer RNA-template gebruiken, kan RNA met meerdere nucleotiden verlengen in afwezigheid van DNA, en wordt in verband gebracht met de replicatie van de RNA-genomen van het hepatitis delta-virus (HDV) en plantviroiden.

De RdRP-activiteit van Pol II biedt een ontbrekende schakel in moleculaire evolutie, omdat het suggereert dat Pol II is geëvolueerd uit een oud replicase dat RNA-genomen kopieerde.

De huidige bevindingen bieden een kader voor verdere studies om de mechanistische principes van transcriptie door een viraal RNA-polymerase te verduidelijken en hebben implicaties voor de regulatie van Pol II-activiteiten in geïnfecteerde cellen.

Het influenza A-virus transcribeert zijn gesegmenteerde negatieve sense RNA-genoom in de kernen van geïnfecteerde cellen in een proces dat al lang bekend is dat het gastheer RNA-polymerase II (RNAP-II) vereist.

We concluderen dat de replicatie van influenza A-virus RNAP-II-activiteit vereist, niet alleen om gecapte mRNA-substraten te leveren, maar ook om de nucleaire export van geselecteerde virale mRNAs te faciliteren.

Dus interfereert het influenzavirus specifiek met Pol II-elongatie, maar niet met Pol II-initiatiefase. We stellen voor dat het RNA-polymerase van het influenzavirus, door te binden aan de CTD van initiërende Pol II en daaropvolgende knip van het gecapte 5'-uiteinde van het ontluikende transcript, voortijdige Pol II-terminatie veroorzaakt.

We tonen aan dat de rekrutering van het RNA-polymerase II (RNAPolII) preinitiatiefcomplex en H3 Lys 4 (H3-K4) methylatie bij de Xist-promotor de basis vormen van de Xist-expressieprofielen die zowel geïmprimeerde als willekeurige XCI aansturen.

Identificatie van deze ENL-geassocieerde eiwitten (EAP's) door massaspectrometrie onthulde enzymen met een bekende rol in transcriptie-elongatie (RNA-polymerase II C-terminale domein kinase [RNAPolII CTD] positieve transcriptie elongatiefactor b [pTEFb]), en in chromatine-modificatie (histon-H3 methyltransferase DOT1L) evenals andere frequente MLL-partners (AF4, AF5q31, en LAF4), en polycomb-groep leden (RING1, CBX8, en BCoR).

RNA-polymerase II werkt als een RNA-afhankelijke RNA-polymerase om een niet-coderend RNA te verlengen en te destabiliseren.

Associatie van het RNA-afhankelijke RNA-polymerase van het influenza A-virus met cellulair RNA-polymerase II.

Het is ook goed vastgesteld dat viraal RNA-afhankelijk RNA-polymerase (vRNP) geassocieerd is met cellulair RNA-polymerase II (Pol II), waarop virale replicatie afhankelijk is.

RNA-polymerase II (Pol II) is een goed gekarakteriseerde DNA-afhankelijke RNA-polymerase, waarvan ook is gerapporteerd dat het RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRP) activiteit heeft. Natuurlijke cellulaire RNA-substraten van mammaal Pol II zijn echter niet geïdentificeerd en de cellulaire functie van de Pol II RdRP-activiteit is onbekend.


Wat zijn de beste behandelingsopties voor de behandeling van Helicobacter pylori?

Answer: De beste behandelingsopties voor de uitroeiing van Helicobacter pylori omvatten een drievoudige of viervoudige medicamenteuze therapie met verschillende soorten antibiotica. Bismut kan ook een aanvullende optie zijn. Protonpompremmers zijn ook opgenomen in de behandeling. De meest effectieve lijst van geneesmiddelen omvat: amoxicilline, claritromycine, metronidazol, rifabutine. Ook chitosan-microsferen met Eudragit L100 zijn getest.

Drievoudige therapie, die in veel landen het hoofdbehandelingsmiddel is geweest in het afgelopen decennium, heeft nu suboptimale resultaten in veel delen van de wereld.

Sequentiële therapie en viervoudige therapie (ofwel op bismut gebaseerde of niet-bismut gebaseerde) zijn de beste huidige opties om de initiële behandeling met drievoudige therapie te vervangen.

Moleculaire tests kunnen worden gebruikt om H. pylori en claritromycine- en/of fluoroquinolonresistentie in maagbiopten te detecteren zonder dat kweek noodzakelijk is. In regio's met hoge claritromycineresistentie, zoals Frankrijk, vervangen sequentiële behandeling of bismuthoudende viervoudige therapieën de standaard drievoudige therapieën voor de eerstelijns empirische behandeling.

Het bewijs ten gunste van bismutverbindingen voor de behandeling van geïnfecteerde kinderen is nog niet duidelijk.

Chitosan-microsferen met meerdere Eudragit L100-kernen werden gemakkelijk bereid door een nieuwe emulsificatie/coagulatie-inkapselingsmethode.

De multi-core chitosan-microsferen kunnen dienen als een bevredigend middel voor maag-specifieke toediening van hydrofiele antibiotica.

De behandeling bestond uit een kuur van één week met een PPI twee keer per dag, amoxicilline (A) 1 g twee keer per dag en rifabutine (R) 300 mg eenmaal daags (PPI-AR).

De gevoeligheid voor antibiotica voorafgaand aan de behandeling voor metronidazol, claritromycine en A werd geëvalueerd met een gevalideerde epsilometer-test.

Vier verschillende strategieën voor de preventie van hernieuwd bloeden bij patiënten met een peptisch ulcusbloeding: 1) testen op H. pylori en behandeling indien positief; 2) onderhoud met protonpompremmer; 3) geen preventieve behandeling; 4) empirische uitroeiing van H. pylori onmiddellijk na bloeding.

Empirische uitroeiing van H. pylori was de dominante strategie: het geschatte percentage van terugkerend bloeden was lager (6,1%) dan die van strategieën 1 (7,4%), 2 (11,1%) en 3 (18,4%) en het was de minst dure strategie. De resultaten bleven stabiel toen variabelen binnen een breed bereik van plausibele waarden werden gewijzigd.

Bij patiënten met een bloeding door een peptisch ulcus is de empirische behandeling van H. pylori-infectie onmiddellijk nadat de voeding wordt hervat de meest kosteneffectieve strategie om hernieuwde bloeding te voorkomen.


Lijst van sclerostine-interactiepartners.

Answer:
alkalische fosfatase
carbonaanhydrase
gremlin-1
fetuin A
midkine
annexine A1
annexine A2
collageen α1
caseïnekinase II
geëxcreteerd frizzled-gerelateerd eiwit 4
Phex
asporine
follistatine
erbB-3
LRP5
noggin

Verschillende eerder niet-geïdentificeerde volledige sclerostine-interacterende eiwitten zoals alkalische fosfatase, carbonaanhydrase, gremlin-1, fetuin A, midkine, annexine A1 en A2, en collageen α1, die gevestigde rollen hebben in botvorming of resorptieprocessen, binden aan de sclerostine-MBP amylosehars maar niet aan de MBP amylosehars. Andere volledige sclerostine-interacterende eiwitten zoals caseïnekinase II en geëxcreteerd frizzled-gerelateerd eiwit 4, die de Wnt-signaleringsroute moduleren, werden geïdentificeerd. Verschillende peptiden afkomstig van eiwitten zoals Phex, asporine en follistatine, die de botstofwisseling reguleren, binden ook aan sclerostine.

We identificeerden een interactie tussen sclerostine en het carboxyl-terminale gedeelte van de receptor tyrosine-proteïnekinase erbB-3.

Sclerostine, SOST, het gen dat bij deze ziekte is aangedaan, wordt verondersteld zijn activiteit uit te oefenen door te functioneren als een BMP-antagonist. Recente aanwijzingen geven echter aan dat SOST sterk verwant is aan Wise, dat ook de Wnt-route kan moduleren door te binden aan LRP5 en LRP6.

Botdichtheidligand, sclerostine, interageert direct met LRP5 maar niet met LRP5G171V om Wnt-activiteit te moduleren.

We tonen aan dat recombinant sclerostine en noggin met hoge affiniteit aan elkaar binden (K(D) = 2,92 nm).


Onder welke omstandigheden fosforyleert AMPK TSC2?

Answer: De AMP-geactiveerde serine/threonine proteïnekinase (AMPK) is een sensor van de cellulaire energiestatus die in alle eukaryoten voorkomt, en wordt geactiveerd onder omstandigheden van lage intracellulaire ATP na stress zoals voedingsstoffentekort of hypoxie.

De AMP-geactiveerde serine/threonine proteïnekinase (AMPK) is een sensor van de cellulaire energiestatus die in alle eukaryoten voorkomt en wordt geactiveerd onder omstandigheden van lage intracellulaire ATP na stress zoals voedingsstoffentekort of hypoxie.

AMPK fosforyleert direct ten minste twee eiwitten om een snelle onderdrukking van de mTORC1-activiteit te induceren, de TSC2 tumorrepressor en de kritieke mTORC1-bindende subeenheid raptor.

AMPK is een sterk geconserveerde sensor van de cellulaire energiestatus die wordt geactiveerd onder omstandigheden van lage intracellulaire ATP. AMPK reageert op energiestress door celgroei en biosynthetische processen te onderdrukken, deels via de remming van het rapamycine-gevoelige mTOR (mTORC1) pad. AMPK-fosforylering van de TSC2 tumorrepressor draagt bij aan de onderdrukking van mTORC1.

TSC2 wordt gereguleerd door cellulaire energieniveaus en speelt een essentiële rol in het cellulaire energierespons pad. Onder energietekort fosforyleert de AMP-geactiveerde proteïnekinase (AMPK) TSC2 en versterkt het zijn activiteit.

Omgekeerd vermindert energietekort de Rheb-GTP-belading via het vermogen van de AMP-geactiveerde proteïnekinase om TSC2 te fosforyleren en zijn Rheb-GTPase-activerende functie te stimuleren, evenals door HIFalpha-gemedieerde transcriptionele reacties die stroomopwaarts van het TSC1/2-complex werken.

Hier rapporteren we dat LKB1 vereist is voor de repressie van mTOR onder lage ATP-omstandigheden in gekweekte cellen op een AMPK- en TSC2-afhankelijke wijze, en dat Lkb1-null MEF's en de hamartomateuze gastro-intestinale poliepen van Lkb1-mutante muizen verhoogde signalering downstream van mTOR vertonen.

Hypoxie resulteert in energietekort en activatie van het AMPK/TSC2/Rheb/mTOR-pad.

AMPK-fosforylering van de TSC2 tumorrepressor draagt bij aan de onderdrukking van mTORC1; echter, TSC2-deficiënte cellen blijven reageren op energiestress.

Onder energietekort fosforyleert de AMP-geactiveerde proteïnekinase (AMPK) TSC2 en versterkt het zijn activiteit. Fosforylering van TSC2 door AMPK is vereist voor translatieregulatie en celgroottecontrole als reactie op energiegebrek.

Hier beschrijven we dat TSC2 wordt gereguleerd door cellulaire energieniveaus en een essentiële rol speelt in het cellulaire energierespons pad. Onder energietekort fosforyleert de AMP-geactiveerde proteïnekinase (AMPK) TSC2 en versterkt het zijn activiteit.

Eenmaal geactiveerd onder de verschillende metabole stresscondities reguleert AMPK een veelheid aan metabole paden om de cellulaire energie in balans te brengen. Daarnaast induceert AMPK ook celcyclusarrest of apoptose via verschillende tumorrepressoren waaronder LKB1, TSC2 en p53.


Welke beeldvormingsmodaliteiten zijn genoemd als voorkeursmethode om een CSF-lek te diagnosticeren?

Answer:
CT-cisternografie bij het onderzoek van cerebrospinale vloeistof rhinorroe. CTC is een nauwkeurige, goed verdragen procedure en moet worden beschouwd als de voorkeursmethode voor het onderzoek van deze aandoening.
...ongeconstrueerd (drie-dimensionale constructieve interferentie in steady state (3D-CISS))... Concluderend is 3D-CISS een niet-invasieve en betrouwbare techniek, en moet het de eerstekeuzemethode zijn om een CSF-lek te lokaliseren.

CT-cisternografie bij het onderzoek van cerebrospinale vloeistof rhinorroe.

CTC is een nauwkeurige, goed verdragen procedure en moet worden beschouwd als de voorkeursmethode voor het onderzoek van deze aandoening.

Momenteel is de voorkeursmethode voor het detecteren van cerebrospinale vloeistof de kwalitatieve bepaling van beta-2-transferrine.

Bij chirurgie verbetert het gebruik van intrathecale natriumfluoresceïne de visualisatie van de lekkageplaats.

De bijdrage van 3D-CISS en contrastversterkte MR-cisternografie bij het opsporen van cerebrospinale vloeistoflekken bij patiënten met rhinorroe.

Concluderend is 3D-CISS een niet-invasieve en betrouwbare techniek, en moet het de eerstekeuzemethode zijn om een CSF-lek te lokaliseren.

ongeconstrueerd (drie-dimensionale constructieve interferentie in steady state (3D-CISS)) en contrastversterkte MR-cisternografie (CE-MRC) bij het opsporen van de lokalisatie van cerebrospinale vloeistof (CSF) lekken bij patiënten met rhinorroe.

De diagnostische werkopname omvatte lumbaalpunctie en meting van de CSF-openingdruk, radio-isotoop cisternografie, hersen- en wervelkolom MRI, en computertomografie (CT) myelografie.

Een Tc-99m diethyltriaminepentacetic acid radionuclide cisternografie (RNC) toonde de accumulatie van radioactiviteit in het gebied van de subarachnoïdale ruimte, de slechte migratie van het isotoop over de convexiteiten, en het vroege verschijnen van nier- en blaasactiviteit.


Welke softwaretools zijn momenteel beschikbaar voor het detecteren van zeldzame codonclusters in coderende sequenties?

Answer: Zeldzame codonclusters (RCC's) komen overeen met regio's langs mRNA-sequenties waar, uit de mogelijke keuzes van synonieme codons, die met een lagere frequentie worden waargenomen. Omdat is aangetoond dat relatieve codonfrequenties correleren met hun overeenkomstige tRNA-frequenties, duiden RCC's op mogelijke translatie-attenuatieplaatsen. Enkele specifieke tools voor deze taak zijn beschreven in de literatuur, namelijk: LaTcOm, %MinMax, PAUSE, Sherlocc, Sliding Window (RiboTempo)

Ons programma Sherlocc detecteert statistisch relevante geconserveerde zeldzame codonclusters en produceert een gebruiksvriendelijke HTML-uitvoer.

LaTcOm: een webserver voor het visualiseren van zeldzame codonclusters in coderende sequenties

Wij presenteren LaTcOm, een nieuwe webtool die verschillende alternatieve methoden biedt voor de identificatie van 'zeldzame codonclusters' (RCC)

Drie RCC-detectieschema's zijn geïmplementeerd: het recent beschreven %MinMax-algoritme en een vereenvoudigde sliding window-benadering, samen met een nieuwe aanpassing van een lineair-tijdsalgoritme voor de detectie van maximaal scorende subsequenties, toegespitst op het RCC-detectieprobleem

De PAUSE-software is ontwikkeld als een nieuw hulpmiddel om translatiecontrole over proteïnetargeting te bestuderen. Dit maakt het mogelijk om de positie van clusters van zeldzame codons in een gen, voorspeld om een translatiepauze te veroorzaken, te correleren met de positie van hydrofobe stukken in het gecodeerde eiwit, voorspeld om een membraan te overspannen of te fungeren als een afbreekbaar signaal voor targeting naar de secretieweg.


Hoeveel weefselkallikreïnegenen zijn aanwezig in het menselijk genoom?

Answer: Weefselkallikreïnes (KLK's) zijn een groep nauw verwante serineproteïnasen die worden vertegenwoordigd door multigene families in het menselijk genoom. De menselijke weefselkallikreïne-genfamilie bestaat uit 15 genen, aangeduid als KLK1–KLK15, die tandemgewijs zijn gerangschikt op chromosomaal locus 19q13.4.

Weefselkallikreïnes zijn een groep nauw verwante serineproteïnasen die worden vertegenwoordigd door multigene families bij muizen en ratten.

Onze kaart specificeert de afstand tussen genen met een nauwkeurigheid van één basepaar, de relatieve locatie en de richting van transcriptie van alle 15 genen.

De menselijke weefselkallikreïnefamilie bestaat uit 15 genen waarvan de meerderheid differentieel tot expressie wordt gebracht in kankers en/of indicatoren van kankerprognose.

De 15 leden van de kallikreïne-gerelateerde serinepeptidase (KLK) familie hebben diverse weefsel-specifieke expressieprofielen en vermoedelijke proteolytische functies.

De 15 menselijke en 24 muizen kallikreïnes zijn betrokken bij de pathofysiologie van hersenen, nieren, en ademhalings- en voortplantingssystemen en worden vaak gebruikt als kankerbiomarkers.

Kallikreïne-genfamilies zijn eerder geïdentificeerd in de genomen van de mens, de muis en de rat, en individuele kallikreïne-achtige genen zijn gevonden in nog veel meer soorten.

De menselijke weefselkallikreïnefamilie van serineproteasen (hK1-hK15 gecodeerd door de genen KLK1-KLK15) is betrokken bij verschillende kankergerelateerde processen.

De weefselkallikreïne-genfamilie bestaat uit 15 genen die tandemgewijs zijn gerangschikt op het menselijke chromosoom 19q13.4.

Menselijke kallikreïnes zijn een cluster van 15 serineproteasegenen gelegen in het chromosomale band 19q13.4, een niet-willekeurig herschikte regio in veel solide tumoren, waaronder alvleesklierkanker.

Weefselkallikreïnegenen (KLK's) worden gevonden op chromosoom 19q13.3-4 als een gencluster die 15 verschillende serineproteasen codeert.

Project om in silico analyses uit te voeren van het expressiepatroon van de 15 menselijke KLK-genen in normaal en kankerachtig ovariumweefsel en cellijnen.

Recentelijk zijn nieuwe kallikreïnegenen gekloond, en het is aangetoond dat de menselijke kallikreïnefamilie 15 genen bevat die tandemgewijs zijn uitgelijnd op chromosomaal locus 19q13.3-q13.4.

De menselijke kallikreïne-genfamilie bestaat uit 15 serineproteasen.

We hebben recentelijk het menselijke kallikreïne-genlocus op chromosoom 19q13.4 gekarakteriseerd, dat 15 kallikreïnegenen omvat.

De menselijke weefselkallikreïne en kallikreïne-gerelateerde peptidasen (KLK's), gecodeerd door het grootste aaneengesloten cluster van proteasegenen in het menselijk genoom, zijn uitgescheiden serineproteasen met diverse expressiepatronen en fysiologische rollen.

dat het grootste cluster van aaneengesloten proteasegenen in het menselijk genoom vormt.

Kallikreïne-gerelateerde peptidasen (KLK's) vormen een familie van 15 sterk geconserveerde serineproteasen die worden gecodeerd door het grootste ononderbroken cluster van protease-coderende genen binnen het menselijk genoom.

In deze review beschrijven we de organisatie van het kallikreïnelocus en de structuur van kallikreïnegenen en -eiwitten.

De menselijke weefselkallikreïne-genfamilie is de grootste aaneengesloten familie van proteasen in het menselijk genoom, met 15 genen.

Menselijke weefselkallikreïnegenen vertegenwoordigen de grootste aaneengesloten groep proteasen binnen het menselijk genoom.

Menselijke weefselkallikreïnes (hKs), die worden gecodeerd door het grootste aaneengesloten cluster van proteasegenen in het menselijk genoom, zijn uitgescheiden serineproteasen met diverse expressiepatronen en fysiologische rollen.


Werkt de Oncotype DX-test met paraffine-ingebedde weefsels?

Answer: Ja, de Oncotype DX-test werkt met paraffine-ingebedde weefsels.

De Oncotype-DX Borstkanker Assay (Genomic Health, Redwood City, CA) kwantificeert de genexpressie van 21 genen in borstkankerweefsel door het uitvoeren van reverse transcriptie polymerase kettingreactie (RT-PCR) op formaline-gefixeerde paraffine-ingebedde (FFPE) tumorblokken die worden verkregen tijdens de initiële operatie (lumpectomie, mastectomie of kernbiopsie) van vrouwen met vroeg stadium borstkanker die net is gediagnosticeerd.

Oncotype DX®, is een diagnostische test bestaande uit een 21-gen assay toegepast op paraffine-ingebed borstkankerweefsel, waarmee artsen subgroepen van hormoonreceptor-positieve, klier-negatieve patiënten kunnen voorspellen die mogelijk baat hebben bij alleen hormoontherapie of adjuvante chemotherapie nodig hebben om de beste overlevingsuitkomst te bereiken.

Oncotype DX is een klinisch gevalideerde, hoogcomplexe, multianalyte reverse transcriptie-PCR genomische test die de waarschijnlijkheid van terugkeer van borstkanker voorspelt bij vroeg stadium, klier-negatieve, oestrogeenreceptor-positieve borstkanker.

We hebben daarom de analytische prestaties van de assay onderzocht.

Assays gebruikten een gepoold RNA-monster van gefixeerde paraffine-ingebedde weefsels om de analytische prestaties van een 21-gen paneel te evalueren met betrekking tot amplificatie-efficiëntie, precisie, lineariteit en dynamisch bereik, evenals detectie- en kwantificeringslimieten.

Een dergelijke strategie is de 21-gen assay (Oncotype DX), die momenteel commercieel wordt gebruikt in de VS. Een voordeel van deze test is het gebruik van paraffine-ingebedde blokken in plaats van eerdere methoden die vers bevroren weefsel vereisten.

We gebruikten paraffine-ingebedde kernbiopten van een afgeronde fase II-studie om genen te identificeren die correleren met de respons op primaire chemotherapie.

Naast de individuele genen werd de correlatie van de Oncotype DX Recurrence Score met pCR onderzocht.

RNA werd geëxtraheerd uit paraffineblokken

om de 21-gen Recurrence Score assay (Oncotype DX) te ontwikkelen.


Waar colocaliseert CTCF met cohesine?

Answer:
Cohesine subunits associëren met virale en cellulaire CTCF-sites die betrokken zijn bij complexe genregulatie en chromatineorganisatie. Cohesine bindt samen met transcriptiefactoren over het hele genoom onafhankelijk van CTCF, speelt een functionele rol in oestrogeen-gereguleerde transcriptie, en kan helpen bij het mediëren van weefselspecifieke transcriptieresponsen via langafstand chromosomale interacties.
Talrijke CTCF/cohesine sites vormen mogelijk de basis van de multiloop rozetstructuren op het Igh-locus die samentrekken tijdens de herschikking van de Ig zware keten. Cohesine colocaliseert met CTCF op twee extra geïmprinteerde loci, het Dlk1-Dio3 en het Kcnq1/Kcnq1ot1 locus.

In menselijke cellen is ook aangetoond dat Pol III-genen en transcriptiefactoren colocaliseren met cohesine en de transcriptieregulator en genoomorganisator CCCTC-bindend factor (CTCF).

Om cohesine-niet-CTCF (CNC) bindingsgebeurtenissen in vivo te onderzoeken, hebben we cohesine en CTCF in kaart gebracht, evenals een verzameling weefselspecifieke en ubiquitair voorkomende transcriptieregulatoren met behulp van ChIP-seq in primaire muizenlever.

In tegenstelling tot regio's van het genoom waar cohesine en CTCF colocaliseren, vallen CNC-sites samen met de binding van masterregulatoren en enhancer-markers en zijn ze significant geassocieerd met lever-specifiek tot expressie gebrachte genen.

Ten slotte observeren we dat de aanwezigheid van spiegelbeeldige CTCF-bindingsgebeurtenissen bij promotoren en hun nabijgelegen cohesine-gebonden enhancers geassocieerd is met verhoogde expressieniveaus.

Recentelijk zijn cohesines betrokken bij transcriptieregulatie en isolatie via genoomwijde colocalisatie met het isolator-eiwit CTCF, inclusief betrokkenheid bij het geïmprinteerde H19/Igf2 locus.

Hier rapporteren we dat cohesines colocaliseren met CTCF op twee extra geïmprinteerde loci, het Dlk1-Dio3 en het Kcnq1/Kcnq1ot1 locus.

Om het functionele belang van de binding van CTCF en cohesines op de drie geïmprinteerde loci te bepalen, werden CTCF en cohesines uitgeput in muis embryonale fibroblastcellen.

De resultaten van deze experimenten tonen een onderschatte rol aan voor CTCF en cohesines in de repressie van geïmprinteerde genen in somatische cellen.

Hier tonen we in verschillende celtypen aan dat cohesine functioneel optreedt als een weefselspecifieke transcriptieregulator, onafhankelijk van CTCF-binding.

Door het uitvoeren van overeenkomende genoomwijde bindingsassays (ChIP-seq) in menselijke borstkankercellen (MCF-7), ontdekten we duizenden genomische sites die cohesine en oestrogeenreceptor alfa (ER) delen, maar geen CTCF-binding vertonen.

Door gebruik te maken van menselijke hepatocellulaire carcinoomcellen (HepG2), vonden we dat lever-specifieke transcriptiefactoren colocaliseren met cohesine onafhankelijk van CTCF op lever-specifieke doelwitten die verschillen van die in borstkankercellen.

Samen tonen onze gegevens aan dat cohesine samenbindt met transcriptiefactoren over het hele genoom onafhankelijk van CTCF, een functionele rol speelt in oestrogeen-gereguleerde transcriptie, en kan helpen bij het mediëren van weefselspecifieke transcriptieresponsen via langafstand chromosomale interacties.

Omdat cohesine kan colocaliseren met CTCF, voerden we chromatin immunoprecipitation uit voor de cohesine subunit Rad21 en vonden lijnage- en stadiumspecifieke Rad21-rekrutering naar CTCF in alle Ig loci. De differentiële binding van cohesine aan CTCF-sites kan meerdere lusvorming bevorderen en zo effectieve V(D)J-recombinatie mogelijk maken.

Deze talrijke CTCF/cohesine sites vormen mogelijk de basis van de multiloop rozetstructuren op het Igh-locus die samentrekken tijdens de herschikking van de Ig zware keten.

We concluderen dat cohesines interacteren met CTCF in de midden-S-fase en CTCF-gereguleerde genen onderdrukken op een celcyclusafhankelijke wijze.

We stellen voor dat het CTCF-cohesine complex een cruciale rol speelt in het reguleren van de celcycluscontrole van virale genexpressie tijdens latentiefase en dat het falen om de celcycluscontrole van latente transcripties te handhaven de proliferatie en overleving van gastheercellen belemmert.

We concluderen dat cohesine subunits associëren met virale en cellulaire CTCF-sites die betrokken zijn bij complexe genregulatie en chromatineorganisatie.

Hier tonen we aan dat ATRX, MeCP2 en cohesine, chromatine-regulatoren die betrokken zijn bij respectievelijk ATR-X, RTT en CdLS syndromen, in de hersenen interacteren en colocaliseren op de H19 imprinting control region (ICR) met een voorkeur voor binding op het maternale allel.

De subcellulaire distributie van CTCF en colocalisatie met cohesines varieerde ook gedurende de celcyclus.

ChIP-sequencing werd uitgevoerd op pro-B cellen, waarbij colocalisatie van CTCF en Rad21-binding werd gevonden op ongeveer 60 sites door het V(H)-gebied en 2 andere sites binnen het Igh-locus.

CTCF colocaliseert met cohesine maar niet met RNA Polymerase II.