Wat is de definitie van Algemene Regulerende Factoren (GRF's)?

Answer: GRF's, die binden aan locaties verspreid over het genoom binnen promotoren, spelen niet alleen een sleutelrol in het reguleren van genexpressie, maar verdelen ook het genoom in functioneel onafhankelijke domeinen.

GRF's, die binden aan locaties verspreid over het genoom binnen promotoren, spelen niet alleen een sleutelrol in het reguleren van genexpressie, maar verdelen ook het genoom in functioneel onafhankelijke domeinen.

Abf1 en Rap1 zijn algemene regulerende factoren (GRF's) die bijdragen aan de transcriptieactivatie van een groot aantal genen, evenals aan replicatie, silencen en telomeerstructuur in gist.

Uitgebreide rol van de algemene regulerende factoren, Abf1 en Rap1, in het bepalen van de genoomwijde chromatinestructuur in budding gist.

Hier gebruiken we hoogresolutie tiling-arrays om de bijdragen van twee algemene regulerende factoren, Abf1 en Rap1, aan nucleosoombezetting in Saccharomyces cerevisiae te onderzoeken.

Van deze factoren is aangetoond dat ze elk aan enkele honderden promotoren binden, maar wij vinden hier dat duizenden loci gelokaliseerde gebieden van veranderde nucleosoombezetting vertonen binnen 1 uur na verlies van Abf1- of Rap1-binding, en dat veranderde chromatinestructuur kan optreden via bindingsplaatsen met een breed scala aan affiniteiten.

We vonden dat nucleosomen en specifieke DNA-bindende eiwitten, waaronder de algemene regulerende factoren (GRF's) Reb1p, Rap1p en Abf1p, en Pol III transcriptiefactoren de efficiëntie van NNS-terminatie verhogen door fysiek de voortgang van Pol II te blokkeren.

In het modelorganisme Saccharomyces cerevisiae liggen deze regio's naast bindingsplaatsen voor algemene regulerende transcriptiefactoren, en het Reb1-eiwit is vaak gebonden aan promotor-DNA nabij dergelijke regio's.

We speculeren dat een belangrijke functie van algemene regulerende factoren zoals Reb1p is om juiste transcriptiestartplaatsen bij promotoren vast te stellen en te behouden, en dat wanneer de binding van dergelijke factoren wordt belemmerd, de resulterende effecten op mRNA-vertaling een ondergewaardeerd aspect van genregulatiestudies kunnen zijn.

Abf1 en andere algemene regulerende factoren regelen de genexpressie van ribosoombiogenese in budding gist.

Meervoudige rollen van de algemene regulerende factor Abf1 in gist ribosoombiogenese.

Deze observatie verandert het paradigma van algemene regulerende factoren als relatief statische DNA-bindende eiwitten die constitutief gebonden zijn aan zeer actieve promotoren, en wijst op Abf1, dat aan honderden niet-RPG promotoren binnen het gistgenoom bindt, als een mogelijke sleutelregelaar in voedings- en stressafhankelijke transcriptiemodulatie.

Insulators zijn sequenties die aangrenzende chromosoomdomeinen ontkoppelen. Hier hebben we aangetoond dat Saccharomyces cerevisiae Rap1p en Abf1p-eiwitten beschikken over een krachtige isolerende capaciteit. Isolerende domeinen in Rap1p vallen samen met eerder beschreven transcriptieactivatiedomeinen, terwijl vier aangrenzende subdomeinen die het gehele C-terminus van Abf1p (440-731) beslaan, autonome isolerende capaciteit vertonen. Dat zowel Rap1p als Abf1p silencingsdomeinen een isolerend domein bevatten of er grotendeels mee overlappen, suggereert dat isolatie een nog ongedefinieerde capaciteit voor chromosoomorganisatie overbrengt die ook bijdraagt aan een functie in silencen. Samen met Reb1p en Tbf1p, eerder betrokken bij de activiteit van Saccharomyces cerevisiae subtelomerische isolators, komt isolerend potentieel naar voren als een aanvullende gemeenschappelijke eigenschap van Algemene Regulerende Factoren (GRF's). Zo zouden GRF's, die binden aan locaties verspreid over het genoom binnen promotoren, niet alleen een sleutelrol spelen in het reguleren van genexpressie, maar ook het genoom verdelen in functioneel onafhankelijke domeinen.

Algemene regulerende factoren (GRF's) als genoomverdelers.

Zo zouden GRF's, die binden aan locaties verspreid over het genoom binnen promotoren, niet alleen een sleutelrol spelen in het reguleren van genexpressie, maar ook het genoom verdelen in functioneel onafhankelijke domeinen.<br>

Genregulatiefuncties (GRF) bieden een unieke eigenschap van een cis-regulerend module (CRM), die de concentraties van transcriptiefactoren (input) relateert aan de promotoractiviteiten (output).

Er zijn verschillende algemene conclusies getrokken: 1) langafstandinteracties, multilayer assemblage en DNA-lusvorming kunnen leiden tot complexe GRF's die niet beschreven kunnen worden door lineaire functies van bindingsplaatsbezettingen; 2) in het algemeen kunnen GRF's niet beschreven worden door Booleaanse logica, terwijl een drie-staten niet-Booleaanse logica volstaat voor de bestudeerde voorbeelden; 3) bestudeerde CRM's van intacte fagen leken een vergelijkbare GRF-topologie te hebben (het aantal plateaus en pieken dat overeenkomt met verschillende expressieregimes); we veronderstellen dat functioneel equivalente CRM's topologisch equivalente GRF's kunnen hebben voor een grotere klasse genetische systemen; en 4) binnen een gegeven GRF-klasse is een set mechanistisch-mathematische transformaties geïdentificeerd, die het mogelijk maakt de GRF te vormen voordat een systeemniveau-analyse wordt uitgevoerd.<br>

In Saccharomyces cerevisiae is een groep van meer dan 200 co-gereguleerde genen (Ribi-genen) betrokken bij ribosoombiogenese. Dit regulon is recentelijk aangetoond afhankelijk te zijn van een kleine set transcriptieregulatoren (voornamelijk Abf1, maar ook Reb1, Tbf1 en Rap1) die eerder werden aangeduid als algemene regulerende factoren (GRF's) vanwege hun wijdverspreide binding en werking bij veel promotoren en andere gespecialiseerde genomische regio's. Intrigerend is dat Abf1-binding aan Ribi-genen verschillend wordt gemoduleerd als reactie op verschillende voedingssignaleringsroutes. Zo'n dynamische promotorassociatie heeft het potentieel om zowel activatie als repressie van Ribi-genen te coördineren in synergie met naburige regulerende sites en via de functionele interactie van histonacetyltransferasen en deacetylasen.

Het ontcijferen van de moleculaire basis van hoe moderne menselijke fenotypes zijn geëvolueerd is een van de meest fascinerende uitdagingen in de biologie. Hier richten we ons op de rollen van genregulerende factoren (GRF's), in het bijzonder transcriptiefactoren (TF's) en lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) tijdens de menselijke evolutie. We presenteren voorbeelden van TF's en lncRNA's die veranderd zijn of tekenen van positieve selectie vertonen bij mensen vergeleken met chimpansees, bij moderne mensen vergeleken met archaïsche mensen, of binnen moderne menselijke populaties. Op basis van de huidige kennis over de functies van deze GRF-genen speculeren we dat ze betrokken zijn geweest bij soortvorming en bij het vormgeven van fenotypes zoals hersenfuncties, skeletmorfologie en metabole processen.

De verpakking van eukaryote genomen in nucleosomen speelt een cruciale rol in chromatineorganisatie en genregulatie. Studies in Saccharomyces cerevisiae tonen aan dat nucleosoombezetting gedeeltelijk gecodeerd wordt door intrinsieke antinucleosomale DNA-sequenties zoals poly-A sequenties, evenals door bindingsplaatsen voor trans-werkende factoren die nucleosomen kunnen verdrijven, zoals Reb1 en het RSC3 30-complex. Hier gebruiken we genoomwijde nucleosoombezettingskaarten in 13 Ascomycota-schimmels om grootschalige evolutionaire herprogrammering van zowel intrinsieke als trans-determinanten van chromatinestructuur te ontdekken. We vinden dat poly-G's fungeren als intrinsieke antinucleosomale sequenties vergelijkbaar met de bekende functie van poly-A's, maar dat de abundanties van poly-G's sterk zijn gedivergeerd tussen soorten, waardoor hun antinucleosomale effect wordt verduisterd in soorten met weinig poly-G's zoals S. cerevisiae. We ontwikkelen ook een computationele methode die nucleosoombezettingskaarten gebruikt om trans-werkende algemene regulerende factor (GRF) bindingsplaatsen te ontdekken. Onze benadering onthult dat de specifieke sequenties waaraan GRF's binden aanzienlijk zijn gedivergeerd tijdens de evolutie, wat overeenkomt met een aantal belangrijke evolutionaire overgangen in het repertoire van GRF's. We valideren experimenteel een voorgestelde evolutionaire overgang van Cbf1 als een belangrijke GRF in pre-whole genome duplicatie (WGD) gisten naar Reb1 in post-WGD gisten. We tonen verder aan dat het paringstype-switch activerende eiwit Sap1 een GRF is in S. pombe, wat de algemene toepasbaarheid van onze benadering aantoont. Onze resultaten onthullen dat de onderliggende mechanismen die in vivo chromatineorganisatie bepalen zijn gedivergeerd en dat vergelijkende genomica kan helpen nieuwe determinanten van chromatineorganisatie te ontdekken.

RNA-polymerase II (Pol II) transcriptie-terminatie door het Nrd1p Nab3p Sen1p (NNS) pad is cruciaal voor de productie van stabiele niet-coderende RNA's en de controle van wijdverspreide transcriptie in Saccharomyces cerevisiae. Om determinanten van NNS-terminatie te ontdekken, hebben we de 3'-einden van NNS-terminerende transcripties genoomwijd in kaart gebracht. We vonden dat nucleosomen en specifieke DNA-bindende eiwitten, waaronder de algemene regulerende factoren (GRF's) Reb1p, Rap1p en Abf1p, en Pol III transcriptiefactoren, de efficiëntie van NNS-terminatie verhogen door fysiek de voortgang van Pol II te blokkeren. Dezelfde DNA-gebonden factoren die NNS-terminatie bevorderen, zijn eerder aangetoond de 3'-einden van Okazaki-fragmenten die door Pol δ tijdens DNA-replicatie worden gesynthetiseerd te definiëren. Verminderde binding van deze factoren resulteert in defecte NNS-terminatie en Pol II doorlezing. Bovendien maakt het inactiveren van NNS Pol II-elongatie door deze obstakels mogelijk, wat aantoont dat effectieve Pol II-terminatie afhankelijk is van een synergie tussen het NNS-machinerie en obstakels in chromatine. In overeenstemming met deze bevinding zijn loci die Pol II-doorlezing vertonen bij GRF-bindingsplaatsen uitgeput van upstream NNS-signalen. Over het geheel genomen benadrukken deze resultaten hoe RNA-terminatiesignalen het gedrag van Pol II bij chromatineobstakels beïnvloeden en stellen ze vast dat gemeenschappelijke genomische elementen grenzen definiëren voor zowel DNA- als RNA-synthesemachinerie.

Ribosoombiogenese in Saccharomyces cerevisiae omvat een regulon van 200 genen, Ribi-genen, die gecoördineerd worden gereguleerd als reactie op nutriëntbeschikbaarheid en cellulaire groeisnelheid. Twee cis-werkende elementen, PAC en RRPE, zijn bekend als mediatoren van Ribi-genrepressie bij voedingsafname. Hier tonen we aan dat de meeste Ribi-genpromotoren ook bindingsplaatsen bevatten voor een of meer algemene regulerende factoren (GRF's), het vaakst Abf1 en Reb1, en dat deze factoren in vivo verrijkt zijn bij Ribi-promotoren. Abf1-, Reb1- en Tbf1-promotorassociatie was vereist voor volledige Ribi-genexpressie in rijk medium en voor de modulatie ervan als reactie op glucosesterving, gekenmerkt door een snelle daling gevolgd door een langzame herstel. Zo'n respons ging niet gepaard met veranderingen in Abf1-bezetting, maar werd gevolgd door een snelle toename en daarna een langzame afname van Rpd3L histondeacetylase-bezetting. Opmerkelijk was dat verstoring van de Abf1-plaats ook de rekrutering van het Rpd3L-complex in reactie op sterfte uitschakelde. Uitgebreide mutatieanalyse van de DBP7-promotor onthulde een complexe wisselwerking van Tbf1-plaatsen, PAC en RRPE in de transcriptieregulatie van dit Ribi-gen. Onze observaties wijzen op GRF's als nieuwe veelzijdige spelers in Ribi-genregulatie, zowel tijdens exponentiële groei als onder repressieve omstandigheden.

Abf1 en Rap1 zijn algemene regulerende factoren (GRF's) die bijdragen aan transcriptieactivatie van een groot aantal genen, evenals aan replicatie, silencen en telomeerstructuur in gist. Ondanks hun wijdverspreide rollen in transcriptie is de reikwijdte van hun functionele doelwitten genoomwijd nog niet eerder bepaald. Hier gebruiken we microarrays om de bijdrage van deze essentiële GRF's aan transcriptie genoomwijd te onderzoeken door gebruik te maken van temperatuurgevoelige (ts) mutanten die dissociëren van hun bindingsplaatsen bij 37 graden Celsius. We combineren deze data vervolgens met gepubliceerde ChIP-chip studies en motiefanalyse om waarschijnlijke directe doelwitten voor Abf1 en Rap1 te identificeren. We identificeren ook een aanzienlijk aantal genen die waarschijnlijk Rap1 of Abf1 binden maar niet worden beïnvloed door verlies van GRF-binding. Interessant is dat de resultaten sterk suggereren dat Rap1 kan bijdragen aan genactivatie vanaf een grotere afstand stroomopwaarts dan Abf1. Ook consistent met eerder werk zijn meer genen die Abf1 binden onaangetast door verlies van binding dan genen die Rap1 binden. Ten slotte tonen we voor verschillende van deze genen aan dat het C-terminus van Abf1, dat het vermoedelijke activatiedomein bevat, niet nodig is om dit bijzondere geheugeneffect te bewerkstelligen dat voortdurende transcriptie mogelijk maakt na verlies van Abf1-binding.


Welk virus kan worden gediagnosticeerd met de monospot-test?

Answer: Het Epstein-Barr-virus (EBV) kan worden gedetecteerd met de monospot-test. EBV is een zeer veelvoorkomend virus, dat wordt overgedragen via speeksel, en dat vaak asymptomatische infecties veroorzaakt bij kinderen, maar vaak leidt tot infectieuze mononucleosis bij adolescenten.

Het Epstein-Barr-virus (EBV) is een zeer veelvoorkomend virus, dat wordt overgedragen via speeksel, en dat vaak asymptomatische infecties veroorzaakt bij kinderen, maar vaak leidt tot infectieuze mononucleosis bij adolescenten. Heterofiele antilichaamtests, waaronder de Monospot-test, zijn rode bloedcel- of latexagglutinatie-assays, die antiredcelantilichamen detecteren die worden geproduceerd als onderdeel van een polyclonale antilichaamrespons die optreedt tijdens EBV-infectie.

Laboratoriumonderzoek toonde aan dat de monospot-test positief was, EBV-serologietests; Anti-EA-D IgG: 3+, Anti-VCA gp125 IgG: 3+, Anti-VCA p19 IgM: 2+, Anti EBNA-1 IgM: negatief, Anti EBNA-1 IgM: negatief, Anti EBNA-1 IgG: negatief.

Een 75-jarige vrouw presenteerde zich met een veranderde mentale status, een septisch beeld en griepachtige symptomen. Aanvankelijk onderzoek toonde atypische lymfocytose, trombocytopenie, verhoogde leverenzymen en een positieve monospot-test. Verder onderzoek toonde aan dat de Epstein-Barr-virus virale kapselantilichamen IgM/IgG en Epstein-Barr-virus DNA via polymerasekettingreactie negatief waren; echter waren haar cytomegalovirus (CMV) IgM en IgG positief, wat suggereert dat haar mononucleosis-achtig syndroom werd veroorzaakt door een acute CMV-infectie.

De monospot-test was positief. Hij onderging vervolgens zowel een CT longangiogram als een CT-angiogram van de aorta om longembolie en aortadissectie uit te sluiten. De CT toonde splenomegalie met een groot subdiafragmatisch hematoom als gevolg van miltruptuur. Dit had waarschijnlijk pijn veroorzaakt door irritatie van het diafragma. Hij werd met spoed geopereerd voor een splenectomie. De eenduidige diagnose was infectieuze mononucleosis gecompliceerd door spontane miltruptuur als gevolg van een Epstein-Barr-virusinfectie.

ACHTERGROND: Infectie met het Epstein-Barr-virus (EBV) komt bijna universeel voor bij mensen en vindt meestal plaats op twee leeftijden: infantiel, wat meestal asymptomatisch is en geassocieerd wordt met slechtere sociaaleconomische omstandigheden, en adolescent, wat in ongeveer 25% van de gevallen infectieuze mononucleosis (IM) veroorzaakt. De factoren die bepalen of de infectie IM veroorzaakt, blijven onzeker. Wij wilden de seizoensgebondenheid en temporele trends in IM evalueren. METHODEN: Gegevens van alle Monospot-tests, gebruikt als marker voor IM, werden verzameld uit de Grampian-populatie over 16 jaar. RESULTATEN: Positieve Monospot-testresultaten piekten op 17-jarige leeftijd bij vrouwen en 19-jarige leeftijd bij mannen.

De geëvalueerde diagnostische methoden waren realtime PCR (RT-PCR), IgM/IgG-antilichamen gemeten met verschillende assays [meting van Epstein-Barr-virus viraal load (EBV-VL) in perifere bloed, neutrofiel/lymfocyt/monocyt tellingen, C-reactief proteïne waarden en monospot-test].

Serologische tests voor EBV-infectie waren consistent met acute infectie (EBV-virus kapselantigeen reageerde met IgM- en IgG-antilichamen). De Monospot-test was ook positief.

Onderzoeken toonden lymfocytose en geactiveerde atypische lymfocyten in het perifere uitstrijkje, en een positieve monospot-test. De jongen herstelde vervolgens binnen een week met volledige verdwijning van zijn uitslag. Infectieuze mononucleosis gerelateerd aan het Epstein-Barr-virus werd als de meest waarschijnlijke diagnose voor onze patiënt beschouwd.

Serums negatief voor de markers van beide virussen: Hepatitis A (HAV) en Hepatitis B (HBV) werden vervolgens getest op IGM heterofiele antilichamen tegen het Epstein-Barr-virus (EBV) met de Monospot-slide-test om acute infectieuze mononucleosis te diagnosticeren en getest op anti-CMV (IgM) met ELISA-techniek voor de diagnose van acute cytomegalovirus (CMV)-infectie.

Een serologische test voor vroeg antigeen (EA) is specifieker voor het diagnosticeren van actieve EBV-ziekte dan de monospot- of heterofiele test.

Zijn sepsis-screening was negatief, maar hij had een positieve Monospot-test en immunoglobuline G voor het Epstein-Barr-virus.


Waarom wordt de Fyn-kinase beschouwd als een veelbelovend therapeutisch doelwit voor de ziekte van Alzheimer?

Answer: Fyn is een aantrekkelijk doelwit voor AD-therapieën, niet alleen vanwege de activatie door Aβ via het cellulaire prioneiwit, maar ook vanwege de bekende interactie met tau, die op unieke wijze de twee belangrijkste pathologieën bij AD verbindt.

Fyn is een aantrekkelijk doelwit voor AD-therapieën, niet alleen vanwege de activatie door Aβ via het cellulaire prioneiwit, maar ook vanwege de bekende interactie met tau, die op unieke wijze de twee belangrijkste pathologieën bij AD verbindt.


Wat is de link tussen TADs en GRBs?

Answer: Topologisch associërende domeinen (TADs) zijn oude kenmerken die samenvallen met Metazoaire clusters van extreme niet-coderende conservatie (ook wel GRBs genoemd).

Topologisch associërende domeinen zijn oude kenmerken die samenvallen met Metazoaire clusters van extreme niet-coderende conservatie

Clusters van CNE's komen sterk overeen met topologische organisatie, wat de grenzen voorspelt van honderden topologisch associërende domeinen (TADs) bij mens en Drosophila. De set TADs die geassocieerd zijn met hoge niveaus van niet-coderende conservatie vertoont duidelijke eigenschappen vergeleken met TADs zonder extreme niet-coderende conservatie.

Ontwikkelingsgenen in metazoaire genomen worden omgeven door dichte clusters van geconserveerde niet-coderende elementen (CNE's). CNE's vertonen onverklaarbare extreme niveaus van sequentieconservatie, waarbij velen fungeren als ontwikkelingslangeafstand enhancer-elementen. Clusters van CNE's definiëren de reikwijdte van regulatorische inputs voor vele belangrijke ontwikkelingsregulatoren en zijn eerder beschreven als genomische regulatorische blokken (GRBs). Hun functie en distributie rond belangrijke regulatorische genen roept de vraag op hoe ze zich verhouden tot de 3D-conformatie van deze loci. Hier tonen we aan dat clusters van CNE's sterk samenvallen met topologische organisatie, wat de grenzen voorspelt van honderden topologisch associërende domeinen (TADs) bij mens en Drosophila. De set TADs die geassocieerd zijn met hoge niveaus van niet-coderende conservatie vertoont duidelijke eigenschappen vergeleken met TADs zonder extreme niet-coderende conservatie. De nauwe overeenkomst tussen extreme niet-coderende conservatie en TADs suggereert dat deze TADs oud zijn, wat een regulatorische architectuur onthult die al honderden miljoenen jaren geconserveerd is. Metazoaire genomen bevatten veel clusters van geconserveerde niet-coderende elementen. Hier leveren de auteurs bewijs dat deze clusters samenvallen met onderscheidende topologisch associërende domeinen bij mensen en Drosophila, wat een geconserveerde regulatorische genomische architectuur onthult.


Wat is Target Explorer?

Answer: Target Explorer is een geautomatiseerd hulpmiddel voor de identificatie van nieuwe doelgenen voor een gespecificeerde set transcriptiefactoren. Het is specifiek ontworpen voor het goed geannoteerde Drosophila melanogaster-genoom, maar de meeste opties kunnen ook worden gebruikt voor sequenties van andere genomen. Target Explorer is beschikbaar op http://trantor.bioc.columbia.edu/Target_Explorer/

Target Explorer: Een geautomatiseerd hulpmiddel voor de identificatie van nieuwe doelgenen voor een gespecificeerde set transcriptiefactoren.

Met het toenemende aantal beschikbare eukaryote genomen worden geautomatiseerde tools voor hoge doorvoer voor de identificatie van regulatorische DNA-sequenties steeds haalbaarder. Verschillende computationele benaderingen voor de voorspelling van regulatorische elementen zijn recent ontwikkeld. Hier combineren we de voorspelling van clusters van bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren met contextinformatie afkomstig uit genoomannotaties. Target Explorer automatiseert het gehele proces van het creëren van een aangepaste bibliotheek van bindingsplaatsen voor bekende transcriptiefactoren tot aan de voorspelling en annotatie van vermoedelijke doelgenen die mogelijk door deze factoren worden gereguleerd. Het is specifiek ontworpen voor het goed geannoteerde Drosophila melanogaster-genoom, maar de meeste opties kunnen ook worden gebruikt voor sequenties van andere genomen. Target Explorer is beschikbaar op http://trantor.bioc.columbia.edu/Target_Explorer/.

Target Explorer, een geautomatiseerd hulpmiddel voor de identificatie van nieuwe doelgenen voor een gespecificeerde set transcriptiefactoren


Kan het gistproteïne Abf1 fungeren als isolator?

Answer: Saccharomyces cerevisiae Rap1p- en Abf1p-eiwitten beschikken over een krachtige isolerende capaciteit

Saccharomyces cerevisiae Rap1p- en Abf1p-eiwitten beschikken over een krachtige isolerende capaciteit

Isolerende domeinen in Rap1p vallen samen met eerder beschreven transcriptieactivatiedomeinen, terwijl vier aangrenzende subdomeinen die het gehele C-terminus van Abf1p (440-731) beslaan, autonoom isolerende capaciteit vertonen

Dat zowel Rap1p- als Abf1p-silenteringsdomeinen een isolerend domein bevatten of er grotendeels mee overlappen, suggereert dat isolatie een nog ongedefinieerde capaciteit voor chromosoomorganisatie overbrengt die ook bijdraagt aan een functie in silentering.


Wat bevat de humane IVIG-behandeling voor de ziekte van Alzheimer?

Answer: Humaan intraveneus immunoglobuline (IVIG) is een mengsel van polyklonale IgG-antilichamen die zijn geïsoleerd en verzameld uit duizenden gezonde menselijke donoren.

Humaan intraveneus immunoglobuline (IVIG) is een mengsel van polyklonale IgG-antilichamen die zijn geïsoleerd en verzameld uit duizenden gezonde menselijke donoren.


Is er een algoritme met lineaire tijd en lineaire ruimte voor de berekening van vermeden woorden in biologische sequenties?

Answer: Ja. Er is een algoritme met lineaire tijd en lineaire ruimte voor de berekening van vermeden woorden van lengte k in een gegeven sequentie x.

De systematische zoektocht naar vermeden woorden is bijzonder nuttig voor de analyse van biologische sequenties. We presenteren een algoritme met lineaire tijd en lineaire ruimte voor de berekening van vermeden woorden van lengte k in een gegeven sequentie x. We stellen een aanpassing van dit algoritme voor zodat het alle vermeden woorden van x berekent, ongeacht hun lengte, binnen dezelfde tijdcomplexiteit. We presenteren ook combinatorische resultaten met betrekking tot vermeden woorden en afwezige woorden.

We presenteren een algoritme met lineaire tijd en lineaire ruimte voor de berekening van vermeden woorden van lengte <br>

ACHTERGROND: De afwijking van de waargenomen frequentie van een woord
RESULTATEN: In dit artikel stellen we een algoritme voor met [Formule: zie tekst]-tijd en [Formule: zie tekst]-ruimte om alle [Formule: zie tekst]-vermeden woorden van lengte
CONCLUSIES: De systematische zoektocht naar vermeden woorden is bijzonder nuttig voor de analyse van biologische sequenties.

Daarom kan het naïef berekenen van al deze woorden een zeer tijdrovende procedure zijn, vooral voor grote k. RESULTATEN In dit artikel stellen we een algoritme voor met [Formule: zie tekst]-tijd en [Formule: zie tekst]-ruimte om alle [Formule: zie tekst]-vermeden woorden van lengte k te berekenen in een gegeven sequentie van lengte n over een alfabet met vaste grootte.

We presenteren ook een tijd-optimaal algoritme met [Formule: zie tekst]-tijd om alle [Formule: zie tekst]-vermeden woorden (van elke lengte) te berekenen in een sequentie van lengte n over een geheelallig alfabet van grootte [Formule: zie tekst].

De afwijking van de waargenomen frequentie van een woord ten opzichte van de verwachte frequentie in een gegeven sequentie wordt gebruikt om te bepalen of het woord vermeden is. Dit concept is bijzonder nuttig in DNA-taalanalyse. De waarde van de afwijking, aangeduid met formule zie tekst, karakteriseert effectief de mate van een woord door zijn randcontrast in de context waarin het voorkomt. Een woord van lengte formule zie tekst is een formule zie tekst vermeden woord in als formule zie tekst voor een gegeven drempel formule zie tekst. Merk op dat zo’n woord volledig afwezig kan zijn. Daarom kan het naïef berekenen van al deze woorden een zeer tijdrovende procedure zijn, vooral voor grote k. In dit artikel stellen we een algoritme voor met formule zie tekst tijd en formule zie tekst ruimte om alle formule zie tekst vermeden woorden van lengte k te berekenen in een gegeven sequentie van lengte n over een alfabet met vaste grootte. We presenteren ook een tijd-optimaal algoritme met formule zie tekst tijd om alle formule zie tekst vermeden woorden van elke lengte te berekenen in een sequentie van lengte n over een geheelallig alfabet van grootte formule zie tekst. Daarnaast bieden we een strakke asymptotische bovengrens voor het aantal formule zie tekst vermeden woorden over een geheelallig alfabet en de verwachte lengte van het langste woord. We maken een implementatie van ons algoritme beschikbaar. Experimentele resultaten met zowel echte als synthetische data tonen de efficiëntie en toepasbaarheid van onze implementatie in de analyse van biologische sequenties. De systematische zoektocht naar vermeden woorden is bijzonder nuttig voor de analyse van biologische sequenties. We presenteren een algoritme met lineaire tijd en lineaire ruimte voor de berekening van vermeden woorden van lengte k in een gegeven sequentie. We stellen een aanpassing van dit algoritme voor zodat het alle vermeden woorden van x berekent, ongeacht hun lengte, binnen dezelfde tijdcomplexiteit. We presenteren ook combinatorische resultaten met betrekking tot vermeden woorden en afwezige woorden.


Wat is het mechanisme van het auxine-induceerbare degron-systeem?

Answer: Het fuseren van induceerbare afbraaksignalen, zogenaamde degrons, aan cellulaire eiwitten is een elegante methode om eiwitniveaus in vivo te reguleren. Het auxine-induceerbare degron (AID) systeem maakt snelle en omkeerbare proteolyse van eiwitten van belang mogelijk en stelt in staat om conditionele mutanten van gist te genereren. Strategieën die gebruikmaken van ubiquitine-gemedieerde eiwitafbraak om het product van een gen van belang te elimineren, zoals het hitte-induceerbare degron (td) en auxine-induceerbare degron (AID), zijn krachtige methoden voor het construeren van conditionele mutanten. Auxine-induceerbare degron (AID) technologie maakt snelle uitputting van eiwitten in dierlijke cellen en schimmels mogelijk, maar de toepassing ervan op menselijke cellen is beperkt door de moeilijkheden bij het taggen van endogene eiwitten. Het auxine-induceerbare degron heeft groot potentieel voor dynamische eiwituitputting in gist. Hier karakteriseren we grondig en kwantitatief het auxine-induceerbare degron in individuele gistcellen.

Het fuseren van induceerbare afbraaksignalen, zogenaamde degrons, aan cellulaire eiwitten is een elegante methode om eiwitniveaus in vivo te reguleren.

Het auxine-induceerbare degron (AID) systeem maakt snelle en omkeerbare proteolyse van eiwitten van belang mogelijk en stelt in staat om conditionele mutanten van gist te genereren.

Auxine-induceerbare degron (AID) technologie maakt snelle uitputting van eiwitten in dierlijke cellen en schimmels mogelijk, maar de toepassing ervan op menselijke cellen is beperkt door de moeilijkheden bij het taggen van endogene eiwitten.

Het auxine-induceerbare degron heeft groot potentieel voor dynamische eiwituitputting in gist. Hier karakteriseren we grondig en kwantitatief het auxine-induceerbare degron in individuele gistcellen. We tonen aan dat een auxineconcentratie van 0,25 mM noodzakelijk is voor snelle en uniforme eiwituitputting tussen individuele cellen, en dat in moedercellen eiwitten sneller worden uitgeput dan in hun dochters.

We introduceren een eenvoudige en efficiënte methode om conditionele knockout-celijnen te genereren op basis van het combineren van auxine-induceerbare degron (AID) technologie met CRISPR/Cas9 genbewerking.

RESULTATEN We hebben een auxine-induceerbaar degron (AID) systeem geconstrueerd, dat auxine-afhankelijke poly-ubiquitinering van Aux/IAA eiwitten door SCFTIR1 in planten benut, in schizosaccharomyces pombe.

Induceerbare inactivatie van een eiwit is een krachtige benadering voor de analyse van zijn functie binnen cellen. Schizosaccharomyces pombe is een nuttig model voor het bestuderen van fundamentele mechanismen zoals chromosoomonderhoud en celcyclus. Eerder gepubliceerde strategieën voor eiwituitputting zijn echter alleen succesvol voor sommige eiwitten onder specifieke omstandigheden en bereiken nog niet efficiënte uitputting om acute fenotypen zoals onmiddellijke celcyclusarrest te veroorzaken. Het doel van dit werk was het construeren van een nuttig en krachtig eiwituitputtingssysteem in S. pombe. We hebben een auxine-induceerbaar degron (AID) systeem geconstrueerd dat auxine-afhankelijke poly-ubiquitinering van Aux/IAA eiwitten door SCFTIR1 in planten benut in schizosaccharomyces pombe. Hoewel expressie van het plantaardige F-box eiwit TIR1 de Mcm4-AID, een component van het Mcm-complex essentieel voor DNA-replicatie, getagd met het Aux/IAA peptide, verminderde, resulteerde uitputting niet in een duidelijk groeidefect. We verbeterden met succes de afbraakefficiëntie van Mcm4-AID door fusie van TIR1 met Schizosaccharomyces pombe Skp1, een geconserveerd F-box interactiecomponent van SCF (verbeterd AID-systeem, iAID), en de cellen vertoonden ernstige groeidefecten. Het iAID-systeem induceerde degradatie van Mcm4-AID in het chromatinegebonden Mcm-complex evenals in de oplosbare fracties. Het iAID-systeem in combinatie met transcriptierepressie (off-AID systeem) bereikte efficiëntere uitputting van andere eiwitten, waaronder Pol1 en Cdc45, wat leidde tot arrest in de vroege S-fase. Verbetering van het AID-systeem stelde ons in staat conditionele null-mutanten van S. pombe te construeren. Wij stellen voor dat het off-AID systeem een krachtige methode is voor in vivo eiwituitputting in schizosaccharomyces pombe.

Planten hebben een uniek systeem ontwikkeld waarbij het plantenhormoon auxine direct snelle afbraak induceert van de AUX/IAA familie van transcriptierepressoren door een specifieke vorm van het SCF E3 ubiquitine ligase. Andere eukaryoten missen de auxine-respons maar delen het SCF-afbraakpad, waardoor we het auxine-induceerbare degron (AID) systeem kunnen overbrengen naar niet-plantcellen en een klein molecuul kunnen gebruiken om eiwitstabiliteit conditioneel te reguleren. Het AID-systeem maakte snelle en omkeerbare afbraak van doelwit-eiwitten mogelijk als reactie op auxine en stelde ons in staat efficiënte conditionele mutanten van essentiële eiwitten in gist te genereren, evenals cellijnen afgeleid van kip, muis, hamster, aap en menselijke cellen, waardoor het een krachtig hulpmiddel is om eiwitexpressie te reguleren en eiwitfunctie te bestuderen.

De analyse van de gevolgen na experimentele eliminatie van genfunctie is geweest en zal blijven een uiterst succesvolle strategie in biologisch onderzoek. Mutationale eliminatie van genfunctie is veelvuldig gebruikt in de fruitvlieg Drosophila melanogaster. RNA-interferentie wordt ook uitgebreid gebruikt in de vlieg. Uitzonderlijk precieze temporele en ruimtelijke controle over eliminatie van genfunctie kan worden bereikt in combinatie met geavanceerde transgene benaderingen en klonale analyses. Echter, methoden die op gen- en transcriptniveau werken kunnen eiwitproducten die al aanwezig zijn op het moment dat mutantcellen worden gegenereerd of RNA-interferentie wordt gestart, niet elimineren. Gerichte induceerbare eiwitafbraak is daarom van groot belang voor gecontroleerde snelle eliminatie van genfunctie. Hiervoor werd een afbraaksysteem ontwikkeld in gist dat gebruikmaakt van TIR1, een plantaardig F-box eiwit, dat eiwitten met een auxine-induceerbaar degron kan rekruteren naar een E3 ubiquitine ligase complex, maar alleen in aanwezigheid van het fytohormoon auxine. Hier tonen we aan dat het auxine-induceerbare afbraaksysteem ook efficiënt functioneert in Drosophila melanogaster. Noch auxine, noch TIR1-expressie hebben duidelijke toxische effecten in dit organisme en in combinatie leiden ze tot snelle afbraak van een doelwit-eiwit gefuseerd aan het auxine-induceerbare degron.

Isolatie van een strakke conditionele mutant van een gen van belang is een effectieve manier om de functies van essentiële genen te bestuderen. Strategieën die gebruikmaken van ubiquitine-gemedieerde eiwitafbraak om het product van een gen van belang te elimineren, zoals het hitte-induceerbare degron (td) en auxine-induceerbare degron (AID), zijn krachtige methoden voor het construeren van conditionele mutanten. Deze methoden werken echter niet bij sommige genen. Hier beschrijven we een verbeterd AID-systeem (iAID) voor het isoleren van strakke conditionele mutanten in de gist Saccharomyces cerevisiae. In deze methode wordt transcriptierepressie door de tet-off promotor gecombineerd met proteolytische eliminatie van het doelwit-eiwit door het AID-systeem. Ter illustratie beschrijven we de constructie van strakke mutanten van de replicatiefactoren Dpb11 en Mcm10 (Dpb11-iAID en Mcm10-iAID). Omdat Dpb11 en Mcm10 nodig zijn voor de initiatie van DNA-replicatie, kunnen hun strakke mutanten de S-fase niet binnengaan. Dit is het geval voor Dpb11-iAID en Mcm10-iAID cellen na toevoeging van tetracycline en auxine. Zowel de tet-off promotor als het AID-systeem zijn aangetoond te werken in model-eukaryoten anders dan gist. Daarom is het iAID-systeem niet alleen nuttig in gist, maar kan het ook worden toegepast in andere modelsystemen om strakke conditionele mutanten te isoleren.|


Welke bacterie veroorzaakt erythrasma?

Answer: Corynebacterium minutissimum is de bacterie die leidt tot cutane erupties van erythrasma en is de meest voorkomende oorzaak van interdigitale voetinfecties.

Exogene coproporfyrine III productie door Corynebacterium aurimucosum en Microbacterium oxydans in erythrasma-laesies.

Erythrasma is een oppervlakkige huidaandoening veroorzaakt door Gram-positieve Corynebacterium-soorten.

DOEL: Het bestuderen van een reeks demografische kenmerken van patiënten met pitted keratolysis, en het presenteren van een overzicht van Corynebacterium-geassocieerde infecties, inclusief pitted keratolysis, erythrasma en trichobacteriose.

ACHTERGROND Erythrasma is een oppervlakkige huidinfectie veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum.

Huidinfecties zijn veelvoorkomend en kunnen worden veroorzaakt door bacteriën, schimmels of virussen. Beschadigingen van de huidintegriteit, vooral die welke pathogenen in de dermis inbrengen, veroorzaken of verergeren vaak huidinfecties. Bacteriële huidinfecties veroorzaakt door corynebacteriën omvatten erythrasma, trichomycosis axillaris en pitted keratolysis. Stafylokokken kunnen impetigo, ecthyma en folliculitis veroorzaken. Streptokokken huidinfecties omvatten impetigo en erysipelas. Humaan papillomavirus huidinfecties presenteren zich als verschillende soorten wratten, afhankelijk van het geïnfecteerde oppervlak, de relatieve vochtigheid en drukpatronen. De vele dermatomycosen, huidinfecties veroorzaakt door schimmels of gisten, omvatten tinea capitis, tinea barbae, tinea cruris, tinea manus, tinea pedis en tinea unguium (onychomycose). Candidale infecties komen voor in vochtige gebieden zoals vulva, mond, penis, huidplooien en luiergebied. Wonden veroorzaakt door houtsplinters of doornen kunnen leiden tot sporotrichose. Dierbeten kunnen resulteren in complexe, ernstige infecties die tetanus- en mogelijk rabiësprofylaxe vereisen naast passende antibioticatherapie.

Erythrasma is een oppervlakkige huidaandoening veroorzaakt door grampositieve corynebacterium-soorten. Koraalrode fluorescentie onder Wood's lamp, sterk suggestief voor erythrasma, kan worden toegeschreven aan de aanwezigheid van porfyrines. Gefractioneerde porfyrine-analyse in erythrasma-laesies is nog niet gerapporteerd. Wij probeerden erythrasma-laesies te onderzoeken door de verantwoordelijke bacteriën te isoleren en hun exogene porfyrineproductie te bepalen via HPLC-analyse. We observeerden een 78-jarige vrouw met erythrasma die een scherp begrensde, licht schilferende plek had op haar linker voet tussen de vierde en vijfde teen. Twee soorten kolonies op 5% schapenbloedagar werden uit deze laesie verkregen. Analyse van de 16S rRNA-sequentie toonde aan dat de kolonies Corynebacterium aurimucosum en Microbacterium oxydans waren. HPLC-analyse toonde aan dat coproporfyrine III (copro III) niveaus duidelijk verhoogd waren, hoewel de hoeveelheden protoporfyrine verminderd waren. Deze resultaten geven aan dat de fluorescerende stof copro III was. Deze studie ondersteunt de opvatting dat overmatige copro III-synthese door C. aurimucosum en M. oxydans leidt tot ophoping van porfyrine in het cutane weefsel, wat een koraalrode fluorescentie uitzendt bij blootstelling aan Wood's lamp.

Interdigitale voetinfecties worden meestal aanvankelijk veroorzaakt door dermatofyten, gisten en minder vaak door bacteriën. Erythrasma veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum kan verward worden met oppervlakkige mycosen. Het doel van de studie was het bepalen van de prevalentie van de etiologische agentia van oppervlakkige mycosen en de frequentie van Corynebacterium minutissimum bij interdigitale voetinfecties. Alle monsters verkregen van de 121 patiënten met interdigitale voetinfecties werden direct onderzocht met behulp van 20% kaliumhydroxide-montages en Gram-kleuring onder de microscoop en gekweekt op Sabouraud's dextrose-agarplaten. Bij identificatie van oppervlakkige mycosen werd een percentage van 14% gevonden met de kweekmethode en 14% met directe microscopische examinatie. Door een combinatie van directe microscopische examinatie en kweek werd een ratio van 33,8% bereikt in de kweek van deze monsters. De meest geïsoleerde factor was Trichophyton rubrum (33,7%) bij 24% van de patiënten. 19,8% Corynebacterium minutissimum werd gedetecteerd door Gram-kleuring bij 6% van deze patiënten. Trichophyton rubrum werd gevonden, Trichophyton mentagrophytes werd gevonden bij 2% en Trichosporon spp. bij 1%. Bij het onderzoek van interdigitale voetlaesies in het laboratorium moet de coëxistentie van erythrasma met dermatofyten en gist worden overwogen.

Corynebacterium minutissimum is de bacterie die leidt tot cutane erupties van erythrasma en is de meest voorkomende oorzaak van interdigitale voetinfecties. Het wordt vooral gevonden in afgesloten intertrigineuze gebieden zoals de oksels, inframammaire gebieden, tussenruimtes van de tenen, intergluteale en crurale plooien en komt vaker voor bij personen met diabetes mellitus dan bij andere klinische patiënten. Dit organisme kan worden geïsoleerd van een cutane locatie samen met een gelijktijdige dermatofyten- of Candida albicans-infectie. De differentiële diagnose van erythrasma omvat psoriasis, dermatophytose, candidiasis en intertrigo. Methoden voor differentiatie omvatten Wood's lamp-onderzoek en bacteriële en mycologische kweek. Erythromycine 250 mg vier keer per dag gedurende 14 dagen is de behandeling van keuze en andere antibacteriële middelen omvatten tetracycline en chloramfenicol. Het gebruik van chloramfenicol is echter beperkt door beenmergsuppressie, wat kan leiden tot neutropenie, agranulocytose en aplastische anemie. Verdere studies zijn nodig, maar claritromycine kan een aanvullend geneesmiddel zijn voor toekomstig gebruik bij therapeutisch falen of intertrigineuze betrokkenheid. Topische oplossingen zoals clindamycine, Whitfield-zalf, natriumfusidaatzalf en antibacteriële zepen kunnen nodig zijn voor zowel behandeling als profylaxe. Er bestaan beperkte studies over de werkzaamheid van deze medicaties, maar systemische erytromycine toont genezingspercentages tot wel 100% in vergelijking met tetracyclines. Systemische erytromycine heeft een grotere werkzaamheid bij patiënten met betrokkenheid van oksels en lies en vergelijkbare werkzaamheid voor interdigitale infecties. Whitfield-zalf heeft gelijke werkzaamheid als systemische erytromycine in oksels en lies, maar toont grotere werkzaamheid in de interdigitale gebieden en is vergelijkbaar met 2% natriumfusidaatzalf voor de behandeling van alle gebieden. Bijwerkingen van geneesmiddelen en mogelijke geneesmiddelinteracties moeten worden overwogen. Er zijn geen gegevens over kosteneffectiviteit beschikbaar, maar er zijn beperkte gegevens over kosten gerelateerde behandelproblemen. Er wordt een richtlijn voorgesteld voor detectie, evaluatie, behandeling en profylaxe van deze cutane eruptie.

Erythrasma is een oppervlakkige huidinfectie veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum. Interdigitale erythrasma is de meest voorkomende vorm en wordt gemakkelijk verward met tinea pedis. Het doel van deze studie was het bepalen van de prevalentie van interdigitale erythrasma bij patiënten met klinisch vermoeden van tinea pedis. Deze studie werd uitgevoerd tussen 1 januari 2011 en 31 januari 2012. Het omvatte 182 patiënten die zich presenteerden met klachten over interdigitale laesies. Alle patiënten werden onderzocht met een Wood's lamp en uitstrijkjes werden gekleurd met de Gram-methode. Direct onderzoek met 20% kaliumhydroxide werd uitgevoerd. Van de 182 patiënten met interdigitale laesies werd bij 73 (40,1%) erythrasma vastgesteld. De gemiddelde leeftijd van de patiënten met erythrasma was 45,52 ± 10,83 jaar (bereik 22-70 jaar). De meeste patiënten met erythrasma waren vrouwen (56,2%). De meest voorkomende klinische bevinding was desquamatie. Alleen met Wood's lamp-onderzoek of Gram-kleuring werden respectievelijk 31 (42,5%) of 14 (19,2%) positieve patiënten gevonden. Het gelijktijdig gebruik van Wood's lamp-onderzoek en Gram-kleuring resulteerde in 28 positieve patiënten (38,4%). Interdigitale erythrasma is een veelvoorkomende aandoening en kan moeilijk te onderscheiden zijn van tinea pedis. Een eenvoudige en snelle diagnose kan worden gesteld met Wood's lamp-onderzoek, maar Gram-kleuring is ook een nuttige methode, vooral bij patiënten met negatieve Wood's lamp-onderzoek bevindingen.

Erythrasma is een zeldzame vulvaire infectie die het beste wordt gediagnosticeerd door de fluorescentie onder de Wood-lamp. Dit rapport toont aan dat ondanks een negatieve Wood-lamp-onderzoek de diagnose histologisch kan worden gesteld. Een 42-jarige vrouw werd verwezen naar onze kliniek met een aanhoudende candidainfectie. Evaluatie omvatte een Wood-lamp-onderzoek, natte preparaten en kaliumhydroxide-test van de aangedane huid, die allemaal negatief waren. Een biopsie van het gebied toonde staven en filamentachtige organismen in de keratotische laag, consistent met een Corynebacterium minutissimum-infectie. De patiënt werd gediagnosticeerd met erythrasma en reageerde op orale erytromycine. Aanhoudende vulvaire aandoeningen kunnen worden veroorzaakt door erythrasma ondanks een negatieve Wood-lamp-onderzoek; de diagnose kan worden gesteld door biopsie van de laesie.

Erythrasma is een huidinfectie veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum. Interdigitale erythrasma is de meest voorkomende vorm. Het doel van deze studie was het vaststellen van de frequentie en risicofactoren van interdigitale erythrasma bij patiënten met klinisch vermoeden van tinea pedis. Deze studie werd uitgevoerd tussen juni en december 2010 en omvatte 122 patiënten met interdigitale voetlaesies. Alle patiënten werden onderzocht met een Wood's lamp. De uitstrijkjes werden gekleurd met de Gram-methode. Direct onderzoek werd uitgevoerd met 20% kaliumhydroxide. Sabouraud dextrose agar en brain heart infusion agar werden gebruikt voor kweek. Bovendien werden demografische kenmerken van patiënten, gelijktijdige ziekten en klinische bevindingen geregistreerd. Gevallen die positief waren bij Wood's lamp-onderzoek en/of Gram-kleuring en kweek werden beschouwd als erythrasma. Het percentage erythrasma werd vastgesteld op 46,7%. De gemiddelde leeftijd was 43,6 jaar en de ziekte kwam vaker voor bij mannen. De meest voorkomende klinische bevinding was desquamatie. Mycologisch onderzoek was positief bij 40 (35%) van de patiënten. Er werd geen groei waargenomen in bacteriologische kweek. Alleen met Wood's lamp-onderzoek of Gram-kleuring werden respectievelijk 11 (9%) en 19 (15,6%) positieve patiënten gevonden, terwijl het gelijktijdig gebruik van Wood's lamp-onderzoek en Gram-kleuring resulteerde in 27 (22,1%) positieve patiënten. Interdigitale erythrasma is een veelvoorkomende aandoening en kan klinisch lijken op tinea pedis. Een Wood's lamp is een goed diagnostisch hulpmiddel, maar Gram-kleuring kan vooral nuttig zijn bij patiënten met een negatieve Wood's lamp-uitslag.

Erythrasma is een oppervlakkige infectie veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum en treft de grote huidplooien en de interdigitale gebieden van de voeten. Het wordt gekenmerkt door erythemateuze, bruine, schilferige plekken en maceratie en vertoont koraalrode fluorescentie onder Wood-licht. Het doel van deze studie was het bepalen van de frequentie van erythrasma bij patiënten met interdigitale laesies. Een open prospectieve longitudinale observationele studie werd uitgevoerd in een ziekenhuis in Mexico-Stad tussen maart en december 2006. Alle patiënten met interdigitale laesies werden onderzocht met een Wood-lamp en direct onderzoek werd uitgevoerd met 20% kaliumhydroxide. Kweken werden gedaan op Sabouraud dextrose agar en brain heart infusion agar en uitstrijkjes werden geanalyseerd. Algemene kenmerken en gelijktijdige ziekten werden geregistreerd. We onderzochten 73 patiënten, van wie 24 (32,8%) werden gediagnosticeerd met erythrasma op basis van koraalrode fluorescentie onder Wood-licht en identificatie van corynebacteriën door Gram-kleuring. De ziekte kwam vaker voor bij vrouwen (83,33%) en de gemiddelde leeftijd van de patiënten was 43,5 jaar. De belangrijkste klinische bevindingen waren schilfering en maceratie en de vierde interdigitale ruimte was het meest getroffen. Corynebacterium kon in geen van de gevallen worden geïsoleerd. Mycologie was positief in 15 gevallen (62,5%) en de volgende micro-organismen werden geïsoleerd: Candida (16,6%), dermatofyten (12,5%) en Trichosporon (4,1%). Interdigitale erythrasma is een veelvoorkomende aandoening en kan gemakkelijk worden verward met interdigitale tinea. Het blijft bestaan als het niet adequaat wordt behandeld. Snelle diagnose wordt gemakkelijk verkregen door onderzoek met een Wood-lamp, terwijl kweek moeilijk en onnodig is voor diagnose. De coëxistentie van erythrasma met dermatofyten en Candida moet worden overwogen wanneer de interdigitale ruimten zijn aangedaan.

Erythrasma is een oppervlakkige cutane infectie veroorzaakt door Corynebacterium minutissimum en wordt gekenmerkt door fluorescentie onder Wood's licht (UV) vanwege de aanwezigheid van porfyrines. Deze moleculen zijn fotosensitizerend en wij stellen voor de werkzaamheid te beoordelen van rood licht dat porfyrines activeert voor een fotodynamische reactie bij de behandeling van deze pathologie. Beoordeling van de effecten van fotodynamische actie van rood licht voor de behandeling van erythrasma zonder exogene fotosensitizerende moleculen. Dertien patiënten met erythrasma werden behandeld met één belichting van 80 J/cm² door rood licht met een breedbandpiek bij 635 nm zonder exogene fotosensitizerende moleculen. Verdwijning of vermindering van de omvang van laesies werd 2 weken later waargenomen. Indien laesies nog aanwezig waren, werd een tweede bestraling uitgevoerd met dezelfde methode. Voorlopige resultaten worden gepresenteerd. Als resultaat van roodlichtbestraling zagen we een volledig herstel bij drie patiënten en in de meeste andere gevallen een vermindering van de omvang van laesies (gemiddeld 29%) na één sessie. De behandeling werd goed verdragen. Wij rapporteren de eerste gevallen van fotodynamische behandeling van erythrasma. Er zijn andere rapporten van klinische toepassingen van antimicrobiële werking van fotodynamische therapie in de dermatologie (acne vulgaris, leishmaniasis, wratten, enz.), maar er zijn weinig toepassingen zonder toevoeging van exogene fotosensitizerende middelen. De originaliteit en het belang van onze studie is het gebruik van de spontane aanwezigheid van porfyrines in de laesies. Deze techniek lijkt een interessante, goedkope en gemakkelijke alternatieve behandeling voor deze gelokaliseerde infectie, maar een optimale methode moet nog worden bepaald om de werkzaamheid te verbeteren.

Bacteriële huidinfecties zijn belangrijk om te herkennen omdat we de middelen hebben om bijna alle te bestrijden. Primaire huidinfecties worden voornamelijk veroorzaakt door stafylokokken of streptokokken. Stafylokokkeninfecties presenteren zich als furunkels en carbunkels, oppervlakkige folliculitis, impetigo of zelden het gestolde huid syndroom. Streptokokkeninfecties presenteren zich als impetigo, ecthyma, erysipelas of cellulitis. Corynebacteriën veroorzaken erythrasma, trichomycosis of pitted keratolysis. Gramnegatieve primaire huidinfecties, hoewel zeldzaam, kunnen voorkomen. Bacteriële kweek is over het algemeen noodzakelijk voor diagnose. Secundaire bacteriële infecties van reeds bestaande wonden, brandwonden, dermatitis of retentiecysten zijn veelvoorkomende gebeurtenissen.

Infectieuze embolische retinopathie als gevolg van bacteriële endocarditis wordt beschreven bij een 31-jarige vrouw met mitralisklepprolaps. Het infectieuze organisme Corynebacterium minutissimum is nog niet eerder gevonden als veroorzaker van oculaire of multisysteemziekten. Het is een veelvoorkomende mucocutane bewoner die erythras


Mutaties in welk gen veroorzaken Schimke immuno-osseuze dysplasie?

Answer: SMARCAL1, ook bekend als HARP, is een ATP-afhankelijke annealerende helicase die replicatievorken stabiliseert tijdens DNA-schade. Mutaties in dit gen zijn de oorzaak van Schimke immuno-osseuze dysplasie, een autosomaal recessieve aandoening gekenmerkt door T-cel immunodeficiëntie en groeistoornissen.

SMARCAL1 (SWI/SNF-gerelateerd, matrix-geassocieerd, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1), ook bekend als HARP, is een ATP-afhankelijke annealerende helicase die replicatievorken stabiliseert tijdens DNA-schade. Mutaties in dit gen veroorzaken Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD), een autosomaal recessieve aandoening gekenmerkt door T-cel immunodeficiëntie en groeistoornissen.

Het huidige rapport beschrijft voor het eerst een kind met Schimke immuno-osseuze dysplasie met een SMARCAL1 missense mutatie (R561H) en manifestaties van intussusceptie secundair aan Epstein-Barr virus-negatieve non-Hodgkin lymfoom, die overleed aan sepsis na chemotherapie.

Mutaties in het SWI/SNF2-gerelateerde, matrix-geassocieerde, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1 (SMARCAL1) gen zijn verantwoordelijk voor de ziekte.

Sequentieanalyse toonde aan dat de patiënt compound heterozygoot was voor twee SMARCAL1 mutaties: een nieuwe missense verandering (p.Arg247Pro) en een bekende nonsense mutatie (p.

Biallelische mutaties van de DNA-annealerende helicase SMARCAL1 (SWI/SNF-gerelateerd, matrix-geassocieerd, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1) veroorzaken Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD, MIM 242900), een onvolledig penetrante autosomaal recessieve aandoening.

Een nieuwe SMARCAL1 mutatie geassocieerd met een mild fenotype van Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD).

SIOD wordt veroorzaakt door mutaties in het gen SMARCAL1.

Schimke immuno-osseuze dysplasie (OMIM 242900) is een zeldzame autosomaal recessieve multisysteemziekte veroorzaakt door mutaties in SMARCAL1 (SWI/SNF-gerelateerd, matrix-geassocieerd, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1), een gen dat codeert voor een vermoedelijk chromatine-remodeleringsproteïne.

DOELSTELLING Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD) is een autosomaal recessieve erfelijke ziekte veroorzaakt door SMARCAL1 (MIM:20606622) mutaties, terwijl bij ongeveer de helft van de patiënten geen mutatie in SMARCAL1 kon worden gevonden.

Mutant chromatine-remodeleringsproteïne SMARCAL1 veroorzaakt Schimke immuno-osseuze dysplasie.

Schimke immuno-osseuze dysplasie is een zeldzame autosomaal recessieve multisysteemstoornis met de belangrijkste klinische kenmerken van disproportionele groeiachterstand, defecte cellulaire immuniteit en progressieve nierziekte. Het wordt veroorzaakt door mutaties in SMARCAL1, een gen dat codeert voor een vermoedelijk chromatine-remodeleringsproteïne van onbekende functie. Omdat een gedetailleerde beschrijving van de klinische kenmerken een essentiële eerste stap is in het ontrafelen van de functie van SMARCAL1, presenteren wij de eerste gedetailleerde antropometrische gegevens van Schimke immuno-osseuze dysplasie patiënten door middel van uitgebreide antropometrische onderzoeken van 28 parameters bij 8 patiënten (3 vrouwen) met de typische bevindingen van Schimke immuno-osseuze dysplasie, gemiddelde leeftijd 14,8 jaar (bereik 4,9-30,5 jaar) en 304 patiënten (117 vrouwen) met congenitale en erfelijke chronische nierziekte, gemiddelde leeftijd 10,7 ± 4,8 jaar (bereik 3-21,8 jaar). We tonen aan dat Schimke immuno-osseuze dysplasie patiënten significant verschillen van die met andere vormen van chronische nierziekte. Z-scores werden berekend met referentielimieten afgeleid van 5155 gezonde kinderen (2591 vrouwen) van 3 tot 18 jaar. De belangrijkste bevinding was dat in de laatstgenoemde groep de mediane beenlengte significant meer gereduceerd was dan de zithoogte, terwijl bij Schimke immuno-osseuze dysplasie patiënten de reductie van zithoogte significant uitgesprokener was dan die van beenlengte. Daarom kan de verhouding zithoogte/beenlengte een eenvoudig hulpmiddel zijn voor de clinicus om Schimke immuno-osseuze dysplasie te onderscheiden van andere chronische nierziekte patiënten. Schimke immuno-osseuze dysplasie is zeer waarschijnlijk als deze verhouding 0,83 is; echter moeten andere vormen van chronische nierziekte worden overwogen bij een verhouding van 1,01.

Schimke immuno-osseuze dysplasie is een autosomaal recessieve multisysteemstoornis veroorzaakt door defecten in het SWI/SNF-gerelateerde, matrix-geassocieerde, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1 gen (SMARCAL1). Het SMARCAL1-product is een helicase die een rol speelt in selectieve cellulaire proliferatie. De aandoening wordt gekenmerkt door spondylo-epifysaire dysplasie met korte gestalte, nefropathie, T-cel deficiëntie, neurologische en cutane tekenen. Patiënten kunnen hypergepigmenteerde huidlaesies hebben die lijken op café-au-lait vlekken. Symptomen en ziekte-ernst bij Schimke immuno-osseuze dysplasie variëren per patiënt; genetische, epigenetische en omgevingsfactoren spelen een rol in de ernst van de ziekte. Hier rapporteren wij over een patiënt met korte gestalte, steroïd-resistente nefrotisch syndroom en recidiverende infecties. Cutane bevindingen en ontwikkelingsachterstand hielpen ons de diagnose Schimke immuno-osseuze dysplasie te stellen. Een homozygote missense mutatie in het SMARCAL1 gen bevestigde de klinische diagnose.

Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD, OMIM 242900) is een autosomaal recessieve pleiotrope aandoening gekenmerkt door spondylo-epifysaire dysplasie, nierfunctiestoornis en T-cel immunodeficiëntie. SIOD wordt veroorzaakt door mutaties in het SMARCAL1 gen. Wij rapporteren de klinische en genetische diagnose van een 5-jarig meisje met SIOD, verwezen naar ons centrum vanwege nefrotische proteïnurie, incidenteel ontdekt tijdens de follow-up van congenitale hypothyreoïdie. Mutatieanalyse van het SMARCAL1 gen werd uitgevoerd via polymerasekettingreactie (PCR) en bidirectionele sequencing. Sequentieanalyse toonde aan dat de patiënt compound heterozygoot was voor twee SMARCAL1 mutaties: een nieuwe missense verandering p.Arg247Pro en een bekende nonsense mutatie p.Glu848. Dit rapport beschrijft het klinische en genetische beeld van een mild fenotype van Schimke immuno-osseuze dysplasie geassocieerd met nefrotische proteïnurie, die afnam na gecombineerde therapie met ACE-remmers en sartans. Onze ervaring benadrukt het belang van gedetailleerde klinische evaluatie, passende genetische counseling en moleculaire testen om tijdige behandeling en een nauwkeuriger prognose te bieden.

Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD) is een autosomaal recessieve erfelijke ziekte veroorzaakt door SMARCAL1 (MIM 20606622) mutaties, terwijl bij ongeveer de helft van de patiënten geen mutatie in SMARCAL1 kon worden gevonden. Deze ziekte betreft meerdere systemen en wordt gekenmerkt door korte en asymmetrische gestalte met spondylo-epifysaire dysplasie, progressieve nierinsufficiëntie, lymfopenie met recidiverende infecties en hypergepigmenteerde maculae. Deze studie had tot doel het SMARCAL1 gen te analyseren bij 2 niet-verwante vermoedelijke SIOD-kinderen om een definitieve diagnose te stellen en meer SMARCAL1 mutatietypen bij Chinese SIOD te vinden. Twee vermoedelijke Chinese Han-mannelijke SIOD-kinderen die ons ziekenhuis bezochten tussen 2008 en 2014, respectievelijk 3 jaar en 6 maanden en 7 jaar en 8 maanden oud, waren beiden klein en hadden spondylo-epifysaire dysplasie, progressieve nierinsufficiëntie, lymfopenie met recidiverende infecties. Na geïnformeerde toestemming werden van hen en hun ouders DNA uit bloed geïsoleerd. PCR's voor alle 16 exonen van SMARCAL1 werden uitgevoerd en PCR-producten werden gezuiverd via 2% gel-elektroforese en direct gesequenced. Pathogeniciteit van missense variaties werd bevestigd door SIFT en sequencing van SMARCAL1 bij vijftig normale controles. Vier genvariaties werden gevonden bij de twee kinderen: twee gerapporteerde missense mutaties c.1129G>C p.Glu377Gln en c.1933C>T p.Arg645Cys, en twee splicing mutaties c.1334-1G>A en c.2142-1G>A. 2) c.1129G>C p.Glu377Gln werd eerder gerapporteerd als ziekteveroorzakende mutatie, maar bleek een single nucleotide polymorfisme (SNP) te zijn, gevonden bij 15 van 50 normale controles. 3) Twee nieuwe splicing mutaties werden in deze studie gevonden: c.1334-1G>A en c.2142-1G>A. 1) We detecteerden 3 ziekteveroorzakende mutaties bij 2 SIOD-kinderen via SMARCAL1 genanalyse, terwijl 2 splicing mutaties nieuw waren. 2) c.1129G>C p.Glu377Gln was een SNP, maar geen ziekteveroorzakende mutatie, althans niet in de Chinese populatie.

Mutaties in SMARCAL1, dat codeert voor een DNA-annealerende helicase met functies in het herstarten van DNA-replicatievorken, DNA-reparatie en modulatie van genexpressie, veroorzaken Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD), een autosomaal recessieve ziekte gekenmerkt door skeletdysplasie, nierziekte, T-cel immunodeficiëntie en arteriosclerose. De klinische kenmerken van SIOD ontstaan door pathologische veranderingen in genexpressie, maar het onderliggende mechanisme voor deze genexpressieveranderingen blijft onduidelijk. Wij stelden de hypothese dat veranderingen in het epigenoom genexpressie in SIOD wijzigen. Om dit te testen voerden wij een genetische screening uit voor interactie tussen Marcal1, het Drosophila melanogaster ortholoog van SMARCAL1, en de genen van de Trithorax groep (trxG) en Polycomb groep (pcG), die epigenetische regulatoren coderen. SMARCAL1 en Marcal1 interageerden genetisch met leden van trxG en pcG. Een homozygote null-mutatie van Marcal1 onderdrukte de vleugel-naar-haltere transformatie, ectopische ultrabithorax (Ubx) expressie en ectopische Ubx minigen expressie veroorzaakt door pcG-deficiëntie. De onderdrukking van ectopische Ubx expressie correleerde met verminderde chromatine toegankelijkheid van de Ubx-promotor. Voor zover wij weten is dit het eerste in vivo bewijs dat een deficiëntie van een SMARCAL1 ortholoog de chromatinestructuur van een gen verandert.

Autosomal recessieve Schimke immuno-osseuze dysplasie (SIOD), gekenmerkt door spondylo-epifysaire dysplasie, focale segmentale glomerulosclerose (FSGS), T-cel immunodeficiëntie en gelaatsdysmorfie, wordt veroorzaakt door defecten in het SMARCAL1 gen. Het genproduct is betrokken bij de transcriptieregulatie van andere genen. Een 12-jarig jongetje van consanguine Turkse afkomst ontwikkelde disproportionele korte gestalte door spondylo-epifysaire dysplasie op 6-jarige leeftijd en nefrotisch syndroom op 10-jarige leeftijd. Nierbiopsie toonde FSGS; de nierfunctie was normaal. T-lymfocyten waren verminderd zonder infectieuze complicaties en hij had geen cerebrale ischemie. Analyse van het SMARCAL1 gen van de patiënt toonde een nieuwe homozygote c.1798T overgang die leidde tot een R561C substitutie. De ouders en twee gezonde zussen waren heterozygoot; een jongere broer die ook homozygoot was voor de mutatie was klinisch asymptomatisch en had geen proteïnurie op 18 maanden, maar zijn CD4-cellen waren nog steeds verminderd. Voor SMARCAL1 mutaties is een duidelijke genotype-fenotype correlatie gerapporteerd: ernstige SIOD met in utero of vroege kinderleeftijd aanvang leidt binnen enkele jaren tot eindstadium nierziekte en wordt veroorzaakt door nonsense, frameshift of splice mutaties; veel patiënten overlijden in de kindertijd aan infecties en cerebrovasculaire insulten. Milde SIOD manifesteert zich later en verloopt langzamer zonder infectieuze of cerebrovasculaire complicaties, met als onderliggend defect missense mutaties. De nieuwe R561C missense mutatie in onze patiënt met milde SIOD is aanvullend bewijs voor de genotype-fenotype correlatie bij SMARCAL1 mutaties.

Schimke immuno-osseuze dysplasie is een zeldzame autosomaal recessieve multisysteemstoornis gekenmerkt door steroïd-resistent nefrotisch syndroom, immunodeficiëntie en spondylo-epifysaire dysplasie. Mutaties in het SWI/SNF-gerelateerde, matrix-geassocieerde, actine-afhankelijke regulator van chromatine, subfamilie A-achtig 1 (SMARCAL1) gen zijn verantwoordelijk voor de ziekte. Het huidige rapport beschrijft voor het eerst een kind met Schimke immuno-osseuze dysplasie met een SMARCAL1 missense mutatie R561H en manifestaties van intussusceptie secundair aan Epstein-Barr virus-negatieve non-Hodgkin lymfoom, die overleed aan sepsis na chemotherapie. Het rapport benadrukt de noodzaak van meer beperkte immunosuppressieve protocollen bij Schimke immuno-osseuze dysplasie patiënten met lymfoproliferatieve aandoeningen.

De rol van SMARCAL1 in replicatievorkstabiliteit en telomeeronderhoud.

Omdat een gedetailleerde beschrijving van de klinische kenmerken een essentiële eerste stap is in het ontrafelen van de functie van SMARCAL1, presenteren wij de eerste gedetailleerde antropometrische gegevens van Schimke immuno-osseuze dysplasie patiënten.

SMARCAL1 genanalyse van 2 Chinese Schimke immuno-osseuze dysplasie kinderen.

Chromatine veranderingen bij SMARCAL1-deficiëntie: een hypothese voor de genexpressieveranderingen bij Schimke immuno-osseuze dysplasie.


Wat is de meest voorkomende histologische diagnose van "vlinderglioma"?

Answer: Vlinderglioma is glioblastoom multiforme dat het corpus callosum binnendringt.

Corpus callosum glioblastoom multiforme (GBM): vlinderglioma.

De diagnose van vlinderglioma (glioblastoom multiforme) werd gesteld op basis van beeldvormingskenmerken en verder bevestigd door biopsiegegevens.

Met behulp van Cox proportionele hazard regressie waren de onafhankelijke prognostische factoren een Karnofsky Performance Status score ≤70, betrokkenheid van het splenium en vlinderglioblastoom.

Caniene vlinderglioblastomen: een neuroradiologische review.

Metastatisch adenoïd cystisch carcinoom dat vlinderglioblastoom nabootst: een zeldzame presentatie in het splenium van het corpus callosum.

ACHTERGROND: Intracraniële verspreiding van een adenoïd cystisch carcinoom (ACC) van de parotis is zeldzaam, en metastatische ACC naar het splenium van het corpus callosum die vlinderglioblastoom (GBM) nabootst, is eerder niet gerapporteerd.

Diverse moleculaire patronen in een bihemisferisch glioblastoom (vlinderglioma) bij een 16-jarige jongen.

De oorspronkelijke "duidelijke" diagnose van glioblastoom multiforme, gebaseerd op CT-scans, werd onverwacht weerlegd door onderzoek van stereotactisch verkregen hersenbiopsieën, die neuronale ceroid lipofuscinosis (Kufs' ziekte) aantoonden.

Naast een groot vlinderglioblastoom dat uit het frontale deel van het corpus callosum voortkomt, toonde neuropathologisch onderzoek een mycotische encefalitis met de vorming van talrijke schimmelbevattende ontstekingshaarden in alle delen van de hersenen en in het glioma.

Wanneer een tumor met adenoïde histologische kenmerken en een "vlinder" fenotype groeit in het corpus callosum bij een patiënt met bekende parotis ACC, moeten zowel metastase als adenoïde variant GBM worden overwogen.

De pathologieën betreffen het bilaterale corpus callosum dat het vlinderpatroon op axiale beelden vormt. Deze tumoren zijn zelden onderzocht op zowel klinische manifestaties als uitkomst. Het doel van deze studie was de klinische kenmerken en uitkomsten van de vlindertumor te beschrijven en de voorspellende factoren geassocieerd met overlevingsuitkomst te identificeren. Een retrospectieve studie van 50 vlindertumoren werd uitgevoerd tussen 2003 en 2016. De klinische kenmerken, beeldvorming en uitkomst werden beoordeeld voor beschrijvende analyse met de Kaplan-Meier methode. De mediane totale overleving van de vlindertumor werd bepaald. Verder werd met Cox proportionele hazard regressie de geschatte hazard ratio voor overlijden bepaald. Diffuus groot B-cel lymfoom was veelvoorkomend bij vlindervormige laesies. Het sterftecijfer was 78% en de mediane totale overlevingstijd was 16,03 maanden (95% betrouwbaarheidsinterval 14,0-19,8). Met Cox proportionele hazard regressie waren de onafhankelijke prognostische factoren Karnofsky Performance Status score ≤70, betrokkenheid van het splenium en vlinderglioblastoom. De vlindertumor is een ziekte met slechte prognose vergeleken met elke histologische subgroep. Verdere moleculaire onderzoeken zijn wenselijk om genetische variaties geassocieerd met deze tumoren te verkennen.

Een 45-jarige man met een vlinderglioma onderging stereotactische biopsie voor histologische bevestiging van de klinische diagnose. Microscopisch waren de resultaten controversieel omdat sommige biopsiepreparaten duidelijke ontstekingsveranderingen toonden, terwijl andere typische kenmerken van een kwaadaardig glioma vertoonden. De patiënt overleed vier dagen na de stereotactische procedure door therapieresistente intracraniële drukverhoging. Naast een groot vlinderglioblastoom dat uit het frontale deel van het corpus callosum voortkwam, toonde neuropathologisch onderzoek een mycotische encefalitis met de vorming van talrijke schimmelbevattende ontstekingshaarden in alle delen van de hersenen en in het glioma. Algemene autopsie toonde pulmonale aspergillose als bron van de ontstekingsverspreiding. Een eerdere steroïdmedicatie gedurende enkele weken voor de behandeling van verhoogde intracraniële druk kan worden beschouwd als een belangrijke factor in het ontstaan van de pulmonale aspergillose die het vlinderglioma compliceerde.

Clinics in Diagnostic Imaging 175 corpus callosum glioblastoom multiforme GBM vlinderglioma

Een 54-jarige man presenteerde zich met gedragsverandering, nachtelijk bedplassen, abnormale ledemaatbewegingen en hoofdpijn van een week duur. De diagnose vlinderglioma glioblastoom multiforme werd gesteld op basis van beeldvormingskenmerken en verder bevestigd door biopsiegegevens. Aangezien het corpus callosum gewoonlijk resistent is tegen infiltratie door tumoren, wijst een massa die het corpus callosum omvat en doorkruist op een agressieve neoplasma. Andere neoplastische en niet-neoplastische aandoeningen die het corpus callosum kunnen aantasten en een vlinderglioma kunnen nabootsen, evenals bijbehorende beeldvormingskenmerken, worden besproken.

Intracraniële verspreiding van een adenoïd cystisch carcinoom (ACC) van de parotis is zeldzaam en metastatische ACC naar het splenium van het corpus callosum die vlinderglioblastoom (GBM) nabootst, is eerder niet gerapporteerd. Wij rapporteren een zeldzaam geval van metastase naar het splenium van het corpus callosum van ACC van de parotis. De tumor bezette het splenium en imiteerde de presentatie van een vlinderglioma. De patiënt had vijf jaar voor deze intracraniële laesie een parotidectomie ondergaan. Op magnetische resonantiebeeldvorming was de laesie gescheiden van de pijnappelklier en duwde de interne cerebrale aders naar beneden. Ventriculaire obstructie en verhoogde cellulariteit werden ook gesuggereerd en meerdere met vocht gevulde cystische ruimtes werden waargenomen. De tumor werd gedeeltelijk verwijderd omdat de uiterste laterale grens niet zichtbaar was. Histologische analyse met anti-c-kit antilichaam toonde sterke expressie van het epitheliale component. Immunohistochemie met anti-p63 antilichaam toonde nestjes van positieve tumorcellen die het myo-epitheliale component benadrukten. De tumor kleurde ook positief voor anti-Myb antilichaam. De behandeling van deze laesie bestaat uit chirurgische debulking gevolgd door bestralingstherapie. De algehele prognose blijft echter somber vanwege beperkte chemotherapie-opties en een neiging tot recidief, zowel lokaal als op afstand. Wanneer een tumor met adenoïde histologische kenmerken en een vlinderfenotype groeit in het corpus callosum bij een patiënt met bekende parotis ACC, moeten zowel metastase als adenoïde variant GBM worden overwogen. Zorgvuldige klinische en radiologische correlatie is vereist om deze zeldzame laesie te diagnosticeren en te behandelen.

De auteurs rapporteren een geval van neuronale ceroid lipofuscinosis (Kufs' ziekte) bevestigd door stereotactisch verkregen hersenbiopsieën en aanvankelijk gediagnosticeerd als vlinderglioma. De presentatie bij de 64-jarige patiënt bestond uit mentale veranderingen met progressieve dementie, gevolgd door spieraantasting en myoclonieën met distale dominantie. De milde initiële coördinatiestoornissen namen toe en de patiënt ontwikkelde een sterk atactisch looppatroon. Computertomografie (CT) en magnetische resonantiebeeldvorming toonden gegeneraliseerde cerebrale atrofie en een bifrontale ruimte innemende laesie die het corpus callosum betrof. De oorspronkelijke duidelijke diagnose van glioblastoom multiforme op basis van CT-scans werd onverwacht weerlegd door onderzoek van stereotactisch verkregen hersenbiopsieën, die neuronale ceroid lipofuscinosis (Kufs' ziekte) aantoonden. Voor zover de auteurs weten, is dit het eerste rapport van een geval met zowel diffuse hersenatrofie als gelokaliseerde accumulatie van neuronale lipofuscine die een massa-laesie nabootst op radiologische studies.

Glioblastoom multiforme (GBM), de meest voorkomende kwaadaardige hersentumor bij volwassenen, is relatief zeldzaam bij kinderen. Bij een GBM die een 16-jarige jongen trof, verspreidde de tumor zich over het corpus callosum (vlinderglioma). Dit type bilaterale hemisferische groei werd eerder gedacht te ontstaan door verspreiding langs de witte stofbanen. Twee monsters verkregen van tegenovergestelde zijden van dezelfde tumor werden uitgebreid geanalyseerd op verlies van heterozygotie (LOH) en microsatellietinstabiliteit (MSI). Amplificatie van EGFR en MDM2 werd bestudeerd met multiplex polymerasekettingreactie. Exons 5, 6, 7 en 8 van TP53 werden gescreend op mutaties door sequencing. In geen van de monsters werden moleculaire veranderingen gevonden in de EGFR-, MDM2- of TP53-genen. Het monster uit de rechterhersenhelft vertoonde een hoog niveau van MSI en LOH in chromosoomarmen 5q, 9p en 13q. Het monster uit de linkerhersenhelft vertoonde LOH in chromosoomarmen 3p, 5q, 9p, 9q, 10p, 10q en 13q. Hier stellen we vier plausibele hypothetische scenario's voor die ten grondslag liggen aan de tumorvorming van dit GBM.

Bij mensen kunnen hooggradige gliomen infiltreren over het corpus callosum, resulterend in bihemisferische laesies die symmetrische vleugelachtige verschijningen kunnen hebben. Deze specifieke tumormanifestatie wordt een vlinderglioma (BG) genoemd. Hoewel caniene en menselijke gliomen veel neuroradiologische en pathologische kenmerken delen, is de BG-morfologie eerder niet gerapporteerd bij honden. Hier beschrijven we de kenmerken van magnetische resonantiebeeldvorming (MRI) van BG bij drie honden en bespreken we de potentiële differentiële diagnoses op basis van neuroimaging bevindingen. Alle honden presenteerden zich met gegeneraliseerde aanvallen en interictale neurologische afwijkingen die wijzen op multifocale of diffuse voorhersenziekte. MRI-onderzoeken toonden asymmetrische (2/3) of symmetrische (1/3) bihemisferische intra-axiale massa-laesies die voornamelijk de frontopariëtale lobben aantastten, geassocieerd met uitgebreide perilesionale oedeem en betrokkenheid van het corpus callosum. De massa's vertoonden heterogene T1-, T2- en FLAIR-signaalintensiteiten, variabele contrastversterking (2/3) en massa-effect. Alle tumoren toonden klassieke histopathologische kenmerken van glioblastoom multiforme (GBM), waaronder gliale cel pseudopalisadering, slingerende necrose, microvasculaire proliferatie en invasie van het corpus callosum door neoplastische astrocyten. Hoewel zeldzaam, moet GBM worden overwogen als differentiële diagnose bij honden met MRI-bewijs van asymmetrische of symmetrische bilaterale intra-axiale cerebrale massa-laesies met signaalkarakteristieken die compatibel zijn met glioma.


Welke chromosomen zijn betrokken bij het Emanuel-syndroom?

Answer: Het Emanuel-syndroom wordt geassocieerd met een supernumerair chromosoom t(11;22)(q23;q11), dat bestaat uit extra genetisch materiaal van chromosomen 11 en 22.

Single-nucleotide polymorfisme-array analyse van de proband toonde een gedeeltelijke duplicatie van chromosomen 22 en 11 aan op respectievelijk 22q11.1-q11.21 en 11q23.3-q25, wat de diagnose van ES bevestigde.

NGS- en FISH-analyse bevestigden dat het supernumeraire markerschromosoom dat door de foetus werd gedragen der(22) t(11;22) (q23;q11) was.

Het Emanuel-syndroom wordt geassocieerd met een supernumerair chromosoom, dat bestaat uit extra genetisch materiaal van chromosoom 11 en 22.

Meerdere aangeboren afwijkingen en craniofaciale dysmorfie kenmerken het zogenaamde Emanuel- of supernumeraire der(22)t(11;22)-syndroom (OMIM609029).

Complexe kleine supernumeraire markerschromosomen (sSMC's) bestaan uit chromosomaal materiaal afkomstig van meer dan één chromosoom, bijvoorbeeld het derivaat der(22)t(11;22)(q23;q11.2) bij het Emanuel-syndroom.

Een geval met Emanuel-syndroom: extra derivaat 22-chromosoom geërfd van de moeder.

Getroffen kinderen worden meestal in de pasgeboren periode geïdentificeerd als nakomelingen van dragers van een gebalanceerde (11;22)-translocatie.

We rapporteren een 3-jarige jongen met het t(11;22)(q23;q11)-chromosoom, overgedragen in een ongebalanceerde vorm van zijn moeder.

Gebalanceerde dragers van t(11;22) vertonen meestal geen klinische symptomen en worden vaak geïdentificeerd na de geboorte van nakomelingen met een ongebalanceerde vorm van deze translocatie, bekend als het Emanuel-syndroom.

Derivaat 11;22 (Emanuel) syndroom: een casusrapport en een overzicht.

Complexe sSMC's bestaan uit chromosomaal materiaal afkomstig van meer dan één chromosoom; de bekendste vertegenwoordiger van deze groep is het derivaatchromosoom 22 {der(22)t(11;22)} of Emanuel-syndroom.

We hebben iPSCs gegenereerd van monosomie X [Turner-syndroom (TS)], trisomie 8 (Warkany-syndroom 2), trisomie 13 (Patau-syndroom) en partiële trisomie 11;22 (Emanuel-syndroom), met behulp van huidfibroblasten van getroffen individuen of amniocyten van prenatale diagnostische tests.

Hier beschrijven we een vrouwelijke patiënt met supernumerair der(22)-syndroom (Emanuel-syndroom) als gevolg van een gebalanceerde translocatiedrager vader t(11;22) (q23;q11).

De t(11;22)(q23;q11.2) is de belangrijkste terugkerende kiembaantranslocatie bij mensen. Ongebalanceerde translocaties kunnen worden overgedragen aan nakomelingen en kunnen het Emanuel-syndroom veroorzaken.

Complexe kleine supernumeraire markerschromosomen (sSMC's) vormen een van de kleinste subsets binnen de patiënten met een sSMC. Complexe sSMC's bestaan uit chromosomaal materiaal afkomstig van meer dan één chromosoom, bijvoorbeeld het derivaat der(22)t(11;22)(q23;q11.2) bij het Emanuel-syndroom.

Het waargenomen aantal gevallen van Emanuel-syndroom was 36 en dat van t(11;22) gebalanceerde translocatiedragers 40.

Het Emanuel-syndroom ontstaat door +der(22)t(11q23;22q11).

Supernumerair chromosoom der 22 t 11 22 Emanuel-syndroom geassocieerd met nieuwe kenmerken

Het Emanuel-syndroom is een zeldzame chromosomale aandoening die wordt gekenmerkt door ernstige verstandelijke beperking en meerdere afwijkingen. Het syndroom wordt veroorzaakt door chromosomale onbalans door een supernumerair derivaatchromosoom 22. Er is weinig bekend over de kenmerken van prenatale biochemische screening of echografische markers bij dit syndroom. Wij wilden een prenataal screeningspatroon identificeren dat kenmerkend is voor het Emanuel-syndroom. We rapporteren de prenatale kenmerken van vijf foetussen met Emanuel-syndroom, waarvan er vier prenataal werden gediagnosticeerd. We vonden geen consistent patroon van prenatale biochemische markers of andere prenatale kenmerken. Niettemin kunnen verhoogde NT, lage PAPP-A en echografische kenmerken zoals intra-uteriene groeibeperking, posterior fossa afwijkingen, hart- en darmafwijkingen nuttig zijn om de verdenking op dit zeldzame genetische syndroom te verhogen. Een overzicht van de biochemische screeningsresultaten, echografische bevindingen en demografische kenmerken van deze Emanuel-syndroom casusserie evenals van de relevante literatuur suggereert geen karakteristiek prenataal patroon.

Het Emanuel-syndroom wordt geassocieerd met een supernumerair chromosoom dat bestaat uit extra genetisch materiaal van chromosoom 11 en 22. De frequentie van dit syndroom is gerapporteerd als 1 op 110.000. Het is een zeldzame afwijking geassocieerd met meerdere systemische malformaties zoals micrognathie en aangeboren hartafwijkingen. Daarnaast kunnen patiënten met Emanuel-syndroom epileptische aandoeningen hebben. Wij hebben de anesthesiologische behandeling ervaren van een patiënt met Emanuel-syndroom die een palatoplastiek onderging. Deze patiënt had een tracheotomie ondergaan vanwege micrognathie. Daarnaast had hij een atriumseptumdefect, milde pulmonale arteriestenose en een gespleten gehemelte. De palatoplastiek werd zonder complicaties tijdens de anesthesie uitgevoerd, waarbij speciale aandacht werd besteed aan de hartfunctie, epilepsiebeheer en luchtwegmanagement.

Complexe kleine supernumeraire markerschromosomen (sSMC's) vormen een van de kleinste subgroepen van sSMC's. Over het algemeen bestaan complexe sSMC's uit chromosomaal materiaal afkomstig van meer dan één chromosoom. De bekendste vertegenwoordiger van deze groep is het derivaatchromosoom 22 der(22) t(11;22) of Emanuel-syndroom. In 2008 speculeerden we dat complexe sSMC's deel kunnen uitmaken van een onderschatte entiteit. Hier worden de tot nu toe gerapporteerde 412 complexe sSMC's samengevat. Ze vormen 8,4% van alle tot nu toe gedetailleerd gekarakteriseerde sSMC-gevallen. Het merendeel van de complexe sSMC's wordt veroorzaakt door patiënten met Emanuel-syndroom (82%). Daarnaast zijn er een der(22) t(8;22)(q24.1;q11.1) en een der(13) t(13;18)(q11;p11.21) of der(21) t(18;21)(p11.21;q11.1) der(13) of 21 t(13;21)(18)-syndroom. Deze laatste twee vertegenwoordigen respectievelijk 2,6% en 2,2% van de complexe sSMC-gevallen. Het merendeel van de complexe sSMC's heeft een centric minute-vorm en is afgeleid van een acrocentrisch chromosoom. Niettemin kunnen complexe sSMC's materiaal van elke chromosomale oorsprong bevatten. De meeste complexe sSMC's worden geërfd van een gebalanceerde translocatie bij een van de ouders en zijn niet-mosaïcistisch. Interessant is dat er hotspots zijn voor de betrokken chromosomale breukpunten. Complexe sSMC's moeten in de diagnostiek worden overwogen, vooral bij niet-mosaïcistische centric minute-vormige sSMC's. Tot nu toe zijn drie complexe sSMC-geassocieerde syndromen geïdentificeerd waarbij terugkerende breukpunten in de complexe sSMC's zijn gekarakteriseerd. Het is te verwachten dat meer syndromen worden geïdentificeerd in deze subgroep van sSMC's. Over het geheel genomen benadrukken complexe sSMC's nogmaals het belang van gedetailleerde cytogenetische analyses, vooral bij patiënten met idiopathische verstandelijke beperking.

Het Emanuel-syndroom wordt gekenmerkt door meerdere aangeboren afwijkingen en ontwikkelingsachterstand. Het wordt veroorzaakt door de aanwezigheid van een supernumerair derivaatchromosoom dat materiaal bevat van chromosomen 11 en 22. De oorsprong van deze onbalans is 3:1 malsegregatie van een ouderlijke gebalanceerde translocatie tussen chromosomen 11 en 22, wat de meest voorkomende terugkerende reciproque translocatie bij mensen is. Er is weinig gepubliceerd over de klinische kenmerken van dit syndroom sinds de jaren 80 en informatie over de natuurlijke geschiedenis is beperkt. We hebben een vragenlijst ontworpen om informatie te verzamelen van families die via een internationale online steungroep Chromosome 22 Central zijn gerekruteerd. Verzamelde gegevens omvatten informatie over aangeboren afwijkingen, medische en chirurgische geschiedenis, ontwikkelings- en gedragsproblemen en huidige vaardigheden. We ontvingen informatie over 63 individuen met Emanuel-syndroom, variërend van pasgeborenen tot volwassenen. Zoals eerder erkend, waren aangeboren afwijkingen veelvoorkomend, waarbij de meest frequente oorpitsen (76%), micrognathie (60%), hartafwijkingen (57%) en gespleten gehemelte (54%) waren. Onze gegevens suggereren dat visuele en gehoorstoornissen, epileptische aanvallen, falen om te gedijen en terugkerende infecties, met name otitis media, vaak voorkomen bij dit syndroom. Psychomotorische ontwikkeling is uniform vertraagd, maar de meerderheid van de individuen (meer dan 70%) leert uiteindelijk lopen met ondersteuning. Taalontwikkeling en zelfzorgvaardigheden zijn ook sterk beperkt. Deze studie biedt nieuwe informatie over het klinische spectrum en de natuurlijke geschiedenis van het Emanuel-syndroom voor families en artsen die voor deze individuen zorgen.

Het Emanuel-syndroom is een erfelijke chromosomale afwijking die het gevolg is van 3:1 meiotische segregatie van een ouderlijke gebalanceerde translocatiedrager t(11;22)(q23;q11), meestal van maternale oorsprong. Het wordt gekenmerkt door verstandelijke beperking, microcefalie, preauriculaire tag of sinus, oorafwijkingen, gespleten of hoog gewelfd gehemelte, micrognathie, aangeboren hartafwijkingen, nierafwijkingen, structurele hersenafwijkingen en genitale afwijkingen bij mannen. Hier beschrijven we een vrouwelijke patiënt met supernumerair der(22)-syndroom (Emanuel-syndroom) als gevolg van een gebalanceerde translocatiedrager vader t(11;22)(q23;q11). Zij was mentaal en fysiek gehandicapt en vertoonde de meeste craniofaciale dysmorfieën van dit syndroom. Onze patiënt had een gespleten gehemelte, onderontwikkeld corpus callosum en achterhersenen met normale interne organen. Daarnaast waren arachnodactylie, hyperextensibiliteit van handgewrichten, abnormale diepe handpalmen en vingerplooien, extra vingerplooien en bilaterale talipes aanwezig, wat nog niet eerder met dit syndroom was beschreven. Cytogenetische analyse en FISH toonden aan dat de patiënt beide translocatiechromosomen plus een extra kopie van der(22) had met karyotypering 47,XX,t(11;22)(q23;q11),der(22)t(11;22)(q23;q11). We stelden dat deze zeldzame chromosomale samenstelling kan ontstaan door 2:2 segregatie in de eerste meiotische deling van de gebalanceerde translocatievader, gevolgd door nondisjunctie in meiose II in de gebalanceerde spermatocyt.

Het Emanuel-syndroom ontstaat door der(22)t(11q23;22q11). Gespleten gehemelte, oorafwijkingen, hartafwijkingen, genitale afwijkingen, hypotonie en verstandelijke beperking zijn de belangrijkste kenmerken van het syndroom. We rapporteren een negenjarige jongen met het t(11;22)(q23;q11)-chromosoom, overgedragen in een ongebalanceerde vorm van zijn moeder en ontstaan in de meiose van de grootmoeder van moederszijde. Naast verstandelijke beperking, hypotonie, craniofaciale afwijkingen en cryptorchidie heeft hij nieuwe bevindingen zoals gewrichtshyperextensibiliteit, afwezigheid van de linker leverlob, linkerzijdige malpositie van de galblaas en pancreas hypoplasie. Dit is het eerste rapport dat deze kenmerken associeert met het Emanuel-syndroom.


Is een CpG-eiland methylator fenotype betrokken bij ependymomen?

Answer: Hoewel ze geen terugkerende enkelvoudige nucleotidevarianten en focale kopieaantalafwijkingen vertonen, tonen ependymomen met een slechte prognose in de achterhersenen een CpG-eiland methylator fenotype.

Supratentoriale en spinale pediatrische ependymomen vertonen een hypergemethyleerd fenotype dat het verlies van tumorrepressor genen omvat die betrokken zijn bij de controle van celgroei en celdood.

Supratentoriale en spinale tumoren vertoonden significant meer hypergemethyleerde genen dan tumoren in de achterste schedelgroeve, vergelijkbaar met het 'CpG-eiland methylator fenotype' (CIMP) dat is geïdentificeerd in gliomen en coloncarcinomen.

De gegevens suggereren dat epigenetische stillegging van tumorrepressor genen een belangrijk mechanisme is in de pathogenese van supratentoriale en spinale, maar niet van achterste schedelgroeve ependymomen. Hypermethylatie correleerde met een afname in expressie van een aantal tumorrepressor genen en pathways die een belangrijke rol kunnen spelen in de tumorpathogenese.

Ependymomen zijn veelvoorkomende hersentumoren bij kinderen die overal in het zenuwstelsel voorkomen, maar het meest in de pediatrische achterhersenen. De huidige standaardtherapie bestaat uit chirurgie en bestraling, maar niet uit cytotoxische chemotherapie omdat dit de overleving niet verder verhoogt. Whole-genome en whole-exome sequencing van 47 ependymomen in de achterhersenen onthult een extreem lage mutatiefrequentie en geen significante terugkerende somatische enkelvoudige nucleotidevarianten. Hoewel ze geen terugkerende enkelvoudige nucleotidevarianten en focale kopieaantalafwijkingen vertonen, tonen ependymomen met een slechte prognose in de achterhersenen een CpG-eiland methylator fenotype. Transcriptionele stillegging gedreven door CpG-methylatie concentreert zich exclusief op doelwitten van het polycomb repressive complex 2, dat de expressie van differentiatiegenen onderdrukt via trimethylatie van H3K27. CpG-eiland methylator fenotype-positieve ependymomen in de achterhersenen reageren op klinische geneesmiddelen die DNA of H3K27-methylatie targeten, zowel in vitro als in vivo. We concluderen dat epigenetische modulatoren de eerste rationele therapeutische kandidaten zijn voor deze dodelijke maligniteit, die epigenetisch ontregeld maar genetisch eenvoudig is.

Epigenomische veranderingen definiëren dodelijke CIMP-positieve ependymomen van de vroege kinderjaren.

Moleculaire genetica van ependymomen en pediatrische diffuse gliomen: een korte review.

Epigenetische veranderingen, waaronder methylatie, zijn aangetoond als een belangrijk mechanisme van genstillegging bij kanker. Ependymoom is goed gekarakteriseerd op DNA-kopieaantal en mRNA-expressieniveau, maar er is weinig bekend over DNA-methylatieveranderingen. Om een meer globaal beeld te krijgen van het methylatieprofiel van ependymoom, voerden we een array-gebaseerde analyse uit. Onze data toonden aan dat tumoren zich scheidden volgens hun locatie in het centrale zenuwstelsel, wat geassocieerd was met een verschil in het globale methylatieniveau. Supratentoriale en spinale tumoren vertoonden significant meer hypergemethyleerde genen dan tumoren in de achterste schedelgroeve, vergelijkbaar met het CpG-eiland methylator fenotype (CIMP) geïdentificeerd in gliomen en coloncarcinomen. Dit hypergemethyleerde profiel was geassocieerd met een verhoogde expressie van genen die coderen voor eiwitten betrokken bij DNA-methylatie, wat wijst op een onderliggend mechanisme. Een geïntegreerde analyse van methylatie- en mRNA-expressie-arraydata stelde ons in staat methylatie-geïnduceerde expressieveranderingen te identificeren, met name genen betrokken bij de controle van celgroei en celdood en het immuunsysteem, waaronder leden van het JNK-pathway en PPARγ. Concluderend hebben we een globaal beeld gegenereerd van het methylatieprofiel van ependymoom. De data suggereren dat epigenetische stillegging van tumorrepressor genen een belangrijk mechanisme is in de pathogenese van supratentoriale en spinale, maar niet van achterste schedelgroeve ependymomen. Hypermethylatie correleerde met een afname in expressie van een aantal tumorrepressor genen en pathways die een belangrijke rol kunnen spelen in de tumorpathogenese.

Hier bespreken we de recente literatuur over moleculaire ontdekkingen in ependymomen en pediatrische diffuse gliomen. Ependymomen kunnen nu worden gecategoriseerd in drie locatie-gerelateerde subgroepen volgens hun biologische profiel: achterste schedelgroeve ependymomen groep A (PFA) en B (PFB) en supratentoriale ependymomen. Hoewel er geen terugkerend gemuteerde genen werden gevonden in deze groepen ependymomen, vertoonde PFA een CpG-eiland methylator fenotype, was PFB geassocieerd met uitgebreide chromosomale afwijkingen, en werd het C11orf95-RELA fusiegen vaak waargenomen in supratentoriale ependymomen. Ondertussen is het nu duidelijk geworden dat pediatrische diffuse gliomen een andere genetische status hebben dan hun volwassen tegenhangers, hoewel ze een ononderscheidbare histologie delen. Bij pediatrische laaggradige diffuse gliomen werd een intragenische duplicatie gevonden van het deel van FGFR1 dat de tyrosinekinasedomein (TKD) codeert, en werden rearrangementen van MYB en MYBL1 herhaaldelijk en exclusief gevonden. Wat betreft niet-hersenstam hogegradige tumoren, naast H3F3A, TP53 en ATRX mutaties die vaak werden waargenomen bij oudere kinderen, werden terugkerende fusies gemeld die NTRK1, NTRK2 en NTRK3 betrokken bij baby's jonger dan 3 jaar. Bovendien werden bij diffuse intrinsieke pontiene gliomen (DIPG) terugkerende somatische mutaties van ACVR1 gevonden in associatie met HIST1H3B mutaties.|


Wordt de lusdomeinen behouden bij verlies van cohesine?

Answer: Nee. Afbraak van cohesine leidt tot het verdwijnen van lusdomeinen. Noch compartimentsdomeinen, noch histonmerken worden beïnvloed. Verlies van lusdomeinen leidt niet tot wijdverspreide ectopische genactivatie, maar beïnvloedt wel een significante minderheid van actieve genen.

Verlies van cohesine elimineert alle lusdomeinen.

Het menselijk genoom vouwt zich om duizenden intervallen te creëren, "contactdomeinen" genoemd, die een verhoogde contactfrequentie binnen zichzelf vertonen. "Lusdomeinen" ontstaan door het vastbinden tussen twee loci - bijna altijd gebonden door CTCF en cohesine - die op hetzelfde chromosoom liggen. "Compartimentsdomeinen" ontstaan wanneer genomische intervallen met vergelijkbare histonmerken samen segregëren. Hier onderzoeken we de effecten van het afbreken van cohesine. Alle lusdomeinen worden geëlimineerd, maar noch compartimentsdomeinen noch histonmerken worden beïnvloed. Verlies van lusdomeinen leidt niet tot wijdverspreide ectopische genactivatie, maar beïnvloedt wel een significante minderheid van actieve genen.

verlies van cohesine elimineert alle lusdomeinen


Welk workflow in Bioconductor is ontwikkeld voor toegang tot menselijke RNA-seq monsters?

Answer: De recount2-bron bestaat uit meer dan 70.000 uniform verwerkte menselijke RNA-seq monsters die TCGA en SRA omvatten, inclusief GTEx.

recount workflow: Toegang tot meer dan 70.000 menselijke RNA-seq monsters met Bioconductor.

recount workflow toegang tot meer dan 70.000 menselijke RNA-seq monsters met Bioconductor

De recount2-bron bestaat uit meer dan 70.000 uniform verwerkte menselijke RNA-seq monsters die TCGA en SRA omvatten, inclusief GTEx. De verwerkte data kan worden benaderd via de recount2-website en het Bioconductor-pakket. Deze workflow legt in detail uit hoe het pakket te gebruiken is en hoe het te integreren met andere Bioconductor-pakketten voor verschillende analyses die uitgevoerd kunnen worden met de recount2-bron. In het bijzonder beschrijven we hoe de coverage count matrices in recount2 zijn berekend, evenals verschillende manieren om publieke metadata te verkrijgen die downstream analyses kunnen vergemakkelijken. Stapsgewijze instructies tonen hoe een gen-niveau differentiële expressieanalyse uit te voeren, base-level genoom coverage data te visualiseren en analyses op meerdere feature-niveaus uit te voeren. Deze workflow biedt dus aanvullende informatie om de data in recount2 te begrijpen en een compendium van R-code om de data te gebruiken.


Wat doet VBP15 met skeletspieren?

Answer: VBP15 beschermt en bevordert efficiënte reparatie van skeletspiercellen. Krachtige remming van NF-κB wordt gemedieerd via eiwitinteracties van de glucocorticoïdereceptor, maar VBP15 vertoont aanzienlijk verminderde transcriptieactiviteit van de hormonale receptor. Bij DMD-modelmuizen verbetert het de spierkracht, live-imaging en pathologie door zowel preventieve als post-onset interventieregimes.

We constateren dat VBP15 skeletspiercellen beschermt en efficiënte reparatie bevordert na laserbeschadiging, in tegenstelling tot prednisolon. Krachtige remming van NF-κB wordt gemedieerd via eiwitinteracties van de glucocorticoïdereceptor, maar VBP15 vertoont aanzienlijk verminderde transcriptieactiviteit van de hormonale receptor. De vertaling van deze medicijnmechanismen naar DMD-modelmuizen verbetert spierkracht, live-imaging en pathologie door zowel preventieve als post-onset interventieregimes. Deze gegevens tonen een succesvolle verbetering van dystrofie aan, onafhankelijk van hormonale, groeigerelateerde of immunosuppressieve effecten, wat aangeeft dat VBP15 klinisch onderzoek voor DMD verdient en ook andere chronische inflammatoire ziekten ten goede zou komen.


Wat is filgotinib?

Answer: Filgotinib is een orale selectieve Janus kinase-remmer. Het is getest bij patiënten met reumatoïde artritis en de ziekte van Crohn, en is aangetoond veilig en effectief te zijn.

Filgotinib (GLPG0634/GS-6034), een orale selectieve JAK1-remmer, is effectief als monotherapie bij patiënten met actieve reumatoïde artritis: resultaten van een gerandomiseerde, dosis-vindende studie (DARWIN 2).

Om de werkzaamheid en veiligheid van verschillende doses filgotinib, een orale Janus kinase 1-remmer, als monotherapie te evalueren bij patiënten met actieve reumatoïde artritis (RA) en een eerdere onvoldoende respons op methotrexaat (MTX).

Gedurende 24 weken was filgotinib als monotherapie effectief in de behandeling van de tekenen en symptomen van actieve RA, met een snelle aanvang van werking.

Filgotinib (GLPG0634, GS-6034) is een eenmaal daags oraal toegediende, selectieve Janus kinase 1 (JAK1)-remmer. De FITZROY-studie onderzocht de werkzaamheid en veiligheid van filgotinib voor de behandeling van matige tot ernstige ziekte van Crohn.

In de intention-to-treat populatie bereikten 60 (47%) van de 128 patiënten die met filgotinib 200 mg werden behandeld klinische remissie na 10 weken versus tien (23%) van de 44 patiënten die placebo kregen (verschil 24 procentpunten [95% BI 9-39], p=0,0077). In een gecombineerde analyse van alle perioden van filgotinib- en placebo-expositie over 20 weken werden ernstige behandelingsgerelateerde bijwerkingen gerapporteerd bij 14 (9%) van de 152 patiënten behandeld met filgotinib en drie (4%) van de 67 patiënten behandeld met placebo.

Filgotinib induceerde klinische remissie bij significant meer patiënten met actieve ziekte van Crohn vergeleken met placebo, en had een acceptabel veiligheidsprofiel.


Wat is Q-nexus?

Answer: Q-nexus is een uitgebreide en efficiënte analysepipeline ontworpen voor ChIP-nexus.

Q-nexus: een uitgebreide en efficiënte analysepipeline ontworpen voor ChIP-nexus.