Welke ziekte wordt beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin schaal?

Answer: De Fahn-Tolosa-Marin klinische tremor beoordelingsschaal wordt gebruikt voor essentiële tremor.

De Fahn-Tolosa-Marin (FTM) klinische tremor beoordelingsschaal werd gebruikt om tremor, tekenen en drinken te scoren voor en na elke GKT.

De Fahn-Tolosa-Marin klinische tremor beoordelingsschaal werd gebruikt om tremor, handschrift, tekenen en drinken te evalueren.

Tijdens elk studiebezoek werden de Fahn-Tolosa-Marin (FTM) schaal, de Unified Parkinson's Disease Rating Scale en de Quality of Life for Essential Tremor Questionnaire (QUEST) afgenomen, samen met kinematische beoordeling van de behandelde ledemaat.

Verder werd hetzelfde netwerk geassocieerd met klinische tremor ernst gemeten met de Fahn, Tolosa, Marin Tremor Rating Scale, wat suggereert dat dit netwerk klinisch relevant is.

Resultaten: Gemiddelde scores na de operatie voor de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Scale verbeterden van 78 naar 44 bij SCA-patiënten en van 54 naar 21 bij ET-patiënten.

Secundaire doelstellingen omvatten tremorreductie (verkregen door de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal, video-opnamen, de Unified Parkinson's disease rating scale en door tremoranalyse), psychiatrische beoordeling van patiënten en het beoordelen van de veiligheid van de interventie.

Alle ingeschreven patiënten werden geëvalueerd voor de behandeling en 2 dagen erna, met een klinische controle van de effectiviteit van de behandeling met behulp van de grafische items van de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal.

Vierendertig ET-patiënten werden achtereenvolgens ingeschreven in de experimenten en gedurende een jaar beoordeeld. Arm tremor werd gefilmd en gescoord met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (FTM-TRS).

De Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal werd gebruikt voor tremorevaluatie.

Tremor en cerebellaire tekenen werden gescoord volgens de Fahn-Tolosa-Marin en de SARA schaal.

De ernst van tremor bij acute stimulatie werd beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale. Cerebellaire stoornissen werden geëvalueerd met de International Cooperative Ataxia Rating Scale.

De effectiviteit van de behandeling werd geëvalueerd met de Fahn Tolosa Marin tremor beoordelingsscore en NIH genetische criteria voor tremor ernst op 4 en 8 weken na elk van de twee behandelingsreeksen.

Twee neurologen beoordeelden ET met de Fahn-Tolosa Marin Tremor Rating Scale (FTMTRS).

DOEL: Het vergelijken van de gevoeligheid van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale, het deel III van de Movement Disorder Society-gesponsorde Unified Parkinson's Disease Rating Scale (MDS-UPDRS) en de MDS-UPDRS Tremor Scale voor de effecten van verschillende antitremor behandelingen.

Functies werden beoordeeld voor en na de operatie met de herziene Unified Parkinson's Disease Rating Scale deel III (MDS-UPDRS-III), de Fahn-Tolosa-Marin Tremor-Rating-Scale (FTM-TRS) en de Unified Dystonia Rating Scale (UDRS).

MAATREGELEN: Klinische uitkomsten, gemeten met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale en scores voor activiteiten van het dagelijks leven, en incidentie van bijwerkingen. RESULTATEN: Fro

[Validatiestudie van de Spaanse versie van de Fahn-Tolosa-Marin schaal voor essentiële tremor].

INLEIDING: De Fahn-Tolosa-Marin (FTM) tremor beoordelingsschaal wordt veel gebruikt in klinieken voor de inschatting van tremor ernst.

De scores voor activiteiten van het dagelijks leven volgens de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale verbeterden significant na GKT (P = .03; mediaan en gemiddelde verandering scores, respectievelijk 2,5 en 2,7 punten [schaalbereik 0-27]), maar er was geen significante verbetering in andere items van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (P = .53 voor rusttremor, P = .24 voor houdingtremor, P = .62 voor actietremor, P = .40 voor tekenen, P > .99 voor water gieten, P = .89 voor hoofd tremor). Handschrift a

Klinische uitkomsten werden beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal bij aanvang en postoperatief op het moment van evaluatie.

S: Deel B van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale was het meest gevoelig voor acute levodopa uitdaging (Cohen's d = -1,04, η2 = 0,12). Echter

De ernst van tremor werd geregistreerd met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale en/of de Unified Parkinson's Disease Rating Scale.

METHODEN: Klinische uitkomsten werden geëvalueerd bij 19 patiënten die DBS chirurgie hadden ondergaan met behulp van de Fahn-Tolosa-Marin klinische tremor beoordelingsschaal.

Voor en na de operatie werden PD-patiënten beoordeeld met de Unified PD Rating Scale (UPDRS), en ET-patiënten met de Fahn-Tolosa-Marin (FTM) tremor beoordelingsschaal.

Onderzoekers, blind voor behandeling, beoordeelden de Unified Parkinson's Disease Rating Scale, Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale, Nonmotor Symptoms Assessment Scale en een gestructureerde vragenlijst over bijwerkingen van ropinirol. Daarnaast

Er werd een cohort van 125 opeenvolgende patiënten bestudeerd die met valproaat werden behandeld vanwege epilepsie of migraine, geëvalueerd met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (FTM-TRS).

Er werd geëvalueerd met de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal (FTM-TRS) bij ET-patiënten. De patiënten wi

Werd beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (FTMTRS) en de Lower Extremity Clinical Tremor Assessment Scale (LECTAS). Er was een significant verschil

Beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale. Slechte slaapkwaliteit,

De ernst werd beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal (FTM-TRS) en tremor amplitude en frequentie werden geëvalueerd met kinematische technieken. Cognitief prof

Beoordelingen omvatten globale verbetering, Fahn Tolosa Marin Tremor Rating Scale, Beck Depression Inventory en de Parkinson's Disease Questionnaire-39. Globale patiënt

Patiënten. Methoden: De klinische en beeldvormingsgegevens van HT-patiënten in 5 academische ziekenhuizen tussen januari 2014 en januari 2018 werden retrospectief geanalyseerd, en de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (TRS) werd gebruikt om de klinische ernst en de kortetermijnprognose tussen de verschillende

en alle andere hersengebieden. Deze metingen werden vervolgens gecorreleerd met de tremor ernst geëvalueerd door de Fahn-Tolosa-Marin

Om de gevoeligheid van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale, het deel III van de Movement Disorder Society-gesponsorde Unified Parkinson's Disease Rating Scale (MDS-UPDRS) en de MDS-UPDRS Tremor Scale voor de effecten van verschillende antitremor behandelingen te vergelijken.

Deel B van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale was het meest gevoelig voor acute levodopa uitdaging (Cohen's d = -1,04, η2 = 0,12). Ho

Echter, deel A van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale toonde de grootste effectgrootte, zij het klein (Cohen's d = -0,33, η2 = 0,03), voor het detecteren van een behandeling-gerelateerde verandering in de ernst van tremor tijdens langdurige follow-up. CONC

Achtergrond: De Fahn-Tolosa-Marin Clinical Rating Scale for Tremor (FTM) is gebruikt in grote onderzoeken voor essentiële tremor (ET), maar de ankers voor beoordelingen van 0 tot 4 van tremor in de bovenste ledematen zijn waarschijnlijk te laag voor patiënten met ernstige tremor (tremoramplitude >4 c

De tremorscore werd geëvalueerd met de Fahn-Tolosa-Marin tremor beoordelingsschaal (FTM-TRS) bij ET-patiënten.

Methoden: De klinische en beeldvormingsgegevens van HT-patiënten in 5 academische ziekenhuizen tussen januari 2014 en januari 2018 werden retrospectief geanalyseerd, en de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (TRS) werd gebruikt om de klinische ernst en kortetermijnprognose tussen de verschillende subtypes te vergelijken.

Vijf tremor ernst schalen (de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale, de Bain and Findley Clinical Tremor Rating Scale, de Bain and Findley Spirography Scale, de Washington Heights-Inwood Genetic Study of Essential Tremor Rating Scale, en de Tremor Research Group Essential Tremor Rating Assessment Scale), één ADL/handicap schaal (de Bain and Findley Tremor ADL Scale), één kwaliteit van leven schaal (de Quality of Life in Essential Tremor Questionnaire), en één screeningsinstrument (de Washington Heights-Inwood Genetic Study of Essential Tremor Rating Scale, versie 1) worden aanbevolen volgens deze criteria.

Alle deelnemers werden beoordeeld met de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale voor de ernst van tremor; een neuropsychologische beoordelingsbatterij en een screeningsvragenlijst voor stemmings- en angstklachten.

Het doel van deze studie was het evalueren van de interbeoordelaar- en intrabeoordelaar betrouwbaarheid van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale (TRS) bij essentiële tremor (ET).

Beoordeling van interbeoordelaar- en intrabeoordelaar betrouwbaarheid van de Fahn-Tolosa-Marin Tremor Rating Scale bij essentiële tremor.

Vergelijking van de Fahn-Tolosa-Marin Clinical Rating Scale en de Essential Tremor Rating Assessment Scale.


Noem de kern-SNARE-complexeiwitten.

Answer:
VAMP2
Syntaxine
SNAP25

SNAP-25 is een eiwit dat betrokken is bij gereguleerde membraanfusie en onderdeel is van het SNARE-complex.

SNAP-25 vormt samen met Syntaxine 1 en VAMP-2 het drievoudige SNARE-complex dat essentieel is voor het bemiddelen van activiteit-afhankelijke afgifte van hormonen en neurotransmitters.

Het oplosbare N-ethylmaleimide-gevoelige factor-anker-eiwitreceptor (SNARE) complex bestaat uit drie neuronale eiwitten VAMP2, Syntaxine en SNAP25, die een kernrol spelen tijdens het proces van membraanfusie.


Wat is sepsis?

Answer: Sepsis ontstaat wanneer een bacteriële infectie elders in het lichaam, zoals de longen of huid, in de bloedbaan terechtkomt.

Snelle identificatie van microben in de bloedbaan is cruciaal bij het beheersen van sepsis vanwege de hoge ernst van de ziekte, en directe identificatie uit positieve bloedkweek.

De definitie van sepsis volgens Schottmüller (1914), als een gegeneraliseerde bacteriële infectie met een aanhoudende bacteriëmie, is nog steeds gerechtvaardigd.

De term "sepsis" is dubbelzinnig geworden omdat het is gebruikt als synoniem voor "acute reactie op infectie", terwijl het in het verleden en momenteel, althans in Europa, synoniem is van sepsis, aanhoudende bacteriëmie.


Wat is de belangrijkste oncogene transcriptiefactor bij T-cel acute lymfoblastische leukemie?

Answer: De oncogene transcriptiefactor TAL1/SCL induceert een abnormaal transcriptieprogramma in T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL) cellen.

We identificeren CNOT3 als een tumorsuppressor die gemuteerd is in 7 van de 89 (7,9%) volwassen T-ALL's, en de knockdown ervan veroorzaakt tumoren in een gevoelige Drosophila melanogaster-model. Daarnaast identificeren we mutaties die de ribosomale eiwitten RPL5 en RPL10 aantasten in 12 van de 122 (9,8%) pediatrische T-ALL's, met terugkerende veranderingen van Arg98 in RPL10.

ARID5B als een kritisch downstream doelwit van het TAL1-complex dat het oncogene transcriptieprogramma activeert en T-cel leukemogenese bevordert.

De oncogene transcriptiefactor TAL1/SCL induceert een abnormaal transcriptieprogramma in T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL) cellen.

Onze resultaten geven aan dat ARID5B het oncogene transcriptieprogramma versterkt door het TAL1-geïnduceerde regulatoire circuit en MYC in T-ALL positief te reguleren, waardoor het bijdraagt aan T-cel leukemogenese.

TAL1 als een belangrijkste oncogene transcriptiefactor in T-cel acute lymfoblastische leukemie.

ACHTERGROND: T-cel acute lymfoblastische leukemie is een hematologische maligniteit gekenmerkt door T-cel proliferatie, en in veel gevallen de ectopische expressie van de oncogene transcriptiefactor T-cel acute lymfoblastische leukemie-eiwit 1 (TAL1).

MiR-7 functioneert als een tumorsuppressor door de oncogenen TAL1 in T-cel acute lymfoblastische leukemie te targeten.

Abnormale expressie van transcriptiefactor oncogenen zoals HOX11, HOX11L2, TAL1/SCL, LYL1, LMO1 en LMO2 kan worden gedetecteerd in lymfoblasten van tot wel 80% van de patiënten met acute T-cel lymfoblastische leukemie (T-ALL).

De transcriptiefactor TAL1/SCL is een van de meest voorkomende oncogenen in T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL), een kwaadaardige aandoening die voortkomt uit leukemische transformatie van thymus T-cel voorlopercellen.

De oncogene transcriptiefactor TAL1/SCL wordt abnormaal tot expressie gebracht in meer dan 40% van de gevallen van menselijke T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL), wat het belang ervan in de moleculaire pathogenese van T-ALL benadrukt.

Het Tal1-oncogen is een klasse II basic helix-loop-helix (bHLH) transcriptiefactor, die overexpressie vertoont in wel 60% van de gevallen van T-cel acute lymfoblastische leukemie.

SCL/TAL1 (stem cell leukemia/T-cel acute lymfoblastische leukemie [T-ALL] 1) is een essentiële transcriptiefactor in normale en kwaadaardige hematopoëse.

Eerdere resultaten gaven aan dat miR-146b-5p wordt downregulated door TAL1, een transcriptiefactor die cruciaal is voor vroege hematopoëse en die vaak overexpressie vertoont in T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL), waar het een oncogene rol speelt.

In deze review richten we ons op de oncogene transcriptiefactor TAL1 en de tumorsuppressor E-eiwitten en bespreken we de kwaadaardige celtoestand, het transcriptiecircuit en de gevolgen van moleculaire afwijkingen in T-ALL.

Oncogeen transcriptieprogramma aangedreven door TAL1 in T-cel acute lymfoblastische leukemie.


Noem zoveel mogelijk Europese griepvaccins op.

Answer: Drie split-virion vaccins (Vaxigrip, Begrivac en Influsplit/Fluarix) en drie subunitvaccins die alleen virale oppervlakteglycoproteïnen bevatten (Influvac, Agrippal en Fluvirin).

Drie split-virion vaccins (Vaxigrip, Begrivac en Influsplit/Fluarix) en drie subunitvaccins die alleen virale oppervlakteglycoproteïnen bevatten (Influvac, Agrippal en Fluvirin) beschikbaar voor het seizoen 1994-95 werden geanalyseerd met biologische, moleculaire en biochemische methoden.


Wat is canSAR?

Answer: canSAR (http://cansar.icr.ac.uk) is een openbare, integratieve kennisbank gericht op kanker ter ondersteuning van translationeel kankeronderzoek en medicijnontwikkeling. Door de integratie van biologische, farmacologische, chemische, structurele biologie- en eiwitnetwerkgegevens biedt het een enkel informatieportaal om complexe multidisciplinaire vragen te beantwoorden, waaronder – naast vele andere – wat er bekend is over een eiwit, in welke kankers het tot expressie komt of gemuteerd is, en welke chemische hulpmiddelen en cellijnmodellen gebruikt kunnen worden om de activiteit experimenteel te onderzoeken.

canSAR (http://cansar.icr.ac.uk) is een openbare, vrij beschikbare, integratieve kennisbank voor translationeel onderzoek en medicijnontwikkeling. canSAR informeert onderzoekers om belangrijke knelpunten in kankertranslation en medicijnontwikkeling op te lossen. Het integreert genomische, eiwit-, farmacologische, medicijn- en chemische gegevens met structurele biologie, eiwitnetwerken en unieke, uitgebreide en orthogonale ‘drugbaarheid’-beoordelingen. canSAR wordt internationaal veel gebruikt door academische instellingen en de industrie.

canSAR (http://cansar.icr.ac.uk) is een publiek beschikbare, multidisciplinaire, op kanker gerichte kennisbank ontwikkeld ter ondersteuning van translationeel kankeronderzoek en medicijnontwikkeling. canSAR integreert genomische, eiwit-, farmacologische, medicijn- en chemische gegevens met structurele biologie, eiwitnetwerken en drugbaarheidgegevens. canSAR wordt veel gebruikt om snel informatie te verkrijgen en te helpen bij de interpretatie van experimentele data in een translationele en medicijnontwikkelingscontext.

canSAR is een volledig geïntegreerde bron voor kankeronderzoek en medicijnontwikkeling, ontwikkeld om gebruik te maken van de groeiende hoeveelheid openbaar beschikbare biologische annotatie-, chemische screenings-, RNA-interferentie screenings-, expressie-, amplificatie- en 3D-structurele gegevens. Wetenschappers kunnen op één plek snel biologische annotatie van een doelwit identificeren, de structurele karakterisering, expressieniveaus en eiwitinteractiegegevens, evenals geschikte cellijnen voor experimenten, potentiële hulpmiddelverbindingen en gelijkenis met bekende medicijndoelen. canSAR is vanaf het begin volledig gebruiksgebaseerd ontwikkeld, wat de ontwerpkeuzes van de backend en de functionaliteit via de interfaces sterk heeft beïnvloed. De webinterface op http://cansar.icr.ac.uk biedt flexibele, multipoint toegang tot canSAR. Dit maakt gemakkelijke toegang mogelijk tot de multidisciplinaire gegevens, inclusief samenvattingen van doelen en verbindingen, bioactiviteitsweergaven en geavanceerde tools voor chemogenomica, expressie en eiwitinteractienetwerkgegevens.

canSAR (http://cansar.icr.ac.uk) is een openbare, integratieve kennisbank gericht op kanker ter ondersteuning van translationeel kankeronderzoek en medicijnontwikkeling. Door de integratie van biologische, farmacologische, chemische, structurele biologie- en eiwitnetwerkgegevens biedt het een enkel informatieportaal om complexe multidisciplinaire vragen te beantwoorden, waaronder – naast vele andere – wat er bekend is over een eiwit, in welke kankers het tot expressie komt of gemuteerd is, en welke chemische hulpmiddelen en cellijnmodellen gebruikt kunnen worden om de activiteit experimenteel te onderzoeken? Wat is bekend over een medicijn, het cellulair gevoeligheidsprofiel en aan welke eiwitten het bekend is te binden die ongebruikelijke bioactiviteit kunnen verklaren?


Wat is het werkingsmechanisme van magrolimab?

Answer: Magrolimab is een anti-CD47 antilichaam met veelbelovende resultaten voor myelodysplastische syndromen en acute myeloïde leukemie.

Magrolimab, een anti-CD47 antilichaam, heeft het bewijs van werkzaamheid in deze therapeutische klasse aangetoond met veelbelovende vroege resultaten bij zowel hoogrisico myelodysplastische syndromen (MDS) als TP53-mutante acute myeloïde leukemie (AML).

Daarnaast zullen de eerste klinische gegevens van CD47-targeting bij AML/MDS worden besproken, inclusief het eerste anti-CD47 antilichaam in zijn soort, magrolimab.


Lijst van soorten mutaties.

Answer:
puntmutaties
deleties
inserties
inversies
translocaties

NGS wordt gebruikt voor het opsporen van nieuwe diagnostische en zeldzame kankermutaties, detectie van translocaties, inversies, inserties en deleties,

Deleties zijn de meest voorkomende soorten mutaties bij α-thal, gevolgd door puntmutaties en kleine inserties/deleties.

qEva-CRISPR detecteert alle soorten mutaties, inclusief puntmutaties en grote deleties,


HER-2 behoort tot welke familie van eiwitten?

Answer: Her-2 behoort tot de familie van de humane epidermale groeifactorreceptoren (EGFR's).

humane epidermale groeifactorreceptor-2 (HER2)

humane epidermale groeifactorreceptor 2 (HER2).

Leden van de epidermale groeifactorreceptor (EGFR) familie (EGFR, HER2, HER3 en HER4) zijn uitgebreid onderzocht op hun mogelijke betrokkenheid bij de ontwikkeling en progressie van kanker.

De humane epidermale groeifactor (EGF) receptor (HER) familieleden werken samen bij maligniteit. Van deze familie bindt HER2 geen groeifactoren.

De humane epidermale groeifactor (EGF) receptor (HER) familie bestaat uit vier receptoren die binden aan liganden die een EGF-achtig motief delen. De HER-familie van receptor tyrosinekinasen en hun liganden (EGF-familie) spelen een belangrijke rol bij gastro-intestinale kanker. In het bijzonder is de EGF-receptor, HER1, een van de belangrijkste kandidaten voor moleculair gerichte therapie van colonkanker, en HER2 is een kandidaat voor de behandeling van maagkanker die HER2 overexpresseert.

De leden van de epidermale groeifactorfamilie: EGF, EGFR en het c-erbB-2(HER-2/neu) genproduct

HER-2 behoort tot de ErbB-familie van receptor tyrosinekinasen, die betrokken is bij verschillende soorten kanker.

HER-2 behoort tot een familie van vier transmembraan receptor tyrosinekinasen die groei, differentiatie en overleving van cellen mediëren.

HER-2 behoort tot de humane epidermale groeifactorreceptor (HER) familie.

De HER-2/neu receptor behoort tot de familie van epidermale groeifactorreceptoren die cruciaal zijn bij de activatie van subcellulaire signaaltransductieroutes die de groei en differentiatie van epitheelcellen reguleren.

Humane epidermale groeifactorreceptor 2 (HER2) is een lid van de HER-familie van eiwitten die vier receptor tyrosinekinasen bevat. Het

2-eiwit is een lid van de epidermale groeifactorfamilie van transmembraanreceptoren. HER2

HER2 (Human Epidermal Growth Factor Receptor 2), ook bekend als ERBB2, CD340 en Neu proto-oncogen, is een lid van de epidermale groeifactorreceptor (EGFR) familie. Leden

Her-2/neu behoort tot de familie van tyrosinekinase transmembraaneiwitten waarvan overexpressie geassocieerd is met een slechte prognose bij patiënten met borstkanker. T

Het HER2-eiwit, een lid van de epidermale groeifactorfamilie, wordt gecodeerd door het proto-oncogen c-erbB-2. Zijn

HER2, een lid van de humane ErbB-eiwitfamilie behorend tot receptor tyrosinekinasen, speelt een belangrijke rol bij het reguleren van cruciale cellulaire processen, waaronder celmigratie, proliferatie en differentiatie. Een miss

HER-2/neu, ook bekend als c-erbB-2/neu, is een oncogen gelegen op chromosoom 17 dat HER-2/neu codeert, een transmembraaneiwit behorend tot de EGFR-familie. De

Het product van het HER-2/neu proto-oncogen, HER2, is het tweede lid van de humane epidermale groeifactorreceptor (HER) familie van tyrosinekinase receptoren en wordt verondersteld een ligandweesreceptor te zijn. Ligan

De Humane Epidermale groeifactor Receptor (HER) familie behoort tot de RTK-superfamilie en omvat vier leden: EGFR (epidermale groeifactorreceptor), HER2, HER3 en HER4.

Humane epidermale groeifactorreceptor-2 (HER2/erbB-2) behoort tot een familie van vier transmembraanreceptoren die betrokken zijn bij signaaltransductieroutes die celgroei en differentiatie reguleren.

De humane epidermale groeifactorreceptor (Her) familie van receptor tyrosinekinasen omvat Her-1, Her-2 en Her-3.

Her-2/neu/c-erbB-2, een lid van de epidermale groeifactorreceptor familie, kan worden gekliefd in een oplosbaar extracellulair domein (ECD) en een membraan-gebonden restant.

ACHTERGROND EN DOEL: Erb-B1 (epidermale groeifactorreceptor, EGFR) en Erb-B2 (HER-2) zijn twee van de best gekarakteriseerde memb

De humane epidermale groeifactorreceptor (HER) familie van receptor tyrosinekinasen is uitgebreid bestudeerd bij borstkanker; echter systematische studies van EGFR-genamplificatie en eiwitoverexpressie in borstkanker ontbreken.

Eiwit tyrosinekinasen zoals HER-2/c-erbB-2 en de epidermale groeifactorreceptor (EGFR) zijn specifiek in verband gebracht met borstkanker, en verstoringen van HER-2 beïnvloeden de respons op chemotherapie.

Overexpressie van het lid van de epidermale groeifactorreceptor familie Her-2/neu in borstkanker leidt tot autophosphorylering van de receptor en inductie van meerdere downstream signaalroutes, waaronder de Akt kinase naar nuclear factor-kappaB (NF-kappaB) cascade die geassocieerd wordt met een slechte prognose.


Wat is de chemische structuur van Etanercept (ETN)?

Answer: Etanercept (ETN) is een oplosbaar fusie-eiwit van het extracellulaire domein van de tumor necrose factor receptor (TNFR), gekoppeld aan een Fc-gedeelte van IgG1. Het bezit drie N- en 13 O-glycosyleringsplaatsen, die een complex vormen met het plasmamembraaneiwit Enbrel. Etanercept is getest voor de behandeling van solide kankers, waaronder glioblastoom en neuroblastoom, en leverfibrose.

Etanercept heeft de beste retentie in reumatische aandoeningen, maar is minder of niet effectief bij granulomateuze ziekten, zoals inflammatoire darmziekten of uveïtis.

Etanercept is een sterk geglycosyleerd therapeutisch Fc-fusie-eiwit dat meerdere N- en O-glycosyleringsplaatsen bevat.

Etanercept is een TNFα receptor Fc-fusie-eiwit dat wordt gebruikt voor de behandeling van reumatische aandoeningen en psoriasis.

Etanercept is een oplosbaar fusie-eiwit van het extracellulaire domein van de tumor necrose factor receptor (TNFR), gekoppeld aan een Fc-gedeelte van IgG1. Het bezit drie N- en 13 O-glycosyleringsplaatsen.

Etanercept is een fusie-eiwit, samengesteld uit het Fc-gedeelte van IgG1 en het extracellulaire domein van de TNF-receptor (p75).

Etanercept is een dimerisch genetisch recombinant glycoproteïne bestaande uit het Fc-domein van menselijke Immunoglobuline G1 en het extracellulaire domein van de menselijke tumor necrose factor (TNF) receptor type II.

Etanercept (ETN) is een fusie-eiwit van de receptor (CD120b) voor tumor necrose factor (TNF) en het Fc-gedeelte van IgG1. Een ph

Etanercept (ETN), een recombinant TNF receptor (p75)-Fc fusie-eiwit, remt competitief TNF-α.

ETN wordt gesynthetiseerd in Chinese hamster ovariumcellen via recombinant DNA-technologie als een fusie-eiwit, met een volledig humaan TNFRII ectodomein gekoppeld aan het Fc-gedeelte van humaan IgG1.

Etanercept is een eiwit bestaande uit de extracellulaire domeinen van twee TNF-receptoren verbonden aan een Fc-gedeelte van een IgG.


Waar staat bDMARD voor?

Answer: bDMARDs zijn biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen.

Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) die worden gebruikt voor de behandeling van reumatoïde artritis (RA) hebben verschillende werkingsmechanismen.

In de huidige studie hebben we geëvalueerd hoe systemische arteriële hypertensie (SAH), dyslipidemie en diabetes mellitus de werkzaamheid, veiligheid en retentiegraad van biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddel (bDMARD) behandeling bij reumatische musculoskeletale aandoeningen (RMD's) beïnvloeden.

De introductie van biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddel (bDMARD) behandelingen voor verschillende typen auto-immuun artritis, zoals reumatoïde artritis, psoriatische arthropathie en ankyloserende spondylitis, vertegenwoordigt een nieuw tijdperk van behandeling voor patiënten met een refractaire respons op conventionele synthetische DMARDs (csDMARDs).

Om in een mondiale context de relaties vast te stellen tussen de sociaaleconomische status (SES) van landen, het gebruik van biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) en ziekte-uitkomsten.

Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) zijn ontworpen eiwitten met een hoge affiniteit voor verschillende pro-inflammatoire immuunsignaleringen om ontsteking en de gevolgen daarvan bij diverse reumatische aandoeningen te verminderen.

Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) worden gebruikt bij zwangere patiënten met reumatische aandoeningen.

Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) kunnen zeer effectief zijn bij de behandeling van verschillende niet-infectieuze uveïtis-entiteiten.

Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddel (bDMARD)-geïnduceerde neutropenie: een register van een retrospectieve cohort van patiënten met reumatische aandoeningen behandeld met 3 klassen intraveneuze bDMARDs.

Inderdaad, wereldwijde klinische onderzoeken met TNF-remmende biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) waaronder infliximab, adalimumab, golimumab, certolizumab pegol en etanercept, evenals het gehumaniseerde anti-menselijke IL-6 receptor antilichaam, tocilizumab, hebben uitstekende klinische werkzaamheid en aanvaardbare veiligheidsprofielen aangetoond, wat heeft geleid tot wereldwijde goedkeuring voor het gebruik van deze bDMARDs bij de behandeling van matig tot ernstig actieve RA bij patiënten met een onvoldoende respons op synthetische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (sDMARDs).

Conventionele synthetische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (csDMARDs), biologische DMARDs (bDMARDs) en tofacitinib, een gericht sDMARD, kunnen worden gebruikt voor de behandeling van RA.

Uitkomsten met biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) bij oudere patiënten behandeld voor reumatoïde artritis.

Doelstelling Biologische ziekte-modificerende antireumatische geneesmiddelen (bDMARDs) vertegenwoordigen een belangrijke vooruitgang in het verlichten van reumatoïde artritis (RA), maar hun effect op reumatische luchtwegaandoeningen (AD) en interstitiële longziekte (ILD) is nog onduidelijk.


Is er een rol voor genotoxische pks+ E. coli bij kanker?

Answer: Ja. Genotoxische pks en E. coli staan erom bekend mutaties in het DNA van cellen te veroorzaken, wat kan leiden tot kanker.

Mutatiesignatuur in colorectale kanker veroorzaakt door genotoxische pks+

Verschillende soorten van de darmmicrobiota zijn in verband gebracht met de ontwikkeling van colorectale kanker1,2, maar het is niet aangetoond dat bacteriën een directe rol spelen bij het ontstaan van oncogene mutaties. Escherichia coli kan het pathogeniciteitseiland pks dragen, dat een reeks enzymen codeert die colibactine synthetiseren3. Van deze verbinding wordt aangenomen dat het DNA alkyleert op adenine-residuen4,5 en dubbele strengbreuken induceert in gekweekte cellen3. Hier stellen we menselijke intestinale organoïden bloot aan genotoxische pks+ E. coli door herhaalde luminale injecties gedurende vijf maanden. Whole-genoomsequencing van klonale organoïden vóór en na deze blootstelling onthulde een duidelijke mutatiesignatuur die afwezig was in organoïden geïnjecteerd met isogene pks-mutante bacteriën. Dezelfde mutatiesignatuur werd gedetecteerd in een subset van 5.876 menselijke kankergenomen uit twee onafhankelijke cohorten, voornamelijk bij colorectale kanker. Onze studie beschrijft een duidelijke mutatiesignatuur in colorectale kanker en impliceert dat het onderliggende mutatieproces direct het gevolg is van eerdere blootstelling aan bacteriën die het colibactine-producerende pks pathogeniciteitseiland dragen.


Moet tirilazad worden gebruikt voor de behandeling van ischemische beroerte?

Answer: Nee. Tirilazad mag niet worden gebruikt voor de behandeling van beroerte omdat het de ziekte-uitkomsten niet verbetert, maar mogelijk sterfte en invaliditeit verhoogt.

CONCLUSIE: Tirilazad had geen effect op de klinische uitkomst, maar verminderde wel symptomatische vasospasmen in vijf onderzoeken bij aneurysmatische SAH.

Tirilazad verminderde niet significant de ongunstige klinische uitkomst op de GOS (odds ratio [OR] 1,04, 95% betrouwbaarheidsinterval [BI] 0,89-1,20) of cerebraal infarct (OR 1,04, 95% BI 0,89-1,22).

De auteurs onderzochten of het ontbreken van effect van tirilazad op de klinische uitkomst bij patiënten met acute ischemische beroerte verklaard kan worden door het falen van tirilazad om het infarctvolume te verminderen.

Tirilazad veranderde de vroege sterfte niet (odds ratio [OR] 1,11, 95% betrouwbaarheidsinterval [BI] 0,79 tot 1,56) of de sterfte aan het einde van het onderzoek (OR 1,12, 95% BI 0,88 tot 1,44). Er werd een net-significante toename van sterfte en invaliditeit waargenomen, beoordeeld met de uitgebreide Barthel Index (OR 1,23, 95% BI 1,01 tot 1,51) of de Glasgow Outcome Scale (OR 1,23, 95% BI 1,01 tot 1,50).

CONCLUSIES: Tirilazad mesylaat verhoogt sterfte en invaliditeit met ongeveer een vijfde wanneer het wordt toegediend aan patiënten met acute ischemische beroerte. Hoewel verdere onderzoeken naar tirilazad nu niet gerechtvaardigd zijn, kan analyse van individuele patiëntgegevens uit de onderzoeken helpen verklaren waarom tirilazad de uitkomst bij acute ischemische beroerte lijkt te verslechteren.


Noem de belangrijkste families van histonen.

Answer: Vijf histonfamilies (H1, H2A, H2B, H3 en H4).

vijf histonfamilies (H1, H2A, H2B, H3 en H4)

zes voor H1, 11 voor H2A, acht voor H2B, vijf voor H3 en twee voor H4


Is het Paramyxovirus-genoom gesegmenteerd, negatief-gestrande RNA?

Answer: De paramyxovirusfamilie heeft een genoom dat bestaat uit een ENKELE STRAAL van negatief-gestrande RNA

De paramyxovirusfamilie heeft een genoom dat bestaat uit een enkele streng van negatief-gestrande RNA

Het aviaire paramyxovirus type 1 (APMV-1), of Newcastle-diseasevirus (NDV), omvat een diverse groep virussen met een enkelstrengs, negatief-gestrande RNA-genoom.

Leden van de Paramyxoviridae zoals mazelen-, bof- en parainfluenzavirussen hebben pleomorfe, omhulde virions die negatief-gestrande, niet-gesegmenteerde RNA-genomen bevatten.

ONGETEKEND: Bofvirus (MuV), een paramyxovirus met een negatief-gestrande niet-gesegmenteerde RNA-genoom, is een menselijke pathogeen die een acute infectie veroorzaakt met symptomen variërend van parotitis tot milde meningitis en ernstige encefalitis.

ONGETEKEND: Bofvirus (MuV) is een paramyxovirus met een negatief-gestrande niet-gesegmenteerde RNA-genoom.

Paramyxoviridae, een grote familie van omhulde virussen met een niet-gesegmenteerd negatief-gestrande RNA-genoom, omvatten belangrijke menselijke pathogenen zoals mazelen, bof, respiratoir syncytieel virus (RSV), parainfluenzavirussen en henipavirussen, die enkele van de dodelijkste opkomende zoönosen veroorzaken. Er

Parainfluenzavirus 5 (PIV5) is een lid van de Paramyxoviridae-familie van membraanomhulde virussen met een negatief-gestrande RNA-genoom die wordt verpakt en beschermd door lange filamentachtige nucleocapside-helixstructuren (RNP's).

Het paramyxovirus-genoom, een niet-gesegmenteerd, negatief-polaire, enkelstrengs RNA van ongeveer 15 kb, bevat zes transcriptie-eenheden die aan de 3'- en 5'-uiteinden worden geflankeerd door een korte (ongeveer 50 tot 60 nucleotiden) extracistronische sequentie, genoemd de positieve en negatieve leiderregio's. Deze

De replicatie van niet-gesegmenteerde min-streng RNA-genomen, zoals die van Sendai paramyxovirus (SeV), wordt gecontroleerd door de korte leiderregio's aanwezig aan elk uiteinde van de lineaire genomen en antigenomen; respectievelijk de linker en rechter promotoren (PL en PR). Wil

De cytoplasmatische domeinen van virale glycoproteïnen kunnen een rol spelen in deze coördinatie, we hebben het belang van het hemagglutinine-neuraminidase (HN) eiwit cytoplasmatisch domein onderzocht in de assemblage van het niet-gesegmenteerde negatief-gestrande RNA paramyxovirus simian virus 5 (SV5). Door

Beilong-virus, een nieuw paramyxovirus met het grootste genoom van niet-gesegmenteerde negatief-gestrande RNA-virussen.

Paramyxovirusdeeltjes zijn pleomorf, met een lipidenomhulsel, niet-gesegmenteerde RNA-genomen van negatieve polariteit, en dicht verpakte glycoproteïnen op het virionoppervlak.

Een alternatieve methode om de 5'-uiteinden van niet-gesegmenteerde, negatief-gestrande RNA-virusgenomen te bepalen met behulp van positieve replicatie-intermediaire 3'-tailing: toepassing op twee leden van de Paramyxoviridae-familie.

Simian parainfluenzavirus 5 (SV5) is een prototype van de Paramyxoviridae-familie van niet-gesegmenteerde negatief-gestrande RNA-virussen.

Humaan metapneumovirus (HMPV), een enkelstrengs negatief-gestrande RNA-virus behorend tot de familie Paramyxoviridae, wordt geassocieerd met luchtwegaandoeningen, voornamelijk bij jonge kinderen en personen met onderliggende ziekten.


Ongeveer hoeveel genen bevat het niet-pseudoautosomale gebied (non-PAR) van het X-chromosoom?

Answer: Het totale aantal genen in het niet-pseudoautosomale gebied (non-PAR) van het X-chromosoom is 783.

Zes van de 783 genen in het niet-pseudoautosomale gebied (non-PAR) van het X-chromosoom (ATRX, CNKSR2, DDX3X, KDM5C, KDM6A en MAGEC3) vertoonden vaker verlies-van-functie mutaties bij mannen (gebaseerd op een false discovery rate < 0,1), in vergelijking met nul van de 18.055 autosomale en PAR-genen (Fisher's exact P < 0,0001).


Heeft het gebruik van bDMARDs tijdens de zwangerschap invloed op de neonatale ontwikkeling?

Answer: Blootstelling aan bDMARDs tijdens de zwangerschap lijkt de postnatale ontwikkeling tot de zuigelingenleeftijd niet te beïnvloeden.

Blootstelling aan bDMARDs tijdens de zwangerschap lijkt de postnatale ontwikkeling tot de zuigelingenleeftijd niet te beïnvloeden.

Langdurige follow-upgegevens over pasgeborenen die tijdens de zwangerschap aan bDMARDs zijn blootgesteld, zijn echter schaars.


Veroorzaken exon 38 of 39 KMT2D missense-varianten het Kabuki-syndroom type 1 (KS1)?

Answer: Nee. De KMT2D missense-varianten veroorzaken geen KS1, ze veroorzaken een ander type malformatiesyndroom dat verschilt van het Kabuki-syndroom.

Een beperkt spectrum van missense KMT2D-varianten veroorzaakt een meervoudig malformatiesyndroom dat verschilt van het Kabuki-syndroom.

Om te onderzoeken of specifieke exon 38 of 39 KMT2D missense-varianten (MVs) een aandoening veroorzaken die verschilt van het Kabuki-syndroom type 1 (KS1).METHODE: Meerdere individuen met MVs in exonen 38 of 39 van KMT2D, die een sterk geconserveerd gebied van 54 aminozuren coderen, geflankeerd door Val3527 en Lys3583, werden geïdentificeerd en gefenotypeerd. Functionele tests werden uitgevoerd om hun pathogene aard te bestuderen en het ziektemechanisme te begrijpen.RESULTATEN: De consistente klinische kenmerken van de getroffen individuen uit zeven niet-verwante families omvatten choanale atresie, athelie of hypoplastische tepels, branchiale sinusafwijkingen, nekputjes, traanbuisafwijkingen, gehoorverlies, afwijkingen van het uitwendige oor en schildklierafwijkingen. Geen van de individuen had een verstandelijke beperking. De frequentie van klinische kenmerken, objectieve software-gebaseerde gezichtsanalysescores en genoomwijde DNA-methyleringspatronen in perifere bloedmonsters van deze patiënten verschilden significant van die van KS1. Circulaire dichroïsme-spectroscopie toonde aan dat deze MVs de secundaire structuur van KMT2D verstoren door een toegenomen overgang van ongeordend naar ɑ-helichalige structuur.CONCLUSIE: KMT2D MVs gelokaliseerd in een specifiek gebied dat exonen 38 en 39 beslaat en hooggeconserveerde residuen aantast, veroorzaken een nieuw meervoudig malformatiesyndroom dat verschilt van KS1. In tegenstelling tot KMT2D haplo-insufficiëntie bij KS1, leiden deze MVs waarschijnlijk tot ziekte via een dominant-negatief mechanisme.


De NoSAS-score kan worden gebruikt voor screening van welke aandoeningen?

Answer: De NoSAS-score kan worden gebruikt voor screening van obstructief slaapapneusyndroom, slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen en obstructief slaapapneu-hypopneusyndroom.

De NoSAS-score: Een nieuw en eenvoudig screeningsinstrument voor obstructief slaapapneusyndroom bij depressieve stoornis.

Het doel van deze studie was om de effectiviteit van de NoSAS-score te beoordelen bij het voorspellen van de aanwezigheid van OSAS onder deelnemers met een huidige majeure depressieve episode (MDE) en deze te vergelijken met de prestaties van bestaande screeningsinstrumenten.

De NoSAS-score is een eenvoudig en efficiënt screeningsinstrument voor OSAS in deze populatie en kan een nuttig hulpmiddel zijn voor clinici.

Validatie van de NoSAS-score voor de screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen: een retrospectieve ziekenhuisstudie in China.

DOELSTELLINGEN VAN DE STUDIE: Deze studie werd uitgevoerd om de NoSAS-score te valideren in klinische populaties en om deze te vergelijken met de Berlin-, STOP- en STOP-Bang-vragenlijsten, evenals de Epworth Sleepiness Scale (ESS), bij de screening op slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen (SDB).

CONCLUSIES: De NoSAS-score is een eenvoudige, efficiënte en gemakkelijke methode voor screening op SDB in de klinische praktijk, vooral bij matige tot ernstige SDB.

[Vergelijking van de NoSAS-score met vier verschillende vragenlijsten als screeningsinstrumenten voor obstructief slaapapneu-hypopneusyndroom].

Doel: De klinische bruikbaarheid van de NoSAS-score evalueren bij de screening van patiënten met obstructief slaapapneu-hypopneusyndroom (OSAHS) en de prestaties van de NoSAS-score vergelijken met andere instrumenten, waaronder de Epworth Sleepiness Scale (ESS), STOP, STOP-Bang (SBQ) en Berlin-vragenlijsten.

De NoSAS-score en de SBQ-vragenlijst hebben een matige prestatie bij het diagnosticeren van OSAHS.

Prestaties van de NoSAS-score versus Berlin-vragenlijst voor screening op obstructieve slaapapneu bij patiënten met resistente hypertensie.

Concluderend hadden zowel de BQ als de NoSAS-score een lage nauwkeurigheid voor het detecteren van OSA bij resistente hypertensie.

Alle proefpersonen werden onderworpen aan klinische evaluatie, slaapvragenlijsten voor het detecteren van het risico op OSA (Berlin en NoSAS-score), metabolomische analyse door gaschromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie en lipidomische analyse met vloeistofchromatografie gevolgd door detectie met MALDI-MS.

Doel: Het effect van het arteriële bloed HCO3- niveau op de nauwkeurigheid van de NoSAS-vragenlijst bij screening op obstructief slaapapneu-hypopneusyndroom (OSAHS) evalueren.

Toepassingswaarde van de NoSAS-score voor screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen.

Vanwege de kosten en lage beschikbaarheid van deze procedures is de NoSAS-score ontwikkeld om personen met een hoog risico op SDB te identificeren.

Validatie van de NoSAS-score voor screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen in een multi-etnische Aziatische populatie.

DOEL: De NoSAS-score is ontwikkeld om personen met een hoog risico op slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen (SDB) te identificeren.

CONCLUSIES: De NoSAS-score presteerde vergelijkbaar met de STOP-Bang- en Berlin-vragenlijsten in een multi-etnische Aziatische cohort. Alle drie de vragenlijsten hadden hoge negatieve voorspellende waarden bij het uitsluiten van ernstige SDB en kunnen nuttig zijn als screeningsinstrumenten.

De NoSAS-score voor screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen: een afleidings- en validatiestudie.

INTERPRETATIE: De NoSAS-score is een eenvoudige, efficiënte en gemakkelijk te implementeren score die het mogelijk maakt personen met risico op slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen te identificeren.

Validatie van de NoSAS-score voor screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen; een slaapkliniek-gebaseerde studie in Turkije.

Validatie van de NoSAS-score voor de screening van slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen in een slaapkliniek.

DOELSTELLINGEN: De prestaties van de NoSAS-score als screeningsinstrument voor de diagnose van OSA in een slaapkliniek evalueren.

De klinische bruikbaarheid van de NoSAS-score voor screening van patiënten met SDB in China evalueren en de voorspellende waarde van de NoSAS-score vergelijken met de Epworth Sleepiness Scale (ESS), de STOP-Bang-vragenlijst en de Berlin-vragenlijst.

Waarde voor OSA. De verbeterde Mallampati-classificatie gecombineerd met de NoSAS-vragenlijst kan de screeningsgevoeligheid en specificiteit voor OSA duidelijk verbeteren en heeft een hogere ap

respectievelijk. De sensitiviteit en specificiteit van NoSAS gecombineerd met verbeterde Mallampati-classificatie voor screening op OSA waren 0,813 en 0,710, respectievelijk.

Met een drempelwaarde van 8 punten of meer identificeerde de NoSAS-score personen met risico op klinisch significante slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen, met een oppervlakte onder de curve (AUC) van 0,74.

Van de vragenlijsten presteerde de NoSAS-score het beste bij de screening op OSA (oppervlakte onder de curve [AUC] = 0,724, p = 0,003).

DOELSTELLINGEN VAN DE STUDIE: Deze studie werd uitgevoerd om de NoSAS-score te valideren in klinische populaties en om deze te vergelijken met de Berlin-, STOP- en STOP-Bang-vragenlijsten, evenals de Epworth Sleepiness Scale (ESS), bij de screening op slaapgerelateerde ademhalingsstoornissen.

DOELSTELLINGEN: De NoSAS-score is aangetoond als een betrouwbaar screeningsinstrument voor obstructieve slaapapneu (OSA) in het algemeen.

Validatie van de NoSAS (Neck, Obesity, Snoring, Age, Sex) score als screeningsinstrument voor obstructieve slaapapneu: analyse in een slaapkliniek.


Wat is de chromosomale afwijking geassocieerd met het Klinefelter-syndroom

Answer: Ongeveer 1 op de 650 jongens wordt geboren met een extra X-chromosoom (47,XXY of Klinefelter-syndroom). 47,XXY

Het Klinefelter-syndroom is een afwijking van de geslachtschromosomen die ongeveer 1 op de 1000 mannen treft.

Ongeveer 1 op de 650 jongens wordt geboren met een extra X-chromosoom (47,XXY of Klinefelter-syndroom). 47,XXY

Klinefelter-syndroom (KS) wordt gekenmerkt door een extra X-chromosoom bij mannen wat leidt tot een karyotype van 47,XXY.

Klinefelter-syndroom (KS), een 47,XXY chromosomale afwijking, is in verband gebracht met een aantal maligniteiten, maar tot nu toe niet met acute leukemieën. Wij p

De formele cytogenetische aanduiding voor het Klinefelter-syndroom is 47, XXY; het extra geslachtschromosoom is het gevolg van meiotische chromosomale nondisjunctie. In

Er wordt een geval van het Klinefelter-syndroom gerapporteerd met de ontwikkeling van een mediastinale teratocarcinoom, wat suggereert dat de associatie van een gonadotropine-afscheidend tumor met de XXY chromosomale afwijking meer dan toevallig kan zijn.

Klinefelter-syndroom (KS) is een chromosomale afwijking gekenmerkt door een 47, XXY karyotype geassocieerd met hypogonadisme en onvruchtbaarheid. W

De meest voorkomende cytogenetische defecten geassocieerd met niet-obstructieve azoöspermie zijn numerieke en structurele chromosoomafwijkingen, waaronder het Klinefelter-syndroom (47,XXY) en microdeleties van het Y-chromosoom.

Analyse toonde azoöspermie, en chromosomale analyse onthulde een 47,XY,i(X)(q10) karyotype, wat een zeldzame variant van het Klinefelter-syndroom is. Geen spermatozoön

Aan de andere kant is het Klinefelter-syndroom een goed erkende chromosomale afwijking veroorzaakt door een extra X-chromosoom bij mannen (47,XXY), en de kenmerkende klinische bevindingen omvatten een lang postuur, onrijpheid van de uitwendige geslachtsorganen, testiculaire disfunctie. Hier, wij

Bij 8 patiënten werden bij 39 (10,9%) chromosomale afwijkingen gevonden waarbij het Klinefelter-syndroom (47, XXY) de meest voorkomende chromosomale afwijking was. De incidentie

Het Klinefelter-syndroom kan geassocieerd zijn met verschillende geslachtschromosoomanomalieën waaronder XXY, XXYY, XXXY en XXXXY.

Het Klinefelter-syndroom, gekenmerkt door een 47,XXY chromosomaal patroon, is grotendeels geassocieerd met fysieke afwijkingen.

Klinefelter-syndroom geassocieerd met 13/14 translocatie afwijking 46,XXY,t(13q;14q).

Het Klinefelter-syndroom wordt veroorzaakt door de aanwezigheid van een of meer extra X-chromosomen bij een getroffen man.


Wat onderscheidt RIDL's van andere transposabele elementen?

Answer: Hier verbinden we deze twee concepten door te stellen dat exons van transposabele elementen fungeren als RNA-domeinen die essentieel zijn voor de functie van lncRNA. We noemen dergelijke elementen Repeat Insertion Domains of LncRNAs (RIDL's).

Hier verbinden we deze twee concepten door te stellen dat exons van transposabele elementen fungeren als RNA-domeinen die essentieel zijn voor de functie van lncRNA. We noemen dergelijke elementen Repeat Insertion Domains of LncRNAs (RIDL's).


Voor welke indicatie is FTY720 goedgekeurd door de FDA?

Answer: FTY720 is goedgekeurd (september 2010) door de Amerikaanse FDA als een nieuwe behandeling voor multiple sclerose (MS).

Fingolimod (FTY720): een recent goedgekeurd geneesmiddel voor multiple sclerose gebaseerd op een secundair metaboliet van een schimmel.

Fingolimod (Gilenya; FTY720), een synthetische verbinding gebaseerd op het secundaire metaboliet myriocin (ISP-I) van een schimmel, is een krachtige immunosuppressivum die in september 2010 door de Amerikaanse FDA is goedgekeurd als een nieuwe behandeling voor multiple sclerose (MS).


Is fingolimod een medicijn of een pro-medicijn?

Answer: FTY720 is een pro-medicijn.

FTY720 is een pro-medicijn voor FTY-fosfaat, een agonist bij vier van de vijf bekende receptoren voor sphingosine-1-fosfaat (S1P).


Welke aandoeningen worden veroorzaakt door mutaties in HFE?

Answer: Mutaties in het HFE-gen, dat codeert voor het syntaxine-bindende eiwit HFE1, zijn de oorzaak van erfelijke hemochromatose.

De mechanismen waarmee het erfelijke hemochromatose-eiwit, HFE, de transferrine-gemedieerde ijzeropname vermindert, werden onderzocht

Erfelijke hemochromatose: HFE-mutatieanalyse bij Grieken onthult genetische heterogeniteit

Erfelijke hemochromatose (HH) komt veel voor bij blanken; gerapporteerde ziektefrequenties variëren van 0,3 tot 0,8%. De identificatie van een kandidaat-HFE-gen in 1996 werd kort daarna gevolgd door de beschrijving van twee voorouderlijke mutaties

Het doel van de studie was het onderzoeken van de moleculaire basis van erfelijke hemochromatose (HH) in Zuid-Afrika om een betrouwbare, kosteneffectieve moleculaire diagnostische dienst voor deze potentieel dodelijke aandoening op te zetten. ONTWERP: DNA-monsters van patiënt- en controlegroepen werden gescreend op twee veelvoorkomende mutaties in het hemochromatose (HFE) gen.

Hoge prevalentie van de Cys282Tyr HFE-mutatie vergemakkelijkt een verbeterde diagnostische dienst voor erfelijke hemochromatose in Zuid-Afrika

mutaties van HFE, dat een kandidaat-gen is voor hemochromatose,

Onze gegevens bevestigen geen associatie van PCT met de Cys282Tyr HFE-mutatie, die sterk geassocieerd is met hemochromatose in Noord-Europese landen

Haplo-insufficiëntie van HFE kan een mogelijke verklaring zijn voor hemochromatose bij deze patiënt.

Geografische en raciale/etnische verschillen in HFE-mutatiefrequenties in de Hemochromatose en IJzer Overbelasting Screening

Status van HFE-mutatie bij thalassemiesyndromen in Noord-India

Erfelijke hemochromatose is een autosomaal recessieve en meest voorkomende erfelijke enkelvoudige genafwijking onder blanken, met een prevalentie van 5 per 1.000 en een dragerfrequentie van 1 op 10. Twee puntmutaties werden beschreven en aangeduid als C282Y en H63D

erfelijke hemochromatosepatiënten homozygoot voor de C282Y HFE-mutatie

Erfelijke hemochromatose (HH) is een veelvoorkomende autosomaal recessieve aandoening gekenmerkt door systemische ijzerstapeling met daaropvolgende weefselschade. De overgrote meerderheid van HH-patiënten is homozygoot voor de C282Y-mutatie in HFE

Deze resultaten suggereren dat lymfocyten van HH-patiënten mogelijk een verhoogd vermogen hebben om te reageren op DEB-geïnduceerde chromosoombreuken, en dat dit vermogen op de een of andere manier gerelateerd is aan de aanwezigheid van de C282Y HFE-mutatie.

In vergelijking met eerdere studies tonen wij aan dat HFE-mutatie het risico op AD kan verhogen bij transferrine-, APOE- en APP-normale patiënten.

Erfelijke hemochromatose wordt veroorzaakt door mutaties in het erfelijke hemochromatose-eiwit (HFE), transferrinereceptor 2 (TfR2), hemojuveline, hepcidine of ferroportine-genen.

Genotypering van hemochromatose-geassocieerde mutaties in het HFE-gen door PCR-RFLP en een nieuwe reverse hybridisatiemethode.

Erfelijke hemochromatose, een veelvoorkomende aandoening veroorzaakt door HFE-genmutaties, kan leiden tot overtollige ijzeropslag en ziekte, maar de klinische penetrantie van HFE-genmutaties is laag en veel mensen met verhoogde ijzeropslag missen HFE-mutaties.

De drie belangrijkste mutaties in het HFE-gen (C282Y, H63D, S65C) zijn de oorzaak van de ontwikkeling van 97% van de gevallen van erfelijke hemochromatose.

IJzerstapeling wordt geassocieerd met verworven en genetische aandoeningen, waarvan de meest voorkomende erfelijke hemochromatose (HH) type-I is, veroorzaakt door HFE-mutaties. He

Genetische ijzerstapeling, of hemochromatose, kan worden veroorzaakt door mutaties in HFE, hemojuveline en hepcidine-genen. He

Hemochromatose wordt veroorzaakt door mutaties in HFE, een eiwit dat concurreert met transferrine (TF) voor binding aan transferrinereceptor 1 (TFR1). W

Het mechanisme van overmatige ijzeropslag bij patiënten met erfelijke hemochromatose veroorzaakt door mutaties in het HFE-gen lijkt een falen te zijn om hepcidine op te voeren ondanks een verhoogd lichaamsijzer

met de veelvoorkomende ziekte erfelijke hemochromatose, die vaak wordt veroorzaakt door een HFE-mutatie, kan retinale ijzerstapeling voorkomen die predisponeert voor AMD. Voorlopige gegevens

oxylase. Nieuwe speculaties zijn verschenen over de mogelijke relatie van deze rol van ijzer en het voorkomen van mutatie van het recent ontdekte gen van erfelijke hemochromatose HFE, dat de ijzerstapeling kan veroorzaken van de

Erfelijke hemochromatose (HH) is een genetisch heterogene aandoening veroorzaakt door mutaties in ten minste vijf verschillende genen (HFE, HJV, TFR2, SLC40A1, HAMP) die betrokken zijn bij de productie of activiteit van het leverhormoon hepcidine, een sleutelregelaar van de systemische ijzerhomeostase. Nochtans

Recente studies hebben aangetoond dat erfelijke hemochromatose (HH) waarschijnlijk wordt veroorzaakt door homozygotie voor een Cys282Tyr-mutatie in het HFE-gen, gelegen 4,5 Mb telomerisch van HLA-A.

De ijzerstapeling was vergelijkbaar met die waargenomen bij HFE-hemochromatose, en de patiënt was dubbel heterozygoot voor twee nieuwe mutaties, c.-20G>A en c.718A>G (p.K240E), respectievelijk in de HFE- en ferroportine (FPN1 of SLC40A1) genen.

Er zijn 2 hoofd oorzaken van ijzerstapeling: erfelijke hemochromatose, die een primaire oorzaak is, is een metabole aandoening veroorzaakt door mutaties in genen die het ijzermetabolisme controleren, en secundaire hemochromatose veroorzaakt door multitransfusies, chronische hemolyse en inname van ijzerrijk voedsel.

Minder voorkomende niet-HFE-gerelateerde vormen van hemochromatose zijn gerapporteerd en worden veroorzaakt door mutaties in het transferrinereceptor 2-gen en in een gen gelokaliseerd op chromosoom 1q.

De meeste typen genetische hemochromatose zijn te wijten aan mutaties in het HFE-gen, hoewel vergelijkbare ijzerstapeling en orgaanschade ook kunnen voortkomen uit mutaties in andere genen dan HFE bij zeldzame typen hemochromatose.

Mutaties in HFE zijn de meest voorkomende oorzaak van erfelijke hemochromatose (HH).

Bovendien suggereren deze resultaten dat natuurlijke genetische variatie in de menselijke ortholoog TMPRSS6 de klinische penetrantie van HFE-geassocieerde erfelijke hemochromatose kan beïnvloeden, wat de mogelijkheid opent dat farmacologische remming van TMPRSS6 de ijzerstapeling bij deze aandoening zou kunnen verminderen.

Het erfelijke hemochromatose-eiwit HFE bevordert de expressie van hepcidine, een circulerend hormoon geproduceerd door de lever dat de opname van voedingsijzer en de afgifte van ijzer door macrofagen remt.

Mutaties in het Hfe-gen worden geassocieerd met de ijzerstapelingziekte, hemochromatose.

Het is bekend dat ongeveer 85% van de patiënten met erfelijke hemochromatose ofwel homozygoot zijn voor de C282Y-mutatie of compound-heterozygoot voor C282Y/H63D. Daarom neemt het moleculair genetisch onderzoek gericht op het opsporen van deze drie mutaties in het HFE-gen een belangrijke plaats in bij de diagnostiek van erfelijke hemochromatose.

[De vergelijking van drie moleculair genetische technieken voor het identificeren van belangrijke mutaties in het HFE-gen gerelateerd aan de ontwikkeling van erfelijke hemochromatose.]

Het meest voorkomende type erfelijke hemochromatose wordt veroorzaakt door een mutatie in het HFE-gen.

HFE speelt een rol in de regulatie van het ijzermetabolisme, de mutaties zijn de primaire oorzaak van erfelijke hemochromatose en lijken vaker voor te komen bij neurodegeneratieve aandoeningen zoals de ziekte van Alzheimer en amyotrofische laterale sclerose.

Genetische hemochromatose komt nu overeen met zes ziekten, namelijk klassieke hemochromatose HFE 1; juveniele hemochromatose HFE 2 door mutaties in een niet-geïdentificeerd gen op chromosoom 1; hemochromatose HFE 3 door mutaties in de transferrinereceptor 2 (TfR2); hemochromatose HFE 4 veroorzaakt door een mutatie in de H-subunit van ferritine; en hemochromatose HFE 6 waarvan het gen hepcidine (HAMP) is.

Mutaties in HFE die hemochromatose veroorzaken, worden geassocieerd met primaire hypertriglyceridemie.

factoren. Verhoogde ijzeropslag wordt geassocieerd met het metabool syndroom, diabetes en obesitas, en al deze zijn geassocieerd met HTG. DOEL: Het doel van de studie was te analyseren of HFE-mutaties die erfelijke hemochromatose (HH) veroorzaken, geassocieerd zijn met primaire HTG. ONTWERP: Genetische aanleg voor HH werd geanalyseerd in een case-control studie. LOCATIE: De studie werd uitgevoerd in de Lipidekliniek van het Universitair Ziekenhuis. DEELNEMERS: We bestudeerden twee groepen: 1) de HTG-groep, bestaande uit 208 patiënten; en 2) de controlegroep, bestaande uit 215 normolipemische personen en 161 patiënten met familiaire hypercholesterolemie. INTERVENTIE: Twee HFE-mutaties (C282Y en H63D) werden geanalyseerd. BELANGRIJKSTE UITKOMSTMETER: We maten het verschil in genetische aanleg voor HH tussen de groepen. RESULTATEN: De genetische aanleg voor HH was 5,9 en 4,4 keer hoger|


Wat is de reden voor de overvloed aan operons in het genoom van C. elegans?

Answer: Onze gegevens tonen aan dat transcriptie op sommige manieren verloopt alsof operons bestaan uit meerdere aangrenzende enkele genen. Een recente hypothese stelt dat operons een evolutionair voordeel bieden via het behoud van machinerie tijdens het herstel van groeistilstand.

Onze gegevens tonen aan dat transcriptie op sommige manieren verloopt alsof operons bestaan uit meerdere aangrenzende enkele genen.

Eerder onderzoek heeft voorgesteld dat kiembaanexpressie de organisatie van operons in Caenorhabditis elegans aanstuurt, en een recente hypothese stelt dat operons een evolutionair voordeel bieden via het behoud van transcriptiemachinerie tijdens het herstel van groeistilstand.

Onze gegevens suggereren dat operons en "spliced leader" (SL) trans-splicing ouder zijn dan de radiatie van het nematodenfilum, een conclusie die wordt ondersteund door het fylogenetische profiel van eiwitten waarvan bekend is dat ze betrokken zijn bij nematode SL trans-splicing.

Deze resultaten ondersteunen het model dat een noodzaak voor verhoogde transcriptie-efficiëntie in de context van bepaalde ontwikkelingsprocessen een selectieve beperking kan zijn voor de evolutie van operons in metazoën.

Echter, analyse van genexpressieprofielen identificeerde geconserveerde functies zoals een verrijking van kiembaan-geëxpresseerde genen en hogere expressieniveaus van operonische genen tijdens herstel van dauer-arrest in beide soorten.

De operons bevatten voornamelijk genen die nodig zijn voor snelle groei, inclusief genen waarvan de producten nodig zijn voor mitochondriale functie en de basale machinerie van genexpressie. Recente aanwijzingen suggereren dat RNA-polymerase gepositioneerd is bij de promotoren van groeigenen, en operons maken efficiënter herstel mogelijk van groeistilstand, wat resulteert in een vermindering van de behoefte aan deze voorraad inactief RNA-polymerase.

Caenorhabditis elegans operons bevatten een hoger aandeel genen met meerdere transcripties en gebruiken 3' splice sites differentieel.

C. elegans operons bevatten een veel hoger aandeel genen met meerdere transcriptisoformen dan niet-operonische genen.

Onze analyses suggereren dat C. elegans operons de expressiecomplexiteit vergroten door het aandeel genen dat meerdere transcriptisoformen tot expressie brengt te verhogen en de splice-efficiëntie te behouden door differentieel gebruik van gemeenschappelijke 3' splice sites.

Gebaseerd op een wiskundig model van operonwinsten en -verliezen en aanvullende aannames, voorspelden we dat het aantal operons in C. elegans in toekomstige evolutie met 6%-18% zal blijven stijgen voordat een evenwicht wordt bereikt tussen operonwinsten en -verliezen.

Ons werk suggereert dat hybride operons algemeen voorkomen in het C. elegans-genoom en dat interne promotoren niet alleen genorganisatie en expressie beïnvloeden, maar ook de evolutie van operons.

Omdat operons ongeveer 15% van de genen in C. elegans uitmaken, kan deze lagere duplicatiefrequentie een grote beperking vormen voor de plasticiteit van het genoom. Verdere analyses suggereren dat deze schaarste aan gedupliceerde genen het gevolg is van operonorganisatie die specifieke typen genduplicatie belemmert.

De operons bevatten voornamelijk genen waarvan de producten nodig zijn voor mitochondriale functie en de basale machinerie van genexpressie: transcriptie, splicing en translatie. Veel operons bevatten genen waarvan de producten bekend staan om samen te functioneren. Dit zorgt vermoedelijk voor co-regulatie van deze eiwitten door het produceren van een enkel RNA dat beide codeert.

genen met experimenteel bepaalde expressiesnelheden in de exponentiële groeifase, vertonen degenen met de hoogste molaire abundantie een grotere afwijking van de gemiddelde gen-codonfrequenties en zijn ze meer vergelijkbaar in codonfrequenties met het gemiddelde ribosomale proteïnegen. Onafhankelijk van g


Welke chromosoom bevat de TLR7-locus in het menselijk genoom?

Answer: De TLR7-locus fungeert in vivo als een tumorsuppressorgen en bevindt zich op het X-chromosoom.

TLR7 wordt gecodeerd door een gen op het X-chromosoom, aangeduid als TLR7 bij mensen en Tlr7 bij muizen, en wordt tot expressie gebracht in plasmacytoïde dendritische cellen (pDC).

In deze review bespreken we de rol van het op het X-chromosoom gecodeerde toll-like receptor 7 (TLR7) en interferon gamma (IFNγ) bij de ontwikkeling van auto-immuniteit.

De complement van het X-chromosoom en de oestrogeenreceptor-signaleringsroutes dragen onafhankelijk bij aan de verhoogde TLR7-gemedieerde IFN-α-productie van plasmacytoïde dendritische cellen van vrouwen.

Gezamenlijk wijzen deze resultaten erop dat vrouwelijke geslachtshormonen, oestrogenen, en de complement van het X-chromosoom onafhankelijk bijdragen aan de versterkte TLR7-gemedieerde IFN-α-respons van pDC's bij vrouwen.

Het Toll-like receptor 7 (TLR7) gen, gecodeerd op het menselijke chromosoom Xp22.3, is cruciaal voor de productie van type I interferon.

Hoewel het getransloceerde segment van het X-chromosoom in Yaa mogelijk tot 16 genen bevat, is het belangrijkste kandidaatgen voor het veroorzaken van de Yaa-geassocieerde auto-immuunfenotypen TLR7.

Transcriptieprofilering van B-cellen met Yaa toonde overexpressie aan van een cluster van X-gebonden genen waaronder Tlr7.

Door genoomscanning is eerder bewijs gevonden voor koppeling tussen chromosoom Xp22 en astma en gerelateerde atopische aandoeningen. Xp22 bevat de TLR7- en TLR8-genen.

Aangezien het TLR7-gen gelokaliseerd is op het X-chromosoom, werd de allelfrequentie van de Gln11Leu-polymorfisme afzonderlijk geanalyseerd bij mannen en vrouwen.

Analyse van C57BL/6-muizen congenisch voor de Nba2 (NZB auto-immuniteit 2) locus (B6.Nba2) met de Yaa-mutatie toonde aan dat introductie van de Tlr7 null-mutatie op het X-chromosoom de serumspiegels van IgG-autoantilichamen tegen DNA en ribonucleoproteïnen significant verminderde, evenals de incidentie van lupus nefritis.

TLR7 wordt gecodeerd door een locus op het X-chromosoom, en we onderzochten hier of het TLR7-gen ontsnapt aan stillegging door X-chromosoominactivatie in immuuncellen van vrouwen en mannen met het Klinefelter-syndroom.

Single-cell analyses van TLR7 allelische expressie toonden aan dat aanzienlijke fracties van primaire B-lymfocyten, monocyten en plasmacytoïde dendritische cellen niet alleen bij vrouwen maar ook bij mannen met het Klinefelter-syndroom TLR7 op beide X-chromosomen tot expressie brengen.

Het ontsnappen van TLR7 aan X-inactivatie geeft de B-celcompartiment een verhoogde responsiviteit op TLR7-liganden.

Recentelijk werd de Yaa-mutatie geïdentificeerd als een translocatie van het telomerische uiteinde van het X-chromosoom (bevat het gen dat TLR7 codeert) naar het Y-chromosoom.

TLR7 wordt gecodeerd door een gen op het X-chromosoom, aangeduid als TLR7 bij mensen en Tlr7 bij muizen, en tot expressie gebracht in plasmacytoïde dendritische cellen (pDC), monocyten/macrofagen en B-cellen.

Hier rapporteren we dat B-cellen die de Y-gekoppelde auto-immuunversneller (Yaa) locus bevatten intrinsiek een voorkeur hebben voor nucleolaire antigenen vanwege verhoogde expressie van TLR7, een enkelstrengs RNA-bindend innate immuunreceptor.

Het TLR7-gen is gedupliceerd in Yaa-muizen door een 4-megabase uitbreiding van het pseudoautosomale gebied.


Wat wordt gemarkeerd door DNaseI-hypersensitieve sites?

Answer: Hypersensitieve sites zijn chromosomale regio's tot 2 kb verwijderd van bekende genomische regulerende regio's en 5 kb van bekende regulerende regio's.

In de huidige studie is de binding van HMG-eiwitten (HMG1/2 en HMG14/17) aan de kern-DNA-sequentie van DNaseI-hypersensitieve site 2 (HS2-kern DNA-sequentie, -10681-10970 bp) in de locus control regio (LCR) van de menselijke beta-achtige globine gencluster onderzocht met behulp van zowel in vitro nucleosoomreconstitutie als gelmobiliteitverschuivingsassays.

De LCR bestaat uit een reeks van 5 DNaseI-hypersensitieve sites (5'HSs) die zich vormen in de kern van erytroïde voorlopercellen. Deze HSs zijn geconserveerd onder zoogdieren, binden transcriptiefactoren die ook aan andere delen van de locus binden, en vormen de functionele componenten van de LCR.

Zowel DNA-hypomethylatie als de aanwezigheid van DNaseI-hypersensitieve sites correleren met transcriptieactiviteit van P1.1

Het in kaart brengen van locaties binnen het genoom die hypersensitief zijn voor digestie met DNaseI is een belangrijke methode om DNA-elementen te identificeren die transcriptie reguleren.

Van twee promotorachtige duplicaties in elke spacer is alleen de meest upstream kopie geassocieerd met hypersensitiviteit voor DNaseI.

De expressie van deze genen, zowel van de endogene locus als van transgenen, wordt sterk beïnvloed door een gekoppeld 15-kb gebied van geclusterde DNaseI-hypersensitieve sites (HSs) die bekend staan als de locus control regio (LCR).

Lokale verandering in chromatinestructuur in vivo, detecteerbaar door hypersensitiviteit voor DNaseI en andere nucleasen, is de sine qua non van een diverse reeks transcriptie-regulerende elementen, waaronder enhancers, promotors, insulators en locus control regio's.

De identificatie van cis-regulerende elementen is essentieel voor het begrijpen van genexpressie. Hypersensitiviteit van cis-regulerende elementen voor digestie met DNaseI blijft de gouden standaard methode om dergelijke elementen te lokaliseren.

Hier karakteriseren we de evolutionaire en functionele kenmerken van TE-afgeleide menselijke genoomregulerende sequenties die zijn ontdekt door de hoogdoorvoermapping van DNaseI-hypersensitieve (HS) sites.

regio's van open chromatine [DNaseI-hypersensitiviteit (DHS)]

Identificatie van genregulerende elementen door genomische microarray-mapping van DNaseI-hypersensitieve sites.

ACHTERGROND: Het in kaart brengen van DNaseI-hypersensitieve sites wordt vaak gebruikt om regulerende regio's in het genoom te identificeren.

Regio's van extreme chromatine-toegankelijkheid voor DNaseI, algemeen bekend als DNaseI-hypersensitieve sites, zijn herhaaldelijk aangetoond als markers voor alle typen actieve cis-werkende regulerende elementen, inclusief promotors, enhancers, silencers, insulators en locus control regio's. Echter

Met een hoogdoorvoermethode ontdekten we DNaseI-hypersensitieve sites en potentiële regulerende elementen langs een 160-kb regio van het genoom die GDF3, Dppa3 en Nanog omvat.

Om mogelijke veranderingen in de transcriptieregulatie van c-myc in muizen B-celtumoren te beoordelen, hebben we het patroon van DNaseI-hypersensitieve sites in de vermoedelijke regulerende regio van het gen en binnen het gen onderzocht in verschillende genomische contexten.

Een aantal DNaseI-hypersensitieve (DH) sites zijn in kaart gebracht binnen een regulerende regio gelegen stroomopwaarts van de menselijke apolipoproteïne B (apoB) promotor (-5262 tot -899) die vereist is voor hoge expressie van menselijke apoB-transgenen in de lever van muizen.

Met ADHM identificeerden we alle eerder erkende hematopoëtische regulerende elementen over 200 kb van de muizen T-cel acute

lymfatische leukemie-1 (Tal1) locus, en daarnaast identificeerden we twee nieuwe elementen binnen de locus die transcriptie-regulerende activiteit vertonen.

Focale verandering in chromatinestructuur in vivo, detecteerbaar door hypersensitiviteit voor DNaseI en andere nucleasen, is de sine qua non van een diverse reeks transcriptie-regulerende elementen, waaronder enhancers, promotors, insulators en locus control regio's.

Om de genetische bron van regulerende verschillen te identificeren, hebben we DNaseI-hypersensitieve (DHS) sites in kaart gebracht, die alle typen actieve genregulerende elementen markeren, genoomwijd in hetzelfde celtype geïsoleerd van mens, chimpansee en makaak.


Mediëren polycomb-groeiproteïnen (PcG) de vorming van chromatine-lussen?

Answer: Ja. De polycomb-groeiproteïnen (PcG) mediëren de vorming van chromatine-lussen door de co-locatie van heterochromatine-lussen te faciliteren.

Een chromatine-isolator die driedimensionale Polycomb-respons-element (PRE) contacten en Polycomb-associatie met de chromatinedraad aandrijft

De Drosophila gypsy-isolator gedraagt zich als een conformationele chromatinegrens die in staat is contacten tussen een Polycomb-respons-element (PRE) en een distale promotor te verbieden

Polycomb-werking op afstand kan worden georganiseerd door lokale chromatinetopologie

Polycomb-repressief complex 2 wordt gerekruteerd via de interactie met CTCF

CTCF regelt genexpressie door het orkestreren van chromatine-lusstructuren en door te dienen als een DNA-bindend eiwitskelet om polycomb-repressieve complexen te rekruteren en te binden

De chromatine-lussen lossen volledig op, vergezeld van verlies van PcG-eiwitten en H3K27me3-markeringen, wanneer Tera-2 cellen differentiëringssignalen ontvangen die een ongeveer 60-voudige toename in GATA-4 expressie induceren.

Polycomb-gemedieerde chromatine-lussen onthuld door een subkilobase-resolutie chromatine-interactiekaart.

Ankers of "anchors" zijn geassocieerd met het CTCF-eiwit bij zoogdieren, lusankers in Drosophila werden het vaakst gevonden in associatie met het polycomb-groeiproteïne (PcG) Polycomb (Pc), een subeenheid van polycomb-repressief complex 1 (PRC1). Lussen werden vaak gelokaliseerd binnen domeinen van PcG

We bieden ook nieuw inzicht dat PcG-bezette en H3K27me3-rijke regio's chromatine-lussen kunnen vormen en fysiek in cis kunnen interageren rond een enkel gen in zoogdiercellen.

Repressieve lussen binnen polycomb-domeinen worden gevormd na de midblastula-transitie tussen polycomb-respons-elementen door de werking van GAGA-factor en polycomb-eiwitten.

PcG-eiwitten, DNA-methylering en genrepressie door chromatine-lussen.

Lussen werden vaak gelokaliseerd binnen domeinen van PcG-geremd chromatine.

Variatie in proliferatiecontrole. Onze resultaten onthulden een chromatine-lusmechanisme van langafstandscontrole en spreken modellen tegen die homogene verspreiding van PcG-silencers omvatten.


Welk type analyse voert DeSeq2 uit?

Answer: DeSeq2 is een software voor differentiële genexpressie-analyse van RNA-sequencinggegevens.

Gemodereerde schatting van fold change en dispersie voor RNA-seq-gegevens met DESeq2.

Het is gebaseerd op DESeq2 en edgeR en bestaat uit een R-pakket en twee R-scripttemplates (voor respectievelijk DESeq2 en edgeR).

SARTools: een op DESeq2 en EdgeR gebaseerde R-pijplijn voor uitgebreide differentiële analyse van RNA-Seq-gegevens.

Zowel TMM als DESeq2 worden veel gebruikt voor differentiële genexpressie-analyse.

Een Venn-diagram is een nuttige methode om de differentieel tot expressie gebrachte genen te vergelijken over verschillende vergelijkingen en stappen om het Venn-diagram uit DESeq2-resultaten te genereren worden verstrekt.

Wanneer triplicaten of meer beschikbaar zijn, is GFOLD een scherp hulpmiddel voor het identificeren van differentieel tot expressie gebrachte genen met hoge betrouwbaarheid voor gerichte qPCR-validatie; voor downstream systeemniveau-analyse zijn gecombineerde resultaten van DESeq2 en edgeR nuttig.

Bij een replicaatgrootte van zes vonden we DESeq2 en edgeR redelijke methoden om differentieel tot expressie gebrachte genen aan te wijzen bij systeemniveau-analyse, aangezien hun PPV en gevoeligheidstrade-off superieur waren aan de andere methoden.

Het hele proces bestaat uit drie hoofd stappen (1) Data-analyse: die een voorlopige analyse voor kwaliteitscontrole mogelijk maakt op basis van de gegevensverdeling per monster, met gebruik van verschillende soorten grafieken; (2) Differentiele expressie: voert de differentiële expressie-analyse uit met of zonder bewustzijn van batch-effectfouten, met gebruik van de Bioconductor-pakketten NOISeq, limma-Voom, DESeq2 en edgeR, en genereert rapporten voor elke methode; (3) Resultaatintegratie: de verkregen resultaten, de geïntegreerde resultaten worden gerapporteerd met verschillende grafische outputs zoals correlogrammen, heatmaps, Venn-diagrammen en tekstlijsten.

Methode, we identificeerden 138 differentieel tot expressie gebrachte genen (DEGs) tussen Bf en Sol. Met gebruik van DEGseq-methode

Nieuwe gegevens werden geanalyseerd voor differentiële genexpressie met een negatief binomiaal gegeneraliseerd lineair model in het DeSeq2-softwarepakket. We gebruikten

DeSeq2-tool werd gebruikt om differentieel tot expressie gebrachte miRNA's te verkrijgen. We

Het produceren van een coherente differentiële genexpressie-analyse van RNA-seq telgegevens vereist begrip van hoe talrijke bronnen van variatie zoals de replicaatgrootte, de veronderstelde biologische effectgrootte, en de specifieke methode voor het maken van differentiële expressie-aanroepen met elkaar interageren.

We presenteren DESeq2, een methode voor differentiële analyse van telgegevens, met gebruik van shrinkage-schatting voor dispersies en fold changes om de stabiliteit en interpreteerbaarheid van schattingen te verbeteren.

Differentiële analyse tussen twee TMB-groepen werd uitgevoerd met het "DESeq2" R-pakket om differentieel tot expressie gebrachte genen (DEGs) te identificeren.

Hoge kwaliteit reads worden gemapt met Bowtie2 en differentieel tot expressie gebrachte genen tussen verschillende groepen werden geschat met het DESeq2 R-Bioconductor pakket.

Het gegeneraliseerde lineaire model van DESeq2 werd toegepast met twee hypothesetoetsingsbenaderingen om differentieel tot expressie gebrachte (DE) genen te identificeren, zowel tussen paren van leeftijdsgroepen als over muizen van alle leeftijden.

edgeR robust. Deze methoden proberen het inherent rumoerige gedrag van laag-getelde transcripties te overwinnen door respectievelijk shrinkage of differentiële weging van observaties. RESULTATEN: Beide DE-methoden leken de familiegewijze type 1-fout op laag-getelde transcripties goed te beheersen, terwijl edgeR robust een grotere power toonde en DESeq2 een grotere precisie.

Gene Ontology (GO) verrijkingsanalyse toonde geen scheefheid in significante GO-termen geïdentificeerd onder differentieel tot expressie gebrachte genen door edgeR versus DESeq2.

Analyse van covariantie, t-toetsen, lineaire regressie, differentiële abundanties (DESeq2), en principal coordinates analyse (PCoA)) en normalisatietools (rarefactie, DESeq2, en proportie) voor de vergelijkende analyse van taxonomische abundanties, soortenrijkdom en soorten diversiteit voor projecten van verschillende typen (bijv.|


Wat is de functie van een proteïne degron?

Answer: Proteïne degrons maken deel uit van de DNA-schade respons die wordt geactiveerd door disfunctionele transcriptiefactoren. Eiwitten die bestemd zijn voor proteasoom-gemedieerde afbraak worden meestal gemarkeerd met een keten van ubiquitine die via lysineresten is verbonden en hen richt op het proteolytische apparaat. Verstoring van een degron door een RNA-bindend eiwit veroorzaakt dat het geubiquitineerd wordt, dimeriseert en naar de kern transloceert.

De N-degron eiwitafbraakstrategie voor het onderzoeken van de functie van essentiële genen

We ontwikkelden een sluimerende N-degron die kan worden bevestigd aan de N-terminus van een eiwit van belang. Bij expressie van een sitespecifieke protease wordt de sluimerende N-degron gedeblokkeerd. De N-degron richt zichzelf en het eraan gehechte eiwit vervolgens op voor snelle proteasomale afbraak via het N-end regelpad.

We beschrijven small molecule-assisted shutoff (SMASh), een techniek waarbij eiwitten worden gefuseerd met een degron die zichzelf verwijdert in afwezigheid van het medicijn, wat resulteert in de productie van een niet-getagd eiwit.

De auxine-induceerbare degron heeft groot potentieel voor dynamische eiwitdepletie in gist

We fuseerden twee degroncomponenten tot één molecuul om een fusie-eiwit te creëren bestaande uit ubiquitine en een ongestructureerd gebied afgeleid van Rpn4.

Functionerend als een proteïne degron, verkortte de cellulaire IAP-leider de levensduur van een langlevende virale IAP (Op-IAP3) aanzienlijk wanneer gefuseerd aan de N-terminus ervan. De SfIAP degron bevat mitogeen-geactiveerde kinase (MAPK)-achtige regulerende sites, verantwoordelijk voor MAPK-remmer-gevoelige fosforylering van SfIAP. Hyperfosforylering correleerde met een verhoogde SfIAP-turnover onafhankelijk van de E3 ubiquitine-ligase activiteit van de SfIAP RING, die ook de stabiliteit van IAP reguleerde.

We gaven dergelijke multidimensionale controles aan diverse Cas9-systemen door gebruik te maken van door kleine moleculen gereguleerde proteïne degron domeinen.

De door degron gemedieerde eiwitafbraak vertegenwoordigt een snel af te stemmen methode om eiwithoeveelheid te controleren, wat brede toepassingen heeft in therapieën en controle en monitoring van cellulaire functies.

Het N-end regelpad is een ubiquitine-afhankelijk proteolytisch systeem, waarbij destabiliserende N-terminale residuen van kortlevende eiwitten functioneren als een essentiële determinant van een N-terminale afbraaksignaal (N-degron).

Degrons zijn de elementen die door E3 ubiquitine ligasen worden gebruikt om eiwitten te richten op afbraak.

Een 'gedistribueerde degron' maakt gereguleerde toegang tot het ER-afbraakpad mogelijk.


Welke computationele methoden worden gebruikt voor de definitie van syntenie?

Answer: De computationele methoden die worden gebruikt voor de definitie van syntenie zijn: 1) multisyn, 2) poff, 3) orthocluster, 4) phyldiag, 5) synblast, 6) cinteny, 7) domain team, 8) mcscanx en 9) run Orthoclusterdb en 10) view synteny.

Domain team: syntenie van domeinen is een nieuwe benadering in vergelijkende genomica.

De geautomatiseerde en snelle detectie van domain teams is geïmplementeerd in de DomainTeam-software. In dit hoofdstuk beschrijven we de procedure om DomainTeam uit te voeren.

Cinteny maakt het mogelijk om automatisch meerdere genomen te vergelijken en gevoeligheidsanalyses uit te voeren voor de detectie van syntenieblokken en voor de daaropvolgende berekening van omkeerdistances.

Hier presenteren we de SynBlast-pijplijn die is ontworpen om lokale syntenie-informatie op te bouwen en te evalueren.

OrthoClusterDB is een nieuw online platform voor de identificatie en visualisatie van syntenieblokken. OrthoClusterDB bestaat uit twee belangrijke webpagina's: Run OrthoCluster en View Synteny.

Voor zowel Run OrthoCluster als View Synteny kunnen geïdentificeerde syntenieblokken worden bekeken op het niveau van het hele genoom, chromosoom en individuele genen. OrthoClusterDB is vrij toegankelijk.

OrthoCluster voor de detectie van syntenieblokken tussen meerdere genomen.

OrthoClusterDB biedt een webinterface voor het uitvoeren van OrthoCluster met door de gebruiker gedefinieerde datasets en parameters, evenals voor het bladeren en downloaden van vooraf berekende syntenieblokken voor verschillende groepen genomen.

MCScanX: een toolkit voor detectie en evolutionaire analyse van gen-syntenie en collineariteit.

MCScan is een algoritme dat meerdere genomen of subgenomen kan scannen om veronderstelde homologue chromosomale regio's te identificeren en deze regio's uit te lijnen met genen als ankers. De MCScanX-toolkit implementeert een aangepaste MCScan-algoritme voor detectie van syntenie en collineariteit die de originele software uitbreidt door 14 hulpprogramma's toe te voegen voor visualisatie van resultaten en aanvullende downstream-analyses.

Hier presenteren we PoFF, een uitbreiding voor de standalone tool Proteinortho, die orthologiedetectie verbetert door clustering, sequentiegelijkheid en syntenie te combineren.

MultiSyn: een webtool voor meervoudige synteniedetectie en visualisatie van de sequentie van interesse van de gebruiker vergeleken met openbare plantensoorten.

Hier introduceren we een webapplicatie die meervoudige syntenie bepaalt en visualiseert vanuit twee typen bestanden, vereenvoudigde browser-extensible data en eiwitsequentiebestand door het MCScanX-algoritme, dat in veel synteniestudies is gebruikt.

Al deze verfijningen zijn geïmplementeerd in een nieuwe versie van PhylDiag die is getest tegen i-ADHoRe 3.0 en Cyntenator, gebaseerd op een realistische gesimuleerde evolutie en echte gesimuleerde geconserveerde segmenten.


Kan ATAC-Seq worden gebruikt in single-cell modus?

Answer: Single-cell ATAC-seq detecteert open chromatine in individuele cellen.

Single-cell ATAC-seq: kracht in aantallen.

Single-cell RNA-seq en ATAC-seq analyse van overgangsstadia en lijnvestiging van cardiale voorlopercellen.

Hier karakteriseren we uitgebreid muis cardiale voorlopercellen (CPC's) gemarkeerd door Nkx2-5 en Isl1 expressie van E7.5 tot E9.5 met behulp van single-cell RNA sequencing en transposase-toegankelijke chromatine profilering (ATAC-seq).

Classificatie van cellen met Scasat, een analyse tool voor single-cell ATAC-seq.

Wanneer uitgevoerd op single-cell resolutie, biedt ATAC-seq inzicht in de cel-tot-cel variabiliteit die ontstaat uit anders identieke DNA-sequenties door de variabiliteit in de genomische locatie van open chromatine sites in elke cel te identificeren.

Single-cell ATAC-Seq in menselijke pancreatische eilandjes en deep learning opschaling van zeldzame cellen onthult celspecifieke type 2 diabetes regulerende signaturen.

METHODEN: We presenteren genoomwijde single-cell chromatine toegankelijkheidsprofielen in >1.600 cellen afkomstig van een menselijk pancreatisch eilandje met behulp van single-cell combinatorische indexering ATAC-seq (sci-ATAC-seq). W

Contiguity-Preserving Transposition Sequencing (CPT-Seq) voor genoomwijde haplotyping, assemblage en single-cell ATAC-Seq.

SCALE methode voor single-cell ATAC-seq analyse via latente feature extractie.

Single-cell ATAC-seq (scATAC-seq) profileert het chromatine toegankelijkheidslandschap op single cell niveau, waardoor cel-tot-cel variabiliteit in genregulatie wordt onthuld.

De recent ontwikkelde low-input en single-cell reguloom mapping technologieën zoals ATAC-seq en single-cell ATAC-seq (scATAC-seq) maken analyses van kleine cel aantallen en single-cell monsters mogelijk, maar hun signalen blijven zeer discreet of ruisachtig.

Dit artikel presenteert Scasat (single-cell ATAC-seq analyse tool), een complete pipeline om scATAC-seq data te verwerken met eenvoudige stappen.

Single-cell ATAC-seq (scATAC-seq) technologie is ook ontwikkeld om celspecifieke chromatine toegankelijkheid te bestuderen in weefselmonsters met een heterogene cellulaire populatie.

Hier combineerden we sequencing van de TCR-coderende genen met assay voor transposase-toegankelijke chromatine met sequencing (ATAC-seq) analyse op single-cell niveau om informatie te verschaffen over de TCR-specificiteit en epigenomische staat van individuele T-cellen.

Belangrijke vooruitgangen van dit werk omvatten de optimalisatie van een single-cell combinatorische indexeringsassay voor transposase toegankelijke chromatine (sci-ATAC-seq); een softwarepakket,

Het toegankelijke chromatine landschap van de muizen hippocampus op single-cell resolutie.

Hier presenteren we een uitgebreide kaart van het toegankelijke chromatine landschap van de muizen hippocampus op single-cell resolutie.

We verwachten dat deze review een richtlijn zal bieden voor succesvolle data generatie en analysemethoden met geschikte softwaretools en databases voor de studie van chromatine toegankelijkheid op single-cell resolutie.

Single-cell sequencing assay voor transposase-toegankelijke chromatine (scATAC-seq) is de meest geavanceerde technologie voor het analyseren van genoomwijde regulerende landschappen in individuele cellen.

Single-cell ATAC-seq data zijn schaars en ruisachtig, en het analyseren van dergelijke data is uitdagend.

Hier introduceren we een methode voor het analyseren van scATAC-seq data, genaamd Single-Cell ATAC-seq analyse via Latente feature Extractie (SCALE).

Single-cell ATAC-seq signaal extractie en versterking met SCATE.

Single-cell ATAC-seq detecteert open chromatine in individuele cellen.

Momenteel zijn data schaars, maar het combineren van informatie van veel single cells kan bepalende factoren van cel-tot-cel chromatine variatie identificeren.

Voorspellingen gebaseerd op single-cell RNA-seq (scRNA-seq) kunnen bulk chromatine toegankelijkheid nauwkeuriger reconstrueren dan met scATAC-seq.

Globale voorspelling van chromatine toegankelijkheid met kleine cel aantallen en single-cell RNA-seq.

Single-cell ATAC-seq (scATAC-seq) kaarten van honderden individuele cellen in aggregaat lijken sterk op toegankelijkheidsprofielen van tientallen miljoenen cellen en bieden inzicht in cel-tot-cel variatie.

Echter, zeer weinig studies zijn uitgevoerd op single-cell niveau (scATAC-seq) vanwege technische uitdagingen.

Hier presenteren we Perturb-ATAC, een methode die multiplexed CRISPR interferentie of knockout combineert met genoomwijde chromatine toegankelijkheidsprofilering in individuele cellen gebaseerd op gelijktijdige detectie van CRISPR gids-RNA's en open chromatine sites via assay van transposase-toegankelijke chromatine met sequencing (ATAC-seq).

Daarnaast kan dezelfde workflow worden gebruikt om de novo assemblage te ondersteunen (Adey et al., Genome Res 24(12):2041-2049, 2014), structurele varianten te detecteren, en single cell ATAC-seq analyse uit te voeren (Cusanovich et al., Science 348(6237):910-914, 2015).

ChromA kan single cell ATAC-seq data analyseren en corrigeert vele biases veroorzaakt door de schaarse bemonstering die inherent is aan single cell technologieën.

circuits. Bestaande chromatine profilering methoden zoals ATAC-seq en DNase-seq, toegepast op eilandjes in bulk, produceren geaggregeerde profielen die belangrijke cellulaire en regulerende heterogeniteit maskeren. METHODEN: We presenteren genoomwijde single-cell chromatine toegankelijkheidsprofielen in >1.600 cellen afkomstig van een menselijk pancreatisch eilandje met behulp van single-cell combinatorische indexering ATAC

ATAC-seq is een toonaangevende technologie geworden voor het onderzoeken van het chromatine landschap van enkele en geaggregeerde cellen.


Hoe kunnen B-cellen transdifferentiëren in macrofagen?

Answer: Ontstekingsmacrofagen kunnen transdifferentiëren in myofibroblasten tijdens nierfibrose. Vascular endothelial growth factor-gemodificeerde macrofaag transdifferentiëert in endotheelachtige cellen en vermindert de vorming van schuimcellen. Menselijke kankercellen kunnen door C/EBPα worden geïnduceerd om met hoge frequenties te transdifferentiëren in schijnbaar normale cellen.

De afwezigheid van PAX-5 zou B-cellen kunnen hebben aangezet om te differentiëren in macrofagen en dendritische cellen.

Door B-cellen te vergelijken met macrofaagachtige cellen die getransdifferentiëerd zijn door ectopische expressie van C/EBPβ, detecteerde iChIP-SILAC een B-celspecifieke interactie van een nucleair eiwit, Thy28/Thyn1, met de Pax5 1A-promotor.

C/EBP-geïnduceerde transdifferentiatie onthult granulocyt-macrofagen voorlopercelachtige plasticiteit van B-cellen

Conversie van B-cellen naar macrofagen werd gemakkelijk geïnduceerd door de ectopische expressie van elk C/EBP, en versterkt door endogene activatie van C/EBPα en β.

C/EBPβ-expressieve B-cellen produceerden granulocyt-macrofagen voorlopercel (GMP)-achtige voorlopercellen wanneer ze onder selectieve druk werden gezet om lymfoïde cellen te elimineren.

Door het onderzoeken van herprogrammeringsmechanismen onthulden we recent dat overexpressie van constitutief actieve Smad3 niet alleen de generatie van iPSC bevorderde, maar ook drie andere door master transcriptiefactoren gemedieerde conversies: van B-cellen naar macrofagen, myoblasten naar adipocyten, en menselijke fibroblasten naar neuronen.

Met focus op B-cel- en macrofaagontwikkeling definieerden we een kwalitatief dynamisch model dat de cytokine-geïnduceerde differentiatie van gemeenschappelijke voorlopercellen, het effect van verschillende gerapporteerde gen knockdowns, en de herprogrammering van pre-B-cellen in macrofagen geïnduceerd door ectopische expressie van specifieke transcriptiefactoren nabootst.

C/EBPα bereidt B-cellen voor op snelle herprogrammering in geïnduceerde pluripotente stamcellen.

CCAAT/enhancer binding protein-α (C/EBPα) induceert transdifferentiatie van B-cellen in macrofagen met hoge efficiëntie.

Een ideaal systeem om de rol van Tet2 in myelopoëse te bestuderen is CEBPα-geïnduceerde transdifferentiatie van pre-B-cellen in macrofagen.

Onze observaties wijzen erop dat Tet2 CEBPα helpt om myeloïde genen snel te derepressen tijdens de conversie van pre-B-cellen in macrofagen.

CCAAT/enhancer binding protein alpha (C/EBP(alpha))-geïnduceerde transdifferentiatie van pre-B-cellen in macrofagen omvat geen duidelijke retrodifferentiatie.

Eerder onderzoek heeft aangetoond dat pre-B-cellen met zeer hoge frequenties kunnen worden omgezet in macrofagen door de transcriptiefactor CCAAT/enhancer binding protein α.

Geforceerde expressie van C/EBPalpha induceert bovendien directe transdifferentiatie van onrijpe thymocyten of B-cellen in macrofagen.

Onze experimenten tonen aan dat menselijke kankercellen door C/EBPα kunnen worden geïnduceerd om met hoge frequenties te transdifferentiëren in schijnbaar normale cellen en bieden een bewijs van principe voor een potentiële nieuwe therapeutische strategie voor de behandeling van B-cel maligniteiten.

Eerder onderzoek toonde aan dat de transcriptiefactor C/EBPα onrijpe en rijpe muizen B-lijn cellen kan omzetten in functionele macrofagen.

Bij het testen van meer dan 20 menselijke lymfoom- en leukemie B-cellijnen vonden we dat de meeste ten minste gedeeltelijk kunnen transdifferentiëren in macrofaagachtige cellen, mits C/EBPα op voldoende hoge niveaus wordt tot expressie gebracht.

CCAAT/enhancer binding protein-α (C/EBPα) induceert transdifferentiatie van B-cellen in macrofagen met hoge efficiëntie en versterkt herprogrammering in geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPS) wanneer het samen met de transcriptiefactoren Oct4 (Pou5f1), Sox2, Klf4 en Myc (hierna OSKM genoemd) wordt tot expressie gebracht.

Wij rapporteren dat geforceerde expressie van C/EBPalpha en C/EBPbeta in gedifferentieerde B-cellen leidt tot hun snelle en efficiënte herprogrammering in macrofagen.

Een tamoxifen-induceerbare subklon van de Seraphina Burkitt lymfoomlijn, die C/EBPαER tot expressie brengt, kon efficiënt worden omgezet in fagocyterende en quiescente cellen met een transcriptome dat lijkt op normale macrofagen.

We onderzochten hier de verwerving van DNA-methyleringsveranderingen tijdens C/EBPα-geïnduceerde transdifferentiatie van pre-B-cellen naar macrofagen.

We toonden ook aan dat C/EBPα en RNA Pol II geassocieerd zijn met de gemethyleerde promotoren van macrofaagspecifieke genen in hergeprogrammeerde macrofagen zonder methyleringsveranderingen te induceren.

Ons eerder werk heeft aangetoond dat pre-B-cellen met hoge efficiëntie kunnen worden omgezet in macrofaagachtige cellen door overexpressie van de transcriptiefactor C/EBPα of C/EBPβ.

C/EBPα induceert zeer efficiënte macrofaag transdifferentiatie van B-lymfoom- en leukemie cellijnen en vermindert hun tumorigeniteit.

C/EBPa-geïnduceerde transdifferentiatie van pre-B-cellen naar macrofagen biedt een uitstekend model om de bijdrage van miRNA's aan hematopoëtische celidentiteit te onderzoeken, vooral omdat de twee betrokken celtypen tot aparte lymfoïde en myeloïde takken behoren.


Wat is de functie van de chromHMM-software?

Answer: ChromHMM leert chromatine-toestandsignaturen met behulp van een multivariate verborgen Markov-model (HMM) dat expliciet de combinatorische aanwezigheid of afwezigheid van elk merkteken modelleert. Het gebruikt deze signaturen om een genoomwijde annotatie voor elk celtype te genereren door de meest waarschijnlijke toestand voor elk genomisch segment te berekenen. Chromatine-toestanden worden geleerd, annotaties worden geproduceerd en verrijkingen worden berekend binnen 1 dag.

Hier publiceren we een frequentieprofiel van de drie ChromHMM-promotorstaten, op intervallen van 200 bp, met bijzondere aandacht voor het bestaan van sequentiepatronen van promotorelementen, GC-rijkdom en transcriptie-startplaatsen.

ChromHMM leert chromatine-toestandsignaturen met behulp van een multivariate verborgen Markov-model (HMM) dat expliciet de combinatorische aanwezigheid of afwezigheid van elk merkteken modelleert. ChromHMM gebruikt deze signaturen om een genoomwijde annotatie voor elk celtype te genereren door de meest waarschijnlijke toestand voor elk genomisch segment te berekenen.

ChromHMM biedt een geautomatiseerde verrijkingsanalyse van de resulterende annotaties om de functionele interpretaties van elke chromatine-toestand te vergemakkelijken.

ChromHMM onderscheidt zich door zijn nadruk op het modelleren van combinaties van merktekens, zijn nauwe integratie met downstream functionele verrijkingsanalyses, zijn snelheid en gebruiksgemak. Chromatine-toestanden worden geleerd, annotaties worden geproduceerd en verrijkingen worden berekend binnen 1 dag.

ChromHMM helpt bij het annoteren van het niet-coderende genoom met behulp van epigenomische informatie over één of meerdere celtypen. Het combineert meerdere genoomwijde epigenomische kaarten en gebruikt combinatorische en ruimtelijke merktekenpatronen om een volledige annotatie voor elk celtype af te leiden.

Ons doel was om de mogelijke relatie te identificeren tussen DNA-sequenties en de nieuw gebouwde chromatine-toestanden op basis van de geïntegreerde ChromHMM-datasets van verschillende cellen en weefseltypen.

Het opbouwen van het frequentieprofiel van de kernpromotorelementpatronen in de drie ChromHMM-promotorstaten op intervallen van 200 bp: een statistisch perspectief.

Op basis van het ChromHMM-algoritme werd het genoom verdeeld in 620.122 fragmenten, die werden geclassificeerd in 24 staten volgens de combinatie van epigenetische merktekens en verrijkte kenmerkgebieden.

De nucleotidefrequentieprofielen van negen chromatine-annotaties met eenheid van 200 bp werden geanalyseerd en integratieve Markov-ketens werden opgebouwd om de Markov-eigenschappen van de DNA-sequenties in sommige van de actieve chromatine-toestanden van verschillende ChromHMM-regio's te detecteren.

We analyseerden de publiek beschikbare ChromHMM BED-bestanden van het ENCODE-project en testten de Markov-eigenschappen van de verschillende chromatine-toestanden in het menselijk genoom.

Daarnaast vergelijken we onze methode uitgebreid met ChromHMM op drie echte datasets en tonen aan dat onze methode meer chromatine-toestanden schat dan ChromHMM voor die datasets.

RESULTATEN: In dit artikel stellen we een algoritme voor met lineaire tijd om een set niet-overlappende regio's te berekenen die de som van gelijkenissen maximaliseert tussen de vector van focale epigenetische toestanden en de vectoren van ruwe epigenetische toestanden op DNA-posities in de set regio's.

Nucleotidefrequentieprofielen van regionale chromatine-segmentaties werden geanalyseerd en Markov-ketens werden opgebouwd om Markov-eigenschappen in de chromatine-toestanden van verschillende ChromHMM-regio's te detecteren.

RESULTATEN: In deze studie stellen we een methode voor om de chromatine-toestanden te schatten die worden aangegeven door genoomwijde chromatine-merktekens geïdentificeerd door NGS-technologieën.

De voorgestelde methode schat automatisch het aantal chromatine-toestanden en karakteriseert elke toestand op basis van een verborgen Markov-model (HMM) in combinatie met een recent voorgestelde modelselectietechniek, gefactoriseerde informatiecriteria.


Waar wordt FeatureCounts voor gebruikt?

Answer: featureCounts is een algemeen programma voor het toewijzen van sequentiele reads aan genomische kenmerken. Het is een programma voor het samenvatten van reads, geschikt voor het tellen van reads die zijn gegenereerd uit RNA- of genomische DNA-sequencingexperimenten.

featureCounts: een efficiënt algemeen programma voor het toewijzen van sequentiele reads aan genomische kenmerken.

mmquant is een drop-in vervanging van de veelgebruikte tools htseq-count en featureCounts die multi-mapping reads op een onbevooroordeelde manier verwerkt.

We tonen ook de correlatie voor ruwe read-aantallen gerapporteerd door TPMCalculator, HTSeq en featureCounts.

Het bevat zes onafhankelijke kern-workflows die de nieuwste technologie omvatten met tientallen populaire geavanceerde tools zoals Tophat-Cufflink-Cuffdiff, Subread-featureCounts-DESeq2, STAR-RSEM-EBSeq, Bowtie-eXpress-edgeR, kallisto-sleuth, HISAT-StringTie-Ballgown, en integreert met Snakemake, een modern systeem voor pijplijnbeheer.

SULTS: We presenteren featureCounts, een programma voor het samenvatten van reads, geschikt voor het tellen van reads die zijn gegenereerd uit RNA- of genomische DNA-sequencingexperimenten. f

Het is aanzienlijk sneller dan bestaande methoden (met een orde van grootte sneller voor gen-niveau samenvatting) en vereist veel minder computergeheugen.

Het proces van het tellen van reads wordt read summarization genoemd.

marization. Het samenvatten van reads is vereist voor een grote verscheidenheid aan genomische analyses, maar heeft tot nu toe relatief weinig aandacht gekregen in de literatuur.RESULTATEN: We presenteren featureCounts, een programma voor het samenvatten van reads, geschikt voor het tellen van reads die zijn gegenereerd uit RNA- of genomische DNA-sequencingexperimenten.