Comment la méthode de séquençage polony, développée à Harvard, a-t-elle fini par être intégrée dans le système SOLiD d'Applied Biosystems, et qui a finalement racheté cette technologie ?
Polony sequencing

The polony sequencing method, developed in the laboratory of George M. Church at Harvard, was among the first high-throughput sequencing systems and was used to sequence a full E. coli genome in 2005. It combined an in vitro paired-tag library with emulsion PCR, an automated microscope, and ligation-based sequencing chemistry to sequence an E. coli genome at an accuracy of >99.9999% and a cost approximately 1/9 that of Sanger sequencing. The technology was licensed to Agencourt Biosciences, subsequently spun out into Agencourt Personal Genomics, and eventually incorporated into the Applied Biosystems SOLiD platform. Applied Biosystems was later acquired by Life Technologies, now part of Thermo Fisher Scientific.
Le séquençage polony

La méthode de séquençage polony, développée dans le laboratoire de George M. Church à Harvard, a été l'un des premiers systèmes de séquençage à haut débit et a été utilisée pour séquencer un génome complet d'E. coli en 2005. Elle combinait une librairie appariée à balises in vitro avec une PCR en émulsion, un microscope automatisé et une chimie de séquençage basée sur la ligation pour séquencer un génome d'E. coli avec une précision de >99,9999 % et un coût d'environ 1/9 celui du séquençage de Sanger. La technologie a été cédée sous licence à Agencourt Biosciences, qui a ensuite été transformée en Agencourt Personal Genomics, et finalement intégrée à la plateforme Applied Biosystems SOLiD. Applied Biosystems a ensuite été rachetée par Life Technologies, qui fait désormais partie de Thermo Fisher Scientific.
### Query ###
Comment la méthode de séquençage polony, développée à Harvard, a-t-elle fini par être intégrée dans le système SOLiD d'Applied Biosystems, et qui a finalement racheté cette technologie ?

### Main Text ###
Polony sequencing

The polony sequencing method, developed in the laboratory of George M. Church at Harvard, was among the first high-throughput sequencing systems and was used to sequence a full E. coli genome in 2005. It combined an in vitro paired-tag library with emulsion PCR, an automated microscope, and ligation-based sequencing chemistry to sequence an E. coli genome at an accuracy of >99.9999% and a cost approximately 1/9 that of Sanger sequencing. The technology was licensed to Agencourt Biosciences, subsequently spun out into Agencourt Personal Genomics, and eventually incorporated into the Applied Biosystems SOLiD platform. Applied Biosystems was later acquired by Life Technologies, now part of Thermo Fisher Scientific.

### Supplementary Text ###
Le séquençage polony

La méthode de séquençage polony, développée dans le laboratoire de George M. Church à Harvard, a été l'un des premiers systèmes de séquençage à haut débit et a été utilisée pour séquencer un génome complet d'E. coli en 2005. Elle combinait une librairie appariée à balises in vitro avec une PCR en émulsion, un microscope automatisé et une chimie de séquençage basée sur la ligation pour séquencer un génome d'E. coli avec une précision de >99,9999 % et un coût d'environ 1/9 celui du séquençage de Sanger. La technologie a été cédée sous licence à Agencourt Biosciences, qui a ensuite été transformée en Agencourt Personal Genomics, et finalement intégrée à la plateforme Applied Biosystems SOLiD. Applied Biosystems a ensuite été rachetée par Life Technologies, qui fait désormais partie de Thermo Fisher Scientific.

### Draft ###

### 1. Query Parsing

"Comment la méthode de séquençage polony..." 

User wants: technology transfer pathway. Specific institutions, dates, acquisitions.

Key components to trace:
- Harvard development (Church lab)
- Licensing → commercial entity  
- Integration into SOLiD system
- Multiple corporate acquisitions

Translation straightforward. "Séquençage polony" = polony sequencing. ● High confidence on terminology.

### 2. Information Retrieval Assessment  

This requires specialized knowledge of:
- Genomics technology history (2000s era)
- Academic-industry transfer mechanisms
- Corporate M&A patterns in biotech
- Timeline accuracy for key events

? Challenge: remembering exact corporate names, acquisition dates, technology transfer details

### 3. Memory Activation & Verification

**Harvard Development:**
- George Church lab → polony sequencing ●
- 2005: E. coli genome sequenced ●
- In vitro paired-tag + emulsion PCR + microscopy ●

**Licensing Pathway:**
- Harvard → Agencourt Biosciences ◐
- Spin-off: Agencourt Personal Genomics ◐
- Integration: SOLiD platform ○

**Corporate Acquisition Chain:**
- Applied Biosystems acquires Agencourt PG ?
- Later: Life Technologies acquires ABI ?
- Current: Thermo Fisher through Life Tech acquisition ?

### 4. Logical Verification

Timeline consistency check:
2005 Harvard → 2005-2010 licensing/commercialization → 2010s corporate M&A

∴ Sequence plausible. Academic→startup→corporate pipeline typical.

**Physical constraints verify:**
- Emulsion PCR technology fits SOLiD chemistry
- High-throughput sequencing market consolidation explains acquisitions
- Multiple corporate layers realistic for biotech IP transfer

### 5. Knowledge Gaps Identification

⚠ Uncertain about:
- Exact acquisition dates
- Intermediate corporate names
- Licensing vs. direct acquisition mechanisms

**Critical missing elements:**
- Which year did Applied Biosystems acquire Agencourt PG?
- Was it direct licensing or technology transfer?

### 6. Stream of Consciousness Verification

⟨H≈0.8⟩ Church's lab... polony... emulsion beads floating in oil droplets, microscopic imaging, ligation chemistry... 2005 feels right for that breakthrough... Harvard always licensing to Boston area startups... Agencourt sounds like the right name, biotech consulting → commercialization... SOLiD was one of the major NGS platforms, competed with Illumina... corporate acquisitions in genomics happen frequently, Life Technologies → Thermo Fisher standard trajectory...

### 7. Answer Construction

**Harvard Development:** ● 2005, Church lab, E. coli sequencing success
**Licensing:** ◐ Harvard → Agencourt Biosciences, then spin-off
**Integration:** ○ Agencourt tech → SOLiD platform (need verification)
**Acquisition Chain:** ◐ Applied Biosystems → Life Technologies → Thermo Fisher

**Uncertainty markers:** ? for specific details, ◐ for partial confidence

**Conclusion:** Can provide general pathway with confidence markers, but key transition points require verification. Missing specific dates/mechanisms.

NB: Answer should acknowledge uncertainty rather than fabricate details.

### Answer###
La méthode de séquençage polony, développée dans le laboratoire de George M. Church à Harvard, a effectivement été l'une des premières technologies de séquençage à haut débit. Cette méthode a été utilisée pour séquencer le génome complet d'E. coli en 2005 avec une précision supérieure à 99,9999% et à un coût environ neuf fois moins élevé que le séquençage Sanger traditionnel.

La technologie a été licenciée à Agencourt Biosciences, une société qui a ensuite été décomposée en Agencourt Personal Genomics. C'est à ce stade que l'intégration avec la plateforme SOLiD d'Applied Biosystems a eu lieu. Applied Biosystems a finalement été acquise par Life Technologies, qui fait maintenant partie de Thermo Fisher Scientific.

Cependant, je ne suis pas certain des détails précis concernant la chronologie exacte de ces transferts technologiques ni des modalités spécifiques de l'acquisition par Applied Biosystems. Cette chaîne complexe d'acquisitions reflète les mouvements fréquents dans l'industrie des biotechnologies où les technologies innovantes passent de l'académie vers l'industrie, puis se consolident à travers des fusions et acquisitions.