Comment ça se fait qu'ils ont pas encore trouvé tous les neurones dans le cerveau de la mouche fruit parce que c'est un insecte et ça devrait être facile ?
Connectome

Drosophila is one of the few animals (C. elegans being another) where detailed neural circuits (a connectome) are available.

A high-level connectome, at the level of brain compartments and interconnecting tracts of neurons, exists for the full fly brain. A version of this is available online.

Detailed circuit-level connectomes exist for the lamina and a medulla column, both in the visual system of the fruit fly, and the alpha lobe of the mushroom body.

In May 2017 a paper published in bioRxiv presented an electron microscopy image stack of the whole adult female brain at synaptic resolution. The volume is available for sparse tracing of selected circuits. Since then, multiple datasets have been collected including a dense connectome of half the central brain of Drosophila in 2020, and a dense connectome of the entire female adult nerve cord in 2021. Generally, these datasets are acquired by sectioning the tissue (e.g. the brain) into thin sections (on order of ten or hundreds of nanometers). Each section is then imaged using an electron microscope and these images are stitched and aligned together to create a 3D image volume. The methods used in reconstruction and initial analysis of the such datasets followed. Due to advancements in deep learning, automated methods for image segmentation have made large scale reconstruction providing dense reconstructions of all the neurites within the volume. Furthermore, the resolution of electron microscopy illuminates ultrastructural variations between neurons as well as the location of individual synapses, thereby providing a wiring diagram of synaptic connectivity between all neurites within the given dataset.

In 2023, the complete map of a Drosophila larval brain at the synapse level, and an analysis of its architecture was published. The larval brain consists of 3016 neurons and 548,000 synaptic sites, whereas the adult brain has about 150,000 neurons and 150 million synapses.
Les neurones du cerveau

Le nombre de neurones dans le cerveau varie considérablement d'une espèce à l'autre. Chez l'humain, on estime qu'il y a de 10 à 20 milliards de neurones dans le cortex cérébral et de 55 à 70 milliards dans le cervelet. À l'inverse, le ver nématode Caenorhabditis elegans n'en possède que 302, ce qui en fait un organisme modèle idéal, car les scientifiques ont pu cartographier tous ses neurones. La mouche des fruits Drosophila melanogaster, un sujet courant dans les expériences biologiques, en compte environ 100 000 et présente de nombreux comportements complexes. De nombreuses propriétés des neurones, de la nature des neurotransmetteurs utilisés à la composition des canaux ioniques, sont conservées entre les espèces, permettant aux scientifiques d'étudier les processus se déroulant chez des organismes plus complexes dans des systèmes expérimentaux beaucoup plus simples.
### Query ###
Comment ça se fait qu'ils ont pas encore trouvé tous les neurones dans le cerveau de la mouche fruit parce que c'est un insecte et ça devrait être facile ?

### Main Text ###
Connectome

Drosophila is one of the few animals (C. elegans being another) where detailed neural circuits (a connectome) are available.

A high-level connectome, at the level of brain compartments and interconnecting tracts of neurons, exists for the full fly brain. A version of this is available online.

Detailed circuit-level connectomes exist for the lamina and a medulla column, both in the visual system of the fruit fly, and the alpha lobe of the mushroom body.

In May 2017 a paper published in bioRxiv presented an electron microscopy image stack of the whole adult female brain at synaptic resolution. The volume is available for sparse tracing of selected circuits. Since then, multiple datasets have been collected including a dense connectome of half the central brain of Drosophila in 2020, and a dense connectome of the entire female adult nerve cord in 2021. Generally, these datasets are acquired by sectioning the tissue (e.g. the brain) into thin sections (on order of ten or hundreds of nanometers). Each section is then imaged using an electron microscope and these images are stitched and aligned together to create a 3D image volume. The methods used in reconstruction and initial analysis of the such datasets followed. Due to advancements in deep learning, automated methods for image segmentation have made large scale reconstruction providing dense reconstructions of all the neurites within the volume. Furthermore, the resolution of electron microscopy illuminates ultrastructural variations between neurons as well as the location of individual synapses, thereby providing a wiring diagram of synaptic connectivity between all neurites within the given dataset.

In 2023, the complete map of a Drosophila larval brain at the synapse level, and an analysis of its architecture was published. The larval brain consists of 3016 neurons and 548,000 synaptic sites, whereas the adult brain has about 150,000 neurons and 150 million synapses.

### Supplementary Text ###
Les neurones du cerveau

Le nombre de neurones dans le cerveau varie considérablement d'une espèce à l'autre. Chez l'humain, on estime qu'il y a de 10 à 20 milliards de neurones dans le cortex cérébral et de 55 à 70 milliards dans le cervelet. À l'inverse, le ver nématode Caenorhabditis elegans n'en possède que 302, ce qui en fait un organisme modèle idéal, car les scientifiques ont pu cartographier tous ses neurones. La mouche des fruits Drosophila melanogaster, un sujet courant dans les expériences biologiques, en compte environ 100 000 et présente de nombreux comportements complexes. De nombreuses propriétés des neurones, de la nature des neurotransmetteurs utilisés à la composition des canaux ioniques, sont conservées entre les espèces, permettant aux scientifiques d'étudier les processus se déroulant chez des organismes plus complexes dans des systèmes expérimentaux beaucoup plus simples.

### Draft ###

### 1. Query Parsing

"Comment ça se fait qu'ils ont pas encore trouvé tous les neurones..."

User assumes: insects = simple → should be easy to map all neurons.
Reality: complexity hidden in scale.

Key misconception to address: size vs simplicity hierarchy.

### 2. Drosophila Brain Complexity

● Current state: partial maps exist
- Larval brain: 3,016 neurons, 548k synapses (2023 complete map)  
- Adult brain: ~150k neurons, ~150M synapses
- Compare: human cortex ~86B neurons, ~1000T synapses

∴ Absolute numbers challenge user's "simple" assumption.

But wait → accessibility ≠ simplicity.

### 3. Technical Barriers

Electron microscopy resolution limits:
- Adult brain sections: 10-100nm thickness
- Imaging entire brain volume at synaptic resolution
- Reconstruction bottleneck: manual tracing vs automated methods

⟨H≈0.8⟩ Think of it like trying to map every wire in Manhattan using only satellite images of individual buildings - you need to zoom in to street level, then individual threads, then... synapses are those tiny connections between neurons that look like fuzzy junctions under the electron microscope's eye. The brain is essentially a vast network of these microscopic connections, and mapping them all is like trying to count every grain of sand on a beach while standing on a microscope slide.

### 4. Methodological Evolution

Timeline progression:
- 2017: first complete larval brain map
- 2020: dense connectome of brain half  
- 2021: complete adult nerve cord
- 2023: larval brain completion

→ Exponential improvement through:
1. Automated segmentation via deep learning
2. Electron microscopy advancements  
3. Computational power increases

NB: Each dataset represents years of collaborative effort.

### 5. Why "Simple" ≠ "Easy"

Drosophila characteristics that make it accessible:
- Small size → manageable for EM
- Transparent body → live imaging possible
- Short generation time → experimental flexibility
- Genetic tools available

But complexity emerges at scale:
- 150M synapses vs human brain (1000T)
- Synaptic plasticity over time
- Circuit dynamics vs static wiring diagrams

### 6. Synthesis

User's intuition partially correct: Drosophila brains are simpler than human/mammalian systems.

But "simpler" ≠ "completely mapped" due to:

1. **Scale barrier**: even "small" brains have millions of connections
2. **Resolution challenge**: synaptic-level detail requires EM
3. **Temporal complexity**: brain activity changes over time
4. **Computational bottleneck**: data processing scales exponentially

Current state: rapidly advancing but incomplete due to technical constraints, not fundamental impossibility.

∴ Answer: accessibility ≠ completion. Scale + resolution + time = ongoing challenge.

### Answer###
Votre question touche à une conception erronée sur la complexité des systèmes nerveux. Même si la mouche des fruits ne possède "que" environ 100 000 neurones dans son cerveau adulte (comparé aux 302 du ver C. elegans ou aux 15 à 20 milliards du cerveau humain), cela ne signifie pas que sa cartographie neuronale soit simple.

La réalité est que le cerveau de Drosophila présente une connectivité remarquablement complexe. Le système nerveux de cette petite mouche comprend environ 150 millions de synapses dans le cerveau adulte, et une cartographie complète du cerveau larvaire (3 016 neurones et 548 000 sites synaptiques) n'a été achevée qu'en 2023.

Les défis techniques sont considérables : les chercheurs doivent scanner le cerveau en très fines tranches (quelques nanomètres d'épaisseur) sous microscope électronique, puis reconstruire numériquement ces images en 3D. Les avancées en imagerie électronique et les méthodes automatisées d'analyse ont permis des progrès considérables, mais la résolution suffisante pour distinguer chaque synapse individuelle reste un challenge majeur.

Contrairement aux apparences, les systèmes nerveux les plus accessibles ne sont pas nécessairement les plus simples à comprendre complètement.