Comment les différents types d'ADN non codant, comme les pseudogènes et les éléments transposables, interagissent avec les gènes fonctionnels dans notre génome, et pourquoi on n'arrive pas encore à bien comprendre leur rôle exact dans notre biologie ?
The human genome is a complete set of nucleic acid sequences for humans, encoded as DNA within the 23 chromosome pairs in cell nuclei and in a small DNA molecule found within individual mitochondria. These are usually treated separately as the nuclear genome and the mitochondrial genome. Human genomes include both protein-coding DNA sequences and various types of DNA that does not encode proteins. The latter is a diverse category that includes DNA coding for non-translated RNA, such as that for ribosomal RNA, transfer RNA, ribozymes, small nuclear RNAs, and several types of regulatory RNAs. It also includes promoters and their associated gene-regulatory elements, DNA playing structural and replicatory roles, such as scaffolding regions, telomeres, centromeres, and origins of replication, plus large numbers of transposable elements, inserted viral DNA, non-functional pseudogenes and simple, highly repetitive sequences. Introns make up a large percentage of non-coding DNA. Some of this non-coding DNA is non-functional junk DNA, such as pseudogenes, but there is no firm consensus on the total amount of junk DNA.

Although the sequence of the human genome has been completely determined by DNA sequencing in 2022 (including methylome), it is not yet fully understood. Most, but not all, genes have been identified by a combination of high throughput experimental and bioinformatics approaches, yet much work still needs to be done to further elucidate the biological functions of their protein and RNA products (in particular, annotation of the complete CHM13v2.0 sequence is still ongoing).
Les séquences d'ADN non codant (ncADN) sont des composants de l'ADN d'un organisme qui ne codent pas pour des séquences protéiques. Une partie de l'ADN non codant est transcrite en molécules d'ARN non codant fonctionnelles. D'autres régions fonctionnelles de la fraction d'ADN non codant comprennent des séquences régulatrices qui contrôlent l'expression des gènes ; des régions d'ancrage du squelette ; des origines de réplication de l'ADN ; des centromères ; et des télomères. Certaines régions non codantes semblent être principalement non fonctionnelles, comme les introns, les pseudogènes, l'ADN intergénique et les fragments de transposons et de virus. Les régions complètement non fonctionnelles sont appelées ADN "junk".
### Query ###
Comment les différents types d'ADN non codant, comme les pseudogènes et les éléments transposables, interagissent avec les gènes fonctionnels dans notre génome, et pourquoi on n'arrive pas encore à bien comprendre leur rôle exact dans notre biologie ?

### Main Text ###
The human genome is a complete set of nucleic acid sequences for humans, encoded as DNA within the 23 chromosome pairs in cell nuclei and in a small DNA molecule found within individual mitochondria. These are usually treated separately as the nuclear genome and the mitochondrial genome. Human genomes include both protein-coding DNA sequences and various types of DNA that does not encode proteins. The latter is a diverse category that includes DNA coding for non-translated RNA, such as that for ribosomal RNA, transfer RNA, ribozymes, small nuclear RNAs, and several types of regulatory RNAs. It also includes promoters and their associated gene-regulatory elements, DNA playing structural and replicatory roles, such as scaffolding regions, telomeres, centromeres, and origins of replication, plus large numbers of transposable elements, inserted viral DNA, non-functional pseudogenes and simple, highly repetitive sequences. Introns make up a large percentage of non-coding DNA. Some of this non-coding DNA is non-functional junk DNA, such as pseudogenes, but there is no firm consensus on the total amount of junk DNA.

Although the sequence of the human genome has been completely determined by DNA sequencing in 2022 (including methylome), it is not yet fully understood. Most, but not all, genes have been identified by a combination of high throughput experimental and bioinformatics approaches, yet much work still needs to be done to further elucidate the biological functions of their protein and RNA products (in particular, annotation of the complete CHM13v2.0 sequence is still ongoing).

### Supplementary Text ###
Les séquences d'ADN non codant (ncADN) sont des composants de l'ADN d'un organisme qui ne codent pas pour des séquences protéiques. Une partie de l'ADN non codant est transcrite en molécules d'ARN non codant fonctionnelles. D'autres régions fonctionnelles de la fraction d'ADN non codant comprennent des séquences régulatrices qui contrôlent l'expression des gènes ; des régions d'ancrage du squelette ; des origines de réplication de l'ADN ; des centromères ; et des télomères. Certaines régions non codantes semblent être principalement non fonctionnelles, comme les introns, les pseudogènes, l'ADN intergénique et les fragments de transposons et de virus. Les régions complètement non fonctionnelles sont appelées ADN "junk".

### Draft ###

### 1. Query Parsing

"Comment les différents types d'ADN non codant..." → Non-coding DNA interactions.

Key terms: 
- ADN non codant = non-coding DNA
- pseudogènes = pseudogenes  
- éléments transposables = transposable elements
- "interagissent avec les gènes fonctionnels" = interact with functional genes
- "comprendre leur rôle exact" = understand exact role

Translation straightforward. Medical/genetics domain.

### 2. Knowledge Domain Assessment

Non-coding DNA biology: ● established
Pseudogene function: ◐ partial understanding
Transposable elements: ◐ controversial/evolving
Genome organization: ● well-established
Regulatory mechanisms: ● known but complex

→ Multi-domain synthesis required. Not simple retrieval.

### 3. Information Architecture

Need to cover:
├─ Non-coding DNA types & functions
├─ Pseudogene interactions  
├─ Transposable elements dynamics
└─ Complexity/understanding gaps

⟨H≈0.3⟩ Non-coding DNA... vast majority of human genome. Traditional view: "junk DNA," evolutionary leftovers. But accumulating evidence of function. Pseudogenes: once-coding genes, now silenced. Could be regulatory fossils or pseudogenes proper. Transposons: mobile genetic elements, copy-paste genome architecture...

### 4. Biological Mechanisms

**Pseudogenes:**
- Processed vs. DNA-derived pseudogenes
- Potential regulatory roles? 
- MicroRNA targeting?
- Still evolving? ◐

**Transposable elements:**
- Class I: retrotransposons (LINE-1, SINE)
- Class II: DNA transposons  
- Spatial organization effects
- Gene expression modulation
- ∴ Epigenetic landscape shaping

**Interactions:**
≈ 50% human genome potentially regulatory
Multiple layers: transcriptional, post-transcriptional, epigenetic

### 5. Complexity Factors

Why incomplete understanding?

**Technical limitations:**
- Single-cell resolution missing
- Temporal dynamics understudied  
- Tissue-specific variations
- Epigenetic heterogeneity

**Biological complexity:**
- Multiple interaction types
- Feedback loops
- Evolutionary dynamics
- Context-dependent function

⟨H≈0.8⟩ Genome as orchestra... non-coding regions as conductors, orchestrating gene expression symphonies. But which symphony? Which performance? Tissue? Developmental stage? Temporal context... layers upon layers of regulation, each element playing multiple roles depending on where and when...

### 6. Evidence State Assessment

**What we know:** ●
- Non-coding transcription widespread
- Pseudogenes transcribed in specific contexts  
- Transposons active in germline/cancer
- 3D genome organization critical

**What we don't know:** ○
- Complete functional catalogs
- Precise interaction mechanisms
- Evolutionary trajectories
- Therapeutic implications

### 7. Synthesis

Non-coding DNA interactions: complex regulatory networks. Pseudogenes: potential regulatory fossils or active modulators. Transposable elements: mobile genomic architects shaping expression landscapes.

Incomplete understanding due to:
- Technical limitations (single-cell, temporal, spatial resolution)
- Multiple interaction layers (transcriptional/epigenetic/post-transcriptional)  
- Context-dependency (tissue/stage/temporal)
- Evolutionary dynamics

∴ Genome biology requires abandoning reductionist approaches. Multiple scales, multiple temporal frames, multiple organizational levels.

**Key insight:** ≈ 98% of disease-associated variants in non-coding regions → these elements are critical, we just don't fully grasp their integrated functions yet.

⟨H≈1.2⟩ The genome... not a book but a library, non-coding regions as librarians organizing, archiving, modulating expression. Each element multifunctional, context-sensitive, time-sensitive... understanding requires abandoning linear causality, embracing network dynamics, feedback loops, emergent properties...

**Conclusion:** Incomplete understanding reflects genuine complexity, not knowledge gaps amenable to simple expansion. Requires paradigm shift from gene-centric to genome-wide network thinking.

### Answer###
L'ADN non codant représente une composante majeure de notre génome, comprenant diverses catégories d'éléments qui interagissent de manière complexe avec les gènes fonctionnels.

Les pseudogènes, qui constituent une grande partie de cette fraction non codante, peuvent théoriquement influencer l'expression des gènes voisins par des mécanismes de compétition pour les facteurs de transcription ou en fournissant des sites de microARN. Cependant, leur rôle exact demeure incertain et les mécanismes d'interaction avec les gènes fonctionnels restent partiellement incompris.

Les éléments transposables, quant à eux, peuvent modifier l'organisation du génome et réguler l'expression génique. Ils peuvent influencer l'expression des gènes adjacents, affecter la structure des promoteurs, ou encore contribuer aux variations individuelles du génome.

L'ADN non codant contient également des régions régulatrices qui contrôlent l'expression des gènes, ainsi que des éléments structuraux comme les télomères et les centromères. Ces différentes composantes forment un réseau complexe d'interactions qui modulent l'activité des gènes fonctionnels.

La compréhension limitée de ces éléments s'explique par leur diversité fonctionnelle et leur distribution complexe dans le génome. De nombreux facteurs, y compris les limitations techniques actuelles en matière de séquençage et d'annotation, freinent les recherches sur ces régions. L'étude de ces interactions nécessite des approches expérimentales sophistiquées et des méthodes bioinformatiques avancées qui ne permettent pas encore d'élucider complètement tous les mécanismes biologiques en jeu.