Je comprends pas pourquoi mon corps marche pas bien en ce moment, j'ai des problèmes de muscles et je suis fatigué tout le temps. Je sais que les protéines c'est important pour le corps mais je sais pas pourquoi ils se cassent et comment mon corps peut les réparer. Est-ce que quelqu'un peut m'expliquer en simple ce qui se passe et comment je peux faire pour que ça marche mieux ?
Proteasomes are protein complexes which degrade ubiquitin-tagged proteins by proteolysis, a chemical reaction that breaks peptide bonds. Enzymes that help such reactions are called proteases. Proteasomes are part of a major mechanism by which cells regulate the concentration of particular proteins and degrade misfolded proteins. Proteins are tagged for degradation with a small protein called ubiquitin. The tagging reaction is catalyzed by enzymes called ubiquitin ligases. Once a protein is tagged with a single ubiquitin molecule, this is a signal to other ligases to attach additional ubiquitin molecules. The result is a polyubiquitin chain that is bound by the proteasome, allowing it to degrade the tagged protein. The degradation process yields peptides of about seven to eight amino acids long, which can then be further degraded into shorter amino acid sequences and used in synthesizing new proteins. Proteasomes are found inside all eukaryotes and archaea, and in some bacteria.
In eukaryotes, proteasomes are located both in the nucleus and in the cytoplasm. In structure, the proteasome is a cylindrical complex containing a "core" of four stacked rings forming a central pore. Each ring is composed of seven individual proteins. The inner two rings are made of seven β subunits that contain three to seven protease active sites. These sites are located on the interior surface of the rings, so that the target protein must enter the central pore before it is degraded. The outer two rings each contain seven α subunits whose function is to maintain a "gate" through which proteins enter the barrel. These α subunits are controlled by binding to "cap" structures or regulatory particles that recognize polyubiquitin tags attached to protein substrates and initiate the degradation process. The overall system of ubiquitination and proteasomal degradation is known as the ubiquitin–proteasome system. The proteasomal degradation pathway is essential for many cellular processes, including the cell cycle, the regulation of gene expression, and responses to oxidative stress. The importance of proteolytic degradation inside cells and the role of ubiquitin in proteolytic pathways was acknowledged in the award of the 2004 Nobel Prize in Chemistry to Aaron Ciechanover, Avram Hershko and Irwin Rose.
Les protéines sont des nutriments essentiels à l'organisme humain pour la croissance et le maintien. Outre l'eau, ce sont les molécules les plus abondantes dans le corps. On trouve des protéines dans toutes les cellules du corps et elles constituent le principal composant structurel de toutes les cellules, en particulier les muscles. Cela comprend également les organes, les cheveux et la peau. Les protéines sont également utilisées dans les membranes, comme les glycoprotéines. Une fois décomposées en acides aminés, elles servent de précurseurs aux acides nucléiques, aux coenzymes, aux hormones, à la réponse immunitaire, à la réparation cellulaire et à d'autres molécules essentielles à la vie. De plus, les protéines sont nécessaires à la formation des cellules sanguines.
### Query ###
Je comprends pas pourquoi mon corps marche pas bien en ce moment, j'ai des problèmes de muscles et je suis fatigué tout le temps. Je sais que les protéines c'est important pour le corps mais je sais pas pourquoi ils se cassent et comment mon corps peut les réparer. Est-ce que quelqu'un peut m'expliquer en simple ce qui se passe et comment je peux faire pour que ça marche mieux ?

### Main Text ###
Proteasomes are protein complexes which degrade ubiquitin-tagged proteins by proteolysis, a chemical reaction that breaks peptide bonds. Enzymes that help such reactions are called proteases. Proteasomes are part of a major mechanism by which cells regulate the concentration of particular proteins and degrade misfolded proteins. Proteins are tagged for degradation with a small protein called ubiquitin. The tagging reaction is catalyzed by enzymes called ubiquitin ligases. Once a protein is tagged with a single ubiquitin molecule, this is a signal to other ligases to attach additional ubiquitin molecules. The result is a polyubiquitin chain that is bound by the proteasome, allowing it to degrade the tagged protein. The degradation process yields peptides of about seven to eight amino acids long, which can then be further degraded into shorter amino acid sequences and used in synthesizing new proteins. Proteasomes are found inside all eukaryotes and archaea, and in some bacteria.
In eukaryotes, proteasomes are located both in the nucleus and in the cytoplasm. In structure, the proteasome is a cylindrical complex containing a "core" of four stacked rings forming a central pore. Each ring is composed of seven individual proteins. The inner two rings are made of seven β subunits that contain three to seven protease active sites. These sites are located on the interior surface of the rings, so that the target protein must enter the central pore before it is degraded. The outer two rings each contain seven α subunits whose function is to maintain a "gate" through which proteins enter the barrel. These α subunits are controlled by binding to "cap" structures or regulatory particles that recognize polyubiquitin tags attached to protein substrates and initiate the degradation process. The overall system of ubiquitination and proteasomal degradation is known as the ubiquitin–proteasome system. The proteasomal degradation pathway is essential for many cellular processes, including the cell cycle, the regulation of gene expression, and responses to oxidative stress. The importance of proteolytic degradation inside cells and the role of ubiquitin in proteolytic pathways was acknowledged in the award of the 2004 Nobel Prize in Chemistry to Aaron Ciechanover, Avram Hershko and Irwin Rose.

### Supplementary Text ###
Les protéines sont des nutriments essentiels à l'organisme humain pour la croissance et le maintien. Outre l'eau, ce sont les molécules les plus abondantes dans le corps. On trouve des protéines dans toutes les cellules du corps et elles constituent le principal composant structurel de toutes les cellules, en particulier les muscles. Cela comprend également les organes, les cheveux et la peau. Les protéines sont également utilisées dans les membranes, comme les glycoprotéines. Une fois décomposées en acides aminés, elles servent de précurseurs aux acides nucléiques, aux coenzymes, aux hormones, à la réponse immunitaire, à la réparation cellulaire et à d'autres molécules essentielles à la vie. De plus, les protéines sont nécessaires à la formation des cellules sanguines.

### Draft ###

### 1. Query Parsing

"Je comprends pas pourquoi mon corps marche pas bien..." 

Key phrase: "marche pas bien" = "isn't working well" → functional breakdown complaint
"problèmes de muscles et je suis fatigué" = muscle problems + chronic fatigue
Core confusion: protein breakdown/repair mechanism

? Translation nuance: "marche" = walks/functions → biomedical metaphor
? Cultural context: French healthcare language, potentially medical student/practitioner

### 2. Domain Identification  

● Biomedical sciences: protein metabolism, cellular repair
● Physiology: muscle function, energy systems  
● Biochemistry: amino acid catabolism
◐ Pathophysiology: chronic fatigue states

Knowledge domains needed:
- Protein turnover kinetics
- Muscle protein synthesis pathways  
- Ubiquitin-proteasome system
- ATP regeneration cycles
- Micronutrient requirements

### 3. Information Architecture

Core mechanism: 
```
Protein intake → Digestion → Amino acids → Synthesis → Function → Breakdown (ubiquitin-mediated) → Peptides → Recycling
```

Key systems to explain:
1. **Protein degradation**: Proteasome pathway, E3 ubiquitin ligases
2. **Muscle repair**: Satellite cells, mTOR signaling, mechanical stress response  
3. **Energy metabolism**: ATP cycling, oxidative phosphorylation
4. **Nutritional factors**: Complete protein sources, timing, bioavailablity

### 4. Response Strategy

Structure needed:
1. Validate concern ("c'est normal de se poser ces questions")
2. Explain protein breakdown process (simplified)
3. Detail repair mechanisms (ubiquitin system)
4. Address fatigue component
5. Practical recommendations

⚠ Avoid: Overmedicalization, specific diagnosis without exam
⚠ Verify: French nutritional guidelines, protein requirements

### 5. Knowledge Gaps Assessment

◐ Incomplete: Individual protein requirements, specific micronutrient interactions
○ Uncertain: Exact fatigue etiology without clinical data
● Confident: Basic biochemistry, cellular mechanisms

∴ Response should acknowledge limitations while providing foundational explanation

### 6. Logical Synthesis

Multi-hop reasoning required:
1. Muscle function → protein structure
2. Protein structure → amino acid sequence  
3. Amino acid sequence → gene expression
4. Gene expression → cellular repair capacity
5. Repair capacity → fatigue resistance

Key insight: User experiencing disconnect between nutritional knowledge and functional reality → need mechanistic bridge

### 7. Response Construction

Opening: Acknowledge confusion, validate concern
Core: Explain protein cycling, cellular repair
Bridge: Connect to fatigue symptoms  
Close: Practical recommendations, limitation acknowledgment

Tone: Educational, empathetic, scientifically grounded
Style: Conversational French, technical accuracy maintained

---

**Final response structure**:
- Validate concern
- Explain protein breakdown/recycling  
- Address muscle repair
- Fatigue explanation
- Practical advice
- Acknowledge complexity limitations

### Answer###
Je comprends votre préoccupation concernant vos problèmes musculaires et fatigue. Les protéines jouent effectivement un rôle crucial dans le fonctionnement de votre corps.

Concernant la dégradation des protéines, votre corps dispose d'un système sophistiqué appelé système ubiquityl-protéasome. Les protéines que vous consommez sont d'abord digérées en acides aminés, puis synthétisées en nouvelles protéines nécessaires à vos muscles et autres tissus. Cependant, les protéines peuvent être marquées pour destruction par des molécules appelées ubiquitin, qui forment des chaînes que le protéasome reconnaît et décompose. Ce processus génère des peptides courts qui peuvent être utilisés pour créer de nouvelles protéines.

Pour ce qui est de la réparation musculaire, les protéines dégradées sont effectivement recyclées et utilisées pour synthétiser de nouvelles protéines musculaires. Les muscles contiennent de nombreuses protéines structurelles essentielles qui doivent être constamment renouvelées.

Votre fatigue pourrait être liée au fait que les protéines sont nécessaires à de nombreux processus cellulaires, y compris la réparation des cellules musculaires et la production d'énergie. Un apport insuffisant en protéines, ou des problèmes avec leur dégradation et leur recyclage, peut effectivement causer des symptômes de fatigue.

Je ne peux pas vous donner de recommandations spécifiques sans plus d'informations sur votre situation particulière. Il serait important de consulter un professionnel de santé pour évaluer vos besoins nutritionnels et déterminer si des examens complémentaires sont nécessaires.